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            1. Optical spectroscopic elucidation of beta-turns in disulfide bridged cyclic tetrapeptides

            【外文期刊】 Borics A ; Murphy RF ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2007年85卷1期 1-11页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cyclic peptides; VCD; ECD;

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            2. Design, Molecular Modeling, MD Simulations, Essential Dynamics, ADMET, DFT, Synthesis, Anti-proliferative, and Apoptotic Evaluations of a New Anti-VEGFR-2 Nicotinamide Analogue

            【外文期刊】 Eissa, Ibrahim H. ; Elkaeed, Eslam B. ; 等 2023年29卷36期 2902-2920页

            【关键词】 Nicotinamide derivative; anticancer; VEGFR-2;

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            3. Microsolvation of lithium cation in xenon clusters: An octahedral growth pattern

            【外文期刊】 Slama, Marwa ; Habli, Hela ; 等 2022年116卷

            【关键词】 Basin-hopping; Monte-carlo simulations; Potential model;

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            4. Design of Potential IKK-beta Inhibitors using Molecular Docking and Molecular Dynamics Techniques for their Anti-cancer Potential

            【外文期刊】 Singh, Salam Pradeep ; Hussain, Iftikar ; 等 《Current computer-aided drug design》 2021年17卷1期 83-94页

            【关键词】 IKK-beta; MD simulation; docking;

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            5. Identification of potential drugs targeting L,L-diaminopimelate aminotransferase of Chlamydia trachomatis: An integrative pharmacoinformatics approach

            【外文期刊】 Sadhasivam, Anupriya ; Vetrivel, Umashankar ; 《Journal of cellular biochemistry.》 2019年120卷2期 2271-2288页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Chlamydia trachomatis (Ct); density functional theory (DFT); docking;

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            6. New horizons of adenosinetriphosphate energetics arising from interaction with magnesium cofactor

            【外文期刊】 Tulub AA ; Stefanov VE ; 《European Biophysics Journal》 2008年37卷8期 1309-1316页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MD DFT; ATP; Mg complexes;

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            7. Flavonoid content of the Libyan Onosma Cyrenaicum: isolation, identification, electronic chemical reactivity, drug likeness, docking, and MD study

            【外文期刊】 Ghazala,Elkwafi ; Najwa,Mohamed ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2022年40卷15/16期 7351-7366页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Onosma Cyrenaicum; Natural products; DFT;

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            8. Isolation and characterization of bioactive compounds of Clematis gouriana Roxb. ex DC against snake venom phospholipase A(2) (PLA(2)) computational and in vitro insights

            【外文期刊】 Muthusamy, Karthikeyan ; Chinnasamy, Sathishkumar ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2017年35卷9/10期 1936-1949页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Naja naja; PLA(2); anti-venom;

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            9. A computational study of the dechlorination of beta-hexachlorocyclohexane (beta-HCH) catalyzed by the haloalkane dehalogenase LinB

            【外文期刊】 Manna, Rabindra Nath ; Dybala-Defratyka, Agnieszka ; 《Archives of Biochemistry and Biophysics》 2014年562卷 43-50页 SCISCIE

            【关键词】 LinB; beta-HCH; Dechlorination;

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            10. Dynamic water networks in cytochrome cbb 3 oxidase

            【外文期刊】 Sharma,V. ; Wikstr?m,M. ; 等 《Biochimica et biophysica acta. Bioenergetics》 2012年1817卷5期 726-734页 SCISCIE

            【关键词】 cbb 3-type cytochrome c oxidase; Continuum electrostatics; Density functional theory (DFT);

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            11. Computational exploration of the effect of molecular medium on the tautomerization of azo prodrug of 5-aminosalicylic acid

            【外文期刊】 Aljaber, Amina S. ; Bani-Yaseen, Abdulilah Dawoud ; 《Journal of molecular graphics & modelling》 2019年86卷 160-169页

            【关键词】 Tautomerism; Azo prodrug; 5-Aminosalicylic acid;

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            12. Integrated molecular and quantum mechanical approach to identify novel potent natural bioactive compound against 2′-O-methyltransferase (nsp16) of SARS-CoV-2

            【外文期刊】 Thomas, Jobin ; Kumar, Sanjit ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2024年42卷3/4期 1999-2012页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 SARS-CoV-2; nsp16; molecular docking;

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            13. Identification of anti-filarial leads against aspartate semialdehyde dehydrogenase of Wolbachia endosymbiont of Brugia malayi: combined molecular docking and molecular dynamics approaches

            【外文期刊】 Amala, Mathimaran ; Rajamanikandan, Sundaraj ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2019年37卷1/2期 394-410页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 lymphatic filariasis; aspartate semialdehyde dehydrogenase; structure-based virtual screening;

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            14. Brussonol and komaroviquinone as inhibitors of the SARS-CoV-2 Omicron BA.2 variant spike protein: A molecular docking, molecular dynamics, and quantum biochemistry approach.

            【外文期刊】 Samuel J M,Santos ; Antoninho,Valentini ; 《Journal of molecular graphics & modelling》 2025年135卷 108914页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Antiviral; DFT; Icetexane diterpene;

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            15. Synthesis, biological evaluation, molecular docking, MD simulation and DFT analysis of new 3-hydroxypyridine-4-one derivatives as anti-tyrosinase and antioxidant agents.

            【外文期刊】 Sara,Sadeghian ; Fateme,Zare ; 等 《Heliyon》 2024年10卷15期 e35281页

            【关键词】 3-Hydroxypyridine-4-one; Anti-tyrosinase; Antioxidant;

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            16. In Silico Drug Design and Analysis of Dual Amyloid-Beta and Tau Protein-Aggregation Inhibitors for Alzheimer's Disease Treatment. oa

            【外文期刊】 Nisha,Job ; Venkatesan S,Thimmakondu ; 等 《Molecules (Basel, Switzerland)》 2023年28卷3期 SCIMEDLINECA

            【关键词】 Alzheimer’s disease; MD simulation; TD-DFT;

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            17. Novel 1,4 benzothiazine 3-one derivatives as anticonvulsant agents: Design, synthesis, biological evaluation and computational studies.

            【外文期刊】 Elaheh,Ataollahi ; Aida,Solhjoo ; 等 《Computational biology and chemistry》 2023年104卷 107870页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Anti-Convulsant; Benzothiazine; DFT;

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            18. Discovery of Pyrano[2,3-c]pyrazole Derivatives as Novel Potential Human Coronavirus Inhibitors: Design, Synthesis, In Silico, In Vitro, and ADME Studies. oa

            【外文期刊】 Abdou K,Allayeh ; Aliaa H,El-Boghdady ; 等 《Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)》 2024年17卷2期 SCIMEDLINE

            【关键词】 ADME; COVID-19; DFT;

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            19. Theoretical investigations of some isolated compounds from Calophyllum flavoramulum as potential antioxidant agents and inhibitors of AGEs.

            【外文期刊】 Houria,Bentoumi ; Abdeslem,Bouzina ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 1-27页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 ADMET prediction; AGEs; DFT study;

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            20. Effect of Water Microsolvation on the Excited-State Proton Transfer of 3-Hydroxyflavone Enclosed in γ-Cyclodextrin. oa

            【外文期刊】 Khanittha,Kerdpol ; Rathawat,Daengngern ; 等 《Molecules (Basel, Switzerland)》 2021年26卷4期 SCIMEDLINECA

            【关键词】 3-hydroxyflavone (3HF); density functional theory (DFT); excited-state proton transfer (ESPT);

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            21. Repurposing benzimidazole and benzothiazole derivatives as potential inhibitors of SARS-CoV-2: DFT, QSAR, molecular docking, molecular dynamics simulation, and in-silico pharmacokinetic and toxicity studies.

            【外文期刊】 Ranjan K,Mohapatra ; Kuldeep,Dhama ; 等 《Journal of King Saud University. Science》 2021年33卷8期 101637页

            【关键词】 ACE2; DFT; MD simulation;

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            22. Synthesis, optical properties, DNA, β-cyclodextrin interaction, hydrogen isotope sensor and computational study of new enantiopure isoxazolidine derivative (ISoXD).

            【外文期刊】 Afnan,Alotayeq ; Siwar,Ghannay ; 等 《Heliyon》 2024年10卷4期 e26341页

            【关键词】 DFT; DNA; Docking;

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            23. Localized Phonon Densities of States at Grain Boundaries in Silicon.

            【外文期刊】 Peter,Rez ; Tara,Boland ; 等 《Microscopy and microanalysis : the official journal of Microscopy Society of America, Microbeam Analysis Society, Microscopical Society of Canada》 1-8页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 DFT (density functional theory); EELS (electron energy-loss spectroscopy); MD (molecular dynamics);

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            24. Computational exploration of the effect of molecular medium on the tautomerization of azo prodrug of 5-aminosalicylic acid.

            【外文期刊】 Amina S,Aljaber ; Abdulilah Dawoud,Bani-Yaseen ; 《Journal of molecular graphics & modelling》 2019年86卷 160-169页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 5-Aminosalicylic acid; ADMP-MD; Azo prodrug;

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            25. Combined Theoretical and Experimental Studies of Sodium Battery Materials.

            【外文期刊】 Eriko,Watanabe ; Sai-Cheong,Chung ; 等 《Chemical record (New York, N.Y.)》 2019年19卷4期 792-798页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 DFT; MD; Na-ion battery;

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            26. Computational Multiscale Study of the Interaction Between the PDMS Polymer and Sunscreen-Related Pollutant Molecules. oa

            【外文期刊】 Stevan,Armaković ; Đorđe,Vujić ; 等 《Molecules (Basel, Switzerland)》 2024年29卷20期 SCIMEDLINECA

            【关键词】 DFT; GFN2-xTB; MD;

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            27. Computational evaluation of quinones of Nigella sativa L. as potential inhibitor of dengue virus NS5 methyltransferase.

            【外文期刊】 Miah,Roney ; Amit,Dubey ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 2024年42卷16期 8701-8711页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 DFT; MD simulation; NS55;

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            28. Spectroscopic Observation and Molecular Dynamics Simulation of Ga Surface Segregation in Liquid Pd-Ga Alloys.

            【外文期刊】 Mathias,Grabau ; Jannis,Erhard ; 等 《Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)》 2017年23卷70期 17701-17706页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 DFT MD; XPS; gallium;

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            29. Anti-inflammatory biomolecular activity of chlorinated-phenyldiazenyl-naphthalene-2-sulfonic acid derivatives: perception from DFT, molecular docking, and molecular dynamic simulation.

            【外文期刊】 Akaninyene D,Udoikono ; Ernest C,Agwamba ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 2023年41卷19期 10136-10160页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Anti-inflammation; DFT; MD simulation;

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            30. Growth Mechanism and Kinetics of Diamond in Liquid Gallium from Quantum Mechanics Molecular Dynamics Simulations.

            【外文期刊】 Yidi,Shen ; Sergey I,Morozov ; 等 《ACS applied materials & interfaces》 2023年15卷27期 33046-33055页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 DFT-MD; Si doping; diamond growth;

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            31. Investigation of 3-Phenylcoumarin Derivatives as Potential Multi-target Inhibitors for Human Cholinesterases and Monoamine oxidases: A Computational Approach.

            【外文期刊】 Ammara,Fayyaz ; Syeda Abida,Ejaz ; 等 《Applied biochemistry and biotechnology》 2024年196卷11期 8389-8409页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 3-Phenylcoumarin; ADMET; Alzheimer’s disease;

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            32. Microsolvation of lithium cation in xenon clusters: An octahedral growth pattern.

            【外文期刊】 Marwa,Slama ; Hela,Habli ; 等 《Journal of molecular graphics & modelling》 2022年116卷 108229页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 ADMP-MD simulations; Basin-hopping; DFT theory;

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            33. Formation Mechanism of Inter-Crosslink in DNA by Nitrogen Oxides Pollutants through A Diazonium Intermediate. oa

            【外文期刊】 Noemi,Hernandez-Haro ; Christian,Solis-Calero ; 等 《International journal of molecular sciences》 2022年23卷18期 SCIMEDLINE

            【关键词】 DFT; DNA; MD;

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            34. In Silico Design of Peptide Inhibitors Targeting HER2 for Lung Cancer Therapy. oa

            【外文期刊】 Heba Ahmed,Alkhatabi ; Hisham N,Alatyb ; 《Cancers》 2024年16卷23期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 HER2-overexpressing cancers; density functional theory (DFT); human epidermal growth factor receptor 2 (HER2);

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            35. A comparative study of the binding modes of SLC-0111 and its analogues in the hCA II and hCA IX active sites using QM/MM, molecular docking, MM-GBSA and MD approaches.

            【外文期刊】 Varun,Chahal ; Sonam,Nirwan ; 等 《Biophysical chemistry》 2020年265卷 106439页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Anti-cancer; DFT; Docking;

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            36. SAR, Molecular Docking and Molecular Dynamic Simulation of Natural Inhibitors against SARS-CoV-2 Mpro Spike Protein. oa

            【外文期刊】 Aqsa,Salamat ; Naveen,Kosar ; 等 《Molecules (Basel, Switzerland)》 2024年29卷5期 SCIMEDLINECA

            【关键词】 COVID-19; density functional theory (DFT); molecular docking (MD);

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            37. Exploring the inhibition mechanism of SARS-CoV-2 main protease by ebselen: A molecular docking, molecular dynamics simulation and DFT approach.

            【外文期刊】 Wanli,You ; Yuandao,Chen ; 《Journal of computational chemistry》 2023年44卷26期 2086-2095页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 DFT; MD; SARS-CoV-2 Mpro;

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            38. Exploring the efficacy of some biologically active compounds as anti-hypertensive drugs: an insightful evaluation through DFT, molecular docking and molecular dynamics simulations.

            【外文期刊】 Sourav,Majumdar ; Anup,Pramanik ; 《In silico pharmacology》 2025年13卷1期 4页

            【关键词】 Anti-hypertensive drugs; DFT; MD simulation;

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            39. Probing solution conformations of l-DOPA: Integration of experiment and simulation via vibrational optical activity.

            【外文期刊】 Monika,Spasovová ; Josef,Kapitán ; 等 《Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy》 2024年313卷 124119页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Conformational equilibrium characterization; DFT spectral simulations; L-DOPA;

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            40. In silico, in vitro VEGFR-2 inhibition, and anticancer activity of a 3-(hydrazonomethyl)naphthalene-2-ol derivative.

            【外文期刊】 Eslam B,Elkaeed ; Reda G,Yousef ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 7986-8001页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 ADMET; DFT; MD simulations;

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