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【中文期刊】 吴蔚 张梦洁 等 《兽类学报》 2018年38卷2期 174-182页MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 非序列联配的序列分析方法,将序列中特定寡聚核苷酸的kmer统计频率作为特征,在序列间按特征进行比较和分析.这种方法综合考虑了所有变异类型对序列整体特征的影响,因而在组学数据分析上有独特的优势.但是,这类方法在复杂多细胞生物基因组系统发育中的...
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【中文期刊】 曹跃 夏云 等 《四川动物》 2018年37卷3期 261-267页ISTICPKU
【摘要】 动物线粒体基因组发生局部串联复制后,涉及区域具有多基因拷贝、假基因化、大量插入缺失的特点,难以排序和构建基因树.而不依赖排序的聚类方法理论上可用来归纳和展示这类序列的差异,但未见相关评估和运用.本研究选取棘腹蛙Quasipaa boulen...
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Ragan, Mark A. ; Chan, Cheong Xin ; 《Journal of Molecular Evolution》 2013年77卷1/2期 1-2页SCISCIEMEDLINE
- 概要：
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【外文期刊】 EYAL COHEN ; BENNY CHOR ; 《Journal of computational biology: A journal of computational molecular cell biology》 2012年19卷8期 945-956页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 alignment-free sequence comparison;average common subsequence (ACS) method;reconstructing multicellular eukaryotic phylogeny;
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【外文期刊】 Cheng, Jinkui ; Cao, Fuliang ; 等 《Molecular biology and evolution》 2013年30卷5期 1032-1037页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 alignment-free method;genome phylogeny;tree comparison;
- 概要：
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- 结论：
【外文期刊】 Huang, Hsin-Hsiung ; Yu, Chenglong ; 《Journal of Theoretical Biology》 2016年406卷 61-72页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Alignment-free method;Phylogenetic analysis;Reduced n-gram;
- 概要：
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【外文期刊】 Jovanovic, Jasmina T. ; 2021年16卷10期 1299-1310页
【关键词】 Sequence similarity analysis;alignment-free method;statistically significant repeat;
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【外文期刊】 Luca Pinello ; Giosuè Lo Bosco ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2014年15卷3期 419-430页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 epigenetics;nucleosome;DNA sequence;
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【外文期刊】 Pandit, A. ; Dasanna, A.K. ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2012年62卷2期 756-763页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Alignment-free method;HIV-1 subtypes;Multifractal analysis;
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【外文期刊】 Das, Subhram ; Das, Arijit ; 等 《Genomics》 2020年112卷6期 4701-4714页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Sequence comparison;Evolutionary relationship;Alignment-based method;
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【外文期刊】 Susana Vinga ; 《Briefings in bioinformatics》 2014年15卷3期 341-342页SCISCIEMEDLINE
- 概要：
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【外文期刊】 Kolekar, P. ; Kale, M. ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2012年65卷2期 510-522页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Alignment-free method;Bioinformatics;Dengue subtyping;
- 概要：
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【外文期刊】 Kania A. ; Sarapata K. ; 2021年113卷3期 1428-1437页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Basic Local Alignment Search Tool;Chaos game representation;Discrete Fourier transform;
- 概要：
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【外文期刊】 Czerniecka, Agata ; Bielinska-Waz, Dorota ; 等 《Genomics》 2016年107卷1期 16-23页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Similarity/dissimilarity analysis of protein sequences;Descriptors;Alignment-free methods;
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【外文期刊】 Tang, Runbin ; Yu, Zuguo ; 等 《Molecular phylogenetics and evolution》 2023年179卷 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Alignment -free method;K -mer pair;Inner distance distribution;
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【外文期刊】 Amado Cattaneo, Raul Martin ; Diannbra, Luis ; 等 《Mitochondrial DNA, Part A》 2018年29卷7/8期 1128-1138页
【关键词】 Assembly and alignment-free method;phylogenomics;k-mers;
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【外文期刊】 Xiao-Su Chen ; Zu-Guo Yu ; 等 《Current Bioinformatics》 2014年9卷3期 218-227页
- 概要：
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【外文期刊】 Pal, Manoj Kumar ; Lahiri, Tapobrata ; 等 《Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences》 2020年12卷3期 276-287页
【关键词】 Protein search;Sequence alignment techniques;Alignment free methods;
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【外文期刊】 《Gene: An International Journal Focusing on Gene Cloning and Gene Structure and Function》 2020年730卷
【关键词】 Tri-nucleotide;Alignment-free method;Sequence comparison;
- 概要：
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【外文期刊】 Adrian Kania ; Krzysztof Sarapata ; 《Genomics》 2021年113卷3期 1428-1437页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Chaos game representation;Free-alignment methods;Phylogenetics;
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【外文期刊】 Thornton, Micah ; Mcgee, Monnie ; 2022年29卷5期 453-464页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 alignment-free methods;Fourier transform;genomic sequences;
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【外文期刊】 Gupta, M.K. ; Niyogi, R. ; 等 《Journal of biological systems》 2013年21卷1期 1350005-1-1350005-15页SCISCIE
【关键词】 Alignment-free method;Dual nucleotide;Phylogenetic tree;
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【外文期刊】 Marrero-Ponce, Yovani ; Garcia-Jacas, Cesar R. ; 等 《Current Bioinformatics》 2015年10卷5期 533-564页
【关键词】 Alignment free method;aggregation operator;Minkowski distance matrix;
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【外文期刊】 Dey, Sudeshna ; Das, Subhram ; 等 《Journal of Molecular Evolution》 2023年91卷1期 93-131页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Evolutionary relationship;Alignment-free method;Alignment-based method;
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【外文期刊】 Allman, Elizabeth S. ; Rhodes, John A. ; 等 《Journal of computational biology: A journal of computational molecular cell biology》 2017年24卷2期 153-171页SCISCIEMEDLINE
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【外文期刊】 Thind, Amarinder Singh ; Sinha, Somdatta ; 《Current genomics》 2023年24卷3期 187-195页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 CGR;alignment-free method;SARS-CoV-2;
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【外文期刊】 Subhram Das ; Tamal Deb ; 等 《Genomics》 2018年110卷5期 263-273页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 k-mer;Alignment-free techniques;Alignment-based techniques;
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【外文期刊】 Jorge M,Silva ; Weihong,Qi ; 等 《GigaScience》 2022年12卷
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【外文期刊】 Derrick E,Wood ; Jennifer,Lu ; 等 《Genome biology》 2019年20卷1期 257页SCIMEDLINE
【关键词】 Alignment-free methods;Metagenomics;Metagenomics classification;
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【外文期刊】 Ting,Wang ; Zu-Guo,Yu ; 等 《Frontiers in microbiology》 2024年15卷 1339156页
【关键词】 alignment-free method;chaos game representation;dynamical language model;
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【外文期刊】 Luca,Pinello ; Giosuè,Lo Bosco ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2014年15卷3期 419-30页SCIMEDLINEBP
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【外文期刊】 Jaroslav,Flegr ; Daniel,Zahradník ; 等 《Communicative & integrative biology》 2022年15卷1期 96-104页MEDLINE
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【外文期刊】 Debrupa,Pal ; Sudeshna,Dey ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 1-13页SCIMEDLINECABP
【关键词】 NJ method;Protein secondary structure;alignment-free method;
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【外文期刊】 Matheus Henrique,Pimenta-Zanon ; André Yoshiaki,Kashiwabara ; 等 《BMC bioinformatics》 2025年26卷1期 66页SCIMEDLINECABP
【关键词】 Alignment-free methods;Classification of biological sequences;Genomic data analysis;
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【外文期刊】 Rahul,Jamdade ; Maulik,Upadhyay ; 等 《Plants (Basel, Switzerland)》 2021年10卷12期
【关键词】 Arabian Peninsula;alignment and alignment-free analysis;plant DNA barcoding;
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【外文期刊】 Adrian,Kania ; Krzysztof,Sarapata ; 《Computers in biology and medicine》 2022年151卷Pt A期 106243页SCIMEDLINEBP
【关键词】 Chaos game representation;Free-alignment methods;Neural networks;
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【外文期刊】 Hsin-Hsiung,Huang ; Chenglong,Yu ; 《Journal of theoretical biology》 2016年406卷 61-72页SCIMEDLINEBP
【关键词】 Alignment-free method;Out-of-place measure;Phylogenetic analysis;
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【外文期刊】 Andy,Zhang ; Oscar,Mickelin ; 等 《Biological imaging》 2024年4卷 e3页
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【外文期刊】 Simon,Orozco-Arias ; Mariana S,Candamil-Cortés ; 等 《PeerJ》 2021年9卷 e11456页
【关键词】 Classification;Free-alignment approach;LTR retrotransposons;
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【外文期刊】 Leimarembi Devi,Naorem ; Neelam,Sharma ; 等 《Computers in biology and medicine》 2023年158卷 106864页SCIMEDLINEBP
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