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            1. Large-scale profiling of microRNAs for The Cancer Genome Atlas

            【外文期刊】 Chu, Andy ; Robertson, Gordon ; 等 《Nucleic Acids Research》 2016年44卷1期 SCISCIEMEDLINE

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            2. Assembling the 20 Gb white spruce (Picea glauca) genome from whole-genome shotgun sequencing data

            【外文期刊】 Birol, Inanc ; Raymond, Anthony ; 等 《Bioinformatics》 2013年29卷12期 1492-1497页 SCISCIEMEDLINE

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            3. Reduced adenosine-to-inosine miR-455-5p editing promotes melanoma growth and metastasis

            【外文期刊】 Shoshan, Einav ; Mobley, Aaron K. ; 等 《Nature cell biology》 2015年17卷3期 311-321页 SCISCIEMEDLINE

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            4. Detection and characterization of novel sequence insertions using paired-end next-generation sequencing

            【外文期刊】 Hajirasouliha, Iman ; Hormozdiari, Fereydoun ; 等 《Bioinformatics》 2010年26卷10期 1277-1283页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 genetic variation; single nucleotide polymorphism; sequence length;

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            5. ABySS 2.0: resource-efficient assembly of large genomes using a Bloom filter

            【外文期刊】 Jackman, Shaun D. ; Vandervalk, Benjamin P. ; 等 《Genome research》 2017年27卷5期 768-777页 SCISCIEMEDLINE

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            6. Human variation database: an open-source database template for genomic discovery

            【外文期刊】 Fejes, Anthony P. ; Khodabakhshi, Alireza Hadj ; 等 《Bioinformatics》 2011年27卷8期 1155-1156页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 resource development; Java computer language; genomic discovery;

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            7. Spruce giga-genomes: structurally similar yet distinctive with differentially expanding gene families and rapidly evolving genes

            【外文期刊】 Gagalova, Kristina K. ; Warren, Rene L. ; 等 2022年111卷5期 1469-1485页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 conifers; divergent adaptive evolution; genetic map;

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            8. MUGAN: multi-GPU accelerated AmpliconNoise server for rapid microbial diversity assessment

            【外文期刊】 Lee, Byunghan ; Min, Hyeyoung ; 等 《Bioinformatics》 2021年37卷11期 1562-1570页 SCISCIEMEDLINE

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            9. COMPARATIVE RNA-SEQ ANALYSES IDENTIFY NEW MICRORNA BIOMARKERS AND CANDIDATE TARGET GENES INPATIENTS' DRUG-RESISTANT CD34(+) CML STEM/PROGENITOR CELLS

            【外文期刊】 Lin, Hanyang ; Rothe, Katharina ; 等 《Experimental Hematology: Official Publication of the International Society for Experimental Hematology》 2015年43卷9 Suppl.1期 S63-S63页 SCISCIEMEDLINE

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            10. Global Transcriptome Profiling Identifies a Key Mir-185-PAK6 Axis That Promotes Survival of Leukemic Stem Cells and Drug-Insensitive Blasts in BCR-ABL(+) Human Leukemia

            【外文期刊】 Wu, Andrew ; Lin Hanyang ; 等 《Blood: The Journal of the American Society of Hematology》 2018年Novel Treatment Appr期 SCISCIEMEDLINE

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            11. The western redcedar genome reveals low genetic diversity in a self-compatible conifer

            【外文期刊】 Shalev, Tal J. ; El-Dien, Omnia Gamal ; 等 《Genome research》 2022年32卷10期 1952-1964页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 EFFECTIVE POPULATION-SIZE; PICEA-GLAUCA GENOME; LINKAGE DISEQUILIBRIUM;

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            12. ntHash2: recursive spaced seed hashing for nucleotide sequences

            【外文期刊】 Kazemi, Parham ; Wong, Johnathan ; 等 《Bioinformatics》 2022年38卷20期 4812-4813页 SCISCIEMEDLINE

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            13. A novel approach to wildlife transcriptomics provides evidence of disease-mediated differential expression and changes to the microbiome of amphibian populations

            【外文期刊】 Campbell, Lewis J. ; Hammond, Stewart A. ; 等 《Molecular ecology》 2018年27卷6期 1413-1427页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 adaptation; amphibians; bacteria;

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            14. HLA predictions from the bronchoalveolar lavage fluid and blood samples of eight COVID-19 patients at the pandemic onset

            【外文期刊】 Warren, Rene L. ; Birol, Inanc ; 2020年36卷21期 5271-5273页 SCISCIEMEDLINE

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            15. Reduced adenosine-to-inosine miR-455-5p editing promotes melanoma growth and metastasis

            【外文期刊】 Shoshan, Einav ; Mobley, Aaron K. ; 等 《Nature cell biology》 2015年17卷3期 311-+页 SCISCIEMEDLINE

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            16. ChopStitch: exon annotation and splice graph construction using transcriptome assembly and whole genome sequencing data

            【外文期刊】 Khan, Hamza ; Mohamadi, Hamid ; 等 《Bioinformatics》 2018年34卷10期 1697-1704页 SCISCIEMEDLINE

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            17. Dissect: detection and characterization of novel structural alterations in transcribed sequences

            【外文期刊】 Yorukoglu, Deniz ; Hach, Faraz ; 等 《Bioinformatics》 2012年28卷12期 I179-I187页 SCISCIEMEDLINE

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            18. ntEdit: scalable genome sequence polishing

            【外文期刊】 Warren, Rene L. ; Coombe, Lauren ; 等 《Bioinformatics》 2019年35卷21期 4430-4432页 SCISCIEMEDLINE

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            19. Insights into Conifer Giga-Genomes

            【外文期刊】 De La Torre, Amanda R. ; Birol, Inanc ; 等 《Plant physiology》 2014年166卷4期 1724-1732页 SCISCIEMEDLINE

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            20. RNA-Bloom enables reference-free and reference-guided sequence assembly for single-cell transcriptomes

            【外文期刊】 Nip, Ka Ming ; Chiu, Readman ; 等 2020年30卷8期 1191-1200页 SCISCIEMEDLINE

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            21. Recurrent tumor-specific regulation of alternative polyadenylation of cancer-related genes. oa

            【外文期刊】 Zhuyi,Xue ; René L,Warren ; 等 《BMC genomics》 2018年19卷1期 536页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 3’ UTR; Alternative polyadenylation; Cancer;

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            22. ntCard: a streaming algorithm for cardinality estimation in genomics data. oa

            【外文期刊】 Hamid,Mohamadi ; Hamza,Khan ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2017年33卷9期 1324-1330页 SCIMEDLINECABP

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            23. Assembling the 20 Gb white spruce (Picea glauca) genome from whole-genome shotgun sequencing data. oa

            【外文期刊】 Inanc,Birol ; Anthony,Raymond ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2013年29卷12期 1492-7页 SCIMEDLINECABP

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            24. Locus co-occupancy, nucleosome positioning, and H3K4me1 regulate the functionality of FOXA2-, HNF4A-, and PDX1-bound loci in islets and liver. oa

            【外文期刊】 Brad G,Hoffman ; Gordon,Robertson ; 等 《Genome research》 2010年20卷8期 1037-51页 SCIMEDLINECABP

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            25. Whole-genome sequencing and social-network analysis of a tuberculosis outbreak.

            【外文期刊】 Jennifer L,Gardy ; James C,Johnston ; 等 《The New England journal of medicine》 2011年364卷8期 730-9页 SCIMEDLINECABP

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            26. Genetic alterations activating kinase and cytokine receptor signaling in high-risk acute lymphoblastic leukemia. oa

            【外文期刊】 Kathryn G,Roberts ; Ryan D,Morin ; 等 《Cancer cell》 2012年22卷2期 153-66页 SCIMEDLINECABP

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            27. Genome-wide sequencing as a first-tier screening test for short tandem repeat expansions. oa

            【外文期刊】 Indhu-Shree,Rajan-Babu ; Junran J,Peng ; 等 《Genome medicine》 2021年13卷1期 126页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Clinical bioinformatics; Machine learning; Next-generation sequencing;

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            28. Mismatch-tolerant, alignment-free sequence classification using multiple spaced seeds and multiindex Bloom filters. oa

            【外文期刊】 Justin,Chu ; Hamid,Mohamadi ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2020年117卷29期 16961-16968页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Bloom filters; alignment-free; probabilistic data structures;

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            29. Leaf pigmentation in Cannabis sativa: Characterization of anthocyanin biosynthesis in colorful Cannabis varieties.

            【外文期刊】 Kristina K,Gagalova ; Yifan,Yan ; 等 《Plant direct》 2024年8卷11期 e70016页

            【关键词】 2‐ODD enzymes; Cannabis; anthocyanins;

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            30. A clinically validated diagnostic second-generation sequencing assay for detection of hereditary BRCA1 and BRCA2 mutations.

            【外文期刊】 Ian E,Bosdet ; T Roderick,Docking ; 等 《The Journal of molecular diagnostics : JMD》 2013年15卷6期 796-809页 SCIMEDLINEBP

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            31. Human variation database: an open-source database template for genomic discovery.

            【外文期刊】 Anthony P,Fejes ; Alireza Hadj,Khodabakhshi ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2011年27卷8期 1155-6页 SCIMEDLINECABP

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            32. Hive plots--rational approach to visualizing networks.

            【外文期刊】 Martin,Krzywinski ; Inanc,Birol ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2012年13卷5期 627-44页 SCIMEDLINEBP

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            33. De novo genome sequence assembly of a filamentous fungus using Sanger, 454 and Illumina sequence data. oa

            【外文期刊】 Scott,Diguistini ; Nancy Y,Liao ; 等 《Genome biology》 2009年10卷9期 R94页 SCIMEDLINE

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            34. ntLink: A Toolkit for De Novo Genome Assembly Scaffolding and Mapping Using Long Reads.

            【外文期刊】 Lauren,Coombe ; René L,Warren ; 等 《Current protocols》 2023年3卷4期 e733页

            【关键词】 de novo genome assembly; long reads; minimizer mapping;

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            35. Transcriptome and full-length cDNA resources for the mountain pine beetle, Dendroctonus ponderosae Hopkins, a major insect pest of pine forests.

            【外文期刊】 Christopher I,Keeling ; Hannah,Henderson ; 等 《Insect biochemistry and molecular biology》 2012年42卷8期 525-36页 SCIMEDLINECABP

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            36. Genomic and Cytogenetic Characterization of a Balanced Translocation Disrupting NUP98.

            【外文期刊】 My Linh,Thibodeau ; Michelle,Steinraths ; 等 《Cytogenetic and genome research》 2017年152卷3期 117-121页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Balanced translocation; Pseudogene; Renal angiomyolipomas;

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            37. Subgroup-specific structural variation across 1,000 medulloblastoma genomes. oa

            【外文期刊】 Paul A,Northcott ; David J H,Shih ; 等 《Nature》 2012年488卷7409期 49-56页 SCIMEDLINECABP

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            38. De novo Transcriptome Assemblies of Rana (Lithobates) catesbeiana and Xenopus laevis Tadpole Livers for Comparative Genomics without Reference Genomes. oa

            【外文期刊】 Inanc,Birol ; Bahar,Behsaz ; 等 《PloS one》 2015年10卷6期 e0130720页 SCIMEDLINECABP

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            39. The clonal and mutational evolution spectrum of primary triple-negative breast cancers. oa

            【外文期刊】 Sohrab P,Shah ; Andrew,Roth ; 等 《Nature》 2012年486卷7403期 395-9页 SCIMEDLINECABP

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            40. Complete Chloroplast Genome Sequence of a Black Spruce (Picea mariana) from Eastern Canada.

            【外文期刊】 Theodora,Lo ; Lauren,Coombe ; 等 《Microbiology resource announcements》 2020年9卷39期

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            41. Systematic assessment of long-read RNA-seq methods for transcript identification and quantification.

            【外文期刊】 Francisco J,Pardo-Palacios ; Dingjie,Wang ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            42. ntEmbd: Deep learning embedding for nucleotide sequences.

            【外文期刊】 Saber,Hafezqorani ; Ka Ming,Nip ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            43. Individual variations in ankle brachial index measurement among Turkish adults.

            【外文期刊】 Orhan,Demir ; Ilker,Tasci ; 等 《Vascular》 2016年24卷1期 53-8页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Peripheral arterial disease; ankle-brachial index; reproducibility;

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            44. Optimal pooling for genome re-sequencing with ultra-high-throughput short-read technologies. oa

            【外文期刊】 Iman,Hajirasouliha ; Fereydoun,Hormozdiari ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2008年24卷13期 i32-40页 SCIMEDLINECABP

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            45. Detection and characterization of novel sequence insertions using paired-end next-generation sequencing. oa

            【外文期刊】 Iman,Hajirasouliha ; Fereydoun,Hormozdiari ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2010年26卷10期 1277-83页 SCIMEDLINECABP

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            46. AMPlify: attentive deep learning model for discovery of novel antimicrobial peptides effective against WHO priority pathogens. oa

            【外文期刊】 Chenkai,Li ; Darcy,Sutherland ; 等 《BMC genomics》 2022年23卷1期 77页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Antimicrobial peptide; Attention mechanism; Deep learning;

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            47. Characterization and simulation of metagenomic nanopore sequencing data with Meta-NanoSim.

            【外文期刊】 Chen,Yang ; Theodora,Lo ; 等 《GigaScience》 2023年12卷

            【关键词】 Oxford nanopore sequencing; chimeric reads; metagenomics;

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            48. Spruce giga-genomes: structurally similar yet distinctive with differentially expanding gene families and rapidly evolving genes.

            【外文期刊】 Kristina K,Gagalova ; René L,Warren ; 等 《The Plant journal : for cell and molecular biology》 2022年111卷5期 1469-1485页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Picea species; conifers; divergent adaptive evolution;

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            49. Tigmint: correcting assembly errors using linked reads from large molecules. oa

            【外文期刊】 Shaun D,Jackman ; Lauren,Coombe ; 等 《BMC bioinformatics》 2018年19卷1期 393页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 10x Genomics Chromium; Assembly correction; Genome scaffolding;

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            50. Rearrangements of viral and human genomes at human papillomavirus integration events and their allele-specific impacts on cancer genome regulation.

            【外文期刊】 Vanessa L,Porter ; Michelle,Ng ; 等 《Genome research》 SCIMEDLINECABP

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