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            1. Insights into Binding of Single-Stranded Viral RNA Template to the Replication-Transcription Complex of SARS-CoV-2 for the Priming Reaction from Molecular Dynamics Simulations

            【外文期刊】 Wang, Jimin ; Shi, Yuanjun ; 等 2022年61卷6期 424-432页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 STRUCTURAL BASIS; SARS-CORONAVIRUS; FORCE-FIELD;

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            2. A Ru(II) polypyridyl complex bearing aldehyde functions as a versatile synthetic precursor for long-wavelength absorbing photodynamic therapy photosensitizers

            【外文期刊】 Karges, Johannes ; Heinemann, Franz ; 等 《Bioorganic and medicinal chemistry》 2019年27卷12期 2666-2675页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Anticancer; Medicinal inorganic chemistry; Metals in medicine;

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            3. Structural Basis for Reduced Dynamics of Three Engineered HNH Endonuclease Lys-to-Ala Mutants for the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat (CRISPR)-Associated 9 (CRISPR/Cas9) Enzyme

            【外文期刊】 Wang, Jimin ; Skeens, Erin ; 等 2022年61卷9期 785-794页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 DNA; CRYSTALLIZATION; MUTAGENESIS;

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            4. Kernel-elastic autoencoder for molecular design.

            【外文期刊】 Haote,Li ; Yu,Shee ; 等 《PNAS nexus》 2024年3卷4期 pgae168页

            【关键词】 generative modeling; molecular docking; molecular optimization;

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            5. Computational insights into the membrane fusion mechanism of SARS-CoV-2 at the cellular level. oa

            【外文期刊】 Jimin,Wang ; Federica,Maschietto ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2021年19卷 5019-5028页 SCIMEDLINE

            【关键词】 ACE2 dimer; Peptidase domain; Post-fusion conformation;

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            6. A Ru(II) polypyridyl complex bearing aldehyde functions as a versatile synthetic precursor for long-wavelength absorbing photodynamic therapy photosensitizers.

            【外文期刊】 Johannes,Karges ; Franz,Heinemann ; 等 《Bioorganic & medicinal chemistry》 2019年27卷12期 2666-2675页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Anticancer; Medicinal inorganic chemistry; Metals in medicine;

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            7. How are the charge transfer descriptors affected by the quality of the underpinning electronic density?

            【外文期刊】 Federica,Maschietto ; Marco,Campetella ; 等 《Journal of computational chemistry》 2018年39卷12期 735-742页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 TD-DFT; charge transfer; density-based indexes;

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            8. Structural Basis for Reduced Dynamics of Three Engineered HNH Endonuclease Lys-to-Ala Mutants for the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat (CRISPR)-Associated 9 (CRISPR/Cas9) Enzyme. oa

            【外文期刊】 Jimin,Wang ; Erin,Skeens ; 等 《Biochemistry》 2022年61卷9期 785-794页 SCIMEDLINECABP

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            9. Turning up the heat mimics allosteric signaling in imidazole-glycerol phosphate synthase. oa

            【外文期刊】 Federica,Maschietto ; Uriel N,Morzan ; 等 《Nature communications》 2023年14卷1期 2239页 SCIMEDLINECA

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            10. Rationally Designed Long-Wavelength Absorbing Ru(II) Polypyridyl Complexes as Photosensitizers for Photodynamic Therapy.

            【外文期刊】 Johannes,Karges ; Franz,Heinemann ; 等 《Journal of the American Chemical Society》 2020年142卷14期 6578-6587页 SCIMEDLINECABP

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            11. Using Density Based Indexes and Wave Function Methods for the Description of Excited States: Excited State Proton Transfer Reactions as a Test Case.

            【外文期刊】 Juan,Sanz García ; Federica,Maschietto ; 等 《The journal of physical chemistry. A》 2018年122卷1期 375-382页 SCIMEDLINECA

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            12. Insights into Binding of Single-Stranded Viral RNA Template to the Replication-Transcription Complex of SARS-CoV-2 for the Priming Reaction from Molecular Dynamics Simulations.

            【外文期刊】 Jimin,Wang ; Yuanjun,Shi ; 等 《Biochemistry》 2022年61卷6期 424-432页 SCIMEDLINECABP

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            13. Dynamic and structural insights into allosteric regulation on MKP5 a dual-specificity phosphatase.

            【外文期刊】 Erin,Skeens ; Federica,Maschietto ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

            【关键词】 MAPK phosphatase (MKP); Mitogen-activated protein kinase (MAPK); NMR spectroscopy;

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            14. MptpA Kinetics Enhanced by Allosteric Control of an Active Conformation. oa

            【外文期刊】 Federica,Maschietto ; Erik,Zavala ; 等 《Journal of molecular biology》 2022年434卷17期 167540页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 NMR spectroscopy; allostery; enzymes;

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            15. Distinct allosteric pathways in imidazole glycerol phosphate synthase from yeast and bacteria. oa

            【外文期刊】 Federica,Maschietto ; Aria,Gheeraert ; 等 《Biophysical journal》 2022年121卷1期 119-130页 SCIMEDLINECABP

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            16. Chasing unphysical TD-DFT excited states in transition metal complexes with a simple diagnostic tool.

            【外文期刊】 Federica,Maschietto ; Marco,Campetella ; 等 《The Journal of chemical physics》 2021年154卷20期 204102页 SCIMEDLINECA

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            17. Using density based indexes to characterize excited states evolution.

            【外文期刊】 Federica,Maschietto ; Juan,Sanz García ; 等 《Journal of computational chemistry》 2019年40卷4期 650-656页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 density based indexes; excited states decay and crossing; funnel regions;

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            18. A Comparative Investigation of the Role of the Anchoring Group on Perylene Monoimide Dyes in NiO-Based Dye-Sensitized Solar Cells.

            【外文期刊】 Yoann,Farré ; Federica,Maschietto ; 等 《ChemSusChem》 2020年13卷7期 1844-1855页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 dyes; immobilization; photovoltaics;

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            19. Valproate-coenzyme A conjugate blocks opening of receptor binding domains in the spike trimer of SARS-CoV-2 through an allosteric mechanism. oa

            【外文期刊】 Federica,Maschietto ; Tianyin,Qiu ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2023年21卷 1066-1076页 SCIMEDLINE

            【关键词】 3-oxo-VPA; Chemical knowledge-based drug design; Loaded springs;

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            20. Identification and mechanistic basis of non-ACE2 blocking neutralizing antibodies from COVID-19 patients with deep RNA sequencing and molecular dynamics simulations.

            【外文期刊】 Alger M,Fredericks ; Kyle W,East ; 等 《Frontiers in molecular biosciences》 2022年9卷 1080964页

            【关键词】 COVID-19; RNA sequencing; antibodies;

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            21. Preserving π-conjugation in covalently functionalized carbon nanotubes for optoelectronic applications. oa

            【外文期刊】 Antonio,Setaro ; Mohsen,Adeli ; 等 《Nature communications》 2017年8卷 14281页 SCIMEDLINECA

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            22. MDiGest: A Python package for describing allostery from molecular dynamics simulations. oa

            【外文期刊】 Federica,Maschietto ; Brandon,Allen ; 等 《The Journal of chemical physics》 2023年158卷21期 SCIMEDLINECA

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            23. How to correct relative voxel scale factors for calculations of vector-difference Fourier maps in cryo-EM. oa

            【外文期刊】 Jimin,Wang ; Jinchan,Liu ; 等 《Journal of structural biology》 2022年214卷4期 107902页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Absolute EM Magnification; Center of Mass; Cryo-EM maps;

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            24. Author Correction: Turning up the heat mimics allosteric signaling in imidazole-glycerol phosphate synthase. oa

            【外文期刊】 Federica,Maschietto ; Uriel N,Morzan ; 等 《Nature communications》 2023年14卷1期 2611页 SCIMEDLINECA

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            25. A salt bridge of the C-terminal carboxyl group regulates PHPT1 substrate affinity and catalytic activity. oa

            【外文期刊】 Erik,Zavala ; Stephen,Dansereau ; 等 《Protein science : a publication of the Protein Society》 2024年33卷6期 e5009页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 NMR; catalysis; electrostatics;

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            26. Substrate-independent activation pathways of the CRISPR-Cas9 HNH nuclease. oa

            【外文期刊】 Jimin,Wang ; Federica,Maschietto ; 等 《Biophysical journal》 2023年122卷24期 4635-4644页 SCIMEDLINECABP

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            27. Rationally designed ruthenium complexes for 1- and 2-photon photodynamic therapy. oa

            【外文期刊】 Johannes,Karges ; Shi,Kuang ; 等 《Nature communications》 2020年11卷1期 3262页 SCIMEDLINECA

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            28. Twisting and swiveling domain motions in Cas9 to recognize target DNA duplexes, make double-strand breaks, and release cleaved duplexes.

            【外文期刊】 Jimin,Wang ; Pablo R,Arantes ; 等 《Frontiers in molecular biosciences》 2022年9卷 1072733页

            【关键词】 active site transformation; allostery; cleavage-ligation equilibrium;

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            29. Increasing the Cytotoxicity of Ru(II) Polypyridyl Complexes by Tuning the Electronic Structure of Dioxo Ligands.

            【外文期刊】 Anna,Notaro ; Marta,Jakubaszek ; 等 《Journal of the American Chemical Society》 2020年142卷13期 6066-6084页 SCIMEDLINECABP

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            30. Structural Insights into Binding of Remdesivir Triphosphate within the Replication-Transcription Complex of SARS-CoV-2. oa

            【外文期刊】 Jimin,Wang ; Yuanjun,Shi ; 等 《Biochemistry》 2022年61卷18期 1966-1973页 SCIMEDLINECABP

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            31. The Conners 3-short forms: Evaluating the adequacy of brief versions to assess ADHD symptoms and related problems.

            【外文期刊】 Viola Angela,Izzo ; Maria Anna,Donati ; 等 《Clinical child psychology and psychiatry》 2019年24卷4期 791-808页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Attention deficit/hyperactivity disorder; Conners 3; brief scale;

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            32. Charge transfer excitations in TDDFT: A ghost-hunter index.

            【外文期刊】 Marco,Campetella ; Federica,Maschietto ; 等 《Journal of computational chemistry》 2017年38卷25期 2151-2156页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 TD-DFT; charge transfer excitations; density-functional theory;

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            33. Distinct allosteric pathways in imidazole glycerol phosphate synthase from yeast and bacteria

            【外文期刊】 Maschietto, Federica ; Gheeraert, Aria ; 等 2022年121卷1期 119-130页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 ESSENTIAL DYNAMICS; NETWORK; SITES;

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            34. How to correct relative voxel scale factors for calculations of vector-difference Fourier maps in cryo-EM

            【外文期刊】 Wang, Jimin ; Liu, Jinchan ; 等 《Journal of Structural Biology》 2022年214卷4期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Cryo-EM maps; Voxel Scaling; Absolute EM Magnification;

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