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            【外文期刊】 Lekha,Bandopadhyay ; Debabrata,Basu ; 等 《Functional & integrative genomics》 2024年24卷2期 43页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 De novo transcriptome assembly; Aphid tolerant wild crucifer; Differential gene expression analysis;

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            52. De Novo Assembly of Two Swedish Genomes Reveals Missing Segments from the Human GRCh38 Reference and Improves Variant Calling of Population-Scale Sequencing Data. oa

            【外文期刊】 Adam,Ameur ; Huiwen,Che ; 等 《Genes》 2018年9卷10期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 GRCh38; SMRT sequencing; Swedish population;

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            53. The Neurotranscriptome of Monochamus alternatus. oa

            【外文期刊】 Xiaohong,Han ; Mingqing,Weng ; 等 《International journal of molecular sciences》 2024年25卷8期 SCIMEDLINE

            【关键词】 Monochamus alternatus; chemosensory receptors; de novo genome assembly;

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            54. Head transcriptome profiling of glossiphoniid leech (Helobdella austinensis) reveals clues about proboscis development. oa

            【外文期刊】 Hee-Jin,Kwak ; Sung-Gwon,Lee ; 等 《Open biology》 2022年12卷3期 210298页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 de novo transcriptome assembly; differentially expressed genes; leech;

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            55. Epichloë scottii sp. nov., a new endophyte isolated from Melica uniflora is the missing ancestor of Epichloë disjuncta. oa

            【外文期刊】 Torsten,Thünen ; Yvonne,Becker ; 等 《IMA fungus》 2022年13卷1期 2页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Alkaloid profile; BUSCO multigene-phylogeny; Epichlo?;

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            56. Integrated hybrid de novo assembly technologies to obtain high-quality pig genome using short and long reads.

            【外文期刊】 Heng,Du ; Chenguang,Diao ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2021年22卷5期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 de novo assembly; Duroc pig; hybrid assembly;

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            57. Prediction and Characterization of miRNA/Target Pairs in Non-Model Plants Using RNA-seq.

            【外文期刊】 Kira C M,Neller ; Alexander,Klenov ; 等 《Current protocols in plant biology》 2019年4卷2期 e20090页

            【关键词】 RNA-seq; de novo transcriptome assembly; differential expression;

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            58. The genome of Naegleria lovaniensis, the basis for a comparative approach to unravel pathogenicity factors of the human pathogenic amoeba N. fowleri. oa

            【外文期刊】 Nicole,Liechti ; Nadia,Schürch ; 等 《BMC genomics》 2018年19卷1期 654页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Comparative genomics; Genome de novo assembly; Naegleria fowleri;

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            59. Computationally designed peptides for self-assembly of nanostructured lattices.

            【外文期刊】 Huixi Violet,Zhang ; Frank,Polzer ; 等 《Science advances》 2016年2卷9期 e1600307页

            【关键词】 Peptide; computational design; de novo design;

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            60. De novo assembly of Aureococcus anophagefferens transcriptomes reveals diverse responses to the low nutrient and low light conditions present during blooms.

            【外文期刊】 Kyle R,Frischkorn ; Matthew J,Harke ; 等 《Frontiers in microbiology》 2014年5卷 375页

            【关键词】 Aureococcus anophagefferens; de novo assembly; eco-physiology;

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            61. Direct sequencing of human gut virome fractions obtained by flow cytometry.

            【外文期刊】 Mária,Džunková ; Giuseppe,D'Auria ; 等 《Frontiers in microbiology》 2015年6卷 955页

            【关键词】 bacteriophages; de novo assembly; fluorescent activated cell sorting;

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            62. Complete genome of single locus sequence typing D1 strain Cutibacterium acnes CN6 isolated from healthy facial skin.

            【外文期刊】 Ikwhan,Kim ; Da-Ryung,Jung ; 等 《BMC genomic data》 2024年25卷1期 94页

            【关键词】 Cutibacterium acnes ; De novo assembly; Healthy skin;

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            63. Dynamic Analyses of Transcriptome and Metabolic Profiling: Revealing Molecular Insight of Aroma Synthesis of Mango (Mangifera indica L. Var. Tainong).

            【外文期刊】 Ming,Xin ; Changbao,Li ; 等 《Frontiers in plant science》 2021年12卷 666805页

            【关键词】 RT-PCR; aromatic compound; de novo transcriptome assembly;

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            64. De novo Assembly of Leaf Transcriptome in the Medicinal Plant Andrographis paniculata.

            【外文期刊】 Neeraja,Cherukupalli ; Mayur,Divate ; 等 《Frontiers in plant science》 2016年7卷 1203页

            【关键词】 Andrographis paniculata; cytochrome P450; de novo assembly;

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            65. The genome of the solitary bee Tetrapedia diversipes (Hymenoptera, Apidae). oa

            【外文期刊】 Priscila K F,Santos ; Natalia,de Souza Araujo ; 等 《G3 (Bethesda, Md.)》 2025年15卷2期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Tetrapedia diversipes ; Neotropical; de novo assembly;

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            66. Accurate long-read sequencing allows assembly of the duplicated RHD and RHCE genes harboring variants relevant to blood transfusion. oa

            【外文期刊】 Zhe,Zhang ; Hyun Hyung,An ; 等 《American journal of human genetics》 2022年109卷1期 180-191页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 RH genes; de novo assembly; long-read sequencing;

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            67. High-Quality Genome Assembly and Comprehensive Transcriptome of the Painted Lady Butterfly Vanessa cardui. oa

            【外文期刊】 Linlin,Zhang ; Rachel A,Steward ; 等 《Genome biology and evolution》 2021年13卷7期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 PacBio sequencing; RNA-seq; butterfly wing;

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            68. 454 pyrosequencing-based analysis of gene expression profiles in the amphipod Melita plumulosa: transcriptome assembly and toxicant induced changes.

            【外文期刊】 Sharon E,Hook ; Natalie A,Twine ; 等 《Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands)》 2014年153卷 73-88页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Amphipod; De novo assembly; RNA Seq;

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            69. The complete mitochondrial genome of the grooved carpet shell, Ruditapes decussatus (Bivalvia, Veneridae).

            【外文期刊】 Fabrizio,Ghiselli ; Liliana,Milani ; 等 《PeerJ》 2017年5卷 e3692页

            【关键词】 Bivalve molluscs; Codon usage; Comparative mitochondrial genomics;

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            70. Global gene expression and pigment analysis of two contrasting flower color cultivars of Canna.

            【外文期刊】 Abhinandan Mani,Tripathi ; Abhishek,Niranjan ; 等 《Plant physiology and biochemistry : PPB》 2018年127卷 1-10页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Anthocyanins; Canna; De-novo assembly;

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            71. Enabling technology and core theory of synthetic biology.

            【外文期刊】 Xian-En,Zhang ; Chenli,Liu ; 等 《Science China. Life sciences》 2023年66卷8期 1742-1785页

            【关键词】 DNA storage; artificial intelligent (AI); biofoundry;

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            72. Systematic Comparison of the Performances of De Novo Genome Assemblers for Oxford Nanopore Technology Reads From Piroplasm.

            【外文期刊】 Jinming,Wang ; Kai,Chen ; 等 《Frontiers in cellular and infection microbiology》 2021年11卷 696669页

            【关键词】 Babesia motasi; Oxford Nanopore Technology; Piroplasm;

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            73. Improvement of the Threespine Stickleback Genome Using a Hi-C-Based Proximity-Guided Assembly. oa

            【外文期刊】 Catherine L,Peichel ; Shawn T,Sullivan ; 等 《The Journal of heredity》 2017年108卷6期 693-700页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Gasterosteus aculeatus; chromosome conformation capture; de novo genome assembly;

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            74. The chromosome-level draft genome of Dalbergia odorifera.

            【外文期刊】 Zhou,Hong ; Jiang,Li ; 等 《GigaScience》 2020年9卷8期

            【关键词】 Dalbergia odorifera T. Chen; de novo sequencing; annotation;

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            75. A nontuberculous mycobacterium could solve the mystery of the lady from the Franciscan church in Basel, Switzerland. oa

            【外文期刊】 Mohamed S,Sarhan ; Christina,Wurst ; 等 《BMC biology》 2023年21卷1期 9页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Ancient DNA (aDNA); Anna Catharina Bischoff (ACB); Bacteriophage;

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            76. Identification of Putative Precursor Genes for the Biosynthesis of Cannabinoid-Like Compound in Radula marginata.

            【外文期刊】 Tajammul,Hussain ; Blue,Plunkett ; 等 《Frontiers in plant science》 2018年9卷 537页

            【关键词】 Radula; Radula marginata; a prospective alternate to cannabinoids;

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            77. Construction and characterization of a de novo draft genome of garden cress (Lepidium sativum L.).

            【外文期刊】 Aysenur Soyturk,Patat ; Fatima,Sen ; 等 《Functional & integrative genomics》 2022年22卷5期 879-889页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 De novo assembly; Heavy metal–associated protein; R gene;

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            78. Comprehensive inbred variation discovery in Bama pigs using de novo assemblies.

            【外文期刊】 Li,Zhang ; Yuemeng,Huang ; 等 《Gene》 2018年679卷 81-89页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Bama Xiang pig; De novo assembly; Genomics;

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            79. De novo genome assembly of a probiotic Lacticaseibacillus rhamnosus ISO20, isolated from raw milk in South Africa.

            【外文期刊】 Goitsemang,Makete ; Tshifhiwa Paris,Mamphogoro ; 《Microbiology resource announcements》 2024年13卷3期 e0122723页

            【关键词】 Lacticaseibacillus rhamnosus; de novo assembly; facultative anaerobic heterofermentative bacteria;

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            80. A Nanopore Sequencing Course for Graduate School Curriculum.

            【外文期刊】 Kazuharu,Arakawa ; 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2023年2632卷 113-127页

            【关键词】 Complete bacterial genome sequencing; De novo assembly; Education;

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            81. Completion of draft bacterial genomes by long-read sequencing of synthetic genomic pools. oa

            【外文期刊】 Hooman,Derakhshani ; Steve P,Bernier ; 等 《BMC genomics》 2020年21卷1期 519页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Bacterial genomics; De novo assembly; Hybrid assembly;

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            82. Data of de novo assembly and annotation of transcriptome from Aspidistra fenghuangensis (Asparagaceae: Nolinoideae).

            【外文期刊】 Ran,Meng ; Ji-Yuan,Zhang ; 等 《Data in brief》 2020年31卷 105738页

            【关键词】 Aspidistra fenghuangensis; De novo assembly; Functional annotation;

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            83. FMLRC: Hybrid long read error correction using an FM-index. oa

            【外文期刊】 Jeremy R,Wang ; James,Holt ; 等 《BMC bioinformatics》 2018年19卷1期 50页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 BWT; FM-Index; Hybrid error correction;

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            84. Transcriptomic Analysis of the Endangered Neritid Species Clithon retropictus: De Novo Assembly, Functional Annotation, and Marker Discovery. oa

            【外文期刊】 So Young,Park ; Bharat Bhusan,Patnaik ; 等 《Genes》 2016年7卷7期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Clithon retropictus; de novo assembly; functional annotation;

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            85. De novo assembly of the transcriptomes of two yellow mangroves, Ceriops tagal and C. zippeliana, and one of their terrestrial relatives, Pellacalyx yunnanensis.

            【外文期刊】 Yuchen,Yang ; Shuhuan,Yang ; 等 《Marine genomics》 2015年23卷 33-6页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Annotation; Ceriops; De novo assembly;

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            86. De novo genome and transcriptome resources of the Adzuki bean borer Ostrinia scapulalis (Lepidoptera: Crambidae).

            【外文期刊】 B,Gschloessl ; F,Dorkeld ; 等 《Data in brief》 2018年17卷 781-787页

            【关键词】 Crambidae; De novo assembly; Gene prediction;

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            87. Chromatin dynamics and DNA replication roadblocks.

            【外文期刊】 Ian,Hammond-Martel ; Alain,Verreault ; 等 《DNA repair》 2021年104卷 103140页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 DNA repair; DNA replication; De novo chromatin assembly;

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            88. An updated de novo transcriptome for green ash (Fraxinus pennsylvanica). oa

            【外文期刊】 Jordan J,Brungardt ; Clive H,Bock ; 《G3 (Bethesda, Md.)》 2023年13卷6期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 de novo ; fraxinus pennsylvanica ; RNA-seq;

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            89. Genome sequence and description of the heavy metal tolerant bacterium Lysinibacillus sphaericus strain OT4b.31. oa

            【外文期刊】 Tito David,Peña-Montenegro ; Jenny,Dussán ; 《Standards in genomic sciences》 2013年9卷1期 42-56页 MEDLINE

            【关键词】 DNA homology; Lysinibacillus sphaericus OT4b.31; Sip1A coleopteran toxin;

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            90. Transcriptome profiling of lentil (Lens culinaris) through the first 24 hours of Ascochyta lentis infection reveals key defence response genes. oa

            【外文期刊】 Mahsa,Khorramdelazad ; Ido,Bar ; 等 《BMC genomics》 2018年19卷1期 108页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Ascochyta lentis; De novo assembly; Defence response;

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            91. Nanopore sequencing and full genome de novo assembly of human cytomegalovirus TB40/E reveals clonal diversity and structural variations. oa

            【外文期刊】 Timokratis,Karamitros ; Bonnie,van Wilgenburg ; 等 《BMC genomics》 2018年19卷1期 577页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Human cytomegalovirus; MinION; Mutation;

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            92. Identification of interleukin genes in Pogona vitticeps using a de novo transcriptome assembly from RNA-seq data.

            【外文期刊】 Alexandra,Livernois ; Kristine,Hardy ; 等 《Immunogenetics》 2016年68卷9期 719-31页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Cytokine; De novo assembly; Interleukin;

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            93. RNA-seq, de novo transcriptome assembly and flavonoid gene analysis in 13 wild and cultivated berry fruit species with high content of phenolics. oa

            【外文期刊】 Vera,Thole ; Jean-Etienne,Bassard ; 等 《BMC genomics》 2019年20卷1期 995页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 13 berry fruit species; Anthocyanin; Fruit ripening;

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            94. Compacta: a fast contig clustering tool for de novo assembled transcriptomes. oa

            【外文期刊】 Fernando G,Razo-Mendivil ; Octavio,Martínez ; 等 《BMC genomics》 2020年21卷1期 148页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Corset; Grouper; RNA-Seq;

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            95. Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data. oa

            【外文期刊】 Vasanthan,Jayakumar ; Yasubumi,Sakakibara ; 《Briefings in bioinformatics》 2019年20卷3期 866-876页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 de novo assembly; PacBio SMRT; assembly evaluation;

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            96. Considering admixture when producing draft genomes: an example in North American ratsnakes (Pantherophis alleghaniensis/Pantherophis obsoletus). oa

            【外文期刊】 Frank T,Burbrink ; Sean M,Harrington ; 等 《G3 (Bethesda, Md.)》 2023年13卷8期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Pantherophis alleghaniensis ; Pantherophis obsoletus ; admixture;

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            97. Whole-genome analysis of giraffe supports four distinct species.

            【外文期刊】 Raphael T F,Coimbra ; Sven,Winter ; 等 《Current biology : CB》 2021年31卷13期 2929-2938.e5页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Giraffa; chromium de novo assembly; demographic inference;

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            98. De novo genome assembly of the bioluminescent mushroom Omphalotus guepiniiformis reveals an Omphalotus-specific lineage of the luciferase gene block.

            【外文期刊】 Jaewook,Kim ; Mi-Jeong,Park ; 等 《Genomics》 2022年114卷6期 110514页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 De novo assembly; Genome; Luminescence;

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            99. Complete Genome Sequence of the Itraconazole Decreased Susceptible Madurella fahalii Type-Strain CBS 129176. oa

            【外文期刊】 Mickey,Konings ; Bert,Gerrits van den Ende ; 等 《Mycopathologia》 2024年189卷1期 6页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 De novo genome assembly; Decreased itraconazole susceptibility; Madurella fahalii;

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            100. Comparison of carnivore, omnivore, and herbivore mammalian genomes with a new leopard assembly. oa

            【外文期刊】 Soonok,Kim ; Yun Sung,Cho ; 等 《Genome biology》 2016年17卷1期 211页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Carnivorous diet; Comparative genomics; De novo assembly;

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