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【中文期刊】 Matthew Brendel Chang Su  等 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2022年20卷5期 814-835页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Single-cell RNA sequencing(scRNA-seq)has become a routinely used technique to quan-tify the gene expression profile of t...

【关键词】 Single-cell RNA sequencing； Single-cell sequencing； Deep learning；

【中文期刊】 《植物学报（英文版）》 2012年54卷2期 73-86页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 In plants,non-coding small RNAs play a vital role in plant development and stress responses.To explore the possible role...

【关键词】 Non-coding small RNAs； jasmonate； Arabidopsis；

【中文期刊】 Xiuquan Wang Mian Umair Ahsan  等 《定量生物学（英文版）》 2023年11卷3期 287-296页

【摘要】 Background:Oxford Nanopore long-read sequencing technology addresses current limitations for DNA methylation detection t...

【关键词】 Nanopore； long-read sequencing； deep learning；

【中文期刊】 Zhengyu An Aidi Jiang  等 《中国神经再生研究（英文版）》 2025年20卷3期 646-659页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Neurodegenerative diseases cause great medical and economic burdens for both patients and society;however,the complex mo...

【关键词】 Alzheimer's disease； ataxia； deep learning；

【中文期刊】 高炳熙 吴华煊  等 《遗传》 2025年47卷3期 382-392页 MEDLINEISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 单细胞转录组测序(single-cell transcriptome sequencing,scRNA-seq)通过高通量获取单细胞转录丰度数据,能够深入揭示细胞类型、亚型组成、特异性基因标记及功能差异,广泛应用于动植物发育生物学和重要性状...

【关键词】 单细胞测序； 深度学习； 图像化处理；

【中文期刊】 Pengyi Yu Cai Wang  等 《中国癌症研究（英文版）》 2024年36卷5期 545-561页 SCIMEDLINEISTICCSCDCA

【摘要】 Objective:The assessment of lateral lymph node metastasis(LLNM)in patients with papillary thyroid carcinoma(PTC)holds gr...

【关键词】 Bulk RNA sequencing； convolutional neural networks； deep learning；

【中文期刊】 张立  《畜牧兽医杂志》 2024年43卷1期 118-121页

【摘要】 下一代测序(NGS),也被称为深度、高通量或大规模并行测序,可一次同时测定几十万到几百万条核酸分子序列.在畜禽疫病中应用于复杂诊断和密集监测、病因学、基因组学、进化和流行病学,以及宿主-病原体相互作用和感染生物学等方面.本综述首先简要介绍了...

【关键词】 深度测序技术； 畜禽疫病； 诊断；

【中文期刊】 徐可欣 李国壮  等 《罕见病研究》 2024年3卷3期 295-303页

【摘要】 Ehlers-Danlos综合征(EDS)是一组罕见的遗传性结缔组织疾病,以关节过度活动、皮肤过度伸展和组织脆弱为主要特征.EDS的临床和遗传异质性较强,误诊、漏诊均较为常见,基因检测是明确诊断的重要方式.EDS部分亚型已有初步的基因型-表...

【关键词】 Ehlers-Danlos综合征； 临床遗传学； 基因型-表型关联；

【中文期刊】 Juexiao Zhou Bin Zhang  等 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2022年20卷5期 959-973页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 The accurate annotation of transcription start sites(TSSs)and their usage are critical for the mechanistic understanding...

【关键词】 Transcription start site； Machine learning； Deep learning；

【中文期刊】 Jian Weng Dong-Dong Li  等 《中国神经再生研究（英文版）》 2020年15卷7期 1360-1367页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Peripheral nerve injury may trigger changes in mRNA levels in the spinal cord. Finding key mRNAs is important for improv...

【关键词】 deep sequencing； expression profile； gene therapy；

【中文期刊】 Zijian Zhou Yan Cao  等 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2020年18卷3期 241-255页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Fusarium ear rot (FER) caused by Fusarium verticillioides is one of the most common dis-eases affecting maize production...

【关键词】 Maize； MicroRNA； Fusarium ear rot；

【中文期刊】 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2018年16卷1期 17-32页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Advances in biological and medical technologies have been providing us explosive volumes of biological and physiological...

【关键词】 Deep learning； Big data； Bioinformatics；

【中文期刊】 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2018年16卷5期 320-331页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) is a powerful technique to analyze the tran-scriptomic heterogeneities at the sin...

【关键词】 Single cell RNA sequencing； Deep variational autoen-coder； Dimension reduction；

【中文期刊】 《生物医学与环境科学（英文版）》 2016年29卷4期 239-247页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 ObjectiveTo investigate distinctive features in drug-resistant mutations(DRMs) and interpretations for reverse transcrip...

【关键词】 HIV-1 drug-resistant mutation； Drug-resistance interpretation； Proviral DNA；

【中文期刊】 《植物学报（英文版）》 2013年55卷7期 576-585页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【关键词】 Cotton fiber； deep sequencing； expressed sequence tag assembly；

【中文期刊】 万传璐 闫一芳  等 《中国实验动物学报》 2016年24卷5期 441-447页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的：由于原肠期细胞的剧烈运动，在斑马鱼胚胎的背侧汇聚形成了称为胚盾（ shield organizer）的结构，是胚胎发育的信号组织中心，在背腹轴建立和胚层诱导过程中具有关键作用。系统鉴定在胚盾特异表达的基因，可为进一步探讨胚盾形成的机制...

【关键词】 斑马鱼； 胚盾； 流式细胞分选；

【中文期刊】 刘思玉 谢龙  等 《华西口腔医学杂志》 2014年4期 400-403页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的：构建分析口腔鳞状细胞癌（OSCC）中差异表达的微小RNA（miRNA）和mRNA表达谱，初步预测与OSCC发生和发展相关的miRNA和mRNA。方法运用高通量深度测序技术构建miRNA和mRNA表达谱，通过Gene Ontology功...

【关键词】 口腔鳞状细胞癌； 微小RNA； mRNA；

【中文期刊】 张毓婷 王敏华  等 《遗传》 2014年36卷9期 921-933页 MEDLINEISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 热激蛋白70家族(HSP70)是一类在植物中高度保守的分子伴侣蛋白,在细胞中协助蛋白质正确折叠.文章利用隐马可链夫模型(HMM)在雷蒙德氏棉(Gossypium raimondiiL.)全基因组范围内进行HSP70基因家族成员进化分析,共得...

【关键词】 棉纤维； HSP70家族； 深度测序；

【中文期刊】 高飞 孙鹏  等 《遗传》 2014年5期 485-494页 MEDLINEISTICPKUCSCDCABP

【摘要】 蒙古沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)是生长在荒漠中的木本植物,对于我国西北部干旱、半干旱区域的植被维护与恢复具有重要价值。蒙古沙冬青对干旱、低温等多种逆境具有较高的耐受性,是研究林木耐受逆境生理与分子机制的合适材...

【关键词】 蒙古沙冬青； microRNAs； 高通量测序；

【中文期刊】 陈凤萍 吴霖  等 《中国医学科学院学报》 2014年36卷5期 466-469页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的 对与精神分裂症相关的胆囊收缩素受体A基因(CCKAR)进行深度测序,寻找精神分裂症相关位点.方法 采用Haloplex目标富集系统对8个病例样本与8个正常对照样本进行CCKAR区域的深度测序,利用IGV软件去除结果中的假阳性,然后利用...

【关键词】 精神分裂症； 胆囊收缩素受体A基因； 深度测序；

【中文期刊】 白晋伟 沈百荣  《医学信息学杂志》 2018年39卷1期 8-11,32页 ISTICCA

【摘要】 介绍深度测序技术对生物医学研究和社会的影响,讨论深度测序数据解析及其在健康管理应用中所面临的挑战和机遇,包括数据存取、计算技术、数据应用、人才缺失与跨学科人才教育等方面.

【关键词】 健康管理； 深度测序； 数据分析；

【中文期刊】 刘凤姣 杨海红  等 《生物技术通讯》 2017年28卷6期 715-724页 ISTICCA

【摘要】 目的:运动神经源性聚集蛋白诱导骨骼肌表面乙酰胆碱受体(AChR)聚集簇的形成是神经肌肉接头(NMJ)的关键步骤.本研究旨在利用高通量深度测序技术,筛选调控成肌分化和AChR聚集簇形成相关的关键信号通路和潜在的重要靶基因.方法:建立小鼠成肌细...

【关键词】 神经肌肉接头； C2C12； 聚集蛋白；

【中文期刊】 李武县 陈红  等 《广东医学》 2017年38卷19期 2950-2957页 ISTICCA

【摘要】 目的 检测唐氏综合征(DS)患儿与健康儿童外周血单个核细胞miRNA表达的差异,探索DS患儿21号3染色体扰乱2倍体基因表达和免疫缺陷的形成机制.方法 收集6例标准核型DS患儿(DS组)和6例健康儿童(non-DS组)外周血标本,分别提取各...

【关键词】 微小RNA； 唐氏综合征； 外周血单核细胞；

【中文期刊】 闫琳琳 张恒辉  等 《中华实验和临床感染病杂志（电子版）》 2016年10卷2期 151-156页 ISTICCA

【摘要】 目的：利用Ion Torrent PGM深度测序技术，探讨乙型肝炎病毒e抗原（HBeAg）阳性慢性乙型肝炎（CHB）患者乙型肝炎病毒（HBV）基本核心启动子和前C区突变特征。方法收集HBeAg阳性CHB患者血清样本25例，提取HBV DNA...

【关键词】 肝炎病毒,乙型； 基本核心启动子； 前C区；

【中文期刊】 宋鑫 张艳宇  等 《军事医学》 2016年40卷4期 311-315页 ISTICCSCDCA

【摘要】 目的：探索潜伏感染状态下人巨细胞病毒（HCMV）所编码微小RNA（microRNA，miRNA），为研究其在HCMV病毒学和潜伏感染机制奠定基础。方法通过HCMV感染THP－1细胞构建HCMV潜伏感染细胞模型，采用高通量Solexa测序平台...

【关键词】 人巨细胞病毒； 潜伏感染； 深度测序；

【中文期刊】 张樱 陈昊  等 《解放军医学院学报》 2013年6期 647-649页 ISTICCA

【摘要】 目的探讨定向转录组测序技术在铜绿假单胞菌的应用，为研究基因组的注释和表达调控提供重要手段。方法抽提菌体RNA并去除rRNA，连接接头后用特异性引物反转录成cDNA，PCR扩增后测序；所得数据采用Bowtie和rSeq软件分析。结果在所有26...

【关键词】 铜绿假单胞菌； 定向高通量测序； 转录组；

【中文期刊】 《定量生物学（英文版）》 2018年6卷4期 359-368页

【摘要】 Background:The Oxford MinION nanopore sequencer is the recently appealing third-generation genome sequencing device that...

【关键词】 nanopore sequencing； bi-directional WaveNets； base-calling；

【中文期刊】 郭清艳 钮冰  等 《食品安全质量检测学报》 2017年8卷4期 1332-1338页

【摘要】 下一代测序技术是DNA测序的一项革命性创新技术,其特点是方便快速、高效准确、信息容量大,可实现物种基因组或转录组的深入研究.现阶段,食源性致病微生物导致的全球食品安全问题不断发生,下一代测序技术可在信息缺乏或多种微生物存在的情况下对食源性致...

【关键词】 食源性致病菌； 深度测序； 第二代测序技术；

【中文期刊】 吴望军 陈杰  等 《畜牧兽医学报》 2013年44卷12期 1857-1866页

【摘要】 microRNA(miRNA)是一类功能强大的小RNA分子,大量的研究表明miRNA在生物的各种生命活动中发挥着重要的作用.本文首先对miRNA的发现、生成与作用机制进行了简单的阐述,并对测序技术的发展历史与新一代测序技术的出现进行了回顾;...

【关键词】 microRNA； miRNA芯片； 深度测序；

【中文期刊】 苏秀秀 龙法宁  《基因组学与应用生物学》 2024年43卷2期 241-249页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 深度模型在单细胞转录组测序(single-cell transcriptome sequencing,scRNA-seq)中以单细胞分辨率提取基因的特征表达,但是scRNA-seq采集过程中存在"dropout"(数据缺失)问题,造成基因表...

【关键词】 单细胞测序； 转录组； 数据扩散算法；

【中文期刊】 李怡凡 王怡  等 《生物工程学报》 2023年39卷9期 3710-3723页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA

【摘要】 作为细胞结构与功能的中心参与者,蛋白质一直是生命科学研究的中心主题.分析蛋白质序列变异对其结构、功能的影响,是研究蛋白的重要手段之一.近年一种称为深度突变扫描(deep mutational scanning,DMS)的技术被广泛应用于蛋白...

【关键词】 深度突变扫描； 文库构建； 高通量测序；

【中文期刊】 秦碧萱 张妍春  等 《中华眼底病杂志》 2023年39卷1期 68-73页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 眼内淋巴瘤（IOL）是一种罕见的淋巴细胞恶性肿瘤，组织细胞学病理检查是诊断IOL的金标准。但由于常用的玻璃体样本中淋巴瘤细胞较少且易变性，对标本的处理及病理学专家要求较高，容易出现假阴性的结果，延误疾病的及时诊断及治疗。因此，许多辅助诊断I...

【关键词】 眼内淋巴瘤； 诊断； 眼内液；

【中文期刊】 李妍妍 贾小涵  等 《中华地方病学杂志》 2023年42卷11期 868-875页 ISTICPKUCA

【摘要】 目的:探究过量氟暴露对小鼠睾丸微小RNA（microRNA，miRNA）表达谱的影响，并探讨氟的生殖毒性机制。方法:24只8周龄C57BL/6J雄性小鼠，体重为（23 ± 1）g，按体重采用随机数字表法分为对照组[0 mg/L氟化钠（NaF...

【关键词】 氟； 睾丸； 微小RNA；

【中文期刊】 《医学前沿》 2022年16卷2期 240-250页 SCIMEDLINEISTICCSCD

【摘要】 The continuing discoveries of novel classes of RNA modifications in various organisms have raised the need for improving...

【关键词】 small RNAs； 2'-O-methylation； sequencing；

【中文期刊】 王丽敏 顾燕妮  等 《中华实用儿科临床杂志》 2021年36卷21期 1636-1641页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 目的:评估缺氧缺血(HI)自我复苏的新生SD大鼠模型外周血微小RNA(miRNA)指标。方法:3只孕鼠所产幼鼠按窝别分为3组，A组为空白对照组，B组为HI组，C组备用。采用高通量深度测序方法比较对照组和HI组新生4日龄SD大鼠外周血中miR...

【关键词】 微小RNA； 二代深度测序； 缺氧缺血；

【中文期刊】 高涛 刘蕾  等 《中国药学（英文版）》 2022年31卷1期 31-46页 ISTICCSCDCA

【摘要】 王氏保赤丸是一个具有180多年应用历史的中药复方.本研究利用大鼠给药模型,对王氏保赤丸的临床前安全性进行了研究.在28天的给药实验期间,对SD大鼠进行每日1次的灌胃给药,对高、中、低剂量组而言,给药剂量分别为60 mg/kg/day、600...

【关键词】 毒理研究； 中药； 高通量测序；

【中文期刊】 《中国免疫学杂志（英文版）》 2015年12卷4期 391-399页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【关键词】 T cell receptor (TCR)； TCR repertoire； TCR diversity；

【中文期刊】 《遗传学报》 2012年39卷7期 351-360页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

【摘要】 The plant genome possesses a large number of microRNAs (miRNAs) mainly 21-24 nucleotides in length.They play a vital rol...

【关键词】 Cotton； Genome； Micro RNA；

【中文期刊】 刘鹏鹭 苏品璨  等 《中国病原生物学杂志》 2018年13卷1期 93-95页 ISTICPKUCSCD

【摘要】 疟原虫是单细胞原生动物,目前诊断方法以显微镜检查和快速诊断实验为主,但随着分子生物学技术的不断发展,逐步建立了核酸探针技术、PCR及其衍生技术、环介导等温扩增等分子生物学技术,使疟疾诊断工作方法日益完善.通过应用分子生物学的方法,对虫种的基...

【关键词】 疟原虫； PCR； 环介导等温扩增；

【中文期刊】 王博 田园园  等 《基因组学与应用生物学》 2017年36卷2期 603-613页 ISTICPKUCSCDCA

【摘要】 MicroRNAs (miRNAs)是一类内源性、长度约22 nt的非编码小RNA,通过转录后调控基因的表达水平、参与生物体的生长与发育等多种生理过程.翘嘴鳜是我国淡水经济鱼类,由于长期人工繁殖忽视亲本选育,导致鳜种质退化,出现生长速度及抗...

【关键词】 翘嘴鳜； 生长； 差异microRNA；