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            1. Nutritional preferences of human gut bacteria reveal their metabolic idiosyncrasies

            【外文期刊】 Tramontano, Melanie ; Andrejev, Sergej ; 等 《Nature Microbiology》 2018年3卷4期 514-522页

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            2. Functional Metabolomics Describes the Yeast Biosynthetic Regulome

            【外文期刊】 Mulleder, Michael ; Calvani, Enrica ; 等 《Cell》 2016年167卷2期 553-+页 SCISCIEMEDLINE

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            3. Ice-Age Climate Adaptations Trap the Alpine Marmot in a State of Low Genetic Diversity

            【外文期刊】 Gossmann, Toni I. ; Shanmugasundram, Achchuthan ; 等 2019年29卷10期 1712-+页 SCISCIEMEDLINE

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            4. Benchmarking accuracy and precision of intensity-based absolute quantification of protein abundances in Saccharomyces cerevisiae

            【外文期刊】 Sanchez, Benjamin J. ; Lahtvee, Petri-Jaan ; 等 《Proteomics》 2021年21卷6期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 absolute proteomics; batch effect; iBAQ;

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            5. Benchmarking accuracy and precision of intensity-based absolute quantification of protein abundances in Saccharomyces cerevisiae (vol 21, pmic.202000093, 2021)

            【外文期刊】 Sanchez, Benjamin J. ; Lahtvee, Petri-Jaan ; 等 《Proteomics》 2021年21卷15期 SCISCIEMEDLINE

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            6. Performance of Regression Models as a Function of Experiment Noise. oa

            【外文期刊】 Gang,Li ; Jan,Zrimec ; 等 《Bioinformatics and biology insights》 2021年15卷 11779322211020315页 MEDLINE

            【关键词】 experiment noise; label noise; machine learning;

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            7. The metabolic background is a global player in Saccharomyces gene expression epistasis.

            【外文期刊】 Mohammad Tauqeer,Alam ; Aleksej,Zelezniak ; 等 《Nature microbiology》 2016年1卷 15030页

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            8. The Impact of Acute Nutritional Interventions on the Plasma Proteome. oa

            【外文期刊】 Spyros I,Vernardis ; Vadim,Demichev ; 等 《The Journal of clinical endocrinology and metabolism》 2023年108卷8期 2087-2098页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 APOC1; caloric restriction; oral glucose tolerance test;

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            9. Deep learning suggests that gene expression is encoded in all parts of a co-evolving interacting gene regulatory structure. oa

            【外文期刊】 Jan,Zrimec ; Christoph S,Börlin ; 等 《Nature communications》 2020年11卷1期 6141页 SCIMEDLINECA

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            10. Metabolic dependencies drive species co-occurrence in diverse microbial communities. oa

            【外文期刊】 Aleksej,Zelezniak ; Sergej,Andrejev ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2015年112卷20期 6449-54页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 community metabolism; cooperation; metabolic modeling;

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            11. Ice-Age Climate Adaptations Trap the Alpine Marmot in a State of Low Genetic Diversity. oa

            【外文期刊】 Toni I,Gossmann ; Achchuthan,Shanmugasundram ; 等 《Current biology : CB》 2019年29卷10期 1712-1720.e7页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Alpine marmot; NUMT; climate adaptation;

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            12. Benchmarking accuracy and precision of intensity-based absolute quantification of protein abundances in Saccharomyces cerevisiae.

            【外文期刊】 Benjamín J,Sánchez ; Petri-Jaan,Lahtvee ; 等 《Proteomics》 2021年21卷15期 e2170095页 SCIMEDLINECABP

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            13. Computational scoring and experimental evaluation of enzymes generated by neural networks.

            【外文期刊】 Sean R,Johnson ; Xiaozhi,Fu ; 等 《Nature biotechnology》 SCIMEDLINECABP

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            14. Benchmarking accuracy and precision of intensity-based absolute quantification of protein abundances in Saccharomyces cerevisiae.

            【外文期刊】 Benjamín J,Sánchez ; Petri-Jaan,Lahtvee ; 等 《Proteomics》 2021年21卷6期 e2000093页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 UPS2; absolute proteomics; batch effect;

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            15. Learning deep representations of enzyme thermal adaptation. oa

            【外文期刊】 Gang,Li ; Filip,Buric ; 等 《Protein science : a publication of the Protein Society》 2022年31卷12期 e4480页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 bioinformatics; deep neural networks; enzyme catalytic temperatures;

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            16. Author Correction: Computational scoring and experimental evaluation of enzymes generated by neural networks.

            【外文期刊】 Sean R,Johnson ; Xiaozhi,Fu ; 等 《Nature biotechnology》 SCIMEDLINECABP

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            17. Machine Learning Predicts the Yeast Metabolome from the Quantitative Proteome of Kinase Knockouts.

            【外文期刊】 Aleksej,Zelezniak ; Jakob,Vowinckel ; 等 《Cell systems》 2018年7卷3期 269-283.e6页

            【关键词】 enzyme abundance; genotype-phenotype problem; hierarchical regulation;

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            18. Cellular location shapes quaternary structure of enzymes. oa

            【外文期刊】 György,Abrusán ; Aleksej,Zelezniak ; 《Nature communications》 2024年15卷1期 8505页 SCIMEDLINECA

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            19. Flux coupling and transcriptional regulation within the metabolic network of the photosynthetic bacterium Synechocystis sp. PCC6803.

            【外文期刊】 Arnau,Montagud ; Aleksej,Zelezniak ; 等 《Biotechnology journal》 2011年6卷3期 330-42页 SCIMEDLINECABP

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            20. Ultra-High-Throughput Clinical Proteomics Reveals Classifiers of COVID-19 Infection.

            【外文期刊】 Christoph B,Messner ; Vadim,Demichev ; 等 《Cell systems》 2020年11卷1期 11-24.e4页

            【关键词】 COVID-19 infection; SWATH-MS; antiviral immune response;

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            21. A time-resolved proteomic and prognostic map of COVID-19.

            【外文期刊】 Vadim,Demichev ; Pinkus,Tober-Lau ; 等 《Cell systems》 2021年12卷8期 780-794.e7页

            【关键词】 COVID-19; biomarkers; clinical disease progression;

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            22. Cost-effective generation of precise label-free quantitative proteomes in high-throughput by microLC and data-independent acquisition.

            【外文期刊】 Jakob,Vowinckel ; Aleksej,Zelezniak ; 等 《Scientific reports》 2018年8卷1期 4346页

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            23. Metabolic network topology reveals transcriptional regulatory signatures of type 2 diabetes. oa

            【外文期刊】 Aleksej,Zelezniak ; Tune H,Pers ; 等 《PLoS computational biology》 2010年6卷4期 e1000729页 SCIMEDLINECABP

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            24. Designing and interpreting 'multi-omic' experiments that may change our understanding of biology.

            【外文期刊】 Robert,Haas ; Aleksej,Zelezniak ; 等 《Current opinion in systems biology》 2017年6卷 37-45页

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            25. A proteomic survival predictor for COVID-19 patients in intensive care.

            【外文期刊】 Vadim,Demichev ; Pinkus,Tober-Lau ; 等 《PLOS digital health》 2022年1卷1期 e0000007页

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            26. Learning the Regulatory Code of Gene Expression.

            【外文期刊】 Jan,Zrimec ; Filip,Buric ; 等 《Frontiers in molecular biosciences》 2021年8卷 673363页

            【关键词】 chromatin accessibility; cis-regulatory grammar; deep neural networks;

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            27. Amino acid sequence encodes protein abundance shaped by protein stability at reduced synthesis cost. oa

            【外文期刊】 Filip,Buric ; Sandra,Viknander ; 等 《Protein science : a publication of the Protein Society》 2025年34卷1期 e5239页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 deep learning; explainable machine learning; language models;

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            28. Bayesian genome scale modelling identifies thermal determinants of yeast metabolism. oa

            【外文期刊】 Gang,Li ; Yating,Hu ; 等 《Nature communications》 2021年12卷1期 190页 SCIMEDLINECA

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            29. Ultra-fast proteomics with Scanning SWATH. oa

            【外文期刊】 Christoph B,Messner ; Vadim,Demichev ; 等 《Nature biotechnology》 2021年39卷7期 846-854页 SCIMEDLINECABP

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            30. Contribution of network connectivity in determining the relationship between gene expression and metabolite concentration changes. oa

            【外文期刊】 Aleksej,Zelezniak ; Steven,Sheridan ; 等 《PLoS computational biology》 2014年10卷4期 e1003572页 SCIMEDLINECABP

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            31. Prediction and identification of sequences coding for orphan enzymes using genomic and metagenomic neighbours. oa

            【外文期刊】 Takuji,Yamada ; Alison S,Waller ; 等 《Molecular systems biology》 2012年8卷 581页 SCIMEDLINEBP

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            32. Nutritional preferences of human gut bacteria reveal their metabolic idiosyncrasies.

            【外文期刊】 Melanie,Tramontano ; Sergej,Andrejev ; 等 《Nature microbiology》 2018年3卷4期 514-522页

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            33. Functional Metabolomics Describes the Yeast Biosynthetic Regulome. oa

            【外文期刊】 Michael,Mülleder ; Enrica,Calvani ; 等 《Cell》 2016年167卷2期 553-565.e12页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 amino acids; functional gene annotation; functional metabolomics;

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            34. metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes. oa

            【外文期刊】 Francisco,Zorrilla ; Filip,Buric ; 等 《Nucleic acids research》 2021年49卷21期 e126页 SCIMEDLINECABP

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            35. Programming of synthetic regulatory DNA for cell-type targeting in humans.

            【外文期刊】 Leandro N,Ventimiglia ; Aleksej,Zelezniak ; 《Molecular cell》 2025年85卷2期 205-207页 SCIMEDLINECABP

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            36. Parallel Factor Analysis Enables Quantification and Identification of Highly Convolved Data-Independent-Acquired Protein Spectra.

            【外文期刊】 Filip,Buric ; Jan,Zrimec ; 等 《Patterns (New York, N.Y.)》 2020年1卷9期 100137页

            【关键词】 PARAFAC; big data; canonical decomposition;

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            37. Potential for improved retention rate by personalized antiseizure medication selection: A register-based analysis.

            【外文期刊】 Samuel,Håkansson ; Markus,Karlander ; 等 《Epilepsia》 2021年62卷9期 2123-2132页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 big data; comorbidity; epidemiology;

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            38. Controlling gene expression with deep generative design of regulatory DNA. oa

            【外文期刊】 Jan,Zrimec ; Xiaozhi,Fu ; 等 《Nature communications》 2022年13卷1期 5099页 SCIMEDLINECA

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            39. The self-inhibitory nature of metabolic networks and its alleviation through compartmentalization. oa

            【外文期刊】 Mohammad Tauqeer,Alam ; Viridiana,Olin-Sandoval ; 等 《Nature communications》 2017年8卷 16018页 SCIMEDLINECA

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            40. Plastic-Degrading Potential across the Global Microbiome Correlates with Recent Pollution Trends. oa

            【外文期刊】 Jan,Zrimec ; Mariia,Kokina ; 等 《mBio》 2021年12卷5期 e0215521页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 bioinformatics; environmental microbiology; metagenomics;

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            41. Structure-based clustering and mutagenesis of bacterial tannases reveals the importance and diversity of active site-capping domains. oa

            【外文期刊】 Tom,Coleman ; Sandra,Viknander ; 等 《Protein science : a publication of the Protein Society》 2024年33卷12期 e5202页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 molecular dynamics; plant secondary metabolites; protein structure prediction;

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            42. Cell-cell metabolite exchange creates a pro-survival metabolic environment that extends lifespan.

            【外文期刊】 Clara,Correia-Melo ; Stephan,Kamrad ; 等 《Cell》 2023年186卷1期 63-79.e21页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 chronological aging; eukaryotic longevity; metabolic microenvironment;

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            43. Data mining of Saccharomyces cerevisiae mutants engineered for increased tolerance towards inhibitors in lignocellulosic hydrolysates.

            【外文期刊】 Elena,Cámara ; Lisbeth,Olsson ; 等 《Biotechnology advances》 107947页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Acetic acid; Lignocellulosic biomass; Metabolic engineering;

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            44. Toward learning the principles of plant gene regulation.

            【外文期刊】 Jan,Zrimec ; Aleksej,Zelezniak ; 等 《Trends in plant science》 2022年27卷12期 1206-1208页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 DNA motifs; DNA regulatory code; deep neural networks;

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            45. metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes

            【外文期刊】 Zorrilla, Francisco ; Buric, Filip ; 等 《Nucleic Acids Research》 2021年49卷21期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 GUT MICROBIOME;

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            46. The Impact of Acute Nutritional Interventions on the Plasma Proteome

            【外文期刊】 Vernardis, Spyros, I ; Demichev, Vadim ; 等 《The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism》 2023年108卷8期 2087-2098页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 caloric restriction; oral glucose tolerance test; plasma proteomics;

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            47. Data mining of Saccharomyces cerevisiae mutants engineered for increased tolerance towards inhibitors in lignocellulosic hydrolysates

            【外文期刊】 Camara, Elena ; Olsson, Lisbeth ; 等 2022年57卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Yeast; Lignocellulosic biomass; Strain improvement;

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            48. Toward learning the principles of plant gene regulation

            【外文期刊】 Zrimec, Jan ; Zelezniak, Aleksej ; 等 《Trends in Plant Science》 2022年27卷12期 1206-1208页 SCISCIEMEDLINE

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            49. Cell-cell metabolite exchange creates a pro-survival metabolic environment that extends lifespan

            【外文期刊】 Correia-Melo, Clara ; Kamrad, Stephan ; 等 《Cell》 2023年186卷1期 63-+页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MASS-SPECTROMETRY; HYDROGEN-SULFIDE; STATIONARY-PHASE;

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            50. Potential for improved retention rate by personalized antiseizure medication selection: A register-based analysis

            【外文期刊】 Hakansson, Samuel ; Karlander, Markus ; 等 《Epilepsia: Journal of the International League against Epilepsy》 2021年62卷9期 2123-2132页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 big data; comorbidity; epidemiology;

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