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【学位论文】 作者：王盟 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2013年
【摘要】 本文应用ABEEM-7P水分子模型对液态水进行了分子动力学模拟，首先在298 K，1 atm条件下研究了Berendsen方法控制的温度与压力变化情况，得到合适的τT=0.01 ps和τP=0.05 ps。根据不同温度，1 atm下计算所得...
【关键词】 ABEEM-7P水分子模型 ； 液态水 ；
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【学位论文】 作者：王越 导师：杨忠志 辽宁师范大学 物理学 原子与分子物理（硕士） 2013年
【摘要】 发生在核酸和蛋白质之间的相互作用对各种生命活动十分重要,这种作用主要依赖于核酸中的碱基与蛋白质之间氢键的形成和断裂.蛋白质的最小单元为氨基酸,氨基酸通过脱水缩合形成肽链.大量研究表明,蛋白质被生物体摄入之后,其大部分都是以肽的形式被吸收.核...
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【学位论文】 作者：朱尊伟 导师：杨忠志 辽宁师范大学 物理学 原子与分子物理（硕士） 2012年
【摘要】 光合作用是地球上最重要的有机合成反应。光合作用吸收能量的速率非常大，大概是1015瓦，这几乎是人类所用能量总功率的6倍。有了光合作用，地球上的生物才得以进化，人类文明才得以延续。因为光合作用如此重要，光合作用机制已经成为许多实验和理论工作的...
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【学位论文】 作者：王晶晶 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2012年
【摘要】 蛋白质动力学是描述蛋白质静态结构和动态结构关系的桥梁。本文应用原子与键电负性均衡方法融合进分子力学，即ABEEMσπ浮动电荷力场以及显性ABEEM-7P水模型，对GA88(PDB编码：2JWS)和GB88(PDB编码：2JWU)两个分子进行...
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【学位论文】 作者：王永杰 导师：杨忠志 辽宁师范大学 物理学 原子与分子物理（硕士） 2011年
【摘要】 蛋白质在人们生活中的作用非常重要,使得蛋白质的研究成为热点课题。本文应用ABEEMσπ／MM模型对三个蛋白质分别进行了分子动力学模拟。分别计算了模拟得到的结构与实验晶体结构相比的均方根位移偏差,得到的均方根位移偏差顺序为:骨架原子<非氢原子...
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【学位论文】 作者：于洋 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2011年
【摘要】 在生理上,核酸是多阴离子的聚合体,因此可以用金属离子中和它的负电荷。但是金属离子与核酸相互作用不仅仅是中和其负电荷,它对核酸的生物功能也有一定的作用。不同的金属离子与DNA碱基相互作用的强弱取决于离子的电荷、大小以及电子结构。本文应用ABE...
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【学位论文】 作者：霍红洁 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2011年
【摘要】
核酸和蛋白质是组成生物体的两大重要物质，蛋白质的合成取决于核酸，核酸的合成也依赖于蛋白质。碱基与蛋白质的相互作用参与生命体内的许多生物学过程，关于两者相互作用的研究是人们了解基因表达具体机制、揭开生命奥秘的关键所在。
核酸有两...
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【学位论文】 作者：赵洪伟 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2011年
【摘要】
生物体中的肽具有极其重要的生理功能，在细胞内发挥一定的生物活性，因此研究肽的性质是非常必要的。本文研究了小分子肽及二肽分子不同构象的总能量。
本文把原子—键电负性均衡方法(ABEEMσπ)和分子力场(MM)结合在一起，采用AB...
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【学位论文】 作者：陈淑玲 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（博士） 2010年
【摘要】 在药物设计中,以酶作为药物的靶点历史悠久,至今仍是重要的研究对象。临床应用的许多药物是通过特异性地抑制或者少数是激活酶活性而起到作用的,统计表明,大约有三分之一的临床药物是酶抑制剂。所以对酶与配体间相互作用的探索和研究对新药物的开发与设计是...
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【学位论文】 作者：马艳伟 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2009年
【摘要】
甘氨酸(GLY)作为最简单的蛋白质结构单元和重要的生命营养物质，在生命体系中扮演着十分重要的角色，因而探讨甘氨酸与水分子之间的相互作用具有非常重要的意义。
本论文应用原子.键电负性均衡方法融合进浮动电荷分子力场(ABEEM/M...
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【学位论文】 作者：张妍妍 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2009年
【摘要】 原子-键电负性均衡方法是在密度泛函理论和电负性均衡原理的基础上提出的。本文应用原子-键电负性均衡方法中的σ-π模型(ABEEM-σπ)，通过大量的量子化学计算，利用最小二乘法并结合自编程序，拟合确定了金属镉(II)离子和银(I)离子以及与金...
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【学位论文】 作者：徐立业 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2009年
【摘要】
生物分子与水溶液的相互作用，特别是弱相互作用一直是目前最具挑战性和最具活力的前沿课题之一。腺嘌呤作为核酸碱基最重要的组成成分之一，其与水分子的相互作用受到了普遍重视。
本文首先利用从头计算方法对腺嘌呤与1～6个水分子的作用模式...
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【学位论文】 作者：管清梅 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（博士） 2007年
【摘要】 蛋白质是组织细胞中含量最丰富、功能最多样化的生物大分子，一个细胞可能含有10万多种蛋白质，每种蛋白质具有各自不同的功能。核酸是生物的遗传信息载体，它们功能的实现要依赖于蛋白质。蛋白质功能的多样性是由其复杂的分子结构所决定的，结构的多样性保证...
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【学位论文】 作者：崔宝秋 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（博士） 2007年
【摘要】 蛋白质是生命体的重要组成部分，其中1/3的蛋白质中含有金属。这些金属离子作为金属蛋白中最重要的辅因子，承担着活性中心或结构中心的作用。目前分子力场已经成为研究金属蛋白重要的工具之一。因为分子模拟技术不仅有助于了解蛋白质结构以及溶液构象与功能...
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【学位论文】 作者：卢丽男 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2006年
【摘要】 多肽分子在许多生物过程中都起着重要的作用，它的气态和在溶液中的构象一直是人们要探究的关键问题之一。通过NMR等实验手段能够为我们提供某些相关的信息，但并不足以满足我们的需求。计算化学的模拟已经成为一个重要的工具，其模拟的结果很大程度上取决于...
【关键词】 分子力场 ； ABEEM/MM模型 ；
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【学位论文】 作者：王笑楠 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学（硕士） 2006年
【摘要】 依据密度泛函理论，体系的电子密度决定了体系的一切性质，因此准确计算分子体系的电荷分布对解释和预测它的结构和性质具有重要作用。由于传统的从头算方法所需计算量大，对于大的分子体系非常耗时。因此，发展准确的、计算上易于实行的方法用于探讨大分子的性...
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【学位论文】 作者：孙艳涛 导师：杨忠志 辽宁师范大学 化学 物理化学(理论化学)（硕士） 2004年
【摘要】 自Fleming(1881-1955,1945年获诺贝尔奖)在1929年报道的青霉素对韦氏梭菌、白喉杆菌、酿脓链球菌、绿色链球菌、葡萄球菌等呈抗菌作用<'[1,2]>,就开始了抗生素时代.青霉素的发现及应用,开创了抗生素化学治疗的新时代,使...
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