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            1. In silico insights into the dimer structure and deiodinase activity of type III iodothyronine deiodinase from bioinformatics, molecular dynamics simulations, and QM/MM calculations

            【外文期刊】 Marsan, Eric S. ; Dreab, Ana ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2023年41卷11/12期 4819-4829页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Iodothyronine deiodinases; molecular dynamics; sequence alignment;

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            2. Direct proof of soft knock-on mechanism of ion permeation in a voltage gated sodium channel

            【外文期刊】 Liang, Lijun ; Zhang, Zhisen ; 等 2021年188卷 369-374页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Ion channel; Ion permeation; Molecular dynamics simulation;

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            3. Repurposing clinically approved drugs for COVID-19 treatment targeting SARS-CoV-2 papain-like protease

            【外文期刊】 Chen, Ke ; Pan, Juanli ; 等 2021年188卷 137-146页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Papain-like protease; Tanshinone IIA sulfonate sodium; Chloroxine;

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            4. Ethidium bromide interactions with DNA: an exploration of a classic DNA-ligand complex with unbiased molecular dynamics simulations

            【外文期刊】 Galindo-Murillo, Rodrigo ; Cheatham, Thomas E., III ; 《Nucleic Acids Research》 2021年49卷7期 3735-3747页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 NUCLEIC ACID INTERACTIONS; MONOPHOSPHATE CRYSTALLINE COMPLEX; AMBER FORCE-FIELD;

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            5. NMR refinement and peptide folding using the GROMACS software

            【外文期刊】 Sinelnikova, Anna ; van der Spoel, David ; 《Journal of Biomolecular NMR》 2021年75卷4/5期 143-149页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Python; NMR-STAR; Force Field;

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            6. Insights into structural features of HDAC1 and its selectivity inhibition elucidated by Molecular dynamic simulation and Molecular Docking

            【外文期刊】 Sixto-López ; Y. ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2019年37卷3/4期 584-610页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 3Dthree-dimensional; docking; GAFFGeneralized Amber Force Field;

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            7. Theoretical Study of the Human Bradykinin-Bradykinin B2 Receptor Complex

            【外文期刊】 Gieldon A ; Lopez JJ ; 等 《Chembiochem: A European journal of chemical biology》 2008年9卷15期 2487-2497页

            【关键词】 amber force field; bradykinin; GPCR;

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            8. Heterologous expression, characterization and evolution prediction of a diaphorase from Geobacillus sp. Y4.1MC1

            【外文期刊】 Shang, Jinzhao ; Yue, Shuohao ; 等 2022年44卷1期 101-112页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Diaphorase; Expression and purification; Enzymatic properties;

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            9. Analysis of the conformational profile of trishomocubane amino acid dipeptide

            【外文期刊】 Bisetty K ; Govender P ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2006年81卷5期 339-349页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 unnatural amino acids; trishomocubane; cage dipeptide;

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            10. Insight into formation propensity of pseudocircular DNA G-hairpins

            【外文期刊】 Zivkovic, Martina Lenarcic ; Gajarsky, Martin ; 等 《Nucleic Acids Research》 2021年49卷4期 2317-2332页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; G-QUADRUPLEX STRUCTURE; AMBER FORCE-FIELD;

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            11. Novel eGZ-motif formed by regularly extruded guanine bases in a left-handed Z-DNA helix as a major motif behind CGG trinucleotide repeats

            【外文期刊】 Fakharzadeh, Ashkan ; Zhang, Jiahui ; 等 《Nucleic Acids Research》 2022年50卷9期 4860-4876页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MISMATCH-REPAIR SYSTEM; RNA DOUBLE HELICES; FRAGILE-X-SYNDROME;

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            12. Molecular dynamics study of the conformational dynamics and energetics of some large-ring cyclodextrins (CDn, n=24, 25, 26, 27, 28, 29)

            【外文期刊】 Gotsev MG ; Ivanov PM ; 等 《Chirality: The pharmacological, biological, and chemical consequences of molecular asymmetry》 2007年19卷3期 203-213页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cyclodextrins; molecular dynamics; conformational analysis;

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            13. c-kit2 G-quadruplex stabilized via a covalent probe: exploring G-quartet asymmetry

            【外文期刊】 Peterkova, Katerina ; Durnik, Ivo ; 等 《Nucleic Acids Research》 2021年49卷15期 8947-8960页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 GASTROINTESTINAL STROMAL TUMORS; LOCKED NUCLEIC-ACID; AMBER FORCE-FIELD;

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            14. Conformational dynamics of RNA G(4)C(2) and G(2)C(4) repeat expansions causing ALS/FTD using NMR and molecular dynamics studies

            【外文期刊】 Taghavi, Amirhossein ; Baisden, Jared T. ; 等 《Nucleic Acids Research》 2023年51卷11期 5325-5340页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 AMBER FORCE-FIELD; HEXANUCLEOTIDE REPEAT; STRUCTURAL MOTIFS;

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            15. Comparison between Generalized-Born and Poisson-Boltzmann methods in physics-based scoring functions for protein structure prediction

            【外文期刊】 Lee MC ; Yang R ; 等 《Journal of molecular modeling》 2005年12卷1期 101-110页 SCISCIE

            【关键词】 Poisson-Boltzmann continuum solvent model; protein structure prediction; AMBER force field;

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            16. Conformational heterogeneity of UCAAUC RNA oligonucleotide from molecular dynamics simulations, SAXS, and NMR experiments

            【外文期刊】 Bergonzo, Christina ; Grishaev, Alexander ; 等 2022年28卷7期 937-946页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 integrative structural biology; molecular dynamics; NMR;

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            17. Predicting the binding properties of cibacron blue F3GA in affinity separation systems

            【外文期刊】 Andac CA ; Andac M ; 等 《International Journal of Biological Macromolecules: Structure, Function and Interactions》 2007年41卷4期 430-438页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cibacron blue F3GA; quinone reductase; HSA;

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            18. Finding a Needle in the Haystack: Computational Modeling of Mg2+ Binding in the Active Site of Protein Farnesyltransferase

            【外文期刊】 Yang, Y ; Chakravorty, DK ; 等 《Biochemistry》 2010年49卷44期 9658-9666页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 AMBER FORCE-FIELD; CRYSTAL-STRUCTURE; ANGSTROM RESOLUTION;

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            19. Visualizing potential energy curves and conformations on ultra high-resolution display walls

            【外文期刊】 Kirschner, Karl N. ; Reith, Dirk ; 等 《Journal of molecular graphics & modelling》 2015年62卷 174-180页

            【关键词】 Force field; Visualization; Hydrocarbon;

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            20. A riboswitch separated from its ribosome-binding site still regulates translation

            【外文期刊】 Schroeder, Griffin M. ; Akinyemi, Olayinka ; 等 《Nucleic Acids Research》 2023年51卷5期 2464-2484页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MESSENGER-RNA; PREQ(1)-II RIBOSWITCH; MOLECULAR-MECHANISM;

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            21. Accelerating all-atom protein folding simulations through reduced dihedral barriers

            【外文期刊】 Endres RG ; Endres RG ; 等 《Molecular simulation》 2005年31卷11期 773-777页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 protein folding; molecular dynamics; force field;

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            22. Structural analysis of substance P using molecular dynamics and NMR spectroscopy

            【外文期刊】 Corcho FJ ; Salvatella X ; 等 《Journal of peptide science: An official publication of the European Peptide Society》 2007年13卷11期 728-741页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 AMBER; substance P; molecular dynamics;

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            23. Nuclear magnetic resonance reveals a two hairpin equilibrium near the 3 '-splice site of influenza A segment 7 mRNA that can be shifted by oligonucleotides

            【外文期刊】 Kauffmann, Andrew D. ; Kennedy, Scott D. ; 等 2022年28卷4期 508-522页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 influenza; splicing; hairpin target;

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            24. Comparing Bound and Unbound Protein Structures Using Energy Calculation and Rotamer Statistics

            【外文期刊】 Kerstin Koch ; Frank Zollner ; 等 《In silico biology: An international on computational biology》 2002年2卷3期 351-368页 MEDLINE

            【关键词】 rotamer library; flexible protein-protein docking; energy calculations;

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            25. Structural insights into protein-uranyl interaction: towards an in silico detection method

            【外文期刊】 Pible O ; Guilbaud P ; 等 《Biochimie》 2006年88卷11期 1631-1638页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 actinide; hard Lewis acid; structural analysis;

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            26. Comprehensive evaluation of the MM-GBSA method on bromodomain-inhibitor sets.

            【外文期刊】 Süleyman Selim,Çınaroğlu ; Emel,Timuçin ; 《Briefings in bioinformatics》 2020年21卷6期 2112-2125页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Amber force fields; MM-GBSA; acetyl-lysine binding pocket;

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            27. A Practical Guide to All-Atom and Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations Using Amber and Gromacs: A Case Study of Disulfide-Bond Impact on the Intrinsically Disordered Amyloid Beta. oa

            【外文期刊】 Pamela,Smardz ; Midhun Mohan,Anila ; 等 《International journal of molecular sciences》 2024年25卷12期 SCIMEDLINE

            【关键词】 Amber; Martini; SIRAH;

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            28. HIFs: New arginine mimic inhibitors of the Hv1 channel with improved VSD-ligand interactions

            【外文期刊】 Zhao, Chang ; Hong, Liang ; 等 2021年153卷9期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 GATED PROTON CHANNEL; UNNATURAL AMINO-ACIDS; SUPPRESSOR TRANSFER-RNAS;

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            29. Hot-Spot Mapping of the Interactions between Chymosin and Bovine /e-Casein

            【外文期刊】 Jesper Sorensen ; David S. Palmer ; 等 《Journal of Agricultural and Food Chemistry》 2013年61卷33期 7949-7959页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MM-PBSA; molecular dynamics; amber force field;

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            30. Molecular dynamics simulations reveal the parallel stranded d (GGGA)3GGG DNA quadruplex folds via multiple paths from a coil-like ensemble

            【外文期刊】 Pokorna, Pavlina ; Mlynsky, Vojtech ; 等 《International Journal of Biological Macromolecules: Structure, Function and Interactions》 2024年261卷Pt.2期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 G-Quadruplex; Folding; Molecular dynamics;

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            31. Combining Electrospray Mass Spectrometry (ESI-MS) and Computational Techniques in the Assessment of G-Quadruplex Ligands: A Hybrid Approach to Optimize Hit Discovery

            【外文期刊】 Ribaudo, Giovanni ; Ongaro, Alberto ; 等 2021年64卷18期 13174-13190页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; MONOVALENT ION PARAMETERS; HUMAN TELOMERIC DNA;

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            32. Linking ligand-induced alterations in androgen receptor structure to differential gene expression: A first step in the rational design of selective androgen receptor modulators

            【外文期刊】 Kazmin D ; Prytkova T ; 等 《Molecular Endocrinology》 2006年20卷6期 1201-1217页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 BONE-MINERAL DENSITY; POSTMENOPAUSAL WOMEN; ESTROGEN-RECEPTOR;

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            33. Activation mechanism of the human Smoothened receptor

            【外文期刊】 Bansal, Prateek D. ; Dutta, Soumajit ; 等 《Biophysical Journal》 2023年122卷7期 1400-1413页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; PROTEIN-COUPLED RECEPTORS; GENERAL FORCE-FIELD;

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            34. Computed interactions of berenil with restricted foldamers of c-MYC DNA G-quadruplexes

            【外文期刊】 Bowleg, Jerrano L. ; Mikek, Clinton G. ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2024年42卷3/4期 2162-2169页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 G-quadruplex DNA; molecular dynamics simulations; diminazene;

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            35. Binding Estimation after Refinement, a New Automated Procedure for the Refinement and Rescoring of Docked Ligands in Virtual Screening

            【外文期刊】 Rastelli G ; Degliesposti G ; 等 《Chemical biology and drug design》 2009年73卷3期 283-286页

            【关键词】 AMBER; BEAR; binding free energy;

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            36. Molecular dynamics simulation of mammalian 15S-lipoxygenase with AMBER force field

            【外文期刊】 Moin, S.T. ; Hofer, T.S. ; 等 《European Biophysics Journal》 2011年40卷6期 715-726页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 15S-lipoxygenase; AMBER force field parameterization; Molecular dynamics simulation;

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            37. A charge-modified general amber force field for phospholipids: improved structural properties in the tensionless ensemble

            【外文期刊】 Slingsby, Jason G. ; Vyas, Shubham ; 等 《Molecular simulation》 2015年41卷16/18期 1449-1458页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol; phospholipid; G09;

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            38. AMBER force-field parameters for phosphorylated amino acids in different protonation states: phosphoserine, phosphothreonine, phosphotyrosine, and phosphohistidine

            【外文期刊】 Homeyer N ; Horn AHC ; 等 《Journal of molecular modeling》 2006年12卷3期 281-289页 SCISCIE

            【关键词】 AMBER; parameters; phosphorylated amino acids;

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            39. Calculations on the low energy conformers of N-acetyl-O-alanyl-D-alanine

            【外文期刊】 Frau J. ; Munoz F. ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 1998年45卷2期 119-133页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Conformations of d-alanyl-o-alanine; Beta-lactam; Structural overlay;

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            40. Binding of the peptide deformylase on the ribosome surface modulates the exit tunnel interior

            【外文期刊】 McGrath, Hugo ; Cernekova, Michaela ; 等 《Biophysical Journal》 2022年121卷23期 4443-4451页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 AMBER FORCE-FIELD; MOLECULAR-DYNAMICS; STRUCTURAL INSIGHT;

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