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            1. Characterization of Plasmodium falciparum Atypical Kinase PfPK7(-) Dependent Phosphoproteome

            【外文期刊】 Pease, Brittany N. ; Huttlin, Edward L. ; 等 《Journal of proteome research》 2018年17卷6期 2112-2123页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 malaria; Plasmodium falciparum; intraerythrocytic cycle;

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            2. PHD3 Loss Promotes Exercise Capacity and Fat Oxidation in Skeletal Muscle

            【外文期刊】 Yoon, Haejin ; Spinelli, Jessica B. ; 等 《Cell metabolism》 2020年32卷2期 215-228页

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            3. The neurodegenerative diseases ALS and SMA are linked at the molecular level via the ASC-1 complex

            【外文期刊】 Chi, Binkai ; O'Connell, Jeremy D. ; 等 《Nucleic Acids Research》 2018年46卷22期 11939-11951页 SCISCIEMEDLINE

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            4. mTOR and S6K1 mediate assembly of the translation preinitiation complex through dynamic protein interchange and ordered phosphorylation events

            【外文期刊】 Holz, Marina K. ; Ballif, Bryan A. ; 等 《Cell》 2021年184卷8期 2255-2255页 SCISCIEMEDLINE

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            5. Proteomic Profiling of Paclitaxel Treated Cells Identifies a Novel Mechanism of Drug Resistance Mediated by PDCD4

            【外文期刊】 Xu, Hui ; Dephoure, Noah ; 等 《Journal of proteome research》 2015年14卷6期 2480-2491页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 quantitative proteomics; paclitaxel; drug sensitivity;

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            6. Membrane skeleton modulates erythroid proteome remodeling and organelle clearance

            【外文期刊】 Liu, Yijie ; Mei, Yang ; 等 《Blood: The Journal of the American Society of Hematology》 2021年137卷3期 398-409页 SCISCIEMEDLINE

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            7. Multiplexed in Vivo His-Tagging of Enzyme Pathways for in Vitro Single-Pot Multienzyme Catalysis

            【外文期刊】 Wang, Harris H. ; Huang, Po-Yi ; 等 《ACS Synthetic Biology》 2012年1卷2期 43-52页

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            8. The Methionine Transamination Pathway Controls Hepatic Glucose Metabolism through Regulation of the GCN5 Acetyltransferase and the PGC-1 alpha Transcriptional Coactivator

            【外文期刊】 Tavares, Clint D. J. ; Sharabi, Kfir ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2016年291卷20期 10635-10645页 SCISCIEMEDLINE

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            9. Parallel Notched Gas-Phase Enrichment for Improved Proteome Identification and Quantification with Fast Spectral Acquisition Rates

            【外文期刊】 Erickson, Brian K. ; Schweppe, Devin K. ; 等 《Journal of proteome research》 2020年19卷7期 2750-2757页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 multinotch; gas-phase fractionation; dynamic range;

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            10. Pathogenesis of Cardiomyopathy Caused by Variants in ALPK3, an Essential Pseudokinase in the Cardiomyocyte Nucleus and Sarcomere

            【外文期刊】 Agarwal, Radhika ; Wakimoto, Hiroko ; 等 《Circulation: An Official Journal of the American Heart Association》 2022年146卷22期 1674-1693页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cardiomyopathy; hiPSC-CM; M-band;

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            11. A composite DNA element that functions as a maintainer required for epigenetic inheritance of heterochromatin

            【外文期刊】 Wang, Xiaoyi ; Paulo, Joao A. ; 等 2021年81卷19期 3979-3991页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 ORIGIN RECOGNITION COMPLEX; DECOY SEARCH STRATEGY; FISSION YEAST;

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            12. Reduced MEK inhibition preserves genomic stability in naive human embryonic stem cells

            【外文期刊】 Di Stefano, Bruno ; Ueda, Mai ; 等 《Nature methods》 2018年15卷9期 732-+页 SCISCIEMEDLINE

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            13. Temporal Proteomic Profiling of SH-SY5Y Differentiation with Retinoic Acid Using FAIMS and Real-Time Searching

            【外文期刊】 Zhang, Tian ; Gygi, Steven P. ; 等 《Journal of proteome research》 2021年20卷1期 704-714页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 SPS-MS3; multinotch; TMTpro;

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            14. Structures of chaperone-associated assembly intermediates reveal coordinated mechanisms of proteasome biogenesis

            【外文期刊】 Schnell, Helena M. ; Walsh, Richard M., Jr. ; 等 《Nature structural & molecular biology》 2021年28卷5期 418-+页 MEDLINE

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            15. Cardiolipin Synthesis in Brown and Beige Fat Mitochondria Is Essential for Systemic Energy Homeostasis

            【外文期刊】 Sustarsic, Elahu G. ; Ma, Tao ; 等 《Cell metabolism》 2018年28卷1期 159-174.e11页

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            16. Targeting miR-155 restores dysfunctional microglia and ameliorates disease in the SOD1 model of ALS

            【外文期刊】 Butovsky, Oleg ; Jedrychowski, Mark P. ; 等 《International journal of developmental neuroscience: the official journal of the International Society for Developmental Neuroscience》 2015年47卷Pt.A期 5-5页 SCISCIEMEDLINE

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            17. The biochemical basis of mitochondrial dysfunction in Zellweger Spectrum Disorder

            【外文期刊】 Nuebel, Esther ; Morgan, Jeffrey T. ; 等 《EMBO reports》 2021年22卷10期

            【关键词】 mitochondria; mitochondrial quality control; peroxisomes;

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            18. Differential Glutamate Metabolism in Proliferating and Quiescent Mammary Epithelial Cells

            【外文期刊】 Coloff, Jonathan L. ; Murphy, J. Patrick ; 等 《Cell metabolism》 2016年23卷5期 867-880页

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            19. Genetic determinants of risk in pulmonary arterial hypertension: international genome-wide association studies and meta-analysis

            【外文期刊】 Rhodes, Christopher J. ; Batai, Ken ; 等 《The lancet. Respiratory medicine.》 2019年7卷3期 227-238页

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            20. Homogeneous Oligomers of Pro-apoptotic BAX Reveal Structural Determinants of Mitochondrial Membrane Permeabilization

            【外文期刊】 Hauseman, Zachary J. ; Harvey, Edward P. ; 等 《Molecular cell》 2020年79卷1期 68-83页 SCISCIEMEDLINE

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            21. Regulation of MicroRNA Machinery and Development by Interspecies S-Nitrosylation

            【外文期刊】 Seth, Puneet ; Hsieh, Paishiun N. ; 等 《Cell》 2019年176卷5期 1014-+页 SCISCIEMEDLINE

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            22. Cdk1 Controls Global Epigenetic Landscape in Embryonic Stem Cells

            【外文期刊】 Michowski, Wojciech ; Chick, Joel M. ; 等 《Molecular cell》 2020年78卷3期 459-476.e13页 SCISCIEMEDLINE

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            23. Global Analysis of Protein Expression and Phosphorylation Levels in Nicotine-Treated Pancreatic Stellate Cells

            【外文期刊】 Paulo, Joao K. ; Gaun, Aleksandr ; 等 《Journal of proteome research》 2015年14卷10期 4246-4256页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Tandem mass tags; pancreatitis; pancreatic cancer;

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            24. Proteome-wide mapping of short-lived proteins in human cells

            【外文期刊】 Li, Jiaming ; Cai, Zhenying ; 等 2021年81卷22期 4722-4735页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 NUCLEAR-LOCALIZATION; TUMOR-ANTIGEN; IN-VIVO;

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            25. Super Heavy TMTpro Labeling Reagent: An Alternative and Higher-Charge-State-Amenable Stable-Isotope-Labeled TMTpro Variant

            【外文期刊】 Ordureau, Alban ; Yu, Qing ; 等 《Journal of proteome research》 2021年20卷5期 3009-3013页 SCISCIEMEDLINE

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            26. Multiplexed Phosphoproteomic Profiling Using Titanium Dioxide and Immunoaffinity Enrichments Reveals Complementary Phosphorylation Events

            【外文期刊】 Possemato, Anthony P. ; Paulo, Joao A. ; 等 《Journal of proteome research》 2017年16卷4期 1506-1514页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 SPS-MS3; TMT; phosphoproteome;

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            27. Quantitative analysis of Y-Chromosome gene expression across 36 human tissues

            【外文期刊】 Godfrey, Alexander K. ; Naqvi, Sahin ; 等 2020年30卷6期 860-873页 SCISCIEMEDLINE

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            28. Categorization of Phosphorylation Site Behavior during the Diauxic Shift in Saccharomyces cerevisiae

            【外文期刊】 Gassaway, Brandon M. ; Paulo, Joao A. ; 等 《Journal of proteome research》 2021年20卷5期 2487-2496页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 diauxic shift; phosphorylation; phosphoproteomics;

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            29. Proteome-Wide Protein Expression Profiling Across Five Pancreatic Cell Lines

            【外文期刊】 Paulo, Joao A. ; Mancias, Joseph D. ; 等 《Pancreas》 2017年46卷5期 690-698页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 TMT; mass spectrometry; pancreas;

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            30. A mass-tolerant database search identifies a large proportion of unassigned spectra in shotgun proteomics as modified peptides (vol 33, pg 743, 2015)

            【外文期刊】 Chick, Joel M. ; Kolippakkam, Deepak ; 等 《Nature biotechnology》 2015年33卷8期 882-882页

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            31. Altered patterns of global protein synthesis and translational fidelity in RPS15-mutated chronic lymphocytic leukemia

            【外文期刊】 Bretones, Gabriel ; Alvarez, Miguel G. ; 等 《Blood: The Journal of the American Society of Hematology》 2018年132卷22期 2375-2388页 SCISCIEMEDLINE

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            32. The CASTOR Proteins Are Arginine Sensors for the mTORC1 Pathway

            【外文期刊】 Chantranupong, Lynne ; Scaria, Sonia M. ; 等 《Cell》 2016年165卷1期 153-164页 SCISCIEMEDLINE

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            33. A Quantitative Tissue-Specific Landscape of Protein Redox Regulation during Aging

            【外文期刊】 Xiao, Haopeng ; Jedrychowski, Mark P. ; 等 《Cell》 2020年180卷5期 968-+页 SCISCIEMEDLINE

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            34. An inhibitor of the proteasomal deubiquitinating enzyme USP14 induces tau elimination in cultured neurons

            【外文期刊】 Boselli, Monica ; Lee, Byung-Hoon ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2017年292卷47期 19209-19225页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 neurodegenerative disease; proteasome; small molecule;

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            35. Isobaric Tag-Based Protein Profiling across Eight Human Cell Lines Using High-Field Asymmetric Ion Mobility Spectrometry and Real-Time Database Searching

            【外文期刊】 Liu, Xinyue ; Gygi, Steven P. ; 等 《Proteomics》 2021年21卷1期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 orbitrap eclipse; FAIMS; multi&;

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            36. Optimized Workflow for Multiplexed Phosphorylation Analysis of TMT-Labeled Peptides Using High-Field Asymmetric Waveform Ion Mobility Spectrometry

            【外文期刊】 Schweppe, Devin K. ; Rusin, Scott F. ; 等 《Journal of proteome research》 2020年19卷1期 554-560页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 phosphorylation; FAIMS; TMTpro0;

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            37. Proteomic profiling of yeast heterochromatin connects direct physical and genetic interactions

            【外文期刊】 Zukowski, Alexis ; Phillips, Juliana ; 等 《Current Genetics: Eukaryotes with Emphasis on Yeasts, Fungi, Mitochondria, Plastids》 2019年65卷2期 495-505页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Heterochromatin; SIR complex; Proteasome;

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            38. Native Chromatin Proteomics Reveals a Role for Specific Nucleoporins in Heterochromatin Organization and Maintenance

            【外文期刊】 Iglesias, Nahid ; Paulo, Joao A. ; 等 《Molecular cell》 2020年77卷1期 51-66页 SCISCIEMEDLINE

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            39. Dual Sensing of Physiologic pH and Calcium by EFCAB9 Regulates Sperm Motility

            【外文期刊】 Hwang, Jae Yeon ; Mannowetz, Nadja ; 等 《Cell》 2019年177卷6期 1480-+页 SCISCIEMEDLINE

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            40. Quantitative mass spectrometry-based multiplexing compares the abundance of 5000 S-cerevisiae proteins across 10 carbon sources

            【外文期刊】 Paulo, Joao A. ; O'Connell, Jeremy D. ; 等 《Journal of proteomics》 2016年148卷 85-93页

            【关键词】 Yeast; TMT; Orbitrap Fusion Lumos;

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            41. Neutral Loss Is a Very Common Occurrence in Phosphotyrosine-Containing Peptides Labeled with Isobaric Tags

            【外文期刊】 Everley, Robert A. ; Huttlin, Edward L. ; 等 《Journal of proteome research》 2017年16卷2期 1069-1076页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 tandem mass tag; isobaric tag phosphotyrosine; neutral loss;

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            42. Concurrent inhibition of CDK2 adds to the anti-tumour activity of CDK4/6 inhibition in GIST

            【外文期刊】 Schaefer, Inga-Marie ; Hemming, Matthew L. ; 等 《The British journal of cancer》 2022年127卷11期 2072-2085页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 GASTROINTESTINAL STROMAL TUMORS; C-KIT; RESISTANCE;

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            43. Full-Featured, Real-Time Database Searching Platform Enables Fast and Accurate Multiplexed Quantitative Proteomics

            【外文期刊】 Schweppe, Devin K. ; Eng, Jimmy K. ; 等 《Journal of proteome research》 2020年19卷5期 2026-2034页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 real-time searching; intelligent data acquisition; adaptive instrument control;

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            44. A Compendium of Murine (Phospho)Peptides Encompassing Different Isobaric Labeling and Data Acquisition Strategies

            【外文期刊】 Popow, Olesja ; Liu, Xinyue ; 等 《Journal of proteome research》 2021年20卷7期 3678-3688页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 targeted proteomics; 3T3; FAIMS;

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            45. Improved Monoisotopic Mass Estimation for Deeper Proteome Coverage

            【外文期刊】 Rad, Ramin ; Li, Jiaming ; 等 《Journal of proteome research》 2021年20卷1期 591-598页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 monoisotopic peak; TMT; multiplex proteomics;

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            46. The Secreted Enzyme PM20D1 Regulates Lipidated Amino Acid Uncouplers of Mitochondria

            【外文期刊】 Long, Jonathan Z. ; Svensson, Katrin J. ; 等 《Cell》 2016年166卷2期 424-435页 SCISCIEMEDLINE

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            47. O-GlcNAc regulates gene expression by controlling detained intron splicing

            【外文期刊】 Tan, Zhi-Wei ; Fei, George ; 等 《Nucleic Acids Research》 2020年48卷10期 5656-5669页 SCISCIEMEDLINE

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            48. Dual DNA and protein tagging of open chromatin unveils dynamics of epigenomic landscapes in leukemia

            【外文期刊】 Lee, Jonathan D. ; Paulo, Joao A. ; 等 《Nature methods》 2021年18卷3期 293-+页 SCISCIEMEDLINE

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            49. PHD3 Loss Promotes Exercise Capacity and Fat Oxidation in Skeletal Muscle

            【外文期刊】 Yoon, Haejin ; Spinelli, Jessica B. ; 等 2020年32卷2期 215-228页

            【关键词】 ACTIVATED PROTEIN-KINASE; ACID OXIDATION; AMPK PHOSPHORYLATION;

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            50. The Insulin Receptor Adaptor IRS2 is an APC/C Substrate That Promotes Cell Cycle Protein Expression and a Robust Spindle Assembly Checkpoint

            【外文期刊】 Manohar, Sandhya ; Yu, Qing ; 等 《Molecular & cellular proteomics: MCP》 2020年19卷9期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Anaphase-promoting complex; cyclosome; ubiquitin;

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