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            1. Chromosome-level genome assembly and structural variant analysis of two laboratory yeast strains from the Peterhof Genetic Collection lineage. oa

            【外文期刊】 Yury A,Barbitoff ; Andrew G,Matveenko ; 等 《G3 (Bethesda, Md.)》 2021年11卷4期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 FLO genes; 74-D694; Yeast genome;

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            2. Genome Assembly of the Dyeing Poison Frog Provides Insights into the Dynamics of Transposable Element and Genome-Size Evolution. oa

            【外文期刊】 Carolin,Dittrich ; Franz,Hoelzl ; 等 《Genome biology and evolution》 2024年16卷6期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 MobiSeq; amphibians; genome evolution;

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            3. flopp: Extremely Fast Long-Read Polyploid Haplotype Phasing by Uniform Tree Partitioning. oa

            【外文期刊】 Jim,Shaw ; Yun William,Yu ; 《Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology》 2022年29卷2期 195-211页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 UPEM; haplotype phasing; long-reads;

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            4. Long-read metagenomics retrieves complete single-contig bacterial genomes from canine feces. oa

            【外文期刊】 Anna,Cuscó ; Daniel,Pérez ; 等 《BMC genomics》 2021年22卷1期 330页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Canine microbiome; Dog microbiome; Fecal microbiome;

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            5. Scaffolding of long read assemblies using long range contact information. oa

            【外文期刊】 Jay,Ghurye ; Mihai,Pop ; 等 《BMC genomics》 2017年18卷1期 527页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Assembly; Hi-C; Long reads;

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            6. Long reads reveal the diversification and dynamics of CRISPR reservoir in microbiomes. oa

            【外文期刊】 Tony J,Lam ; Yuzhen,Ye ; 《BMC genomics》 2019年20卷1期 567页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 CRISPR-Cas system; Microbiome; Spacer gain and loss;

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            7. Probably Correct: Rescuing Repeats with Short and Long Reads. oa

            【外文期刊】 Monika,Cechova ; 《Genes》 2020年12卷1期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 long reads; multi-mapping; reference;

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            8. S-conLSH: alignment-free gapped mapping of noisy long reads. oa

            【外文期刊】 Angana,Chakraborty ; Burkhard,Morgenstern ; 等 《BMC bioinformatics》 2021年22卷1期 64页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Alignment-free sequence comparison; Locality sensitive hashing; Noisy long SMRT reads;

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            9. Advantages of genome sequencing by long-read sequencer using SMRT technology in medical area. oa

            【外文期刊】 Kazuma,Nakano ; Akino,Shiroma ; 等 《Human cell》 2017年30卷3期 149-161页 SCIMEDLINE

            【关键词】 De novo assembly; Extra-long reads; PacBio RS II;

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            10. Characterization of a Y-specific duplication/insertion of the anti-Mullerian hormone type II receptor gene based on a chromosome-scale genome assembly of yellow perch, Perca flavescens. oa

            【外文期刊】 Romain,Feron ; Margot,Zahm ; 等 《Molecular ecology resources》 2020年20卷2期 531-543页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 amhr2 ; long-reads sequencing; sex-determination;

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            11. A highly contiguous nuclear genome assembly of the mandarinfish Synchiropus splendidus (Syngnathiformes: Callionymidae). oa

            【外文期刊】 Martin,Stervander ; William A,Cresko ; 《G3 (Bethesda, Md.)》 2021年11卷12期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 10x Genomics; Illumina sequencing; barcoded linked-reads;

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            12. Chromosomal-level reference genome assembly of the North American wolverine (Gulo gulo luscus): a resource for conservation genomics. oa

            【外文期刊】 Si,Lok ; Timothy N H,Lau ; 等 《G3 (Bethesda, Md.)》 2022年12卷8期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Gulo gulo ; Gulo gulo luscus ; SARS-CoV-2;

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            13. Chromosome-Level Genome Assembly of the Australian Rainforest Tree Rhodamnia argentea (Malletwood). oa

            【外文期刊】 Stephanie H,Chen ; Ashley,Jones ; 等 《Genome biology and evolution》 2024年16卷11期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Rhodamnia ; Myrtaceae; genome assembly;

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            14. Exploring differential exon usage via short- and long-read RNA sequencing strategies. oa

            【外文期刊】 Dena,Leshkowitz ; Merav,Kedmi ; 等 《Open biology》 2022年12卷9期 220206页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 RNA-Seq; alternative splicing; differential exon usage;

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            15. Characterization of Six Ampeloviruses Infecting Pineapple in Reunion Island Using a Combination of High-Throughput Sequencing Approaches. oa

            【外文期刊】 Delphine,Massé ; Thierry,Candresse ; 等 《Viruses》 2024年16卷7期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Ananas comosus; ampelovirus; high-throughput sequencing;

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            16. Chromosome-level assembly reveals a putative Y-autosomal fusion in the sex determination system of the Greenland Halibut (Reinhardtius hippoglossoides). oa

            【外文期刊】 Anne-Laure,Ferchaud ; Claire,Mérot ; 等 《G3 (Bethesda, Md.)》 2022年12卷1期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 PacBio; Y-autosomal fusion; flatfish;

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            17. Identifying and correcting repeat-calling errors in nanopore sequencing of telomeres. oa

            【外文期刊】 Kar-Tong,Tan ; Michael K,Slevin ; 等 《Genome biology》 2022年23卷1期 180页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Basecalling; Long-reads; Nanopore-sequencing;

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            18. Multiplexed Assembly and Annotation of Synthetic Biology Constructs Using Long-Read Nanopore Sequencing. oa

            【外文期刊】 Francesco E,Emiliani ; Ian,Hsu ; 等 《ACS synthetic biology》 2022年11卷7期 2238-2246页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 assembly; long-reads; plasmid;

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            19. Current Advances in Genetic Testing for Spinal Muscular Atrophy. oa

            【外文期刊】 Yulin,Zhou ; Yu,Jiang ; 《Current genomics》 2023年24卷5期 273-286页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 MassArray?; Spinal muscular atrophy; digital PCR;

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            20. Correcting palindromes in long reads after whole-genome amplification. oa

            【外文期刊】 Sven,Warris ; Elio,Schijlen ; 等 《BMC genomics》 2018年19卷1期 798页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Chimeric reads; High molecular weight DNA; Long read sequencing;

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            21. Whole-genome sequence and assembly of the Javan gibbon (Hylobates moloch). oa

            【外文期刊】 Merly,Escalona ; Jake,VanCampen ; 等 《The Journal of heredity》 2023年114卷1期 35-43页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Hi-C; genome assembly; gibbon;

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            22. The Application of Long-Read Sequencing to Cancer. oa

            【外文期刊】 Luca,Ermini ; Patrick,Driguez ; 《Cancers》 2024年16卷7期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 cancer; long reads; precision oncology;

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            23. Isoform Sequencing and State-of-Art Applications for Unravelling Complexity of Plant Transcriptomes. oa

            【外文期刊】 Dong,An ; Hieu X,Cao ; 等 《Genes》 2018年9卷1期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 alternative splicing; fusion genes; genome annotation;

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            24. Identifying the causes and consequences of assembly gaps using a multiplatform genome assembly of a bird-of-paradise. oa

            【外文期刊】 Valentina,Peona ; Mozes P K,Blom ; 等 《Molecular ecology resources》 2021年21卷1期 263-286页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 GC content; Hi-C; chromosome-level assembly;

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            25. De novo genome assembly and functional annotation for Fusarium langsethiae. oa

            【外文期刊】 Ya,Zuo ; Carol,Verheecke-Vaessen ; 等 《BMC genomics》 2022年23卷1期 158页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 HT-2; Long reads; Mycotoxins;

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            26. CAREx: context-aware read extension of paired-end sequencing data. oa

            【外文期刊】 Felix,Kallenborn ; Bertil,Schmidt ; 《BMC bioinformatics》 2024年25卷1期 186页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 GPU; Next-generation sequencing; Pseudo-long reads;

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            27. Comprehensive de novo mutation discovery with HiFi long-read sequencing. oa

            【外文期刊】 Erdi,Kucuk ; Bart P G H,van der Sanden ; 等 《Genome medicine》 2023年15卷1期 34页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 De novo mutations; HiFi reads; Long-read sequencing;

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            28. Discovery of large genomic inversions using long range information. oa

            【外文期刊】 Marzieh,Eslami Rasekh ; Giorgia,Chiatante ; 等 《BMC genomics》 2017年18卷1期 65页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Inversion; Linked-reads; Long range sequencing;

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            29. Long read isoform sequencing reveals hidden transcriptional complexity between cattle subspecies. oa

            【外文期刊】 Yan,Ren ; Elizabeth,Tseng ; 等 《BMC genomics》 2023年24卷1期 108页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Alternative splicing; Cattle; Differential Isoform expression;

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            30. SLR-superscaffolder: a de novo scaffolding tool for synthetic long reads using a top-to-bottom scheme. oa

            【外文期刊】 Lidong,Guo ; Mengyang,Xu ; 等 《BMC bioinformatics》 2021年22卷1期 158页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Genome assembly; Next-generation sequencing; Scaffolding;

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            31. Strainline: full-length de novo viral haplotype reconstruction from noisy long reads. oa

            【外文期刊】 Xiao,Luo ; Xiongbin,Kang ; 等 《Genome biology》 2022年23卷1期 29页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Genome assembly; Haplotype; Long reads;

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            32. NextDenovo: an efficient error correction and accurate assembly tool for noisy long reads. oa

            【外文期刊】 Jiang,Hu ; Zhuo,Wang ; 等 《Genome biology》 2024年25卷1期 107页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Error-correction; Genome assembly; Human genomes;

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            33. Genome Announcement: Draft Genome Assembly of Heterodera humuli Generated Using Long-Read Sequencing. oa

            【外文期刊】 Lester A,Núñez-Rodríguez ; Catherine L,Wram ; 等 《Journal of nematology》 2024年56卷1期 20240029页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Heterodera humuli; cyst nematodes; hop;

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            34. Annotated genome and transcriptome of the endangered Caribbean mountainous star coral (Orbicella faveolata) using PacBio long-read sequencing. oa

            【外文期刊】 Benjamin D,Young ; Olivia M,Williamson ; 等 《BMC genomics》 2024年25卷1期 226页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Orbicella faveolata ; De-novo genome assembly; HiFi reads;

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            35. Locality-sensitive bucketing functions for the edit distance. oa

            【外文期刊】 Ke,Chen ; Mingfu,Shao ; 《Algorithms for molecular biology : AMB》 2023年18卷1期 7页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Embedding; Locality-sensitive bucketing; Locality-sensitive hashing;

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            36. Advancing apple genetics research: Malus coronaria and Malus ioensis genomes and a gene family-based pangenome of native North American apples. oa

            【外文期刊】 Anže,Švara ; Honghe,Sun ; 等 《DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes》 2024年31卷5期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 chromosome-level phased genomes; crop wild relatives; long sequence reads;

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            37. Toward Spider Glue: Long Read Scaffolding for Extreme Length and Repetitious Silk Family Genes AgSp1 and AgSp2 with Insights into Functional Adaptation. oa

            【外文期刊】 Sarah D,Stellwagen ; Rebecca L,Renberg ; 《G3 (Bethesda, Md.)》 2019年9卷6期 1909-1919页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 A. trifasciata; aggregate glue; full-length gene;

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            38. PGcloser: Fast Parallel Gap-Closing Tool Using Long-Reads or Contigs to Fill Gaps in Genomes. oa

            【外文期刊】 Peng,Lu ; Jingjing,Jin ; 等 《Evolutionary bioinformatics online》 2020年16卷 1176934320913859页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Parallel; gap-closing; long-reads;

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            39. A Chromosome-Scale Genome Assembly of the Okapi (Okapia johnstoni). oa

            【外文期刊】 Sven,Winter ; Raphael T F,Coimbra ; 等 《The Journal of heredity》 2022年113卷5期 568-576页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 10X Chromium; Giraffidae; Hi-C;

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            40. pathMap: a path-based mapping tool for long noisy reads with high sensitivity. oa

            【外文期刊】 Ze-Gang,Wei ; Xiao-Dan,Zhang ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2024年25卷2期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 long noisy reads; long-read sequencing; read mapping;

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