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            1. H-2 and C-13 metabolic flux analysis elucidates in vivo thermodynamics of the ED pathway in Zymomonas mobilis

            【外文期刊】 Jacobson, Tyler B. ; Adamczyk, Paul A. ; 等 《Metabolic engineering》 2019年54卷 301-316页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Mass spectrometry; Microbial metabolism; Isotope tracers;

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            2. Near-equilibrium glycolysis supports metabolic homeostasis and energy yield

            【外文期刊】 Park, Junyoung O. ; Tanner, Lukas B. ; 等 2019年15卷10期 1001-+页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 ESCHERICHIA-COLI; ACTIVE-SITE; IDENTIFICATION;

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            3. Regulated redirection of central carbon flux enhances anaerobic production of bioproducts in Zymomonas mobilis

            【外文期刊】 Liu, Yang ; Ghosh, Indro Neil ; 等 2020年61卷 261-274页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Pyruvate decarboxylase; Biofuel; Lactic acid;

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            4. Cyclooxygenase-1 and-2 Play Contrasting Roles in Listeria-Stimulated Immunity

            【外文期刊】 Theisen, Erin ; McDougal, Courtney E. ; 等 《The Journal of Immunology: Official Journal of the American Association of Immunologists》 2018年200卷11期 3729-3738页 SCISCIEMEDLINE

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            5. Post-translational modifications as key regulators of bacterial metabolic fluxes

            【外文期刊】 Pisithkul, Tippapha ; Patel, Nishaben M. ; 等 《Current opinion in microbiology》 2015年24卷 29-37页 SCISCIEMEDLINE

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            6. The pentose phosphate pathway of cellulolytic clostridia relies on 6-phosphofructokinase instead of transaldolase

            【外文期刊】 Koendjbiharie, Jeroen G. ; Hon, Shuen ; 等 2020年295卷7期 1867-1878页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 pentose phosphate pathway (PPP); phosphofructokinase; mass spectrometry (MS);

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            7. Different Functions of Phylogenetically Distinct Bacterial Complex I Isozymes

            【外文期刊】 Spero, Melanie A. ; Brickner, Joshua R. ; 等 《Journal of bacteriology.》 2016年198卷8期 1268-1280页 SCISCIEMEDLINE

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            8. Molecular Mechanism and Evolution of Guanylate Kinase Regulation by (p)ppGpp

            【外文期刊】 Liu, Kuanqing ; Myers, Angela R. ; 等 《Molecular cell》 2015年57卷4期 735-749页 SCISCIEMEDLINE

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            9. Thermodynamic analysis of the pathway for ethanol production from cellobiose in Clostridium thermocellum

            【外文期刊】 Dash, Satyakam ; Olson, Daniel G. ; 等 《Metabolic engineering》 2019年55卷 161-169页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Thermodynamic analysis; Clostridium thermocellum; Ethanol inhibition;

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            10. Phenolic Amides Are Potent Inhibitors of De Novo Nucleotide Biosynthesis

            【外文期刊】 Pisithkul, Tippapha ; Jacobson, Tyler B. ; 等 《Applied and Environmental Microbiology》 2015年81卷17期 5761-5772页 SCISCIEMEDLINE

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            11. Glycolysis without pyruvate kinase in Clostridium thermocellum

            【外文期刊】 Olson, Daniel G. ; Horl, Manuel ; 等 《Metabolic engineering》 2017年39卷 169-180页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 C-13 flux analysis; Pyruvate kinase; Malate shunt;

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            12. Deletion of Type I glutamine synthetase deregulates nitrogen metabolism and increases ethanol production in Clostridium thermocellum

            【外文期刊】 Rydzak, Thomas ; Garcia, David ; 等 《Metabolic engineering》 2017年41卷 182-191页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Cellulosic ethanol; Clostridium thermocellum; Glutamine synthetase;

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            13. Metabolite concentrations, fluxes and free energies imply efficient enzyme usage

            【外文期刊】 Park, Junyoung O. ; Rubin, Sara A. ; 等 《Nature chemical biology》 2016年12卷7期 482-+页 SCISCIEMEDLINE

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            14. Hostile Takeover: How Viruses Reprogram Prokaryotic Metabolism

            【外文期刊】 Jacobson, Tyler B. ; Callaghan, Melanie M. ; 等 《Annual Review of Microbiology》 2021年75卷 515-539页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 metabolism; archaeal viruses; bacteriophages;

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            15. Increasing the Thermodynamic Driving Force of the Phosphofructokinase Reaction in Clostridium thermocellum

            【外文期刊】 Hon, Shuen ; Jacobson, Tyler ; 等 《Applied and Environmental Microbiology》 2022年88卷22期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Clostridium; metabolomics; metabolic engineering;

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            16. Allosteric regulation of pyruvate kinase enables efficient and robust gluconeogenesis by preventing metabolic conflicts and carbon overflow.

            【外文期刊】 Fukang,She ; Brent W,Anderson ; 等 《mSystems》 e0113124页

            【关键词】 allosteric regulation; gluconeogenesis; overflow metabolism;

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            17. Metabolic Fluxes of Nitrogen and Pyrophosphate in Chemostat Cultures of Clostridium thermocellum and Thermoanaerobacterium saccharolyticum. oa

            【外文期刊】 Evert K,Holwerda ; Jilai,Zhou ; 等 《Applied and environmental microbiology》 2020年86卷23期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Clostridium thermocellum ; Thermoanaerobacterium saccharolyticum ; amino acid excretion;

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            18. Ultrasensitive regulation of anapleurosis via allosteric activation of PEP carboxylase. oa

            【外文期刊】 Yi-Fan,Xu ; Daniel,Amador-Noguez ; 等 《Nature chemical biology》 2012年8卷6期 562-8页 SCIMEDLINECABP

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            19. The exometabolome of Clostridium thermocellum reveals overflow metabolism at high cellulose loading. oa

            【外文期刊】 Evert K,Holwerda ; Philip G,Thorne ; 等 《Biotechnology for biofuels》 2014年7卷1期 155页 MEDLINE

            【关键词】 2,3-butanediol; Amino acids; Cellulose fermentation;

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            20. Metabolic Remodeling during Nitrogen Fixation in Zymomonas mobilis.

            【外文期刊】 Julia I,Martien ; Edna A,Trujillo ; 等 《mSystems》 2021年6卷6期 e0098721页

            【关键词】 MEP pathway; Zymomonas mobilis; biofuels;

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            21. Genome Wide Phosphoproteome Analysis of Zymomonas mobilis Under Anaerobic, Aerobic, and N2-Fixing Conditions.

            【外文期刊】 Mehmet,Tatli ; Alexander S,Hebert ; 等 《Frontiers in microbiology》 2019年10卷 1986页

            【关键词】 Z. mobilis; ammonia assimilation; glycolysis;

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            22. Increasing the Thermodynamic Driving Force of the Phosphofructokinase Reaction in Clostridium thermocellum. oa

            【外文期刊】 Shuen,Hon ; Tyler,Jacobson ; 等 《Applied and environmental microbiology》 2022年88卷22期 e0125822页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Clostridium; Clostridium thermocellum; advanced biofuels;

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            23. The pentose phosphate pathway of cellulolytic clostridia relies on 6-phosphofructokinase instead of transaldolase. oa

            【外文期刊】 Jeroen G,Koendjbiharie ; Shuen,Hon ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2020年295卷7期 1867-1878页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Clostridium thermocellum; Clostridium thermosuccinogenes; bacterial metabolism;

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            24. Alterations in xenobiotic metabolism in the long-lived Little mice. oa

            【外文期刊】 Daniel,Amador-Noguez ; Adam,Dean ; 等 《Aging cell》 2007年6卷4期 453-70页 SCIMEDLINECABP

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            25. Metabolome remodeling during the acidogenic-solventogenic transition in Clostridium acetobutylicum. oa

            【外文期刊】 Daniel,Amador-Noguez ; Ian A,Brasg ; 等 《Applied and environmental microbiology》 2011年77卷22期 7984-97页 SCIMEDLINECABP

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            26. Novel computational and experimental approaches for investigating the thermodynamics of metabolic networks.

            【外文期刊】 Daven B,Khana ; Melanie M,Callaghan ; 等 《Current opinion in microbiology》 2022年66卷 21-31页 SCIMEDLINEBP

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            27. Molecular mechanism and evolution of guanylate kinase regulation by (p)ppGpp. oa

            【外文期刊】 Kuanqing,Liu ; Angela R,Myers ; 等 《Molecular cell》 2015年57卷4期 735-749页 SCIMEDLINECABP

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            28. Negative interactions determine Clostridioides difficile growth in synthetic human gut communities. oa

            【外文期刊】 Susan,Hromada ; Yili,Qian ; 等 《Molecular systems biology》 2021年17卷10期 e10355页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Clostridioides difficile ; computational modeling; ecological interactions;

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            29. C-di-AMP accumulation disrupts glutathione metabolism and inhibits virulence program expression in Listeria monocytogenes.

            【外文期刊】 Cheta,Siletti ; Matthew,Freeman ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            30. Different Functions of Phylogenetically Distinct Bacterial Complex I Isozymes. oa

            【外文期刊】 Melanie A,Spero ; Joshua R,Brickner ; 等 《Journal of bacteriology》 2016年198卷8期 1268-80页 SCIMEDLINECABP

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            31. Assessing the impact of substrate-level enzyme regulations limiting ethanol titer in Clostridium thermocellum using a core kinetic model.

            【外文期刊】 Charles,Foster ; Veda Sheersh,Boorla ; 等 《Metabolic engineering》 2022年69卷 286-301页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Acetovibrio cellulyticus; Clostridium thermocellum; Ensemble docking;

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            32. C-di-AMP accumulation disrupts glutathione metabolism in Listeria monocytogenes. oa

            【外文期刊】 Cheta,Siletti ; Matthew,Freeman ; 等 《Infection and immunity》 2024年92卷12期 e0044024页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Listeria monocytogenes; c-di-AMP; glutathione;

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            33. Exogenous butyrate inhibits butyrogenic metabolism and alters expression of virulence genes in Clostridioides difficile.

            【外文期刊】 Daniel A,Pensinger ; Horia A,Dobrila ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            34. Exogenous butyrate inhibits butyrogenic metabolism and alters virulence phenotypes in Clostridioides difficile. oa

            【外文期刊】 Daniel A,Pensinger ; Horia A,Dobrila ; 等 《mBio》 2024年15卷3期 e0253523页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 enteric pathogens; gram-positive bacteria; metabolism;

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            35. Post-translational modifications as key regulators of bacterial metabolic fluxes.

            【外文期刊】 Tippapha,Pisithkul ; Nishaben M,Patel ; 等 《Current opinion in microbiology》 2015年24卷 29-37页 SCIMEDLINEBP

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            36. Listeria monocytogenes requires DHNA-dependent intracellular redox homeostasis facilitated by Ndh2 for survival and virulence. oa

            【外文期刊】 Hans B,Smith ; Kijeong,Lee ; 等 《Infection and immunity》 2023年91卷10期 e0002223页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 1,4-dihydroxy-2-naphthoate; Listeria monocytogenes; Ndh2;

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            37. Rapid Targeted Quantitation of Protein Overexpression with Direct Infusion Shotgun Proteome Analysis (DISPA-PRM). oa

            【外文期刊】 Edna A,Trujillo ; Alexander S,Hebert ; 等 《Analytical chemistry》 2022年94卷4期 1965-1973页 SCIMEDLINECA

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            38. Comparative functional genomics identifies an iron-limited bottleneck in a Saccharomyces cerevisiae strain with a cytosolic-localized isobutanol pathway.

            【外文期刊】 Francesca V,Gambacorta ; Ellen R,Wagner ; 等 《Synthetic and systems biotechnology》 2022年7卷2期 738-749页

            【关键词】 Fe incorporation; Functional genomics analysis; Isobutanol;

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            39. Efficiency of Lactiplantibacillus plantarum JT-PN39 and Paenibacillus motobuensis JT-A29 for Fermented Coffee Applications and Fermented Coffee Characteristics.

            【外文期刊】 Teerawat,Ngamnok ; Wutigri,Nimlamool ; 等 《Foods (Basel, Switzerland)》 2023年12卷15期

            【关键词】 Lactiplantibacillus plantarum; Paenibacillus motobuensis; enzyme;

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            40. TrpE feedback mutants reveal roadblocks and conduits toward increasing secondary metabolism in Aspergillus fumigatus. oa

            【外文期刊】 Pin-Mei,Wang ; Tsokyi,Choera ; 等 《Fungal genetics and biology : FG & B》 2016年89卷 102-113页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Aspergillus fumigatus; Fumiquinazoline; Metabolic engineering;

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            41. Allosteric Regulation of Pyruvate Kinase Enables Efficient and Robust Gluconeogenesis by Preventing Metabolic Conflicts and Carbon Overflow.

            【外文期刊】 Fukang,She ; Brent W,Anderson ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            42. Transcriptomic, Protein-DNA Interaction, and Metabolomic Studies of VosA, VelB, and WetA in Aspergillus nidulans Asexual Spores. oa

            【外文期刊】 Ming-Yueh,Wu ; Matthew E,Mead ; 等 《mBio》 2021年12卷1期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Aspergillus; WetA; asexual development;

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            43. Reformulation of an extant ATPase active site to mimic ancestral GTPase activity reveals a nucleotide base requirement for function.

            【外文期刊】 Taylor B,Updegrove ; Jailynn,Harke ; 等 《eLife》 2021年10卷

            【关键词】 B. subtilis; MreB; SpoVM;

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            44. Listeria monocytogenes GlmR Is an Accessory Uridyltransferase Essential for Cytosolic Survival and Virulence. oa

            【外文期刊】 Daniel A,Pensinger ; Kimberly V,Gutierrez ; 等 《mBio》 2023年14卷2期 e0007323页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 GlmR; Listeria monocytogenes; cell autonomous defense;

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            45. In Vivo Thermodynamic Analysis of Glycolysis in Clostridium thermocellum and Thermoanaerobacterium saccharolyticum Using 13C and 2H Tracers.

            【外文期刊】 Tyler B,Jacobson ; Travis K,Korosh ; 等 《mSystems》 2020年5卷2期

            【关键词】 Clostridium thermocellum ; Gibbs free energy; MFA;

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            46. The nucleotide pGpp acts as a third alarmone in Bacillus, with functions distinct from those of (p) ppGpp. oa

            【外文期刊】 Jin,Yang ; Brent W,Anderson ; 等 《Nature communications》 2020年11卷1期 5388页 SCIMEDLINECA

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            47. Hostile Takeover: How Viruses Reprogram Prokaryotic Metabolism.

            【外文期刊】 Tyler B,Jacobson ; Melanie M,Callaghan ; 等 《Annual review of microbiology》 2021年75卷 515-539页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 AMGs; archaeal viruses; auxiliary metabolic genes;

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            48. Gene expression profile of long-lived Ames dwarf mice and Little mice.

            【外文期刊】 Daniel,Amador-Noguez ; Kazuo,Yagi ; 等 《Aging cell》 2004年3卷6期 423-41页 SCIMEDLINECABP

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            49. Systematic Analysis of Metabolic Bottlenecks in the Methylerythritol 4-Phosphate (MEP) Pathway of Zymomonas mobilis.

            【外文期刊】 Daven B,Khana ; Mehmet,Tatli ; 等 《mSystems》 2023年8卷2期 e0009223页

            【关键词】 MEP pathway; Zymomonas mobilis; isoprene;

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            50. Metabolic flux analysis and fluxomics-driven determination of reaction free energy using multiple isotopes.

            【外文期刊】 Jimmy,Xu ; Julia,Martien ; 等 《Current opinion in biotechnology》 2020年64卷 151-160页 SCIMEDLINECABP

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