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【中文期刊】 Yiran Shan Qian Zhang 等 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2022年20卷5期 974-988页SCIMEDLINEISTICCSCDBP
【摘要】 Sequencing-based spatial transcriptomics(ST)is an emerging technology to study in situ gene expression patterns at the w...
【关键词】 Spatial transcriptomics；Multimodal information integration；Network-based analysis；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Shijin YUAN Yan XIA 等 《浙江大学学报（英文版）（B辑：生物医学和生物技术）》 2025年26卷4期 371-392页SCIMEDLINEISTICCSCDBP
【摘要】 Recent data suggest that vascular endothelial growth factor receptor inhibitor(VEGFRi)can enhance the anti-tumor activit...
【关键词】 Colorectal cancer(CRC)；Microsatellite stability(MSS)；Immunotherapy；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Hu-Yao Zhou Xia Wang 等 《中国神经再生研究（英文版）》 2025年20卷12期 3606-3619页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Secondary injury following spinal cord injury is primarily characterized by a complex inflammatory response,with residen...
【关键词】 acute inflammation；bioinformatics analysis；fibroblast；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘改琴 杨琪 等 《中国卫生统计》 2025年42卷6期 843-848,855页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 探讨空间主成分分析(spatial principal component analysis,spatial PCA)在卵巢癌(ovarian cancer,OC)空间转录组学数据空间域识别中的应用,识别在基因表达和组织学上空间一致的...
【关键词】 spatial PCA降维；空间转录组；空间域识别；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Xinbin Tang Jiayu Chen 等 《遗传学报》 2023年50卷9期 652-660页SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Spatial transcriptomics enables the study of localization-indexed gene expression activity in tissues,providing the tran...
【关键词】 Spatial transcriptomics；In situ sequencing；Single cell；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 葛秦涛 徐文浩 等 《现代泌尿外科杂志》 2025年30卷11期 938-946页ISTICCA
【摘要】 目的 分析肾透明细胞癌(ccRCC)中癌症相关成纤维细胞(CAF)的异质性谱系,并探讨抗原呈递CAF(apCAF)与三级淋巴结构(TLS)空间分布和形成之间的关系.方法 整合7个ccRCC单细胞测序转录组队列(n=88),运用Harmony...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张夏桐 吴文治 等 《口腔医学》 2024年44卷3期 214-220,231页ISTICCA
【摘要】 单细胞测序和空间转录组技术在生命科学领域的应用是近年的研究热点,通过联合单细胞测序及空间转录组技术,能够在单细胞水平揭示细胞特定空间位置上的信息,以进一步探究疾病发生发展的机制及疾病的防治.在口腔医学领域,这一技术已被应用于口腔组织干细胞、...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 徐子宁 王子仪 等 《皮肤科学通报》 2025年42卷4期 380-386页ISTIC
【摘要】 疾病演进是动态的生物过程,其分子网络、细胞行为与微环境的协同变化在三维空间和时间维度上呈现高度异质性.近年来,整合成像技术与高通量测序的空间转录组学实现了原位保留组织结构下的全转录组解析.通过多时间点动态采样构建的时空转录组大数据,结合机器...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 Zhuxia Li Guangdun Peng 《Biophysics Reports》 2022年8卷3期 119-135页
【摘要】 Cells and tissues are exquisitely organized in a complex but ordered manner to form organs and bodies so that individual...
【关键词】 Spatial transcriptomics；Spatial data analysis；Spatial multi-omics；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Li, Yan ; Zhou, Xiang ; 等 《Genetics: A Periodical Record of Investigations Bearing on Heredity and Variation》 2022年221卷4期
【关键词】 Cauchy combination rule;covariate-assisted analysis;false discovery rate;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Timonidis, Nestor ; Tiesinga, Paul H. E. ; 《Neuroscience and Biobehavioral Reviews》 2021年128卷 569-591页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Neuroanatomy review;Data fusion;Computational framework;
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Partel, Gabriele ; Wahlby, Carolina ; 《The FEBS journal》 2021年288卷6期 1859-1870页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 gene expression;graph representation learning;RNA profiling;
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Yang, Yi ; Shi, Xingjie ; 等 2022年23卷1期 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 spatial transcriptomics;cell phenotype;empirical Bayes;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Audrey,Hector ; Tanya,Leduc ; 等 《Neuropharmacology》 2026年289卷 110835页SCIMEDLINECABP
【关键词】 3xTg-AD mice;ALDH1L1;Astrocytes;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Martina,Morchio ; Ishwarya,Sankaranarayanan ; 等 《Pain》 2026年167卷3期 627-644页SCIMEDLINECABP
【关键词】 Chemokines;Clinical pain experience;Endothelial cells;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Jin Woo,Lee ; Hwa-Yong,Lee ; 《Stem cell research & therapy》 2023年14卷1期 379页SCIMEDLINEBP
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Dee,Velazquez ; Caleb,Hallinan ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
- 概要：
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【外文期刊】 Rui Zhuang,Sun ; Kun Peng,Qiao ; 等 《World journal of oncology》 2025年16卷6期 630-644页MEDLINE
【关键词】 Machine learning;Multi-omics integrative analysis;Pancreatic ductal adenocarcinoma;
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Hridya,Harikumar ; Myrthe,de Waard-van Baardwijk ; 等 《Histopathology》 SCIMEDLINEBP
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Célia,Sourd ; Joel,Quinn ; 等 《Molecular therapy. Advances》 2026年34卷2期 201726页
- 概要：
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【外文期刊】 Yi,Wang ; Kyla,Woyshner ; 等 《Genome biology》 2025年26卷1期 149页SCIMEDLINE
【关键词】 Dimensionality reduction;Matrix factorization;Multi-sample analysis;
- 概要：
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【外文期刊】 Minghui,Wang ; Won-Min,Song ; 等 《Molecular neurodegeneration》 2022年17卷1期 17页SCIMEDLINECABP
【关键词】 Alzheimer’s disease;And brain cell types;Clustering analysis;
- 概要：
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【外文期刊】 Lujain,Alsaleh ; Chen,Li ; 等 《Cancers》 2022年14卷19期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 breast cancer;gene expression;histopathological images;
- 概要：
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【外文期刊】 Andrea,Behanova ; Anna,Klemm ; 等 《Frontiers in physiology》 2022年13卷 832417页
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Monica,Nagendran ; Adam M,Andruska ; 等 《Bio-protocol》 2020年10卷21期 e3808页
【关键词】 In situ hybridization ;RNA localization;Single cell analysis;
- 概要：
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【外文期刊】 Yu-Tong,Liu ; Hai-Ming,Liu ; 等 《Cell reports. Medicine》 2025年6卷3期 102024页
【关键词】 immunochemotherapy;neoadjuvant immunotherapy;single-cell analysis;
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【外文期刊】 Jiayu,Chen ; Rongqin,Ke ; 《Wiley interdisciplinary reviews. RNA》 e1842页SCIMEDLINEBP
【关键词】 data analysis;gene expression profiling;in situ sequencing;
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【外文期刊】 Yang,Xu ; Dian,Lv ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2024年25卷6期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Bayesian factor analysis;dimension reduction;spatial Transcriptomics;
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【外文期刊】 Jie,Yang ; Mengjia,He ; 等 《Science China. Life sciences》 2026年69卷6期 1980-1991页
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【外文期刊】 Perry,Beamer ; Zixuan,Cang ; 《Cell reports methods》 2026年6卷5期 101376页
【关键词】 CP: computational biology;CP: systems biology;multiscale domains;
- 概要：
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【外文期刊】 Shabir,Hussain ; Muhammad,Ayoub ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2026年27卷3期 SCIMEDLINECABP
【关键词】 contrastive variational autoencoder;gene expression analysis;graph neural networks;
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【外文期刊】 Cedric,Ly ; Darius P,Schaub ; 等 《Cell reports》 2026年45卷6期 117483页SCIMEDLINECABP
【关键词】 CP: Immunology;autoimmune kidney disease;spatial analysis of T cell clonality;
- 概要：
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【外文期刊】 Junchao,Zhu ; Ruining,Deng ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2026年27卷3期 SCIMEDLINECABP
【关键词】 computational pathology;computer vision;medical image analysis;
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【外文期刊】 Hyeree,Kim ; Nico,Lachmann ; 《Frontiers in immunology》 2026年17卷 1767691页
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Jun,Li ; Yiqun,Yao ; 等 《Human mutation》 2026年2026卷 7729933页SCIMEDLINECABP
【关键词】 RNA-seq analysis;adenylate kinase 4;metabolomics analysis;
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【外文期刊】 Hailey,Sounart ; Enikő,Lázár ; 等 《Genome biology》 2023年24卷1期 237页SCIMEDLINE
【关键词】 Colocalization analysis;Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues;Host–pathogen interactions;
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【外文期刊】 Yan,Li ; Xiang,Zhou ; 等 《Genetics》 2022年221卷4期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Cauchy combination rule;Genomic Prediction;covariate-assisted analysis;
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【外文期刊】 Boyi,Guo ; Wodan,Ling ; 等 《ArXiv》
【关键词】 Spatially-resolved transcriptomics;integrative analysis;multi-sample;
- 概要：
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【外文期刊】 Jan,Martinek ; Jianan,Lin ; 等 《Cell reports. Medicine》 2022年3卷5期 100621页
- 概要：
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【外文期刊】 Helena L,Crowell ; Yixing,Dong ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 Bioconductor;R;computational biology;
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