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            1. Searching for Non-coding RNAs in Genomic Sequences Using ncRNAscout

            【中文期刊】 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2012年10卷2期 114-121页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

            【摘要】 Recently non-coding RNA (ncRNA) genes have been found to serve many important functions in the cell such as regulation o...

            【关键词】 Genome-wide ncRNA discovery； Sequence motifs； Structural parameters；

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            2. SMS 2.0: An Updated Database to Study the Structural Plasticity of Short Peptide Fragments in Non-redundant Proteins

            【中文期刊】 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2012年10卷1期 44-50页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP

            【摘要】 The function of a protein molecule is greatly influenced by its three-dimensional (3D) structure and therefore structure...

            【关键词】 non-redundant protein chains； sequence motifs； 3D structure；

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            3. 基于子图模式的巨强连通体局域结构特征

            【中文期刊】 丁德武 黄海生  等 《生物信息学》 2011年09卷3期 220-223页 ISTIC

            【摘要】 对代谢网络的"蝴蝶结"结构进行研究吸引了众多科研人员的关注.当前,基于复杂网络理论的全局拓扑结构特征已经被广泛用于研究这种"蝴蝶结"结构的组织原则,然而基于局域结构特征的研究相对较少.本文分析了10种有机物代谢网络及其相应的巨强连通体部分的...

            【关键词】 蝴蝶结； 巨强连通体； 代谢网络；

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            4. Predicting apoptosis protein subcellular location with physicochemical composition features by incorporating structural and functional motifs

            【会议论文】 第十七届国际生物物理大会;第十二届中国生物物理大会 2011年

            【摘要】 Apoptosis proteins can provide valuable information for the mechanism of programmed cell death.Due to the function of an...

            【关键词】 apoptosis protein； Subcellular location； physicochemical composition；

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            5. Non-canonical DNA structures: Comparative quantum mechanical study

            【外文期刊】 Bachurin, Stanislav S. ; Kletskii, Mikhail E. ; 等 《Biophysical Chemistry: An International Journal Devoted to the Physical Chemistry of Biological Phenomena》 2018年235卷 19-28页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Non-canonical DNA structure; G-quadruplex; Triplex;

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            6. NMR assignments for the Sinorhizobium meliloti response regulator Sma0114

            【外文期刊】 Sheftic, Sarah R. ; Garcia, Preston P. ; 等 《Biomolecular NMR assignments》 2011年5卷1期 55-58页

            【关键词】 histidine kinase: 99283-67-7; leucine: 328-39-2; threonine: 80-68-2;

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            7. Role of the ERC motif in the proximal part of the second intracellular loop and the C-terminal domain of the human prostaglandin F-2 alpha receptor (hFP-R) in G-protein coupling control

            【外文期刊】 Pathe-Neuschafer-Rube A ; Neuschafer-Rube F ; 等 《The Biochemical Journal》 2005年388卷Pt.1期 317-324页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 constitutively active mutant; ERC motif; G-protein-coupled receptor;

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            8. Antimicrobial Peptides and Viral Fusion Peptides : How Different They Are?

            【外文期刊】 Joanne, P ; Nicolas, P ; 等 《Protein and peptide letters》 2009年16卷7期 743-750页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Antimicrobial peptides; Viral fusion peptides; Hydrophobicity;

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            9. MINING OVERREPRESENTED 3D PATTERNS OF SECONDARY STRUCTURES IN PROTEINS

            【外文期刊】 MATTEO COMIN ; CONCETTINA GUERRA ; 等 《Journal of Bioinformatics and Computational Biology》 2008年6卷6期 1067-1087页 MEDLINE

            【关键词】 Protein's structures; secondary structures; computational geometry;

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            10. 1D arrays of [Cu(Phca(2)en)(2)][AgI2] by fourfold phenyl embraces isolating diiodoargenate(I) anions

            【外文期刊】 Khalaji AD ; Welter R ; 《Inorganica Chimica Acta》 2006年359卷13期 4403-4406页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 molecular structure; distorted tetrahedral; supramolecular motif;

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            11. MUTANT ATP-BINDING RNA APTAMERS REVEAL THE STRUCTURAL BASIS FOR LIGAND BINDING

            【外文期刊】 Dieckmann T. ; Sassanfar M. ; 等 《Journal of Molecular Biology》 1997年273卷2期 467-478页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Nmr; Rna structure; Binding constants;

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            12. Structural basis for monoubiquitin recognition by the Ede1 UBA domain

            【外文期刊】 Swanson KA ; Hicke L ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2006年358卷3期 713-724页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 endocytosis; monoubiquitin signaling; solution structure;

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            13. Umbelliferone induces changes in the structure and pharmacological activities of Bn IV, a phospholipase A(2) isoform isolated from Bothrops neuwiedi

            【外文期刊】 Toyama, Daniela de Oliveira ; dos Santos Diz Filho, Eduardo Britto ; 等 《Toxicon: An International Journal Devoted to the Exchange of Knowledge on the Poisons Derived from Animals, Plants and Microorganisms》 2011年57卷6期 851-860页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 calcium ion: 14127-61-8; phospholipase A-2: 9001-84-7; umbelliferone: 93-35-6;

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            14. Auto-regulation of the circadian slave oscillator component AtGRP7 and regulation of its targets is impaired by a single RNA recognition motif point mutation

            【外文期刊】 Schoning JC ; Streitner C ; 等 《The Plant Journal》 2007年52卷6期 1119-1130页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Arabidopsis; RNA recognition motif; circadian clock;

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            15. Structural polymorphism of a cytosine-rich DNA sequence forming i-motif structure: Exploring pH based biosensors

            【外文期刊】 Ahmed, Saami ; Kaushik, Mahima ; 等 《International Journal of Biological Macromolecules: Structure, Function and Interactions》 2018年111卷 455-461页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 i-motif; Cytosine-rich sequences; pH-based biosensors;

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            16. pH-Dependant fluorescence switching of an i-motif structure incorporating an isomeric azobenzene/pyrene fluorophore

            【外文期刊】 Joo, Han Na ; Thuy Van Thi Nguyen ; 等 《Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters》 2017年27卷11期 2415-2419页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Rb i-motif structure; Switching system; pH sensor;

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            17. Molecular dynamics simulation studies of a protein-RNA complex with a selectively modified binding interface

            【外文期刊】 Zhao Y ; Kormos BL ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2006年81卷4期 256-269页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 RNA-binding protein; U1A; RNA recognition motif;

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            18. RNA structure and the regulation of gene expression.

            【外文期刊】 Klaff P ; Riesner D ; 等 《Plant Molecular Biology》 1996年32卷1/2期 89-106页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 gene expression; rna structure regulation dna binding motifs; reviews molecular genetics;

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            19. The structure of the unstructured: mosaic of tau protein linear motifs obtained by high-resolution techniques and molecular simulation

            【外文期刊】 Cehlar, Ondrej ; Bagarova, Olga ; 等 2021年40卷6期 479-493页

            【关键词】 Tau protein; Conformation; Linear motif;

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            20. Protein multiple alignment incorporating primary and secondary structure information

            【外文期刊】 Kim NK ; Xie J ; 《Journal of computational biology: A journal of computational molecular cell biology》 2006年13卷9期 1615-1629页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Gibbs sampling; likelihood function; protein sequence motifs;

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            21. How to Fluorescently Label the Potassium Channel: A Case in hERG

            【外文期刊】 Zhang, Xiaomeng ; Wang, Beilei ; 等 《Current medicinal chemistry》 2020年27卷18期 3046-3054页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 hERG channel; small molecule fluorescent probe; turn-on switch;

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            22. Molecular structure of D-hydantoinase from Bacillus sp AR9: Evidence for mercury inhibition

            【外文期刊】 Kishan KVR ; Vohra RM ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2005年347卷1期 95-105页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 TIM-barrel; hydantoinase; manganese;

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            23. On the evolution of protein folds: Are similar motifs in different protein folds the result of convergence, insertion, or relics of an ancient peptide world?

            【外文期刊】 Lupas AN ; Ponting CP ; 等 《Journal of Structural Biology》 2001年134卷2/3期 191-203页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Protein evolution; Protein structure similarity; Protein function;

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            24. Molecular characterization of the RNA-protein complex directing-2/-1 programmed ribosomal frameshifting during arterivirus replicase expression

            【外文期刊】 Patel, Ankoor ; Treffers, Emmely E. ; 等 2020年295卷52期 17904-17921页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 PRRSV; nidovirus; poly(C)-binding protein;

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            25. Mechanisms determining a differential threshold for sensing Src family kinase activity by B and T cell antigen receptors

            【外文期刊】 Borna, Simon ; Fabisik, Matej ; 等 2020年295卷37期 12935-12945页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 signal transduction; tyrosine-protein kinase (tyrosine kinase); T-cell receptor (TCR);

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            26. 6-Phosphofructo-2-kinase and fructose-2,6-bisphosphatase in trypanosomatidae - Molecular characterization, database searches, modelling studies and evolutionary analysis

            【外文期刊】 Chevalier N ; Bertrand L ; 等 《The FEBS journal》 2005年272卷14期 3542-3560页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 ankyrin-repeat motif; fructose 2; 6-bisphosphate;

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            27. The Nucleotides on the Stem-Loop RNA Structure in the Junction Region of the Hepatitis E Virus Genome Are Critical for Virus Replication

            【外文期刊】 《Journal of Virology》 2010年84卷24期 13040-13044页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 intergenic region; reporter genes; RNA: stem-loop structure;

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            28. Design of a heterospecific, tetrameric, 21-residue miniprotein with mixed alpha/beta structure

            【外文期刊】 Ali MH ; Taylor CM ; 等 《Structure》 2005年13卷2期 225-234页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 HETEROTRIMERIC COILED-COIL; DE-NOVO DESIGN; FREE R-VALUE;

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            29. Site-directed spin labeling studies reveal solution conformational changes in a GAAA tetraloop receptor upon Mg2+-dependent docking of a GAAA tetraloop

            【外文期刊】 Qin PZ ; Feigon J ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2005年351卷1期 1-8页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 site-directed spin labeling; RNA conformational change; dynamics;

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            30. Conserved arginine residues implicated in ATP hydrolysis, nucleotide-sensing, and inter-subunit interactions in AAA and AAA(+) ATPases

            【外文期刊】 Ogura T ; Whiteheart SW ; 等 《Journal of Structural Biology》 2004年146卷1/2期 106-112页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Aaa family; Atpase; Atp hydrolysis;

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            31. Analysis of amino acids in the beta 7-beta 8 loop of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase for their role in virus replication

            【外文期刊】 Mulky A ; Vu BC ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2007年365卷5期 1368-1378页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 HIV-1; reverse transcriptase; reverse transcription;

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            32. Towards elucidating the structure,function,and druggability of coronavirus cis-acting RNA motifs

            【外文期刊】 Joanna Sztuba-Solinska ; Devadatta Gosavi ; 2020年66卷4期 323-335页 MEDLINE

            【关键词】 coronaviruses; RNA structure; cis--acting RNA motifs;

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            33. A novel suite of cyclotides from Viola odorata: sequence variation and the implications for structure, function and stability

            【外文期刊】 Ireland DC ; Colgrave ML ; 等 《The Biochemical Journal》 2006年400卷1期 1-12页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cyclic cystine knot; cyclotide; cycloviolacin;

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            34. HIVNEF-mediated major histocompatibility complex class I down-modulation is independent of Arf6 activity

            【外文期刊】 Larsen JE. ; Massol RH. ; 等 《Molecular biology of the cell》 2004年15卷1期 323-331页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Hiv-1 nef protein; Sh3 domain; Plasma-membrane;

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            35. Historical review: Another 50th anniversary - new periodicities in coiled coils [Review]

            【外文期刊】 Gruber M ; Lupas AN ; 《Trends in biochemical sciences》 2003年28卷12期 679-685页 MEDLINE

            【关键词】 Amino-acid-sequence; Protein structures; Giardia;

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            36. The ribosome goes Nobel

            【外文期刊】 Rodnina, Marina V. ; Wintermeyer, Wolfgang ; 《Trends in biochemical sciences》 2010年35卷1期 1-5页 MEDLINE

            【关键词】 codon-anticodon interaction; structural motif; Chemistry Nobel Prize;

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            37. Insight into the recognition patterns of the ErbB receptor family transmembrane domains: heterodimerization models through molecular dynamics search

            【外文期刊】 Soumana OS ; Garnier N ; 等 《European Biophysics Journal》 2008年37卷6期 851-864页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 ErbB receptor family; TM domain; heterodimerization;

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            38. In vitro selection of self-interacting transmembrane segments - Membrane proteins approached from a different perspective [Review]

            【外文期刊】 Langosch D ; Lindner E ; 等 《IUBMB life》 2002年54卷3期 109-113页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Combinatorial; Interaction; Membrane protein;

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            39. Molecular basis of distinct interactions between Dok1 PTB domain and tyrosine-phosphorylated EGF receptor

            【外文期刊】 Zhang Y ; Yan ZY ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2004年343卷4期 1147-1155页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 EGF receptor; Dok1; phosphotyrosine domain;

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            40. Development and validation of a consistency based multiple structure alignment algorithm

            【外文期刊】 Ebert J ; Brutlag D ; 《Bioinformatics》 2006年22卷9期 1080-1087页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 PROTEIN-STRUCTURE ALIGNMENT; SEQUENCE ALIGNMENT; DATABASE;

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