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            1. Comparative Transcriptome Analyses Reveal Core Parasitism Genes and Suggest Gene Duplication and Repurposing as Sources of Structural Novelty

            【外文期刊】 Yang, Zhenzhen ; Wafula, Eric K. ; 等 《Molecular biology and evolution》 2015年32卷3期 767-790页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 novel traits; transcriptome; protease;

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            2. The Impact of Multiple Protein Sequence Alignment on Phylogenetic Estimation

            【外文期刊】 Wang, Li-San ; Leebens-Mack, Jim ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2011年8卷4期 1108-1119页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Simulation; biology and genetics; multiple protein sequence alignment;

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            3. Gene Expression Modularity Reveals Footprints of Polygenic Adaptation in Theobroma cacao

            【外文期刊】 Hamala, Tuomas ; Guiltinan, Mark J. ; 等 《Molecular biology and evolution》 2020年37卷1期 110-123页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 polygenic adaptation; deleterious mutations; background selection;

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            4. Local Auxin Biosynthesis Mediated by a YUCCA Flavin Monooxygenase Regulates Haustorium Development in the Parasitic Plant Phtheirospermum japonicum

            【外文期刊】 Ishida, Juliane K. ; Wakatake, Takanori ; 等 《The Plant Cell》 2016年28卷8期 1795-1814页 SCISCIEMEDLINE

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            5. Poplar maintains zinc homeostasis with heavy metal genes HMA4 and PCS1

            【外文期刊】 Adams, Joshua P. ; Adeli, Ardeshir ; 等 《Journal of Experimental Botany》 2011年62卷11期 3737-3752页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 promoter; transcript; zinc: 7440-66-6;

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            6. Transcriptome Analysis Reveals the Same 17 S-Locus F-Box Genes in Two Haplotypes of the Self-Incompatibility Locus of Petunia inflata

            【外文期刊】 Williams, Justin S. ; Der, Joshua P. ; 等 《The Plant Cell》 2014年26卷7期 2873-2888页 SCISCIEMEDLINE

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            7. The evolutionary history of ferns inferred from 25 low-copy nuclear genes

            【外文期刊】 Rothfels, Carl J. ; Li, Fay-Wei ; 等 《American journal of botany》 2015年102卷7期 1089-1107页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 codon models; curated phylogenomics; divergence time dating;

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            8. Power analysis of tests for loss of selective constraint in cave crayfish and nonphotosynthetic plant lineages.

            【外文期刊】 Jim,Leebens-Mack ; Claude,DePamphilis ; 《Molecular biology and evolution》 2002年19卷8期 1292-302页 SCIMEDLINECABP

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            9. Using partial genomic fosmid libraries for sequencing complete organellar genomes.

            【外文期刊】 Joel R,McNeal ; James H,Leebens-Mack ; 等 《BioTechniques》 2006年41卷1期 69-73页 SCIMEDLINECABP

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            10. Mitochondrial DNA suggests at least 11 origins of parasitism in angiosperms and reveals genomic chimerism in parasitic plants. oa

            【外文期刊】 Todd J,Barkman ; Joel R,McNeal ; 等 《BMC evolutionary biology》 2007年7卷 248页 MEDLINE

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            11. Conservation and divergence of microRNAs in Populus. oa

            【外文期刊】 Abdelali,Barakat ; Phillip K,Wall ; 等 《BMC genomics》 2007年8卷 481页 SCIMEDLINEBP

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            12. Conservation and canalization of gene expression during angiosperm diversification accompany the origin and evolution of the flower. oa

            【外文期刊】 André S,Chanderbali ; Mi-Jeong,Yoo ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2010年107卷52期 22570-5页 SCIMEDLINECABP

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            13. The floral genome: an evolutionary history of gene duplication and shifting patterns of gene expression.

            【外文期刊】 Douglas E,Soltis ; Hong,Ma ; 等 《Trends in plant science》 2007年12卷8期 358-67页 SCIMEDLINECABP

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            14. Towards improved reconstruction of ancestral gene order in angiosperm phylogeny.

            【外文期刊】 David,Sankoff ; Chunfang,Zheng ; 等 《Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology》 2009年16卷10期 1353-67页 SCIMEDLINECABP

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            15. Methods for obtaining and analyzing whole chloroplast genome sequences.

            【外文期刊】 Robert K,Jansen ; Linda A,Raubeson ; 等 《Methods in enzymology》 2005年395卷 348-84页 MEDLINE

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            16. PlantTribes: a gene and gene family resource for comparative genomics in plants. oa

            【外文期刊】 P Kerr,Wall ; Jim,Leebens-Mack ; 等 《Nucleic acids research》 2008年36卷Database issue期 D970-6页 SCIMEDLINECABP

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            17. ORIGIN AND BIOGEOGRAPHY OF AESCULUS L. (HIPPOCASTANACEAE): A MOLECULAR PHYLOGENETIC PERSPECTIVE.

            【外文期刊】 Qiu-Yun,Xiang ; Daniel J,Crawford ; 等 《Evolution; international journal of organic evolution》 1998年52卷4期 988-997页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Aesculus; Hippocastanaceae; biogeography;

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            18. The evolutionary history of ferns inferred from 25 low-copy nuclear genes.

            【外文期刊】 Carl J,Rothfels ; Fay-Wei,Li ; 等 《American journal of botany》 2015年102卷7期 1089-107页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Equisetum; codon models; curated phylogenomics;

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            19. The draft genome of the transgenic tropical fruit tree papaya (Carica papaya Linnaeus). oa

            【外文期刊】 Ray,Ming ; Shaobin,Hou ; 等 《Nature》 2008年452卷7190期 991-6页 SCIMEDLINECABP

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            20. Comparison of next generation sequencing technologies for transcriptome characterization. oa

            【外文期刊】 P Kerr,Wall ; Jim,Leebens-Mack ; 等 《BMC genomics》 2009年10卷 347页 SCIMEDLINEBP

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            21. Highly heterogeneous rates of evolution in the SKP1 gene family in plants and animals: functional and evolutionary implications.

            【外文期刊】 Hongzhi,Kong ; Jim,Leebens-Mack ; 等 《Molecular biology and evolution》 2004年21卷1期 117-28页 SCIMEDLINECABP

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            22. Complete plastid genome sequences of Drimys, Liriodendron, and Piper: implications for the phylogenetic relationships of magnoliids. oa

            【外文期刊】 Zhengqiu,Cai ; Cynthia,Penaflor ; 等 《BMC evolutionary biology》 2006年6卷 77页 MEDLINE

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            23. A genome triplication associated with early diversification of the core eudicots. oa

            【外文期刊】 Yuannian,Jiao ; Jim,Leebens-Mack ; 等 《Genome biology》 2012年13卷1期 R3页 SCIMEDLINE

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            24. Transcriptomics of Differential Ripening in 'd'Anjou' Pear (Pyrus communis L.).

            【外文期刊】 Loren,Honaas ; Heidi,Hargarten ; 等 《Frontiers in plant science》 2021年12卷 609684页

            【关键词】 European pear; Pyrus communis (L.); RNA-seq;

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            25. Local Auxin Biosynthesis Mediated by a YUCCA Flavin Monooxygenase Regulates Haustorium Development in the Parasitic Plant Phtheirospermum japonicum. oa

            【外文期刊】 Juliane K,Ishida ; Takanori,Wakatake ; 等 《The Plant cell》 2016年28卷8期 1795-814页 SCIMEDLINECABP

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            26. A physical map for the Amborella trichopoda genome sheds light on the evolution of angiosperm genome structure. oa

            【外文期刊】 Andrea,Zuccolo ; John E,Bowers ; 等 《Genome biology》 2011年12卷5期 R48页 SCIMEDLINE

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            27. MicroRNAs from the parasitic plant Cuscuta campestris target host messenger RNAs.

            【外文期刊】 Saima,Shahid ; Gunjune,Kim ; 等 《Nature》 2018年553卷7686期 82-85页 SCIMEDLINECABP

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            28. Comparative Metabolomics of Early Development of the Parasitic Plants Phelipanche aegyptiaca and Triphysaria versicolor. oa

            【外文期刊】 Kristen,Clermont ; Yaxin,Wang ; 等 《Metabolites》 2019年9卷6期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Phelipanche aegyptiaca; Triphysaria versicolor; central carbon and nitrogen metabolism;

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            29. Pervasive Phylogenomic Incongruence Underlies Evolutionary Relationships in Eyebrights (Euphrasia, Orobanchaceae).

            【外文期刊】 Phen,Garrett ; Hannes,Becher ; 等 《Frontiers in plant science》 2022年13卷 869583页

            【关键词】 Euphrasia; discordance; phylogeny;

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            30. Characterization of the basal angiosperm Aristolochia fimbriata: a potential experimental system for genetic studies. oa

            【外文期刊】 Barbara J,Bliss ; Stefan,Wanke ; 等 《BMC plant biology》 2013年13卷 13页 SCIMEDLINEBP

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            31. Genome-wide analysis of the cyclin family in Arabidopsis and comparative phylogenetic analysis of plant cyclin-like proteins. oa

            【外文期刊】 Guanfang,Wang ; Hongzhi,Kong ; 等 《Plant physiology》 2004年135卷2期 1084-99页 SCIMEDLINECABP

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            32. The butterfly plant arms-race escalated by gene and genome duplications. oa

            【外文期刊】 Patrick P,Edger ; Hanna M,Heidel-Fischer ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2015年112卷27期 8362-6页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 chemical defenses; coevolution; diversification;

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            33. Evolution of a horizontally acquired legume gene, albumin 1, in the parasitic plant Phelipanche aegyptiaca and related species. oa

            【外文期刊】 Yeting,Zhang ; Monica,Fernandez-Aparicio ; 等 《BMC evolutionary biology》 2013年13卷 48页 MEDLINE

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            34. A combination of conserved and diverged responses underlies Theobroma cacao's defense response to Phytophthora palmivora. oa

            【外文期刊】 Noah P,Winters ; Eric K,Wafula ; 等 《BMC biology》 2024年22卷1期 38页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Cacao; Evolution; Genomics;

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            35. Transcriptomic approach to uncover dynamic events in the development of mid-season sunburn in apple fruit. oa

            【外文期刊】 Jessica M,Waite ; Elizabeth A,Kelly ; 等 《G3 (Bethesda, Md.)》 2023年13卷8期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Malus ; 3′ RNA-Seq; QuantSeq;

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            36. ELECTROPHORETIC CONFIRMATION OF INTERSPECIFIC HYBRIDIZATION IN AESCULUS (HIPPOCASTANACEAE) AND THE GENETIC STRUCTURE OF A BROAD HYBRID ZONE.

            【外文期刊】 Claude W,dePamphilis ; Robert,Wyatt ; 《Evolution; international journal of organic evolution》 1990年44卷5期 1295-1317页 SCIMEDLINEBP

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            37. Gene Expression Modularity Reveals Footprints of Polygenic Adaptation in Theobroma cacao.

            【外文期刊】 Tuomas,Hämälä ; Mark J,Guiltinan ; 等 《Molecular biology and evolution》 2020年37卷1期 110-123页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 background selection; cacao; coexpression network;

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            38. Comparative transcriptomics among floral organs of the basal eudicot Eschscholzia californica as reference for floral evolutionary developmental studies. oa

            【外文期刊】 Laura M,Zahn ; Xuan,Ma ; 等 《Genome biology》 2010年11卷10期 R101页 SCIMEDLINE

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            39. Assembly and validation of the genome of the nonmodel basal angiosperm Amborella.

            【外文期刊】 Srikar,Chamala ; Andre S,Chanderbali ; 等 《Science (New York, N.Y.)》 2013年342卷6165期 1516-7页 SCIMEDLINECABP

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            40. Building a foundation for gene family analysis in Rosaceae genomes with a novel workflow: A case study in Pyrus architecture genes.

            【外文期刊】 Huiting,Zhang ; Eric K,Wafula ; 等 《Frontiers in plant science》 2022年13卷 975942页

            【关键词】 European pear genome; PlantTribes2; Rosaceae;

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            41. Mechanistic model of evolutionary rate variation en route to a nonphotosynthetic lifestyle in plants. oa

            【外文期刊】 Susann,Wicke ; Kai F,Müller ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2016年113卷32期 9045-50页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Orobanchaceae; evolutionary rates; parasitism;

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            42. Horizontal gene transfer is more frequent with increased heterotrophy and contributes to parasite adaptation. oa

            【外文期刊】 Zhenzhen,Yang ; Yeting,Zhang ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2016年113卷45期 E7010-E7019页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 HGT; genomic transfer; parasitism;

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            43. Phylotranscriptomic Analyses of Mycoheterotrophic Monocots Show a Continuum of Convergent Evolutionary Changes in Expressed Nuclear Genes From Three Independent Nonphotosynthetic Lineages. oa

            【外文期刊】 Prakash Raj,Timilsena ; Craig F,Barrett ; 等 《Genome biology and evolution》 2023年15卷1期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 BUSCO; mycoheterotrophy; photosynthesis;

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            44. Genomic structural variants constrain and facilitate adaptation in natural populations of Theobroma cacao, the chocolate tree. oa

            【外文期刊】 Tuomas,Hämälä ; Eric K,Wafula ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2021年118卷35期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 cacao; de novo assembly; genetic load;

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            45. Single-copy nuclear genes place haustorial Hydnoraceae within piperales and reveal a cretaceous origin of multiple parasitic angiosperm lineages. oa

            【外文期刊】 Julia,Naumann ; Karsten,Salomo ; 等 《PloS one》 2013年8卷11期 e79204页 SCIMEDLINECABP

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            46. The impact of multiple protein sequence alignment on phylogenetic estimation.

            【外文期刊】 Li-San,Wang ; Jim,Leebens-Mack ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 1108-19页 SCIMEDLINEBP

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            47. Risk versus reward: host dependent parasite mortality rates and phenotypes in the facultative generalist Triphysaria versicolor. oa

            【外文期刊】 Loren A,Honaas ; Sam,Jones ; 等 《BMC plant biology》 2019年19卷1期 334页 SCIMEDLINEBP

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            48. Evaluating methods for isolating total RNA and predicting the success of sequencing phylogenetically diverse plant transcriptomes. oa

            【外文期刊】 Marc T J,Johnson ; Eric J,Carpenter ; 等 《PloS one》 2012年7卷11期 e50226页 SCIMEDLINECABP

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            49. EST clustering error evaluation and correction.

            【外文期刊】 Ji-Ping Z,Wang ; Bruce G,Lindsay ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2004年20卷17期 2973-84页 SCIMEDLINECABP

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            50. Expression pattern shifts following duplication indicative of subfunctionalization and neofunctionalization in regulatory genes of Arabidopsis.

            【外文期刊】 Jill M,Duarte ; Liying,Cui ; 等 《Molecular biology and evolution》 2006年23卷2期 469-78页 SCIMEDLINECABP

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