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            1. Estimation of fluid flow velocities in cortical brain tissue driven by the microvasculature. oa

            【外文期刊】 Timo,Koch ; Kent-André,Mardal ; 《Interface focus》 2025年15卷1期 20240042页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 brain fluid flow; computational biology; mathematical modelling;

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            2. Single molecules can operate as primitive biological sensors, switches and oscillators. oa

            【外文期刊】 Rosa D,Hernansaiz-Ballesteros ; Luca,Cardelli ; 等 《BMC systems biology》 2018年12卷1期 70页 MEDLINE

            【关键词】 Approximate majority; Bistability; Circadian rhythm;

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            3. Comparative Computational Modeling of the Bat and Human Immune Response to Viral Infection with the Comparative Biology Immune Agent Based Model. oa

            【外文期刊】 Chase,Cockrell ; Gary,An ; 《Viruses》 2021年13卷8期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 COVID-19; agent based model; bats;

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            4. A mathematical model for short-term vs. long-term survival in patients with glioma. oa

            【外文期刊】 Jason B,Nikas ; 《American journal of cancer research》 2014年4卷6期 862-73页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Glioma; RNA-Sequencing; cancer genomics;

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            5. Computational physiology of uterine smooth muscle. oa

            【外文期刊】 Joseph R,Dunford ; E Josiah,Lutton ; 等 《Science progress》 2019年102卷2期 103-126页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Uterus; computational biology; electrophysiology;

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            6. ProTG4: A Web Server to Approximate the Sequence of a Generic Protein From an in Silico Library of Translatable G-Quadruplex (TG4)-Mapped Peptides. oa

            【外文期刊】 Siddhartha,Kundu ; 《Bioinformatics and biology insights》 2021年15卷 11779322211045878页 MEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics; mathematical and computational biology; peptidome and peptide analysis;

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            7. IL-1β-induced and p38MAPK-dependent activation of the mitogen-activated protein kinase-activated protein kinase 2 (MK2) in hepatocytes: Signal transduction with robust and concentration-independent signal amplification. oa

            【外文期刊】 Andreas,Kulawik ; Raphael,Engesser ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2017年292卷15期 6291-6302页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 MAPK; cell signaling; computational biology;

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            8. Endoplasmic reticulum stress, the unfolded protein response, and gene network modeling in antiestrogen resistant breast cancer. oa

            【外文期刊】 Robert,Clarke ; Ayesha N,Shajahan ; 等 《Hormone molecular biology and clinical investigation》 2011年5卷1期 35-44页 MEDLINECA

            【关键词】 Antiestrogen; apoptosis; autophagy;

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            9. Novel machine learning method allerStat identifies statistically significant allergen-specific patterns in protein sequences. oa

            【外文期刊】 Kento,Goto ; Norimasa,Tamehiro ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2023年299卷6期 104733页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 allergen; amino acid; computational biology;

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            10. Sizing it up: the mechanical feedback hypothesis of organ growth regulation. oa

            【外文期刊】 Amy,Buchmann ; Mark,Alber ; 等 《Seminars in cell & developmental biology》 2014年35卷 73-81页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Computational and mathematical modeling; Drosophila wing disc; Intercellular signaling;

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            11. Kinetic Modeling of Virus Growth in Cells. oa

            【外文期刊】 John,Yin ; Jacob,Redovich ; 《Microbiology and molecular biology reviews : MMBR》 2018年82卷2期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 DNA virus; RNA virus; bacteriophages;

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            12. Enhanced evolution by stochastically variable modification of epigenetic marks in the early embryo. oa

            【外文期刊】 Sergio,Branciamore ; Andrei S,Rodin ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2014年111卷17期 6353-8页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 DNA methylation; computational biology; developmental biology;

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            13. Proteogenomic convergence for understanding cancer pathways and networks. oa

            【外文期刊】 Emily S,Boja ; Henry,Rodriguez ; 《Clinical proteomics》 2014年11卷1期 22页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Mathematical and computational modeling; Omics integration; Post-translational modification;

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            14. Extracellular regulation of VEGF: isoforms, proteolysis, and vascular patterning. oa

            【外文期刊】 Prakash,Vempati ; Aleksander S,Popel ; 等 《Cytokine & growth factor reviews》 2014年25卷1期 1-19页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Angiogenesis; Computational model; Extracellular matrix;

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            15. Challenges in forming inferences from limited data: a case study of malaria parasite maturation. oa

            【外文期刊】 Madeline A E,Peters ; Megan A,Greischar ; 等 《Journal of the Royal Society, Interface》 2021年18卷177期 20210065页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Plasmodium; computational biology; cycle length;

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            16. A Model-Based Framework to Identify Optimal Administration Protocols for Immunotherapies in Castration-Resistance Prostate Cancer. oa

            【外文期刊】 Roberta,Coletti ; Andrea,Pugliese ; 等 《Cancers》 2021年14卷1期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 computational biology; immunotherapy; ipilimumab;

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            17. A systems biology view of blood vessel growth and remodelling. oa

            【外文期刊】 Elizabeth A,Logsdon ; Stacey D,Finley ; 等 《Journal of cellular and molecular medicine》 2014年18卷8期 1491-508页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 angiogenesis; computational model; mathematical model;

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            18. Computational and systems biology in trauma and sepsis: current state and future perspectives. oa

            【外文期刊】 Gary,An ; Gary,Nieman ; 等 《International journal of burns and trauma》 2012年2卷1期 1-10页 MEDLINE

            【关键词】 Trauma; computational biology; mathematical modeling;

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            19. A topological analysis of targeted In-111 uptake in SPECT images of murine tumors. oa

            【外文期刊】 David B,Damiano ; Melissa R,McGuirl ; 《Journal of mathematical biology》 2018年76卷6期 1559-1587页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Antibody uptake; Computational topology; Drug targeting;

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            20. Mechanisms of phosphatidylserine influence on viral production: A computational model of Ebola virus matrix protein assembly. oa

            【外文期刊】 Xiao,Liu ; Ethan J,Pappas ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2022年298卷7期 102025页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Ebola virus; VP40; computational biology;

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            21. How and why to build a mathematical model: A case study using prion aggregation. oa

            【外文期刊】 Mikahl,Banwarth-Kuhn ; Suzanne,Sindi ; 《The Journal of biological chemistry》 2020年295卷15期 5022-5035页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 computational biology; differential equation; enzyme kinetics;

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            22. A Spatial Quantitative Systems Pharmacology Platform spQSP-IO for Simulations of Tumor-Immune Interactions and Effects of Checkpoint Inhibitor Immunotherapy. oa

            【外文期刊】 Chang,Gong ; Alvaro,Ruiz-Martinez ; 等 《Cancers》 2021年13卷15期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 agent-based model; computational model; digital pathology;

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            23. Mathematical Modelling in Biomedicine: A Primer for the Curious and the Skeptic. oa

            【外文期刊】 Julio,Vera ; Christopher,Lischer ; 等 《International journal of molecular sciences》 2021年22卷2期 SCIMEDLINE

            【关键词】 biomathematics; computational drug discovery; computational modelling;

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            24. Modelling and measuring intracellular competition for finite resources during gene expression. oa

            【外文期刊】 Renana,Sabi ; Tamir,Tuller ; 《Journal of the Royal Society, Interface》 2019年16卷154期 20180887页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 computational and mathematical models; finite resources; gene expression;

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            25. Viral diversity is an obligate consideration in CRISPR/Cas9 designs for targeting the HIV reservoir. oa

            【外文期刊】 Pavitra,Roychoudhury ; Harshana,De Silva Feelixge ; 等 《BMC biology》 2018年16卷1期 75页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 CRISPR/Cas9; Computational biology; Endonucleases;

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            26. A systems biology approach to discovering pathway signaling dysregulation in metastasis. oa

            【外文期刊】 Robert,Clarke ; Pavel,Kraikivski ; 等 《Cancer metastasis reviews》 2020年39卷3期 903-918页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Bioinformatics; Breast cancer; Computational modeling;

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            27. Guidelines for mechanistic modeling and analysis in cardiovascular research. oa

            【外文期刊】 Mitchel J,Colebank ; Pim A,Oomen ; 等 《American journal of physiology. Heart and circulatory physiology》 2024年327卷2期 H473-H503页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 computational modeling; mathematical model; model calibration;

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            28. A Network Based Model for Predicting Spatial Progression of Metastasis. oa

            【外文期刊】 Khimeer,Singh ; Byron A,Jacobs ; 《Bulletin of mathematical biology》 2025年87卷5期 65页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Cancer biology; Computational modeling; Mathematical oncology;

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            29. Experimentally calibrated population of models predicts and explains intersubject variability in cardiac cellular electrophysiology. oa

            【外文期刊】 Oliver J,Britton ; Alfonso,Bueno-Orovio ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2013年110卷23期 E2098-105页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 cardiac electrophysiology; computational biology; drug;

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            30. Oncolytic Viruses in the Era of Omics, Computational Technologies, and Modeling: Thesis, Antithesis, and Synthesis. oa

            【外文期刊】 Laura,Menotti ; Andrea,Vannini ; 《International journal of molecular sciences》 2023年24卷24期 SCIMEDLINE

            【关键词】 OV combination therapy; cancer theranostics; cancer therapy;

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            31. Modeling aging and its impact on cellular function and organismal behavior. oa

            【外文期刊】 Emerson,Santiago ; David F,Moreno ; 等 《Experimental gerontology》 2021年155卷 111577页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Aging; Aging factor; Computational biology;

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            32. Agent-Based Modeling of Microbial Communities. oa

            【外文期刊】 Karthik,Nagarajan ; Congjian,Ni ; 等 《ACS synthetic biology》 2022年11卷11期 3564-3574页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 agents; computational simulations; individual-based modeling;

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            33. Aging-induced fragility of the immune system. oa

            【外文期刊】 Eric,Jones ; Jiming,Sheng ; 等 《Journal of theoretical biology》 2021年510卷 110473页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Computational and systems biology; Immunosenescence; Innate and adaptive immune responses;

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            34. A suite of mathematical solutions to describe ternary complex formation and their application to targeted protein degradation by heterobifunctional ligands. oa

            【外文期刊】 Bomie,Han ; 《The Journal of biological chemistry》 2020年295卷45期 15280-15291页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 E3 ubiquitin ligase; PROTAC; chemical biology;

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            35. Systems biology: perspectives on multiscale modeling in research on endocrine-related cancers. oa

            【外文期刊】 Robert,Clarke ; John J,Tyson ; 等 《Endocrine-related cancer》 2019年26卷6期 R345-R368页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 computational biology; mathematical biology; predictive modeling;

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            36. Kinesin-2 heterodimerization alters entry into a processive run along the microtubule but not stepping within the run. oa

            【外文期刊】 Sean M,Quinn ; Daniel P,Howsmon ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2018年293卷35期 13389-13400页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 ATPase; ciliogenesis; computational biology;

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            37. A time-resolved experimental-mathematical model for predicting the response of glioma cells to single-dose radiation therapy. oa

            【外文期刊】 Junyan,Liu ; David A,Hormuth ; 等 《Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro》 2021年13卷7期 167-183页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 brain cancer; computational biology; mathematical modeling;

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            38. Mathematical models disentangle the role of IL-10 feedbacks in human monocytes upon proinflammatory activation. oa

            【外文期刊】 Niloofar,Nikaein ; Kedeye,Tuerxun ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2023年299卷10期 105205页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 NF-κB; computational biology; computer modeling;

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            39. Computational modeling of synergistic interaction between αVβ3 integrin and VEGFR2 in endothelial cells: Implications for the mechanism of action of angiogenesis-modulating integrin-binding peptides. oa

            【外文期刊】 Hojjat,Bazzazi ; Yu,Zhang ; 等 《Journal of theoretical biology》 2018年455卷 212-221页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Computational model; Integrin signaling; Mathematical model;

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            40. Mathematical and Computational Models for Pain: A Systematic Review. oa

            【外文期刊】 Victoria Ashley,Lang ; Torbjörn,Lundh ; 等 《Pain medicine (Malden, Mass.)》 2021年22卷12期 2806-2817页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Computational Biology; Mathematical Model; Pain Mechanism;

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