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            1. Phylogenomic conflict analyses in the apple genus Malus s.l. reveal widespread hybridization and allopolyploidy driving diversification, with insights into the complex biogeographic history in the Northern Hemisphere

            【中文期刊】 Bin-Bin Liu Chen Ren  等 《植物学报（英文版）》 2022年64卷5期 1020-1043页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

            【摘要】 Phylogenomic evidence from an increasing number of studies has demonstrated that different data sets and analytical appr...

            【关键词】 deep genome skimming； genomic discordance； historical biogeography；

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            2. Testing complete plastomes and nuclear ribosomal DNA sequences for species identification in a taxonomically difficult bamboo genus Fargesia

            【中文期刊】 Shi-Yu Lv Xia-Ying Ye  等 《植物多样性（英文版）》 2023年45卷2期 147-155页 SCIMEDLINEISTICCSCDBP

            【摘要】 Fargesia,the largest genus within the temperate bamboo tribe Arundinarieae,has more than 90 species mainly distributed i...

            【关键词】 Fargesia； Genome-skimming； DNA barcoding；

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            3. Capturing single-copy nuclear genes,organellar genomes,and nuclear ribosomal DNA from deep genome skimming data for plant phylogenetics:A case study in Vitaceae

            【中文期刊】 Bin-Bin Liu Zhi-Yao Ma  等 《植物分类学报》 2021年59卷5期 1124-1138页 SCIMEDLINEISTICCSCDBP

            【关键词】 deep genome skimming； Hyb-Seq； mitochondrial genes；

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            4. Phylogenomics of Perityleae(Compositae)provides new insights into morphological and chromosomal evolution of the rock daisies

            【中文期刊】 Isaac H.Lichter-Marck William A.Freyman  等 《植物分类学报》 2020年58卷6期 853-880页 SCIMEDLINEISTICCSCDBP

            【关键词】 chromosome evolution； Compositae； genome skimming；

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            5. Phylogenomic analyses reveal intractable evolutionary history of a temperate bamboo genus (Poaceae: Bambusoideae)

            【中文期刊】 《植物多样性（英文）》 2019年41卷4期 213-219页 SCIMEDLINEISTICCSCDBP

            【摘要】 Shibataea is a genus of temperate bamboos (Poaceae: Bambusoideae) endemic to China, but little is known about its phylog...

            【关键词】 Shibataea； ddRAD-seq； Genome skimming；

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            6. Chloroplast phylogenomic data support Eocene amphi-Pacific early radiation for the Asian Palmate core Araliaceae

            【中文期刊】 《植物分类学报》 2019年57卷6期 547-560页 SCIMEDLINEISTICCSCDBP

            【关键词】 amphi-Pacific tropical disjunction； Araliaceae； East Asian-North American disjunction；

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            7. Plant phylogenomics based on genome-partitioning strategies:Progress and prospects

            【中文期刊】 《植物多样性（英文）》 2018年40卷4期 158-164页 SCIMEDLINEISTICCSCDBP

            【摘要】 The rapid expansion of next-generation sequencing (NGS) has generated a powerful array of approaches to address fundamen...

            【关键词】 Plant phylogenomics； Next-generation sequencing； Whole-genome sequencing；

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            8. Genome survey sequencing of the long-legged spiny lobster Panulirus longipes (A. Milne-Edwards, 1868) (Decapoda: Achelata: Palinuridae): improved mitochondrial genome annotation, nuclear repetitive elements classification, and SSR marker discovery

            【外文期刊】 Baeza, J. Antonio ; Baker, A. M. ; 等 2022年42卷1期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Crustacea; genome skimming; low-pass sequencing;

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            9. An updated phylogenetic and biogeographic analysis based on genome skimming data reveals convergent evolution of shrubby habit in Clematis in the Pliocene and Pleistocene

            【外文期刊】 He, Jian ; Lyu, Rudan ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2021年164卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Clematissect; Fruticella; Convergent evolution;

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            10. Intraspecific genetic variation in complex assemblages from mitochondrial metagenomics: comparison with DNA barcodes

            【外文期刊】 《Methods in Ecology and Evolution》 2017年8卷2期 248-256页

            【关键词】 Chrysomelidae; DNA barcodes; genome skimming;

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            11. Telling plant species apart with DNA: from barcodes to genomes

            【外文期刊】 Hollingsworth, Peter M. ; Li, De-Zhu ; 等 《Philosophical Transactions of the Royal Society of London, Series B. Biological Sciences》 2016年371卷1702期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 plant DNA barcoding; next-generation sequencing; genome skimming;

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            12. Navigating the tip of the genomic iceberg: next-generation sequencing for plant systematics. (Special Issue: Methods and applications of next-generation sequencing in botany.)

            【外文期刊】 Straub, S. C. K. ; Parks, M. ; 等 《American journal of botany》 2012年99卷2期 349-364页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Asclepias; chloroplast content; genome skimming;

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            13. Soup to Tree: The Phylogeny of Beetles Inferred by Mitochondrial Metagenomics of a Bornean Rainforest Sample

            【外文期刊】 Crampton-Platt, Alex ; Timmermans, Martijn J. T. N. ; 等 《Molecular biology and evolution》 2015年32卷9期 2302-2316页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 mitochondrial genomes; tree-of-life; biodiversity;

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            14. Systematics of Vriesea (Bromeliaceae): phylogenetic relationships based on nuclear gene and partial plastome sequences

            【外文期刊】 2020年192卷4期 656-674页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Atlantic Forest; chloroplast; epiphytes;

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            15. A broadly resolved molecular phylogeny of New Zealand cheilostome bryozoans as a framework for hypotheses of morphological evolution

            【外文期刊】 Orr, R. J. S. ; Di Martino, E. ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2021年161卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 High-throughput sequencing (HTS); Genome-skimming; Cheilostome bryozoans;

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            16. Sequencing of whole plastid genomes and nuclear ribosomal DNA of Diospyros species (Ebenaceae) endemic to New Caledonia: many species, little divergence

            【外文期刊】 Turner, Barbara ; Paun, Ovidiu ; 等 《Annals of Botany》 2016年117卷7期 1175-1185页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Diospyros; genome skimming; island floras;

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            17. DNA barcoding enhances large-scale biodiversity initiatives for deep-pelagic crustaceans within the Gulf of Mexico and adjacent waters

            【外文期刊】 Varela, Carlos ; Golightly, Charles ; 等 2021年41卷1期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Acanthephyridae; Amphipoda; Caridea;

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            18. Whole plastomes are not enough: phylogenomic and morphometric exploration at multiple demographic levels o the bee orchid Glade Ophrys sect. Sphegodes

            【外文期刊】 Bateman, Richard M. ; Rudall, Paula J. ; 等 2021年72卷2期 654-681页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Demographic level; genome skimming; morphometrics;

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            19. From barcodes to genomes: extending the concept of DNA barcoding

            【外文期刊】 Coissac, Eric ; Hollingsworth, Peter M. ; 等 《Molecular ecology》 2016年25卷7期 1423-1428页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 chloroplast DNA; DNA Barcoding; genome skimming;

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            20. Using genomic repeats for phylogenomics: a case study in wild tomatoes (Solanum section Lycopersicon: Solanaceae)

            【外文期刊】 Dodsworth, Steven ; Chase, Mark W. ; 等 《Biological Journal of the Linnean Society》 2016年117卷1期 96-105页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 genome skimming; high-throughput sequencing; molecular systematics;

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            21. Using low-coverage whole genome sequencing (genome skimming) to delineate three introgressed species of buffalofish (Ictiobus)

            【外文期刊】 Literman, Robert ; Windsor, Amanda M. ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2023年182卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Ictiobus; Haff disease; Genome skimming;

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            22. Integration of mitogenomic and morphological data disentangles the systematics of Pollenia and establishes a revised phylogenetic hypothesis for the Polleniidae

            【外文期刊】 Johnston, Nikolas P. ; Piwczynski, Marcin ; 等 《Systematic Entomology》 2023年48卷2期 296-315页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 DNA barcoding; genome skimming; phylogenomics;

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            23. Nuclear ribosomal phylogeny of Brachystegia: new markers for new insights about rain forests and Miombo woodlands evolution

            【外文期刊】 Boom, Arthur F. ; Migliore, Jeremy ; 等 《Plant Ecology and Evolution》 2022年155卷2期 301-314页

            【关键词】 Brachystegia; genome skimming; phylogeny;

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            24. Shotgun assembly of the assassin bug Brontostoma colossus mitochondrial genome (Heteroptera, Reduviidae)

            【外文期刊】 Kocher,A. ; Kamilari,M. ; 等 《Gene: An International Journal Focusing on Gene Cloning and Gene Structure and Function》 2014年552卷1期 184-194页

            【关键词】 Genome skimming; Next-generation sequencing; Phylogenomic;

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            25. APPLES: Scalable Distance-Based Phylogenetic Placement with or without Alignments

            【外文期刊】 《Systematic Biology》 2020年69卷3期 566-578页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Distance-based methods; genome skimming; phylogenetic placement;

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            26. Evolutionary transitions in broad tapeworms (Cestoda: Diphyllobothriidea) revealed by mitogenome and nuclear ribosomal operon phylogenetics

            【外文期刊】 Fraija-Fernandez, Natalia ; Waeschenbach, Andrea ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2021年163卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Genome-skimming; Ancestral character estimation; Systematics;

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            27. Phylogenomic insights into the Fascicularia-Ochagavia group (Bromelioideae, Bromeliaceae)

            【外文期刊】 Paule Juraj ; Schmickl Roswitha ; 等 《Botanical Journal of the Linnean Society》 2020年192卷4期 642-655页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Chile; early-diverging Bromelioideae; gene flow;

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            28. Shotgun assembly of the assassin bug Brontostoma colossus mitochondrial genome (Heteroptera, Reduviidae)

            【外文期刊】 Kocher,A. ; Kamilari,M. ; 等 《Gene: An International Journal Focusing on Gene Cloning and Gene Structure and Function》 2014年552卷1期 184-194页

            【关键词】 Genome skimming; Next-generation sequencing; Phylogenomic;

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            29. Validating the power of mitochondrial metagenomics for community ecology and phylogenetics of complex assemblages

            【外文期刊】 Gomez-Rodriguez, Carola ; Crampton-Platt, Alex ; 等 《Methods in Ecology and Evolution》 2015年6卷8期 883-894页

            【关键词】 beta diversity; biodiversity monitoring; Chrysomelidae;

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            30. Relative species abundance estimation in artificial mixtures of insects using mito-metagenomics and a correction factor for the mitochondrial DNA copy number

            【外文期刊】 Garrido-Sanz, Lidia ; Senar, Miquel Angel ; 等 2022年22卷1期 153-167页

            【关键词】 Metazoa; mitochondrial genomes; mitogenome skimming;

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            31. Phytogeographic History of the Tea Family Inferred Through High-Resolution Phylogeny and Fossils

            【外文期刊】 Yan, Yujing ; Davis, Charles C. ; 等 《Systematic Biology》 2021年70卷6期 1256-1271页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Biogeography; genome skimming; phylogenomics;

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            32. Phylogeny of the popcorn flowers: Use of genome skimming to evaluate monophyly and interrelationships in subtribe Amsinckiinae (Boraginaceae)

            【外文期刊】 Simpson, Michael G. ; Guilliams, C. Matt ; 等 《Taxon》 2017年66卷6期 1406-1420页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Amsinckiinae; Boraginaceae; Cryptanthinae;

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            33. Plant phylogenomics based on genome-partitioning strategies: Progress and prospects.

            【外文期刊】 Xiangqin,Yu ; Dan,Yang ; 等 《Plant diversity》 2018年40卷4期 158-164页

            【关键词】 Genome skimming; Next-generation sequencing; Plant phylogenomics;

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            34. DNA barcoding of phytopathogens for disease diagnostics and bio-surveillance.

            【外文期刊】 Prassan,Choudhary ; Bansh Narayan,Singh ; 等 《World journal of microbiology & biotechnology》 2021年37卷3期 54页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Barcode; Genome skimming; Meta-barcoding;

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            35. Complete Mitochondrial Genome and Phylogenetic Position of Nurudea zhengii Ren (Insecta, Hemiptera, Aphididae).

            【外文期刊】 Yuzhen,Song ; Yukang,Liang ; 等 《Biochemical genetics》 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Flower-like gall aphid; Genome skimming; New species;

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            36. APPLES: Scalable Distance-Based Phylogenetic Placement with or without Alignments. oa

            【外文期刊】 Metin,Balaban ; Shahab,Sarmashghi ; 等 《Systematic biology》 2020年69卷3期 566-578页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Distance-based methods; genome skimming; phylogenetic placement;

            OA
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            37. Target enrichment of long open reading frames and ultraconserved elements to link microevolution and macroevolution in non-model organisms.

            【外文期刊】 Claudia M,Ortiz-Sepulveda ; Mathieu,Genete ; 等 《Molecular ecology resources》 2023年23卷3期 659-679页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 African freshwater molluscs; gene capture; genome skimming;

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            38. Evolutionary transitions in broad tapeworms (Cestoda: Diphyllobothriidea) revealed by mitogenome and nuclear ribosomal operon phylogenetics.

            【外文期刊】 Natalia,Fraija-Fernández ; Andrea,Waeschenbach ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2021年163卷 107262页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 18S rDNA; 28S rDNA; Ancestral character estimation;

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            39. A broadly resolved molecular phylogeny of New Zealand cheilostome bryozoans as a framework for hypotheses of morphological evolution.

            【外文期刊】 R J S,Orr ; E,Di Martino ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2021年161卷 107172页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Cheilostome bryozoans; Frontal shield; Genome-skimming;

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            40. From barcodes to genomes: extending the concept of DNA barcoding.

            【外文期刊】 Eric,Coissac ; Peter M,Hollingsworth ; 等 《Molecular ecology》 2016年25卷7期 1423-8页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 DNA Barcoding; chloroplast DNA; genome skimming;

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