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【中文期刊】 龚道雄 阮晓钢 《中国生物医学工程学报》 2004年23卷1期 73-78页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 提出了一种基于遗传算法和模拟退火算法的DNA多序列比对算法.针对多序列比对的具体特点,指出交叉操作是导致比对计算复杂度提高的原因之一,因而在本研究所提出的多序列比对算法中,取消了遗传算法中通常采用的交叉操作算子,设计了适合多序列比对特点的插...
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- 方法：
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【中文期刊】 景军 何瑶 等 《北京生物医学工程》 2007年26卷4期 377-380页ISTIC
【摘要】 免疫算法(IA)是一种新的基于生物免疫系统的寻优算法.虽然以往的免疫算法有许多优良的计算特性,但在DNA多序列比对(MSA)中已知的免疫算法模型仍有许多不足.本文对已有的免疫算法通过加入免疫算子等进行改进,在保证群体的多样性性能的同时,加入...
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【中文期刊】 李光 王亚东 等 《生物信息学》 2007年5卷2期 78-81页ISTIC
【摘要】 DNALA是一种个人DNA数据隐私保护的方法.该方法能有效的实现对个人DNA数据的隐私保护,但前期数据预处理复杂,而且后期处理精度不高.本文针对DNALA的这些缺点进行改进,形成了Savior算法.Savior算法在数据预处理阶段用双序列比...
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【中文期刊】 杜世平 李海 《四川教育学院学报》 2004年20卷9期 90-92页
【摘要】 目前已获得了大量的生物序列和结构数据,传统研究生物序列的方法已面临挑战,生物学家已经转向能够处理大量数据的统计方法来研究.隐马尔可夫模型(HMM)是一个能够通过可观察的数据很好地捕捉真实空间统计性质的随机模型,该模型用于生物序列分析是生物信...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 林俊杰 郑琳琳 等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷4期 719-728页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 多重PCR甲基化靶向测序数据尚缺乏针对性的比对软件.本研究评估了9种比对方案在处理多重PCR甲基化靶向测序数据时的性能,包括平均CPU运行时间、平均最大内存、平均比对率、F1分数、平均比对速率、比对未通过率和差异甲基化位点,以及比对率受亚硫...
【关键词】 DNA甲基化；多重PCR甲基化靶向测序；比对方案；
- 概要：
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【中文期刊】 张文娟 魏锋 等 《药物分析杂志》 2020年40卷4期 659-663页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:比较松贝与新出现伪品的不同特征,为鉴别检验提供依据.方法:综合性状、聚合酶链式反应一限制性内切酶多样性(PCR-RFLP)法、DNA序列比对、系统进化树以及遗传距离等方法,寻找松贝与新伪品的鉴别要点.结果:该贝母在性状上与松贝正品还是...
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【中文期刊】 刘世才 柴晓杰 等 《实验室检测》 2025年3卷13期 100-102页
【摘要】 目的 探讨中间段向 5'端延长的方法在cDNA末端快速扩增技术(RACE)中的应用.方法 通过多序列比对找到目的基因保守区,利用保守区设计兼并引物,通过实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增出中间段;根据得到的中间序列设计巢式引物,...
【关键词】 淀粉磷酸化酶基因；中间段延长；cDNA末端快速扩增技术；
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【学位论文】 作者：郭振亚 导师：吉国力 厦门大学 系统科学 系统工程（硕士） 2009年
【摘要】 本文针对生物DNA多序列比对问题，提出了基于LZ算法的渐进式多序列比对方法-LZ_MSA，其空间向量是采用10种复制方式进行构造，使得多序列比对方法LZ_MSA中的两两比对时间复杂度为D(N log N)。该方法特点是：序列比对转为向量比对...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王彩云 侯俊 等 《微生物学杂志》 2024年44卷3期 49-59页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为研究贵州天麻主产区蜜环菌的生物种及其遗传多样性,在贵州天麻主产区采集蜜环菌样本,利用双抗培养基分离菌索或子实体、菌材,定期观察并统计蜜环菌母种及原种的生物学特性;挑取菌索提取总DNA,利用真菌通用引物 ITS和延伸因子 EF1-α基因扩增...
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【中文期刊】 刘心雨 姜丹 等 《中国现代中药》 2024年26卷1期 10-17页ISTICCSCDCA
【摘要】 目的:基于内转录间隔区(ITS)序列,运用DNA条形码技术对滇鸡血藤药材及其混伪品进行序列比对分析,根据单核苷酸多态性位点构建滇鸡血藤单倍型数据库,建立快速、准确鉴定滇鸡血藤的分子鉴定方法.方法:以滇鸡血藤及其混伪品为材料,利用DNA提取试...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 胡爽 陈长波 《计算机应用研究》 2024年41卷12期 3777-3785页
【摘要】 序列比对是基因组数据分析的关键一环,提高其比对效率对推动测序技术在医学、古生物学等领域的应用具有重要意义.针对BWA算法两大步骤之一的SAMSE存在冗余读取索引导致效率欠佳的问题,提出了新的算法BWA*.其通过运用流程优化消除了 SAMSE...
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【中文期刊】 董柯清 王雷立 等 《西北植物学报》 2023年43卷1期 21-28页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为探究玉米生物钟基因ZmPRR1-2的功能及表达特性,解析玉米光周期途径调控开花的机理,该研究以玉米骨干自交系'黄早4'为材料,克隆ZmPRR1-2基因的cDNA序列并进行生物信息学分析;利用qRT-PCR技术对该基因进行组织特异性表达分析...
- 概要：
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【中文期刊】 陈梅莲 曾见芬 等 《现代检验医学杂志》 2023年38卷2期 75-80,159页ISTICCA
【摘要】 目的 基于液相芯片技术建立一种可同时快速检测6种临床常见血流感染厌氧菌的方法.方法 通过GenBank寻找脆弱拟杆菌、厌氧消化链球菌、具核梭杆菌、中间普雷沃菌、产气荚膜梭菌和痤疮丙酸杆菌的16S rDNA基因序列,经序列比对分析,选择菌内保...
- 概要：
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【中文期刊】 余科 麻智芳 等 《水生生物学报》 2022年46卷7期 939-950页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为探究贵州从江及邻近的榕江、黎平和锦屏以及广西三江、湖南的通道和靖州等地稻田鲤Cyprinus carpio Linnaeus的遗传结构及系统关系,研究基于mtDNA Cyt b基因测序技术对6个地理群体进行了分析.447尾稻田鲤中共界定出...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 曹萍 马志杰 等 《中国草食动物科学》 2022年42卷4期 18-22页
【摘要】 为从分子水平上揭示青海省囊谦青牦牛的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景,对31头囊谦青牦牛mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序和序列比对分析,确定序列变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析...
【关键词】 囊谦青牦牛；mtDNA D-loop区；遗传多样性；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 马玉兰 曹萍 等 《中国牛业科学》 2022年48卷6期 50-54页
【摘要】 [目的]旨在从分子水平上揭示并探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景.[方法]对 52 头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop 区序列进行PCR扩增、测序后,再进行序列比对分析并使用生物信息学软件确定其核苷酸变异...
【关键词】 唐古拉山牦牛；mtDNA D-loop区；遗传多样性；
- 概要：
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【中文期刊】 张梦圆 张杨 等 《中国动物传染病学报》 2022年30卷3期 173-180页
【摘要】 为了对驽巴贝虫(Babesia caba1li)HSP70基因进行原核表达获得生物信息学数据.本试验以新疆地方驽巴贝斯虫株截短HSP70基因组DNA为模板进行PCR扩增,序列比对分析,构建重组表达质粒HSP70-pET32a,经过IPTG诱...
- 概要：
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【中文期刊】 胡蝶 皮之云 等 《法医学杂志》 2019年35卷4期 444-447页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 构建18S rDNA克隆文库检测滇池硅藻种群的多样性.方法 用硅藻18S rDNA特异性引物对滇池6个采集点水样的硅藻进行DNA扩增,构建硅藻18S rDNA克隆文库,随机挑取克隆子进行测序,通过BLAST进行序列比对,分析滇池硅藻种...
- 概要：
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【中文期刊】 伊璐 郝振华 等 《遗传学报》 2007年34卷12期 1088-1096页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 JARID1C是高度保守的ARID蛋白家族的成员,该家族的蛋白参与并引起一系列生物学效应,如染色质重塑、细胞增殖与分裂、个体发育以及基因转录调控.JARID1C在人脑中表达丰富,对脑的发育和维持正常功能具有重要作用,突变可引起智力迟钝.本研...
- 概要：
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【中文期刊】 雷初朝 陈宏 等 《遗传学报》 2005年32卷5期 481-486页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 利用Clustal W软件对我国5个家驴品种26个个体的mtDNA D-loop区399 bp序列进行同源序列比对,共检测到核苷酸多态位点23个,只有转换1种类型,约占所测核苷酸的5.76%.以欧洲驴D-loop作对照,我国5个家驴品种D-...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李瑞雪 李承辉 等 《病毒学报》 2025年41卷1期 173-183页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 本文旨在监测广西南宁猪场猪繁殖与呼吸综合征病病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行情况.采集2022年广西壮族自治区南宁市4个不同规模化猪场的9322...
【关键词】 猪繁殖与呼吸障碍综合征；ORF5；NSP2；
- 概要：
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【中文期刊】 蔡莹 魏建波 等 《中华医院感染学杂志》 2015年10期 2161-2164页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的：建立16S rDNA PCR测序（PCR‐SBT）方法快速鉴定败血症患者体内的细菌菌种。方法对5株标准菌株及临床常见的20属27种细菌进行16S rDNA保守序列PCR扩增，扩增产物经纯化后直接测序，并利用Blast软件从GenBan...
【关键词】 16S rDNA；多聚酶链反应-测序方法；败血症；
- 概要：
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【中文期刊】 阴环 李晓晨 《生态学报》 2015年35卷9期 3052-3059页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 淡足青步甲Chlaenius pallipes是一类重要的天敌昆虫.为了揭示秦岭地区淡足青步甲的种群遗传分化和种群历史动态,对13个地理种群151个个体的线粒体Cox 1-tRNALeu-Cox2片段DNA序列进行了分析.序列比对后的全长为...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 张雅琴 宋明 等 《世界科学技术-中医药现代化》 2014年8期 1725-1729页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的：采用ITS2序列对中药材半夏及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究，为规范中药材半夏的市场流通，保障临床用药安全及疗效提供参考依据。方法：对半夏及其混伪品共59份样品，通过DNA提取及聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列，并采用Me...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 陈涛 王小蓉 等 《遗传》 2012年34卷11期 1475-1483页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 中国樱桃(Cerasus pseudocerasus Lindl.)是我国古老的具有较高经济价值的栽培果树之一,个别性状突 出的野生中国樱桃是对现有栽培品种进行遗传改良的重要资源.四川野生中国樱桃资源丰富,为了明确该地区 野生中国樱桃群体的...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 盛德乔 FATHMANC Garrison 《西安交通大学学报（医学版）》 2012年33卷2期 252-255页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 克隆小鼠Deaf1基因变构体全长cDNA序列.方法 利用RT-PCR技术从非肥胖糖尿病(non-obese diabetic,NOD)小鼠胰淋巴结总RNA中克隆Deaf1变构体全长cDNA,并做多重序列比对.结果 从NOD小鼠胰淋巴结...
- 概要：
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【中文期刊】 牟希东 宋红梅 等 《生物技术通报》 2012年9期 185-190页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 采用直接测序法分析美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)3个种群(金龙鱼、红龙鱼和青龙鱼)共24个个体的线粒体D-loop区的遗传变异特征.经序列比对、分析,金龙鱼、红龙鱼和青龙鱼的D-loop序列不仅在个体间存在位点序...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 祝钦泷 谢先荣 等 《西北植物学报》 2011年31卷6期 1097-1104页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为研究观赏植物彩叶草的光合特性,根据Rubisco活化酶(RCA)的保守区域简并扩增获得的保守片段,采用RACE方法,克隆了RCA全长cDNA,命名为SsRCA(GenBank登录号FJ787730).SsRCA cDNA全长1 548bp...
【关键词】 彩叶草；Rubisco活化酶；分子特征；
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- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 谢凯 徐灵 等 《水生生物学报》 2011年35卷5期 783-789页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 实验利用灭活的嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)诱导处于四龄池蝶蚌(Hyriopsis schlegelii)14h,将诱导后的池蝶蚌血细胞的总RNA进行逆转录,用LD-PCR法合成双链cDNA,从而首次成功构建池蝶蚌...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 周兴文 李纪元 等 《生物技术通报》 2011年6期 58-64页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 利用RT-PCR和RACE方法,从我国珍稀植物金花茶(Camellia nitidissima)花瓣中获得了查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)基因的cDNA全长,命名为Cn-CHS,GenBank登录号HQ26980...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 江文波 赵冬梅 等 《水生生物学报》 2011年35卷4期 572-577页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 合子阻滞基因1(Zygote arrest 1,Zar1)及Zar1-like(Zar1L)作为母源基因,在小鼠卵子-合子转变过程中发挥着极其重要的作用.研究以斑马鱼为对象,采用cDNA末端快速克隆(RACE)技术获得了Zar1L cDNA...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨同文 王红星 等 《西北植物学报》 2010年30卷2期 215-222页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 以冷处理的大白菜幼叶为材料,采用RT-PCR技术获得1条新的冷相关基因序列(BpCOR,GenBank登录号DQ491005).该基因编码129个氨基酸的亲水多肽,预测其N端含有叶绿体转运肽序列.多序列比对显示,BcCOR蛋白与拟南芥及其它...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 陈玉卿 李海峰 等 《中华耳科学杂志》 2010年08卷4期 382-386页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 评估线粒体单倍型对一个氨基糖甙类药物致聋家系中12S rRNA A827G突变表型的影响.方法 用基因组DNA抽提试剂盒提取外周血DNA,PCR扩增家系成员mtDNA 12S rRNA基因进行A827G突变的测序验证,对携带A827G...
- 概要：
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【中文期刊】 赵亚娥 成慧 《昆虫学报》 2009年52卷11期 1273-1279页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 [目的]分析毛囊蠕形螨Demodex folliculorum (D.f) 和皮脂蠕形螨D.Brevis (D.b.)基因组DNA的多态性,对相关条带进行测序分析.[方法]采用改良小昆虫DNA提取法提取两种人体蠕形螨基因组DNA,选择RAP...
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- 方法：
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【中文期刊】 白音巴图 胡甜园 等 《生物技术通报》 2009年10期 132-135页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 过渡蛋白1基因(tnp1)是圆形精子细胞特异表达的基因.绵羊tnp1基因的DNA序列至今尚未报道.为了开展绵羊圆形精子细胞标记基因的研究,根据其他物种tnp1基因cDNA的保守序列设计引物,从成年蒙古绵羊睾丸中提取总RNA,采用RT-PCR...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 邱服斌 刘琳 等 《生物技术通报》 2008年1期 124-127页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 采用CTAB法提取了人参(Panax ginseng)根基因组DNA,根据植物叶绿体16S rDNA和线粒体18SrDNA与细菌16S rDNA序列具有高度同源性,用扩增细菌16S rDNA的一对通用引物(8f,1492r)扩增了人参细胞器...
【关键词】 人参；叶绿体16S rDNA；线粒体 18S rDNA；
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 郑美琴 吴颖 等 《中国实验血液学杂志》 2008年16卷5期 1096-1099页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 本研究旨在对14例临床诊断的温州籍轻型β珠蛋白合成障碍性贫血患者的血液学及分子生物学进行分析,测定其PCR产物序列,找出引起该病的致病突变位点并进行单核苷酸多态性分析.对临床诊断的患者抽取静脉血,EDTA-K2抗凝,及时提取模板,设计相关引...
【关键词】 β-殊蛋白合成障碍性贫血；β-珠蛋白基因；基因突变；
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 弓雪莲 郭葆玉 等 《第二军医大学学报》 2008年29卷1期 92-94页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:通过对人胸腺素α原(prothymosin-α,ProTα)cDNA测序来分析人胸腺素α原的序列多态性.方法:应用RT-PCR技术从健康人外周血及健康新生儿脐带血中扩增胸腺素α原cDNA,纯化后与克隆载体pMD18-T连接,进行克隆测...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 罗勇军 高文祥 等 《第三军医大学学报》 2007年29卷3期 191-192页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 测定中国汉族人线粒体DNA region V 9 bp缺失多态性频率.方法 抽取26例健康无血缘关系汉族人静脉血,提取总DNA,扩增线粒体DNA region V ,并测序,测序结果与剑桥修正序列比对.结果 中国汉族人线粒体DNA r...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 葛威 翁屹 等 《生物学杂志》 2006年23卷4期 15-17页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 以Anderson标准序列作为对照,用GeneDOC软件确定42个安徽汉族无关个体的mtDNA高变区I序列在线粒体基因组中的位置,通过序列比对软件clustalX分析安徽汉族群体mt DNA高变区I序列多态性,共检测到38种单倍型和57个变...
- 概要：
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