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【学位论文】 作者： 戴存礼 导师：杨宏伟  南京农业大学  生物学 生物学；生物物理学（博士） 2020年

【摘要】 几千年来，人类文明的进化史同时也是一部材料技术的发展史，从简单的石器应用到熟练使用炼铁、炼铜技术，再到掌握复杂的半导体技术、纳米技术。人类文明越发展所用的材料尺度越小、工艺越复杂、功能也越强大。虽然半导体技术、纳米技术已具有非常强大的功能，...

【关键词】 生物物理学材料； 光子晶体；

【学位论文】 作者： 王平 导师：张小鹏 刘锋  南京大学  物理学 物理学（博士） 2019年

【摘要】 结合基因表达调控和信号转导来研究细胞的应激反应是细胞生物学的前沿课题。限于当前的实验技术条件，从单细胞水平阐明这些反应的分子机制依然是一个巨大挑战。即使能做到单细胞水平的测量，往往也只能给出在某些时间点上的测量数据，而反应本身却是动态变化的...

【关键词】 p53蛋白； HIF-1α蛋白；

【学位论文】 作者： 王晨宇 导师：缪峰  南京大学  物理学 物理学（博士） 2019年

【摘要】 现代信息技术的发展紧密依赖半导体制造、大规模集成电路和计算机架构的进步。然而，随着大数据时代的到来，与人工神经网络的兴起，原有的半导体器件、电路设计和计算架构均受到了巨大的冲击。从向人脑学习出发，神经形态计算领域孕育着崭新的可能，催生了一大...

【关键词】 仿生器件； 二维材料；

【学位论文】 作者： 王道光 导师：刘锋  南京大学  物理学 物理学（博士） 2017年

【摘要】 结合基因表达调控和信号转导来研究细胞的应激响应是当前的研究热点。p53蛋白是细胞最重要的肿瘤抑制因子之一，介导细胞应答多种应激信号，如DNA损伤、癌基因活化等。限于当前的实验条件，在单细胞水平上揭示细胞应激响应的分子机制依然是一个巨大挑战。...

【关键词】 p53蛋白； 细胞信号转导网络；

【学位论文】 作者： 陈珂 导师：王炜 王骏  南京大学  物理学 物理学（博士） 2017年

【摘要】 细胞环境下，蛋白质行使功能需要与周围复杂环境中的各种成分相互作用，从分子水平深刻认识复杂环境成分与蛋白质的相互作用，是理解蛋白质生物功能及功能失调内在本质的认知链条上不可或缺的一环。生物分子体系涉及广大的时间和空间尺度，包含复杂的相互作用和...

【关键词】 蛋白质； 分子模拟；

【学位论文】 作者： 李一然 导师：曹毅  南京大学  物理学 物理学（博士） 2017年

【摘要】 由于潮湿表面的水化作用、高盐分以及酸碱度的影响,人工合成的粘附材料在潮湿表面的应用范围受到了很大限制,并且粘附效果也大打折扣.而海洋生物贻贝可以通过足丝将自身牢牢固定在海洋中的礁石、海床甚至移动的船舶表面.研究发现,起到这种固定作用的是一种...

【关键词】 单分子力谱； 多巴；

【学位论文】 作者： 李一然 导师：曹毅  南京大学  物理学 物理学（博士） 2017年

【摘要】 由于潮湿表面的水化作用、高盐分以及酸碱度的影响，人工合成的粘附材料在潮湿表面的应用范围受到了很大限制，并且粘附效果也大打折扣。而海洋生物贻贝可以通过足丝将自身牢牢固定在海洋中的礁石、海床甚至移动的船舶表面。研究发现，起到这种固定作用的是一种...

【关键词】 贻贝足丝蛋白； 单分子力谱；

【学位论文】 作者： 李军 导师：王炜 张建  南京大学  物理学 物理学（博士） 2017年

【摘要】 核糖核酸(RNA)是一种重要的具有多功能的生物大分子。除了众所周知的可以编码蛋白质的功能外，真核细胞中大约有97％的RNA是不编码蛋白质的，称为非编码RNA。这些非编码RNA在调控基因表达、催化生化反应、细胞间信息传递等方面起到了非常重要的...

【关键词】 核糖核酸； 三级结构；

【学位论文】 作者： 唐乾元 导师：王骏  南京大学  物理学 物理学（博士） 2016年

【摘要】 在复杂系统中常常具有一些从系统整体层次展现出来的、无法还原为系统较低层次上简单因素的特征或规律，这些从系统整体层次表现出来的现象即为复杂系统的涌现行为.近年来，越来越多的实验和观测都表明，生命系统作为一种典型的非平衡系统，常常通过自组织临界...

【关键词】 蛋白质； 动力学；

【学位论文】 作者： 黄博 导师：刘锋  南京大学  物理学 物理学（博士） 2016年

【摘要】 细胞是高度复杂的系统，由各种各样的分子构成。这些分子表现出极其复杂多样的相互作用。从系统生物学的角度看，这样一个系统可以由生化网络来描述，即相互作用的细胞分子可以视为相互连接的网络组分。研究生化网络的行为可以帮助在系统层面上理解细胞活动。网...

【关键词】 细胞分子； 基因调控网络；

【学位论文】 作者： 陈秋实 导师：马余强  南京大学  物理学 物理学（博士） 2016年

【摘要】 近些年来,活性物质和生物群体的自组织行为得到越来越多的关注和重视.日常生活中,我们经常能观察到生物群体呈现出丰富的相行为和各式各样的空间结构.比如昆虫的群体运动,鸟群鱼群的迁徙,以及人类的群体行为.在实验室中我们也能观察到活性物质组成的群体...

【关键词】 群体运动； 自驱动粒子；

【学位论文】 作者： 陈秋实 导师：马余强  南京大学  物理学 物理学（博士） 2016年

【摘要】 近些年来，活性物质和生物群体的自组织行为得到越来越多的关注和重视。日常生活中，我们经常能观察到生物群体呈现出丰富的相行为和各式各样的空间结构。比如昆虫的群体运动，鸟群鱼群的迁徙，以及人类的群体行为。在实验室中我们也能观察到活性物质组成的群体...

【关键词】 自驱动粒子； 活性物质；

【学位论文】 作者： 康文斌 导师：王骏 王炜  南京大学  物理学 物理学（博士） 2016年

【摘要】 蛋白质是一种重要的生物分子，在生物体内起着催化、转运、营养储存、收缩运动、防御和调控等重要功能，与人类健康有着密切关系。微观上，这些生物功能与蛋白质三维空间结构和运动等物理性质有着密切的关系。相关生理结构和动力学的破坏则会到导致其功能的丧失...

【关键词】 内禀无序蛋白质； 石墨烯；

【学位论文】 作者： 唐乾元 导师：王骏  南京大学  物理学 物理学（博士） 2016年

【学位论文】 作者： 李振鲁 导师：马余强  南京大学  物理学 物理学（博士） 2015年

【摘要】 生物膜是生物细胞的重要组成部分，生物体通过细胞质膜将生物细胞的内外隔绝开来，通过大量的细胞内生膜将细胞器的内外隔离开来，这样可以使得生物细胞以及生物细胞器更加的功能化，使得很多的细胞内反应变得更加的安全。生物膜的组分是多样的，包含有各种各样...

【关键词】 生物膜； 胆固醇；

【学位论文】 作者： 过馨露 导师：王炜 张建  南京大学  物理学 物理学（博士） 2015年

【摘要】 蛋白质是一种重要的分子机器，在生物体内起着催化、转运、免疫等功能。这些特殊的功能是由蛋白质独特的三维结构决定的。维持蛋白质结构的稳定性对蛋白质生物功能的发挥有着重要作用。然而，蛋白质处于复杂的细胞环境中，能够与不同的细胞器、生物分子（如蛋白...

【关键词】 蛋白质； 聚合特性；

【学位论文】 作者： 崔大超 导师：王炜 李文飞  南京大学  物理学 物理学（博士） 2015年

【摘要】 蛋白质分子是生命体在分子层次上执行生物学功能的主要生物大分子，因此，理解蛋白质分子体系功能运动的微观物理机制是人们认识生命过程的关键，是近年来物理学与生命科学交叉领域人们普遍关注的核心问题之一。蛋白质分子行使其生物学功能的过程主要表现为多尺...

【关键词】 腺苷激酶； 构象运动；

【学位论文】 作者： 周春红 导师：刘锋  南京大学  物理学 物理学（博士） 2015年

【摘要】 细胞信号转导的研究对了解细胞基本生命活动的分子机制和揭示生命的本质有重要的意义。细胞每时每刻都在监控胞内外环境的变化，并针对不同的应激信号作出恰当的反应。肿瘤抑制因子p53可调控细胞应答多种应激信号，如DNA损伤、癌基因活化、端粒受损、组织...

【关键词】 细胞应答； 肿瘤抑制因子；

【学位论文】 作者： 高翔 导师：曹毅  南京大学  物理学 物理学（博士） 2015年

【摘要】 蛋白质是一类非常重要的生物大分子，在物质代谢、细胞信息传递、个体生长发育等方面均有不可替代的作用。单分子力谱被广泛地用于表征蛋白质在其生理环境下的构象变化，从而研究机械力对结构和功能的调控作用。一方面，为了行使蛋白质的正常生物功能，蛋白质需...

【关键词】 蛋白质； 单分子力谱；

【学位论文】 作者： 高翔 导师：王炜 曹毅  南京大学  物理学 物理学（博士） 2015年

【摘要】 蛋白质是一类非常重要的生物大分子,在物质代谢、细胞信息传递、个体生长发育等方面均有不可替代的作用.单分子力谱被广泛地用于表征蛋白质在其生理环境下的构象变化,从而研究机械力对结构和功能的调控作用.一方面,为了行使蛋白质的正常生物功能,蛋白质需...

【关键词】 解折叠； 配体结合；

【学位论文】 作者： 崔大超 导师：王炜 李文飞  南京大学  物理学 物理学（博士） 2015年

【学位论文】 作者： 王耀来 导师：刘锋 王炜 李俊  南京大学  物理学 物理学（博士） 2014年

【摘要】 自上世纪五十年代末分子生物学的“中心法则”提出起，探究基因转录的物质基础成了生命科学的基础性课题。到本世纪初，对实施转录的分子机器的结构解析基本完成。然而，转录机器的动态运转机制依旧未知。转录机器的功能是响应转录激活子浓度变化所携带的细胞信...

【关键词】 基因转录； 分子机器；

【学位论文】 作者： 高英杰 导师：杨宏伟  南京农业大学  生物学 生物物理学（博士） 2014年

【摘要】 国内外的大学和研究机构大多用计算机来进行对生物体的模拟仿真，针对实际模型，通过数值仿真方法可得到人体特定部位对检测信号的响应，以获得需要的数据，接着再开展成像算法及信号处理研究。电磁检测技术在生物领域的研究还主要局限在生物医学领域，针对人体...

【关键词】 生物体； 电磁计算；

【学位论文】 作者： 谭丞 导师：王炜 李文飞  南京大学  物理学 物理学（博士） 2014年

【摘要】 金属蛋白是指通过与一个或多个金属离子形成相互作用来稳定其折叠态结构以及帮助其行使功能的蛋白质。据估计，超过三分之一的蛋白质分子需要结合金属离子来正确执行它们的生物学功能，包括金属离子的存储和运输、信号转导、以及催化等。理解金属离子的结合过程...

【关键词】 钙调蛋白； 锌指蛋白；

【学位论文】 作者： 边运强 导师：王炜 张建  南京大学  物理学 物理学（博士） 2014年

【摘要】 本论文内容安排如下:第一章中，将着重介绍DNA和RNA的基本结构特征和热力学、动力学基础以及Metadynamics和它的变种采样方法;第二章中，将介绍利用简化模型对Metadynamics及其变种采样方法的准确性进行测定的工作;在第三章中...

【关键词】 脱氧核糖核酸； 核糖核酸；

【学位论文】 作者： 吕春梅 导师：王炜 曹毅  南京大学  物理学 物理学（博士） 2013年

【摘要】 力在生命活动中起着非常重要的作用，很多的生理过程，比如肌肉收缩，生物膜的融合，细胞的转运，细胞的支撑，组织转运，蛋白转化，蛋白降解，蛋白折叠与解折叠等都涉及到生命系统中各组分之间被动或主动的力的相互作用。然而在单分子的层面上，这些分子与分子...

【关键词】 凝溶胶蛋白； 力学性质；

【学位论文】 作者： 孟伟 导师：王炜 曹毅  南京大学  物理学 物理学（博士） 2013年

【摘要】 蛋白质是一类非常重要的生物大分子，在物质代谢、细胞信息传递、个体生长发育等方面均有不可替代的作用。为了行使生物功能，蛋白质必须折叠成正确的天然结构，而错误折叠常常会引起蛋白质的聚集进而导致疾病的发生。真实生物体内的蛋白质是处于复杂的物理和化...

【关键词】 蛋白质； 稳定性；

【学位论文】 作者： 朱涛 导师：马余强 蒋中英  南京大学  物理学 物理学（博士） 2013年

【摘要】 磷脂双层膜在纳米生物技术领域展现出广阔的应用前景.传感器基座、药物载体等固体表面的磷脂膜自组织行为逐渐成为材料、物理与生物交叉学科的重要问题.本论文基于大囊泡、支撑膜体系，以石英电子微天平、荧光显微镜、液相原子力显微镜为主要实验表征手段，研...

【关键词】 固体表面； 磷脂膜；

【学位论文】 作者： 潘海 导师：王炜  南京大学  物理学 物理学（博士） 2012年

【摘要】 蛋白质是生命活动中一类极其重要的大分子，是生命活动的主要承担者，蛋白质生物功能的执行与其特定的天然态空间结构密切相关，它的正确折叠保证了功能的完成，而在某些特定的条件下，蛋白质会错误折叠使得其功能发生改变甚至丧失，故揭示蛋白质分子在不同环境...

【关键词】 蛋白质； 二聚化过程；

【学位论文】 作者： 田晓军 导师：刘锋 王炜 李俊  南京大学  物理学 物理学（博士） 2012年

【摘要】 随着系统生物学的快速发展，后基因组时代的生物学逐渐从单分子研究向网络层次聚焦。本着整体论而非还原论的思想，系统生物学更注重研究生物系统中复杂的相互作用。基于此观点，生物系统被看成是包含着多层次、由相互作用和调控关系构成的调控网络，如基因表达...

【关键词】 系统生物学； 细胞应激响应；

【学位论文】 作者： 郗文辉 导师：王炜 李文飞  南京大学  物理学 物理学（博士） 2012年

【摘要】 蛋白质分子是组成生物体结构、行使生物学功能的主要生物大分子。通常情况下，蛋白质需要折叠到特定的三维立体结构才能正确行使其生物学功能，而错误的折叠则会导致功能的丧失，并可能引起疾病。例如，阿尔茨海默症、帕金森症、疯牛病等一系列神经退行性疾病就...

【关键词】 阿尔茨海默症； 蛋白质；

【学位论文】 作者： 常乐 导师：王骏 王炜  南京大学  物理学 物理学（博士） 2011年

【摘要】 生物大分子是构成生命体的物质基础，并参与了生命活动的每一个过程。这些构建生命体的生物大分子主要包括:脱氧核糖核酸(DNA)，核糖核酸(RNA)，蛋白质，以及多糖，等等。蛋白质作为生命活动的主要参加者和生物结构的主要组成成分，对生物体的生存和...

【关键词】 蛋白质； 折叠结构；

【学位论文】 作者： 张玉洁 导师：王炜 张建  南京大学  物理学 物理学（博士） 2011年

【摘要】 蛋白质是所有生物体必不可少的物质基础，它几乎参与了生命活动的每一个过程。蛋白质是由氨基酸组成的线性链，通常它会自发折叠到一个稳定的、确定的天然结构，这个确定的天然结构为蛋白质行使其功能提供了生物学基础。蛋白质能够相互结合，或者和RNA或DN...

【关键词】 蛋白质； 相互作用势；

【学位论文】 作者： 田文得 导师：马余强  南京大学  物理学 物理学（博士） 2010年

【摘要】 树枝形分子是一类具有树的拓扑结构的新型纳米级高分子。此类分子具有精确的分子结构，大量的表面官能团，相对疏水的内部空腔，独特的球形几何外观，可控的尺寸和分子量，卓越的单分散性，良好的水溶性，奇特的流体力学性质，以及表面易修饰性。树形分子结构上...

【关键词】 树枝形分子； 生物活性分子；

【学位论文】 作者： 熊礼平 导师：马余强 汤雷翰  南京大学  物理学 物理学（博士） 2010年

【摘要】 基因组测序技术让人类对遗传密码有了完整的了解，但这幅生命蓝图的解读还刚刚开始。生命体中的基因、蛋白质以及其他各种分子只有通过复杂的网络相互作用，才能实现各种生物功能，才能表现出各种生命现象。近年来，流式细胞仪和荧光显微镜等技术的发展把生化网...

【关键词】 生化系统； 分子网络；

【学位论文】 作者： 施夏清 导师：马余强  南京大学  物理学 物理学（博士） 2010年

【摘要】 本学位论文中我主要介绍了我们对于活性物质向列相有序结构统计性质的理论研究。活性物质包含多种系统。这样的系统小可如纳米尺度的蛋白质分子马达，细胞骨架中的迁移微管微丝，大到运动的细菌菌落，迁移的鱼群，鸟群等等。简单如集体振动的杆状颗粒，复杂微妙...

【关键词】 细胞骨架； 活性物质；

【学位论文】 作者： 成章 导师：王炜 刘锋  南京大学  物理学 物理学（博士） 2010年

【摘要】 基因调控网络的研究是现代分子生物学最活跃的领域之一。受细胞内外信号调控的基因表达在很多生命过程中起重要作用。基因调控网络组件间的非线性相互作用、信号通路内的正、负反馈、不同信号通路之间的偶联都能调控基因的表达。理论建模极大地促进了人们对基因...

【关键词】 基因调控网络； 生物鲁棒性；

【学位论文】 作者： 晏致强 导师：王炜 王骏  南京大学  物理学 物理学（博士） 2010年

【摘要】 蛋白质是所有生命体必不可少的物质基础，它几乎参与了生命活动的每一个过程。蛋白不仅作为酶在体内催化生化反应，而且是生物结构的组成成分，以及对细胞信号传递，免疫反应，细胞周期等起着重要的调控作用。因此，蛋白质体系是生物物理学，分子生物学，生物信...

【关键词】 蛋白质复合体； 动力学；

【学位论文】 作者： 铁祚庥 导师：王炜  南京大学  物理学 物理学（博士） 2009年

【摘要】 蛋白质是生命活动中一类极其重要的大分子，蛋白质生物功能的执行与其特有的天然态空间结构密切相关。在特定条件下，蛋白质的错误折叠，不仅会导致其特定生物功能的丧失，甚至会形成稳定的淀粉状纤维聚集。研究表明，这种纤维状聚集同很多神经退行性疾病有关，...

【关键词】 短肽； 聚集动力学；

【学位论文】 作者： 邹大维 导师：王炜  南京大学  物理学 物理学（博士） 2009年

【摘要】 很多人类的疾病,包括一些神经变性和淀粉样聚集,都表现为蛋白质和多肽分子的稳定而有序的纤维状聚集,我们称之为淀粉样纤维。研究表明,疏水相互作用、静电相互作用和氢键相互作用是蛋白质聚集的主要影响因素,特别对于那些含有特定氨基酸的可纤维化的蛋白质...

【关键词】 离子互补型； 多肽；