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【外文期刊】 Dušan,Petrović ; Xue,Wang ; 等 《Proteins》 2018年86卷9期 935-944页 SCIMEDLINECABP
【外文期刊】 Chandrasekaran,Balakumar ; Muthusamy,Ramesh ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 2018年36卷14期 3687-3704页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 3D, three-dimensional; ADP, adenosine diphosphate; AMBER, assisted model building with energy refinement;
【外文期刊】 Jejoong,Yoo ; James,Wilson ; 等 《Biopolymers》 2016年105卷10期 752-63页 SCIMEDLINECABP
【外文期刊】 Shujie,Fan ; Bogdan I,Iorga ; 等 《Journal of computer-aided molecular design》 2020年34卷5期 543-560页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 AMBER force field; CHARMM force field; Free energy perturbation;
【外文期刊】 Pengfei,Li ; Kenneth M,Merz ; 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2021年2199卷 257-275页
【关键词】 AMBER; Force field; GROMACS;
【外文期刊】 Maureen Bilinga,Tendwa ; Lorna,Chebon-Bore ; 等 《Molecules (Basel, Switzerland)》 2021年26卷10期 SCIMEDLINECA
【关键词】 AMBER force field parameters; Seminario approach; dihydropyrimidine dehydrogenase (DPD);
【外文期刊】 Ilyas,Yildirim ; 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2019年2022卷 55-74页
【关键词】 AMBER force field; Discrete path sampling; Free energy;
【外文期刊】 Steven K,Burger ; G Andrés,Cisneros ; 《Journal of computational chemistry》 2013年34卷27期 2313-9页 SCIMEDLINECA
【关键词】 AMBER; bulk properties; force field parameters;
【外文期刊】 Barış,Kurt ; Hamdi,Temel ; 《Molecules (Basel, Switzerland)》 2020年25卷9期 SCIMEDLINECA
【关键词】 Amber; boron; force field;
【外文期刊】 Jiansong,Fang ; Ping,Wu ; 等 《Acta pharmaceutica Sinica. B》 2014年4卷6期 430-7页
【关键词】 ACh, acetylcholine; AChE, acetylcholinesterase; AChEIs, acetylcholinesterase inhibitors;
【外文期刊】 Zineb,Elftmaoui ; Emmanuelle,Bignon ; 《International journal of molecular sciences》 2023年24卷19期 SCIMEDLINE
【关键词】 AMBER force field parameters; S-glutathionylation; molecular dynamics simulations;
【外文期刊】 P,Aparna ; Mary,Varughese ; 等 《Biopolymers》 2016年105卷2期 55-64页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Amber force field parameter changes in groove width; modified base; molecular dynamics;
【外文期刊】 Olivier,Sheik Amamuddy ; Thommas Mutemi,Musyoka ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2020年18卷 1103-1120页 SCIMEDLINE
【关键词】 3D, Three-dimensional; ACPYPE, AnteChamber Python Parser interface; Amber force field parameters;
【外文期刊】 Barış,Kurt ; 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 2025年43卷2期 830-842页 SCIMEDLINECABP
【外文期刊】 Taináh M R,Santos ; Camila A,Tavares ; 等 《Journal of molecular modeling》 2023年29卷4期 123页 SCIMEDLINE
【关键词】 AMBER force field; Autophagy; Docking;
【外文期刊】 Camila A,Tavares ; Taináh M R,Santos ; 等 《Journal of molecular graphics & modelling》 2023年122卷 108511页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 AMBER Force field; Alzheimer's disease; Docking;
【外文期刊】 Juliusz,Stasiewicz ; Sunandan,Mukherjee ; 等 《BMC structural biology》 2019年19卷1期 5页 MEDLINE
【关键词】 3D structure; AMBER force field; DNA;
【外文期刊】 Antistio,Alviz-Amador ; Rodrigo,Galindo-Murillo ; 等 《Data in brief》 2018年21卷 2581-2589页
【关键词】 AMBER; Force field parameterization; Gaff;
【外文期刊】 Maria Assunta,Chiacchio ; Laura,Legnani ; 等 《Molecules (Basel, Switzerland)》 2023年28卷6期 SCIMEDLINECA
【关键词】 MD simulations; amber; boron;
【外文期刊】 Zhao, Chang ; Hong, Liang ; 等 2021年153卷9期 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 GATED PROTON CHANNEL; UNNATURAL AMINO-ACIDS; SUPPRESSOR TRANSFER-RNAS;
【外文期刊】 Jesper Sorensen ; David S. Palmer ; 等 《Journal of Agricultural and Food Chemistry》 2013年61卷33期 7949-7959页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 MM-PBSA; molecular dynamics; amber force field;
【外文期刊】 Pokorna, Pavlina ; Mlynsky, Vojtech ; 等 《International Journal of Biological Macromolecules: Structure, Function and Interactions》 2024年261卷Pt.2期 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 G-Quadruplex; Folding; Molecular dynamics;
【外文期刊】 Ribaudo, Giovanni ; Ongaro, Alberto ; 等 2021年64卷18期 13174-13190页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; MONOVALENT ION PARAMETERS; HUMAN TELOMERIC DNA;
【外文期刊】 Kazmin D ; Prytkova T ; 等 《Molecular Endocrinology》 2006年20卷6期 1201-1217页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 BONE-MINERAL DENSITY; POSTMENOPAUSAL WOMEN; ESTROGEN-RECEPTOR;
【外文期刊】 Bansal, Prateek D. ; Dutta, Soumajit ; 等 《Biophysical Journal》 2023年122卷7期 1400-1413页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; PROTEIN-COUPLED RECEPTORS; GENERAL FORCE-FIELD;
【外文期刊】 Bowleg, Jerrano L. ; Mikek, Clinton G. ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2024年42卷3/4期 2162-2169页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 G-quadruplex DNA; molecular dynamics simulations; diminazene;
【外文期刊】 Rastelli G ; Degliesposti G ; 等 《Chemical biology and drug design》 2009年73卷3期 283-286页
【关键词】 AMBER; BEAR; binding free energy;
【外文期刊】 Moin, S.T. ; Hofer, T.S. ; 等 《European Biophysics Journal》 2011年40卷6期 715-726页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 15S-lipoxygenase; AMBER force field parameterization; Molecular dynamics simulation;
【外文期刊】 Slingsby, Jason G. ; Vyas, Shubham ; 等 《Molecular simulation》 2015年41卷16/18期 1449-1458页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoglycerol; phospholipid; G09;
【外文期刊】 Aparna, P. ; Varughese, Mary ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2016年105卷2期 55-64页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 yDNA; modified base; molecular dynamics;
【外文期刊】 Petrovi? Du?an ; Wang Xue ; 等 《Proteins: Structure, Function, and Genetics》 2018年86卷9期 935-944页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 AMBER; CHARMM; force field benchmark;
【外文期刊】 Homeyer N ; Horn AHC ; 等 《Journal of molecular modeling》 2006年12卷3期 281-289页 SCISCIE
【关键词】 AMBER; parameters; phosphorylated amino acids;
【外文期刊】 Bergonzo, Christina ; Henriksen, Niel M. ; 等 《RNA》 2015年21卷9期 1578-1590页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 enhanced sampling; replica exchange; molecular dynamics;
【外文期刊】 Frau J. ; Munoz F. ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 1998年45卷2期 119-133页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Conformations of d-alanyl-o-alanine; Beta-lactam; Structural overlay;
【外文期刊】 Tavares C.A. ; Santos T.M.R. ; 等 《Journal of molecular graphics & modelling》 2023年122卷
【关键词】 Alzheimer's disease; AMBER Force field; Docking;
【外文期刊】 McGrath, Hugo ; Cernekova, Michaela ; 等 《Biophysical Journal》 2022年121卷23期 4443-4451页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 AMBER FORCE-FIELD; MOLECULAR-DYNAMICS; STRUCTURAL INSIGHT;
【外文期刊】 Krasnenko V ; Tkaczyk AH ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2005年78卷3期 140-146页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 green fluorescent protein; molecular mechanics calculation; AMBER force field;
【外文期刊】 Li, Shuxiang ; Peng, Yunhui ; 等 《Nucleic Acids Research》 2022年50卷4期 1864-1874页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 AMBER FORCE-FIELD; CYTOSINE METHYLATION; CORE PARTICLE;
【外文期刊】 Chowdhury S. ; Zhang W. ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2003年68卷1期 63-75页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Hydrophobic clusters; Rate limiting step; Alanine-based peptide;
【外文期刊】 Yui T ; Taki N ; 等 《International Journal of Biological Macromolecules: Structure, Function and Interactions》 2007年40卷4期 336-344页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 beta-chitin crystal structure; minicrystal models; AMBER molecular modeling;
【外文期刊】 Krishna Bisetty ; Jesus Gomez-Catalan ; 等 《Journal of peptide science: An official publication of the European Peptide Society》 2004年10卷5期 274-284页 SCISCIEMEDLINE
【关键词】 ab initio calculations; AMBER force field; cage monopeptide;
【外文期刊】 Kohestani, Havva ; Wereszczynski, Jeff ; 《Biophysical Journal》 2023年122卷7期 1229-1239页 SCISCIEMEDLINE
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