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【外文期刊】 David B,Morse ; Aleksandra M,Michalowski ; 等 《Cell systems》 2023年14卷6期 464-481.e7页
【关键词】 RNA sequencing;genomics;oncology;
- 概要：
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【外文期刊】 Guangzhe,Zheng ; Shaobo,Chen ; 等 《Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)》 2025年12卷2期 e2404491页
【关键词】 intratumor spatial heterogeneity;papillary thyroid cancer;spatial evolution;
- 概要：
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- 结论：
【外文期刊】 Sungwoo,Bae ; Hyekyoung,Lee ; 等 《Genome medicine》 2025年17卷1期 33页SCIMEDLINECABP
- 概要：
- 方法：
- 结论：
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Denis,Bienroth ; Hieu T,Nim ; 等 《Visual computing for industry, biomedicine, and art》 2022年5卷1期 2页
【关键词】 Fish tank virtual reality;Head-mounted display;Immersive analytics;
- 概要：
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【外文期刊】 Xi,Jiang ; Lei,Dong ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 Bayesian hierarchical model;Cellular morphological features;Single-cell resolution;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Angelica,Johansson ; Eirini,Kalliara ; 等 《Biomedicines》 2025年13卷1期
【关键词】 TCR sequencing;biomarker discovery;cutaneous T-cell lymphoma;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Yanrong,Zheng ; Weiwei,Hu ; 《Frontiers in cell and developmental biology》 2023年11卷 1301013页
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Yao,Li ; Xiaobin,Liu ; 等 《Cell systems》 2025年16卷4期 101243页
【关键词】 3D regulatory atlas;cellular interaction mapping;gene regulatory network;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Cong,Ma ; Uthsav,Chitra ; 等 《Cell systems》 2022年13卷10期 786-797.e13页
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Jian,Hu ; Amelia,Schroeder ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2021年19卷 3829-3841页SCIMEDLINE
【关键词】 Cell-cell communications;Celltype deconvolution;Spatial clustering;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Chuanchao,Zhang ; Xinxing,Li ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2023年24卷4期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 self-representation learning;spatial domain identification;spatial information;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Madhavi,Tippani ; Heena R,Divecha ; 等 《Biological imaging》 2023年3卷 e23页
- 概要：
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【外文期刊】 Shuo,Chen ; Yuzhou,Chang ; 等 《Acta neuropathologica communications》 2022年10卷1期 188页
【关键词】 Alzheimer’s disease;Astrocytes;Human middle temporal gyrus;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Lei,Zhang ; Shu,Liang ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2024年25卷4期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 graph augmentation;graph convolutional network;multi-view graph contrastive learning;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Anastasia,Magoulopoulou ; Sergio Marco,Salas ; 等 《Annual review of genomics and human genetics》 2023年24卷 133-150页SCIMEDLINECA
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Jianing,Yao ; Jinglun,Yu ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 Spatially-resolved transcriptomics;contrastive learning;graph-based autoencoder;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Sikta Das,Adhikari ; Jiaxin,Yang ; 等 《ArXiv》
【关键词】 Single cell RNA sequencing;Spatial transcriptomics;Spatially resolved transcriptomics;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Xi,Jiang ; Yanghong,Guo ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 domain-representative gene (DRG);functional principal component analysis (fPCA);spatial expression pattern;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Kinnary,Shah ; Michael S,Totty ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 dorsal anterior cingulate cortex;postmortem human brain;single-nucleus RNA-sequencing;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Yong,Bai ; Xiangyu,Guo ; 等 《Genome biology》 2025年26卷1期 230页SCIMEDLINE
【关键词】 Cell–cell interaction;Deep learning;Multi-section integration;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Xiya,Guo ; Jin,Ning ; 等 《Briefings in functional genomics》 2024年23卷2期 95-109页SCIMEDLINECABP
【关键词】 challenges and opportunities;computational methods;differential expression analysis;
- 概要：
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- 结论：
【外文期刊】 Sikta,Das Adhikari ; Jiaxin,Yang ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2024年23卷 883-891页SCIMEDLINE
【关键词】 Single cell RNA sequencing;Spatial transcriptomics;Spatially resolved transcriptomics;
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Michaela,Asp ; Joseph,Bergenstråhle ; 等 《BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology》 2020年42卷10期 e1900221页SCIMEDLINEBP
【关键词】 RNA;RNA-sequencing;gene expression;
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【外文期刊】 C Nelson,Hayes ; Hikaru,Nakahara ; 等 《Genes》 2024年15卷12期 SCIMEDLINECABP
- 概要：
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【外文期刊】 Zhining,Sui ; Ziyi,Li ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 deep learning;digital pathology;spatially resolved transcriptomics;
- 概要：
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- 结论：
【外文期刊】 Roxana,Zahedi ; Reza,Ghamsari ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2024年25卷2期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Spatially resolved transcriptomics;deep learning;gene expression;
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【外文期刊】 Boyi,Guo ; Wodan,Ling ; 等 《Small methods》 2025年9卷5期 e2401194页
- 概要：
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【外文期刊】 Sang Ho,Kwon ; Sowmya,Parthiban ; 等 《GEN biotechnology》 2023年2卷5期 399-417页
【关键词】 Alzheimer's disease;RNA-protein co-detection;Spatially-resolved transcriptomics;
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【外文期刊】 Weiwei,Zhou ; Qingyi,Yang ; 等 《Molecular biology and evolution》 2025年42卷11期 SCIMEDLINECABP
【关键词】 database;immune cells;microbiota;
- 概要：
- 方法：
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【外文期刊】 Wendong,Huang ; Yaofeng,Hu ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2024年26卷1期 SCIMEDLINECABP
【关键词】 cross-dimensional transfer learning;graph transformers;spatial regulatory network inference;
- 概要：
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【外文期刊】 Honglin,Duan ; Tao,Cheng ; 等 《Blood science (Baltimore, Md.)》 2023年5卷1期 1-14页
【关键词】 In situ hybridization;In situ sequencing;Spatially resolved multi-omics;
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【外文期刊】 Yunguan,Wang ; David,Adeleke ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 Primary sclerosing cholangitis;cell-cell communication;macrophage;
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【外文期刊】 Zhiyuan,Yuan ; Jianhua,Yao ; 《Seminars in cancer biology》 2023年95卷 25-41页SCIMEDLINEBP
- 概要：
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【外文期刊】 Qian,Wang ; Yuan,Zhi ; 等 《Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)》 2023年10卷30期 e2302558页
【关键词】 cancer-associated fibroblast (CAF);spatially resolved transcriptomics (SRT);tertiary lymphoid structure (TLS);
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【外文期刊】 Xinxing,Li ; Wendong,Huang ; 等 《Frontiers in genetics》 2023年14卷 1202409页
【关键词】 autoencoder;graph convolutional neural network;spatial domain identification;
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【外文期刊】 Iivari,Kleino ; Paulina,Frolovaitė ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2022年20卷 4870-4884页SCIMEDLINE
【关键词】 AOI, area of illumination;BICCN, Brain Initiative Cell Census Network;BOLORAMIS, barcoded oligonucleotides ligated on RNA amplified for multiplexed and parallel in situ analyses;
- 概要：
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【外文期刊】 Xuejing,Shi ; Juntong,Zhu ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2023年24卷5期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 different similarity measures;multi-view graph convolution networks;spatial domain identification;
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【外文期刊】 Peter,Halmos ; Xinhao,Liu ; 等 《Cell systems》 2025年16卷2期 101160页
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