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            51. The HLA-DP peptide repertoire from human respiratory syncytial virus is focused on major structural proteins with the exception of the viral polymerase

            【外文期刊】 Lorente, Elena ; Barnea, Eilon ; 等 《Autonomic neuroscience: basic & clinical》 2019年221卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Antigen processing; Bioinformatics tools; HLA;

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            52. Biological significance, computational analysis, and applications of plant microRNAs

            【外文期刊】 Szwacka, Maria ; Pawelkowicz, Magdalena ; 等 《Acta Physiologiae Plantarum》 2018年40卷8期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Plant microRNA; Regulatory mechanisms; NGS;

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            53. Simultaneous Improvement in the Precision, Accuracy, and Robustness of Label-free Proteome Quantification by Optimizing Data Manipulation Chains

            【外文期刊】 Tang, Jing ; Fu, Jianbo ; 等 《Molecular & cellular proteomics: MCP》 2019年18卷8期 1683-1699页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Label-free quantification; Bioinformatics; Omics;

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            54. Small investments with big returns: environmental genomic bioprospecting of microbial life

            【外文期刊】 Vuong, Paton ; Wise, Michael J. ; 等 《Critical reviews in microbiology》 2022年48卷1/6期 641-655页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioprospecting; genome mining; genomics;

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            55. An update of in Silico tools for the prediction of pathogenesis in Missense variants

            【外文期刊】 Brea-Fernández, A.J. ; Ferro, M. ; 等 《Current Bioinformatics》 2011年6卷2期 185-198页

            【关键词】 Bioinformatics prediction; In silico tools; Unclassified variants;

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            56. IL-6/Stat3 suppresses osteogenic differentiation in ossification of the posterior longitudinal ligament via miR-135b-mediated BMPER reduction

            【外文期刊】 Nan,Ji ; Zhuoli,Yu ; 《Cell and Tissue Research》 2023年391卷1期 145-157页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 IL-6; Ossification of the posterior longitudinal ligament; miR-135b;

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            57. Non-coding transcription characterization and annotation: A guide and web resource for non-coding RNA databases

            【外文期刊】 Paschoal,A.R. ; Maracaja-Coutinho,V. ; 等 《RNA biology》 2012年9卷3期 274-282页

            【关键词】 Bioinformatics; Database; ncRNA;

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            58. Analyses of Livestock-Associated Staphylococcus aureus Pan-Genomes Suggest Virulence Is Not Primary Interest in Evolution of Its Genome

            【外文期刊】 Rao, Relangi Tulasi ; Sivakumar, Natesan ; 等 2019年23卷4期 224-236页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 microbial genomics; bioinformatics; drug discovery;

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            59. Interoperability with Moby 1.0 - Its better than sharing your toothbrush

            【外文期刊】 Wilkinson MD ; Senger M ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2008年9卷3期 220-231页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 semantic web; web services; interoperability;

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            60. BioInfoKnowledgeBase: Comprehensive Information Resource for Bioinformatics Tools

            【外文期刊】 Ratna Prabha ; D.P. Singh ; 等 《American Journal of Bioinformatics》 2015年4卷2期 28-33页

            【关键词】 Bioinformatics; Information Resources; Softwares;

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            61. PEDF and the serpins: Phylogeny, sequence conservation, and functional domains

            【外文期刊】 Tombran-Tink J ; Aparicio S ; 等 《Journal of Structural Biology》 2005年151卷2期 130-150页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 PEDF; serpins; bioinformatics tools;

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            62. Identification of a new oat beta-amylase by functional proteomics

            【外文期刊】 Ben Halima, Nihed ; Khemakhem, Bassem ; 等 《Biochimica et biophysica acta: BBA: International journal of biochemistry, biophysics and molecular biololgy. Proteins and Proteomics》 2016年1864卷1期 52-61页 SCISCIE

            【关键词】 Avena sativa L.; beta-Amylase; Mass spectrometry;

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            63. BamTools: a C++ API and toolkit for analyzing and managing BAM files

            【外文期刊】 Barnett, Derek W. ; Garrison, Erik K. ; 等 《Bioinformatics》 2011年27卷12期 1691-1692页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 data management; computer language; bioinformatics research;

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            64. New Distance-Based approach for Genome-Wide Association Studies

            【外文期刊】 Itziar Irigoien ; Bru Cormand ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2022年19卷5期 2938-2949页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Diseases; Genomics; Bioinformatics;

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            65. Databases, Knowledgebases, and Software Tools for Virus Informatics

            【外文期刊】 Lin Y. ; Qian Y. ; 等 2022年1368卷 1-19页 SCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics tools; Databases and knowledgebases; Precision medicine;

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            66. Degradome Assisted Plant MicroRNA Prediction Under Alternative Annotation Criteria

            【外文期刊】 Salma Alzahrani ; Christopher Applegate ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2022年19卷6期 3374-3383页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Tools; Annotations; Genomics;

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            67. Biotinidase deficiency due to a de novo mutation or gonadal mosaicism in a first child

            【外文期刊】 Tonin, Rodolfo ; Caciotti, Anna ; 等 《Clinica chimica acta: International journal of clinical chemistry and applied molecular biology》 2015年445卷 70-72页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Biotinidase deficiency; BTD; De novo mutation;

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            68. UltraSEQ, a Universal Bioinformatic Platform for Information-Based Clinical Metagenomics and Beyond

            【外文期刊】 Gemler, Bryan T. T. ; Mukherjee, Chiranjit ; 等 《Microbiology Spectrum》 2023年11卷3期

            【关键词】 bioinformatics; clinical; diagnostics;

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            69. Robust and efficient software for reference-free genomic diversity analysis of genotyping-by-sequencing data on diploid and polyploid species

            【外文期刊】 Parra-Salazar, Andrea ; Gomez, Jorge ; 等 2022年22卷1期 439-454页

            【关键词】 bioinformatics; clustering; diversity;

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            70. MicroRNA targeting by quercetin in cancer treatment and chemoprotection

            【外文期刊】 Kim, Doo Hwan ; Khan, Haroon ; 等 《Pharmacological research: The official journal of The Italian Pharmacological Society》 2019年147卷 104346-104346页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Cancer; Chemoprevention; Epigenetic regulation;

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            71. Sma3s: A three-step modular annotator for large sequence datasets

            【外文期刊】 Mu?oz-Mérida,A. ; Viguera,E. ; 等 《DNA research: an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes》 2014年21卷4期 341-353页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatic tool; Functional annotation; Genome annotation;

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            72. Deletion Detection Method Using the Distribution of Insert Size and a Precise Alignment Strategy

            【外文期刊】 Zhen Zhang ; Junwei Luo ; 等 2021年18卷3期 1070-1081页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Tools; Sprites (computer); Genomics;

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            73. Identification of carbonic anhydrase i immunodominant epitopes recognized by specific autoantibodies which indicate an improved prognosis in patients with malignancy after autologous stem cell transplantation

            【外文期刊】 Skultety, L. ; Jankovicova, B. ; 等 《Journal of proteome research》 2010年9卷10期 5171-5179页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 anti-CA autoantibodies; autologous stem cell transplantation; bioinformatics tools;

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            74. Bioinformatics Tools and Databases for Genomics-assisted Breeding and Population Genetics of Plants: A Review

            【外文期刊】 Aglawe, Supriya Babasaheb ; Verma, Amit Kumar ; 等 《Current Bioinformatics》 2021年16卷6期 766-773页

            【关键词】 Genome Assisted Breeding (GAB); bioinformatics tools; genomics;

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            75. Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and coronavirus research

            【外文期刊】 Franziska Hufsky ; Kevin Lamkiewicz ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2021年22卷2期 642-663页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 virus bioinformatics; SARS-CoV-2; sequencing;

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            76. HIV-induced cancer-all paths leading to Rome

            【外文期刊】 《Microbial Pathogenesis》 2020年139卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics analytical tools; AIDS cancer; Pathway enrichment analysis;

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            77. MELC Genomics: A Framework for De Novo Genome Assembly

            【外文期刊】 Costa, Evaldo Bezerra ; 《Journal of computational biology: A journal of computational molecular cell biology》 2018年25卷2期 194-199页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 assemblers; bioinformatics tools; data treatment;

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            78. Immunity Modulators, Repurposed Drugs and Candidate Vaccines for COVID-19: A Review

            【外文期刊】 Rashmy Nair ; Ravindra Singh Rao ; 等 2021年2卷10期

            【关键词】 COVID-19; SARS-CoV-2; antiviral drugs;

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            79. Curating the gnomAD database: Report of novel variants in the thyrogobulin gene using in silico bioinformatics algorithms

            【外文期刊】 Pio, Mauricio Gomes ; Siffo, Sofia ; 等 《Molecular and Cellular Endocrinology》 2021年534卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Thyroglobulin gene; Thyroid diseases; Missense variants;

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            80. Structural and Functional Impact of Damaging Nonsynonymous Single Nucleotide Polymorphisms (nsSNPs) on Human VPS35 Protein Using Computational Approaches

            【外文期刊】 Mirza Jawad ul Hasnain ; Farhat Amin ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2022年19卷6期 3715-3724页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Proteins; Diseases; Biological system modeling;

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            81. Expression profiling of exosomal miRNAs derived from different stages of infection in mice infected with Echinococcus granulosus protoscoleces using high-throughput sequencing

            【外文期刊】 Xiao, Jing ; Zhu, Yazhou ; 等 2022年121卷7期 1993-2008页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Echinococcosis; Immune; Expression profile;

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            82. Pattern recognition analysis on long noncoding RNAs: a tool for prediction in plants

            【外文期刊】 Tatianne da Costa Negri ; Wonder Alexandre Luz Alves ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2019年20卷2期 682-689页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 bioinformatics; tool; features;

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            83. MISIS-2: A bioinformatics tool for in-depth analysis of small RNAs and representation of consensus master genome in viral quasispecies

            【外文期刊】 Seguin, Jonathan ; Otten, Patricia ; 等 《Journal of Virological Methods》 2016年233卷 37-40页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Small RNA; siRNA; Viral quasispecies;

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            84. Rational Design of Anti-Angiogenic Peptides to Inhibit VEGF/VEGFR2 Interactions for Cancer Therapeutics

            【外文期刊】 Samaneh Ghasemali ; Safar Farajnia ; 等 2022年22卷10期 2026-2035页 SCIEMEDLINE

            【关键词】 Angiogenesis; bioinformatics tools; peptide design;

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            85. Loop modelling 1.0

            【外文期刊】 Shirvanizadeh, Niloofar ; Vriend, Gert ; 等 《Journal of molecular graphics & modelling》 2018年84卷 64-68页

            【关键词】 Bioinformatics tool; Loop modelling; Protein engineering;

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            86. Nonribosomal peptides in fungal cell factories: from genome mining to optimized heterologous production

            【外文期刊】 Vassaux, Antoine ; Meunier, Loic ; 等 《Biotechnology Advances: An International Review Journal》 2019年37卷8期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics tools; Fungal cells; Genome mining;

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            87. Modeling of DNA and Protein Organization Levels with Cn3D Software

            【外文期刊】 Stasinakis, Panagiotis K. ; Nicolaou, Despoina ; 《Biochemistry and molecular biology education》 2017年45卷2期 126-129页

            【关键词】 DNA modeling; protein modeling; Cn3D tool;

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            88. Markers and mapping revisited: finding your gene

            【外文期刊】 Jones, Neil ; Ougham, Helen ; 等 《The New Phytologist》 2009年183卷4期 935-966页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 bioinformatics; genetic variation; mapping tools;

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            89. ICRmax: An optimized approach to detect tumor-specific interchromosomal rearrangements for clinical application

            【外文期刊】 Donnard, Elisa R. ; Carpinetti, Paola A. ; 等 《Genomics》 2015年105卷5/6期 265-272页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Cancer biomarkers; Chromosomal rearrangements; Clinical application;

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            90. Maximizing computational tools for successful drug discovery

            【外文期刊】 Nantasenamat, Chanin ; Prachayasittikul, Virapong ; 《Expert opinion on drug discovery》 2015年10卷4期 321-329页

            【关键词】 bioinformatics; cheminformatics; chemogenomics;

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            91. Logviewer: A software tool to visualize quality control parameters to optimize proteomics experiments using Orbitrap and LTQ-FT mass spectrometers

            【外文期刊】 Sweredoski,M.J. ; Smith,G.T. ; 等 《Journal of biomolecular techniques :JBT》 2011年22卷4期 122-126页

            【关键词】 Bioinformatics; LC-MS/MS; Visualization tool;

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            92. Space-Efficient Indexing of Spaced Seeds for Accurate Overlap Computation of Raw Optical Mapping Data

            【外文期刊】 Riku Walve ; Simon J. Puglisi ; 等 2022年19卷4期 2454-2462页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Adaptive optics; Biomedical optical imaging; DNA;

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            93. In-silico design and molecular docking evaluation of peptides derivatives from bacteriocins and porcine beta defensin-2 as inhibitors of Hepatitis E virus capsid protein

            【外文期刊】 Carolina Quintero-Gil ; Jaime Parra-Suescún ; 等 《VirusDisease》 2017年28卷3期 281-288页

            【关键词】 Antiviral peptides; Hepatitis E virus; Bioinformatics tools;

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            94. CombTEs: combining predictions from the search for transposable elements

            【外文期刊】 Carlos Norberto Fischer ; 《International journal of bioinformatics research and applications》 2022年18卷5期 496-504页

            【关键词】 prediction combination; combining predictions; bioinformatics tools;

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            95. Differential Expression Analysis of RNA-seq Reads: Overview, Taxonomy, and Tools

            【外文期刊】 Chowdhury, Hussain Ahmed ; Bhattacharyya, Dhruba Kumar ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2020年17卷2期 566-586页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Tools; Data analysis; Bioinformatics;

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            96. Rich Chromatin Structure Prediction from Hi-C Data

            【外文期刊】 Malik, Laraib ; Patro, Rob ; 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2019年16卷5期 1448-1458页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Prediction algorithms; Biological cells; Frequency-domain analysis;

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            97. UDP-glucuronosyltransferases: Structure, Function and Drug Design Studies

            【外文期刊】 Costa Mano, Erica Candido ; Scott, Ana Ligia ; 等 《Current medicinal chemistry》 2018年25卷27期 3247-3255页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 UDP-glucuronosyltransferases; glucuronidation; drug-drug interactions;

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            98. Viral Metagenomics: A Tool for Virus Discovery and Diversity in Aquaculture

            【外文期刊】 S. V. Alavandi ; M. Poornima ; 《Indian Journal of Virology》 2012年23卷2期 88-98页

            【关键词】 Aquaculture; Bioinformatic tools; Diseases;

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            99. MicroRNA annotation in plants:current status and challenges

            【外文期刊】 Yongxin Zhao ; Zheng Kuang ; 等 2021年22卷5期 bbab075-1-bbab075-15页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 microRNA (miRNA); plant; miRNA annotation;

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            100. Performance of computational methods for the evaluation of pericentriolar material 1 missense variants in CAGI‐5

            【外文期刊】 Monzon Alexander Miguel ; Carraro Marco ; 等 《Human mutation》 2019年40卷9期 1474-1485页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 bioinformatics tools; community challenge; critical assessment;

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