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            1. Preclinical models for prediction of immunotherapy outcomes and immune evasion mechanisms in genetically heterogeneous multiple myeloma. oa

            【外文期刊】 Marta,Larrayoz ; Maria J,Garcia-Barchino ; 等 《Nature medicine》 2023年29卷3期 632-645页 SCIMEDLINECABP

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            2. Gene therapy restores the transcriptional program of hematopoietic stem cells in Fanconi anemia. oa

            【外文期刊】 Miren,Lasaga ; Paula,Río ; 等 《Haematologica》 2023年108卷10期 2652-2663页 SCIMEDLINEBP

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            3. An atlas of cells in the human tonsil. oa

            【外文期刊】 Ramon,Massoni-Badosa ; Sergio,Aguilar-Fernández ; 等 《Immunity》 2024年57卷2期 379-399.e18页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Human Cell Atlas; adaptive immunity; aging;

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            4. Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals a Crucial Role for CTHRC1 (Collagen Triple Helix Repeat Containing 1) Cardiac Fibroblasts After Myocardial Infarction. oa

            【外文期刊】 Adrián,Ruiz-Villalba ; Juan P,Romero ; 等 《Circulation》 2020年142卷19期 1831-1847页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 fibroblasts; myocardial infarction; sequence analysis, RNA;

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            5. Global compositional and functional states of the human gut microbiome in health and disease. oa

            【外文期刊】 Sunjae,Lee ; Theo,Portlock ; 等 《Genome research》 2024年34卷6期 967-978页 SCIMEDLINECABP

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            6. GeneSetCluster: a tool for summarizing and integrating gene-set analysis results. oa

            【外文期刊】 Ewoud,Ewing ; Nuria,Planell-Picola ; 等 《BMC bioinformatics》 2020年21卷1期 443页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Clustering gene-sets; Clustering pathways; Data-mining;

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            7. Reviewability and supportability: New complementary principles to empower research software practices. oa

            【外文期刊】 Haoling,Zhang ; Alberto,Maillo ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2024年23卷 3989-3998页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Deductive arguments; Development considerations; Peer review strategies;

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            8. ParkDB: a Parkinson's disease gene expression database. oa

            【外文期刊】 Cristian,Taccioli ; Jesper,Tegnér ; 等 《Database : the journal of biological databases and curation》 2011年2011卷 bar007页 SCIMEDLINEBP

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            9. A robust clustering strategy for stratification unveils unique patient subgroups in acutely decompensated cirrhosis. oa

            【外文期刊】 Sara,Palomino-Echeverria ; Estefania,Huergo ; 等 《Journal of translational medicine》 2024年22卷1期 599页 SCIMEDLINE

            【关键词】 ACLF; Cirrhosis; Clustering;

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            10. Characterization of the Common Genetic Variation in the Spanish Population of Navarre. oa

            【外文期刊】 Alberto,Maillo ; Estefania,Huergo ; 等 《Genes》 2024年15卷5期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 genetic variability; personalized medicine; population frequencies;

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            11. High-specificity bioinformatics framework for epigenomic profiling of discordant twins reveals specific and shared markers for ACPA and ACPA-positive rheumatoid arthritis. oa

            【外文期刊】 David,Gomez-Cabrero ; Malin,Almgren ; 等 《Genome medicine》 2016年8卷1期 124页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 ACPA; Bioinformatics; DNA methylation;

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            12. Therapeutic efficacy of dimethyl fumarate in relapsing-remitting multiple sclerosis associates with ROS pathway in monocytes. oa

            【外文期刊】 Karl E,Carlström ; Ewoud,Ewing ; 等 《Nature communications》 2019年10卷1期 3081页 SCIMEDLINECA

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            13. DNA methylation as a mediator of HLA-DRB1*15:01 and a protective variant in multiple sclerosis. oa

            【外文期刊】 Lara,Kular ; Yun,Liu ; 等 《Nature communications》 2018年9卷1期 2397页 SCIMEDLINECA

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            14. Feedforward regulation of Myc coordinates lineage-specific with housekeeping gene expression during B cell progenitor cell differentiation. oa

            【外文期刊】 Isabel,Ferreirós-Vidal ; Thomas,Carroll ; 等 《PLoS biology》 2019年17卷4期 e2006506页 SCIMEDLINECABP

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            15. Systems Medicine: from molecular features and models to the clinic in COPD. oa

            【外文期刊】 David,Gomez-Cabrero ; Jörg,Menche ; 等 《Journal of translational medicine》 2014年12 Suppl 2卷 S4页 SCIMEDLINE

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            16. A comparative evaluation of data-merging and meta-analysis methods for reconstructing gene-gene interactions. oa

            【外文期刊】 Vincenzo,Lagani ; Argyro D,Karozou ; 等 《BMC bioinformatics》 2016年17 Suppl 5卷 194页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Batch-effect Removal; Escherichia coli; Gene-network Reconstruction;

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            17. Building gene regulatory networks from scATAC-seq and scRNA-seq using Linked Self Organizing Maps. oa

            【外文期刊】 Camden,Jansen ; Ricardo N,Ramirez ; 等 《PLoS computational biology》 2019年15卷11期 e1006555页 SCIMEDLINECABP

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            18. The COPD Knowledge Base: enabling data analysis and computational simulation in translational COPD research. oa

            【外文期刊】 Isaac,Cano ; Ákos,Tényi ; 等 《Journal of translational medicine》 2014年12 Suppl 2卷 S6页 SCIMEDLINE

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            19. Assessing the consistency of public human tissue RNA-seq data sets. oa

            【外文期刊】 Frida,Danielsson ; Tojo,James ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2015年16卷6期 941-9页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 RNA-seq; clustering; gene expression;

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            20. A beta-mixture quantile normalization method for correcting probe design bias in Illumina Infinium 450 k DNA methylation data. oa

            【外文期刊】 Andrew E,Teschendorff ; Francesco,Marabita ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2013年29卷2期 189-96页 SCIMEDLINECABP

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            21. Public data and open source tools for multi-assay genomic investigation of disease. oa

            【外文期刊】 Lavanya,Kannan ; Marcel,Ramos ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2016年17卷4期 603-15页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 bioconductor; cancer; integrative genomics;

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            22. MYC as a driver of stochastic chromatin networks: implications for the fitness of cancer cells. oa

            【外文期刊】 Noriyuki,Sumida ; Emmanouil G,Sifakis ; 等 《Nucleic acids research》 2020年48卷19期 10867-10876页 SCIMEDLINECABP

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            23. Reconciling coherent oscillation with modulation of irregular spiking activity in selective attention: gamma-range synchronization between sensory and executive cortical areas. oa

            【外文期刊】 Salva,Ardid ; Xiao-Jing,Wang ; 等 《The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience》 2010年30卷8期 2856-70页 SCIMEDLINECABP

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            24. Competition shapes the landscape of X-chromosome-linked genetic diversity. oa

            【外文期刊】 Teresa,Buenaventura ; Hakan,Bagci ; 等 《Nature genetics》 2024年56卷8期 1678-1688页 SCIMEDLINECABP

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            25. ClustAll: An R package for patient stratification in complex diseases. oa

            【外文期刊】 Asier,Ortega-Legarreta ; Sara,Palomino-Echeverria ; 等 《PLoS computational biology》 2024年20卷12期 e1012656页 SCIMEDLINECABP

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            26. Workforce preparation: the Biohealth computing model for Master and PhD students. oa

            【外文期刊】 Marta,Cascante ; Pedro,de Atauri ; 等 《Journal of translational medicine》 2014年12 Suppl 2卷 S11页 SCIMEDLINE

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            27. ChainRank, a chain prioritisation method for contextualisation of biological networks. oa

            【外文期刊】 Ákos,Tényi ; Pedro,de Atauri ; 等 《BMC bioinformatics》 2016年17卷 17页 SCIMEDLINEBP

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            28. Software for the Integration of Multiomics Experiments in Bioconductor. oa

            【外文期刊】 Marcel,Ramos ; Lucas,Schiffer ; 等 《Cancer research》 2017年77卷21期 e39-e42页 SCIMEDLINECABP

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            29. Non-HLA genes PTPN22, CDK6 and PADI4 are associated with specific autoantibodies in HLA-defined subgroups of rheumatoid arthritis. oa

            【外文期刊】 Omri,Snir ; David,Gomez-Cabrero ; 等 《Arthritis research & therapy》 2014年16卷4期 414页 SCIMEDLINE

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            30. An integrative analysis reveals coordinated reprogramming of the epigenome and the transcriptome in human skeletal muscle after training. oa

            【外文期刊】 Maléne E,Lindholm ; Francesco,Marabita ; 等 《Epigenetics》 2014年9卷12期 1557-69页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 450k arrays; CS, citrate synthase; CpG, cytosine-guanine dinucleotide;

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            31. From comorbidities of chronic obstructive pulmonary disease to identification of shared molecular mechanisms by data integration. oa

            【外文期刊】 David,Gomez-Cabrero ; Jörg,Menche ; 等 《BMC bioinformatics》 2016年17卷Suppl 15期 441页 SCIMEDLINEBP

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            32. scAEGAN: Unification of single-cell genomics data by adversarial learning of latent space correspondences. oa

            【外文期刊】 Sumeer Ahmad,Khan ; Robert,Lehmann ; 等 《PloS one》 2023年18卷2期 e0281315页 SCIMEDLINECABP

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            33. Implementation of the CDC translational informatics platform--from genetic variants to the national Swedish Rheumatology Quality Register. oa

            【外文期刊】 Imad,Abugessaisa ; David,Gomez-Cabrero ; 等 《Journal of translational medicine》 2013年11卷 85页 SCIMEDLINE

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            34. Network modules uncover mechanisms of skeletal muscle dysfunction in COPD patients. oa

            【外文期刊】 Ákos,Tényi ; Isaac,Cano ; 等 《Journal of translational medicine》 2018年16卷1期 34页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Chronic obstructive pulmonary disease; Exercise training; Gene modules;

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            35. Chronic Obstructive Pulmonary Disease heterogeneity: challenges for health risk assessment, stratification and management. oa

            【外文期刊】 Josep,Roca ; Claudia,Vargas ; 等 《Journal of translational medicine》 2014年12 Suppl 2卷 S3页 SCIMEDLINE

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            36. Benchmarking cross-species single-cell RNA-seq data integration methods: towards a cell type tree of life. oa

            【外文期刊】 Huawen,Zhong ; Wenkai,Han ; 等 《Nucleic acids research》 2025年53卷1期 SCIMEDLINECABP

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            37. DNA methylation changes in glial cells of the normal-appearing white matter in Multiple Sclerosis patients. oa

            【外文期刊】 Lara,Kular ; Ewoud,Ewing ; 等 《Epigenetics》 2022年17卷11期 1311-1330页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 DNA methylation; Multiple Sclerosis; TGF;

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            38. Erratum to: A comparative evaluation of data-merging and meta-analysis methods for reconstructing gene-gene interactions. oa

            【外文期刊】 Vincenzo,Lagani ; Argyro D,Karozou ; 等 《BMC bioinformatics》 2016年17卷 290页 SCIMEDLINEBP

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            39. Biomedical research in a Digital Health Framework. oa

            【外文期刊】 Isaac,Cano ; Magí,Lluch-Ariet ; 等 《Journal of translational medicine》 2014年12 Suppl 2卷 S10页 SCIMEDLINE

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            40. Synergy-COPD: a systems approach for understanding and managing chronic diseases. oa

            【外文期刊】 David,Gomez-Cabrero ; Magi,Lluch-Ariet ; 等 《Journal of translational medicine》 2014年12 Suppl 2卷 S2页 SCIMEDLINE

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            41. Time-resolved transcriptome and proteome landscape of human regulatory T cell (Treg) differentiation reveals novel regulators of FOXP3. oa

            【外文期刊】 Angelika,Schmidt ; Francesco,Marabita ; 等 《BMC biology》 2018年16卷1期 47页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Data integration; FOXP3; Proteomics;

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            42. A survey of best practices for RNA-seq data analysis. oa

            【外文期刊】 Ana,Conesa ; Pedro,Madrigal ; 等 《Genome biology》 2016年17卷 13页 SCIMEDLINE

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            43. Oxygen pathway modeling estimates high reactive oxygen species production above the highest permanent human habitation. oa

            【外文期刊】 Isaac,Cano ; Vitaly,Selivanov ; 等 《PloS one》 2014年9卷11期 e111068页 SCIMEDLINECABP

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            44. Simulation environment and graphical visualization environment: a COPD use-case. oa

            【外文期刊】 Mercedes,Huertas-Migueláñez ; Daniel,Mora ; 等 《Journal of translational medicine》 2014年12 Suppl 2卷 S7页 SCIMEDLINE

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            45. Erratum to: A survey of best practices for RNA-seq data analysis. oa

            【外文期刊】 Ana,Conesa ; Pedro,Madrigal ; 等 《Genome biology》 2016年17卷1期 181页 SCIMEDLINE

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            46. Workflow for generating competing hypothesis from models with parameter uncertainty. oa

            【外文期刊】 David,Gomez-Cabrero ; Albert,Compte ; 等 《Interface focus》 2011年1卷3期 438-49页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 bioinformatics; computational biology; systems biology;

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            47. Hypermethylation of MIR21 in CD4+ T cells from patients with relapsing-remitting multiple sclerosis associates with lower miRNA-21 levels and concomitant up-regulation of its target genes. oa

            【外文期刊】 Sabrina,Ruhrmann ; Ewoud,Ewing ; 等 《Multiple sclerosis (Houndmills, Basingstoke, England)》 2018年24卷10期 1288-1300页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 CD4+ T cells; DNA methylation; autoimmunity;

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            48. Abundance and diversity of resistomes differ between healthy human oral cavities and gut. oa

            【外文期刊】 Victoria R,Carr ; Elizabeth A,Witherden ; 等 《Nature communications》 2020年11卷1期 693页 SCIMEDLINECA

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            49. Proposals for enhanced health risk assessment and stratification in an integrated care scenario. oa

            【外文期刊】 Ivan,Dueñas-Espín ; Emili,Vela ; 等 《BMJ open》 2016年6卷4期 e010301页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Health risk assessment; Patient stratification; case finding;

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            50. Phosphatase inhibitor PPP1R11 modulates resistance of human T cells toward Treg-mediated suppression of cytokine expression. oa

            【外文期刊】 Rubin N,Joshi ; Sunjay Jude,Fernandes ; 等 《Journal of leukocyte biology》 2019年106卷2期 413-430页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 CD4 T cell; T cell resistance; immune suppression;

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