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            1. GapRepairer: a server to model a structural gap and validate it using topological analysis

            【外文期刊】 Jarmolinska, Aleksandra, I ; Kadlof, Michal ; 等 《Bioinformatics》 2018年34卷19期 3300-3307页 SCISCIEMEDLINE

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            2. Methyl transfer by substrate signaling from a knotted protein fold

            【外文期刊】 Christian, Thomas ; Sakaguchi, Reiko ; 等 《Nature structural & molecular biology》 2016年23卷10期 941-948页 MEDLINE

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            3. PconsFam: An Interactive Database of Structure Predictions of Pfam Families

            【外文期刊】 Lamb, John ; Jarmolinska, Aleksandra, I ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2019年431卷13期 2442-2448页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 contact maps; structure prediction; folding pipeline;

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            4. PyLink: a PyMOL plugin to identify links

            【外文期刊】 Gierut, Aleksandra M. ; Dabrowski-Tumanski, Pawel ; 等 《Bioinformatics》 2019年35卷17期 3166-3168页 SCISCIEMEDLINE

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            5. Proteins' Knotty Problems

            【外文期刊】 Jarmolinska, Aleksandra I. ; Perlinska, Agata P. ; 等 《Journal of Molecular Biology》 2019年431卷2期 244-257页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 knotted proteins; folding;

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            6. Connecting Thermal and Mechanical Protein (Un)folding Landscapes

            【外文期刊】 Sun, Li ; Noel, Jeffrey K. ; 等 《Biophysical Journal》 2014年107卷12期 2950-2961页 SCISCIEMEDLINE

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            7. Genus for biomolecules. oa

            【外文期刊】 Paweł,Rubach ; Sebastian,Zajac ; 等 《Nucleic acids research》 2020年48卷D1期 D1129-D1135页 SCIMEDLINECABP

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            8. KnotGenome: a server to analyze entanglements of chromosomes. oa

            【外文期刊】 Joanna I,Sulkowska ; Szymon,Niewieczerzal ; 等 《Nucleic acids research》 2018年46卷W1期 W17-W24页 SCIMEDLINECABP

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            9. Slipknotted and unknotted monovalent cation-proton antiporters evolved from a common ancestor. oa

            【外文期刊】 Vasilina,Zayats ; Agata P,Perlinska ; 等 《PLoS computational biology》 2021年17卷10期 e1009502页 SCIMEDLINECABP

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            10. Mg2+-Dependent Methyl Transfer by a Knotted Protein: A Molecular Dynamics Simulation and Quantum Mechanics Study. oa

            【外文期刊】 Agata P,Perlinska ; Marcin,Kalek ; 等 《ACS catalysis》 2020年10卷15期 8058-8068页 SCIMEDLINECA

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            11. GapRepairer: a server to model a structural gap and validate it using topological analysis.

            【外文期刊】 Aleksandra I,Jarmolinska ; Michal,Kadlof ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2018年34卷19期 3300-3307页 SCIMEDLINECABP

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            12. Knot or not? Identifying unknotted proteins in knotted families with sequence-based Machine Learning model. oa

            【外文期刊】 Maciej,Sikora ; Eva,Klimentova ; 等 《Protein science : a publication of the Protein Society》 2024年33卷7期 e4998页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 AlphaFold; SPOUT family proteins; deep learning;

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            13. On the remarkable mechanostability of scaffoldins and the mechanical clamp motif. oa

            【外文期刊】 Alejandro,Valbuena ; Javier,Oroz ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2009年106卷33期 13791-6页 SCIMEDLINECABP

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            14. Knotted artifacts in predicted 3D RNA structures. oa

            【外文期刊】 Bartosz A,Gren ; Maciej,Antczak ; 等 《PLoS computational biology》 2024年20卷6期 e1011959页 SCIMEDLINECABP

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            15. Supercoiling in a Protein Increases its Stability.

            【外文期刊】 Szymon,Niewieczerzał ; Joanna I,Sulkowska ; 《Physical review letters》 2019年123卷13期 138102页 SCIMEDLINECA

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            16. Defining and detecting links in chromosomes.

            【外文期刊】 Szymon,Niewieczerzal ; Wanda,Niemyska ; 等 《Scientific reports》 2019年9卷1期 11753页

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            17. KnotProt: a database of proteins with knots and slipknots. oa

            【外文期刊】 Michal,Jamroz ; Wanda,Niemyska ; 等 《Nucleic acids research》 2015年43卷Database issue期 D306-14页 SCIMEDLINECABP

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            18. Are there double knots in proteins? Prediction and in vitro verification based on TrmD-Tm1570 fusion from C. nitroreducens.

            【外文期刊】 Agata P,Perlinska ; Mai Lan,Nguyen ; 等 《Frontiers in molecular biosciences》 2023年10卷 1223830页

            【关键词】 SPOUT; composite knot; domain;

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            19. GLN: a method to reveal unique properties of lasso type topology in proteins.

            【外文期刊】 Wanda,Niemyska ; Kenneth C,Millett ; 等 《Scientific reports》 2020年10卷1期 15186页

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            20. KnotProt 2.0: a database of proteins with knots and other entangled structures. oa

            【外文期刊】 Pawel,Dabrowski-Tumanski ; Pawel,Rubach ; 等 《Nucleic acids research》 2019年47卷D1期 D367-D375页 SCIMEDLINECABP

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            21. LinkProt: a database collecting information about biological links. oa

            【外文期刊】 Pawel,Dabrowski-Tumanski ; Aleksandra I,Jarmolinska ; 等 《Nucleic acids research》 2017年45卷D1期 D243-D249页 SCIMEDLINECABP

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            22. Identification of CB1 Ligands among Drugs, Phytochemicals and Natural-Like Compounds: Virtual Screening and In Vitro Verification. oa

            【外文期刊】 Adam,Stasiulewicz ; Anna,Lesniak ; 等 《ACS chemical neuroscience》 2022年13卷20期 2991-3007页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 QSAR; cannabinoid receptor; docking;

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            23. PconsFam: An Interactive Database of Structure Predictions of Pfam Families.

            【外文期刊】 John,Lamb ; Aleksandra I,Jarmolinska ; 等 《Journal of molecular biology》 2019年431卷13期 2442-2448页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Pfam; contact maps; folding pipeline;

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            24. Everything AlphaFold tells us about protein knots.

            【外文期刊】 Agata P,Perlinska ; Maciej,Sikora ; 等 《Journal of molecular biology》 2024年436卷19期 168715页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 AlphaFold database; ESM Atlas; bacterial proteomes;

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            25. Methyl transfer by substrate signaling from a knotted protein fold. oa

            【外文期刊】 Thomas,Christian ; Reiko,Sakaguchi ; 等 《Nature structural & molecular biology》 2016年23卷10期 941-948页 SCIMEDLINECABP

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            26. Protein Knotting by Active Threading of Nascent Polypeptide Chain Exiting from the Ribosome Exit Channel.

            【外文期刊】 Pawel,Dabrowski-Tumanski ; Maciej,Piejko ; 等 《The journal of physical chemistry. B》 2018年122卷49期 11616-11625页 SCIMEDLINECA

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            27. SARS-CoV-2 Papain-Like Protease Potential Inhibitors-In Silico Quantitative Assessment. oa

            【外文期刊】 Adam,Stasiulewicz ; Alicja W,Maksymiuk ; 等 《International journal of molecular sciences》 2021年22卷8期 SCIMEDLINE

            【关键词】 COVID-19; PLpro; SARS-CoV-2;

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            28. TrmD: A Methyl Transferase for tRNA Methylation With m1G37.

            【外文期刊】 Ya-Ming,Hou ; Ryuma,Matsubara ; 等 《The Enzymes》 89-115页

            【关键词】 Frameshifts; Mg(2+) transport; Protein trefoil knot;

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            29. A Guide to Targeting the Endocannabinoid System in Drug Design. oa

            【外文期刊】 Adam,Stasiulewicz ; Katarzyna,Znajdek ; 等 《International journal of molecular sciences》 2020年21卷8期 SCIMEDLINE

            【关键词】 CB1; CB2; ECS;

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            30. The exclusive effects of chaperonin on the behavior of proteins with 52 knot. oa

            【外文期刊】 Yani,Zhao ; Pawel,Dabrowski-Tumanski ; 等 《PLoS computational biology》 2018年14卷3期 e1005970页 SCIMEDLINECABP

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            31. Identification of Novel CB2 Ligands through Virtual Screening and In Vitro Evaluation. oa

            【外文期刊】 Adam,Stasiulewicz ; Anna,Lesniak ; 等 《Journal of chemical information and modeling》 2023年63卷3期 1012-1027页 SCIMEDLINECA

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            32. Pierced Lasso Bundles are a new class of knot-like motifs. oa

            【外文期刊】 Ellinor,Haglund ; Joanna I,Sulkowska ; 等 《PLoS computational biology》 2014年10卷6期 e1003613页 SCIMEDLINECABP

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            33. Topological knots and links in proteins. oa

            【外文期刊】 Pawel,Dabrowski-Tumanski ; Joanna I,Sulkowska ; 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2017年114卷13期 3415-3420页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 catenanes; disulphide bridge; folding;

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            34. Discovery of a trefoil knot in the RydC RNA: Challenging previous notions of RNA topology.

            【外文期刊】 Wanda,Niemyska ; Sunandan,Mukherjee ; 等 《Journal of molecular biology》 2024年436卷6期 168455页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Entanglement of biomolecules; Molecular dynamics; RNA 3D structure;

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            35. PyLink: a PyMOL plugin to identify links.

            【外文期刊】 Aleksandra M,Gierut ; Pawel,Dabrowski-Tumanski ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2019年35卷17期 3166-3168页 SCIMEDLINECABP

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            36. Hysteresis as a Marker for Complex, Overlapping Landscapes in Proteins. oa

            【外文期刊】 Benjamin T,Andrews ; Dominique T,Capraro ; 等 《The journal of physical chemistry letters》 2013年4卷1期 180-188页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 Energy Landscape; Interplay; Knotted Proteins;

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            37. To Tie or Not to Tie? That Is the Question. oa

            【外文期刊】 Pawel,Dabrowski-Tumanski ; Joanna I,Sulkowska ; 《Polymers》 2017年9卷9期 SCIMEDLINECA

            【关键词】 disulfide; knots; lasso;

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            38. Knotting and unknotting proteins in the chaperonin cage: Effects of the excluded volume. oa

            【外文期刊】 Szymon,Niewieczerzal ; Joanna I,Sulkowska ; 《PloS one》 2017年12卷5期 e0176744页 SCIMEDLINECABP

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            39. Proteins' Knotty Problems.

            【外文期刊】 Aleksandra I,Jarmolinska ; Agata P,Perlinska ; 等 《Journal of molecular biology》 2019年431卷2期 244-257页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 folding; knotted proteins;

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            40. Connecting thermal and mechanical protein (un)folding landscapes. oa

            【外文期刊】 Li,Sun ; Jeffrey K,Noel ; 等 《Biophysical journal》 2014年107卷12期 2950-2961页 SCIMEDLINECABP

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            41. Amino acid variants of SARS-CoV-2 papain-like protease have impact on drug binding. oa

            【外文期刊】 Agata P,Perlinska ; Adam,Stasiulewicz ; 等 《PLoS computational biology》 2022年18卷11期 e1010667页 SCIMEDLINECABP

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            42. Genus trace reveals the topological complexity and domain structure of biomolecules.

            【外文期刊】 Sebastian,Zając ; Cody,Geary ; 等 《Scientific reports》 2018年8卷1期 17537页

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            43. PyLasso: a PyMOL plugin to identify lassos.

            【外文期刊】 Aleksandra M,Gierut ; Wanda,Niemyska ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2017年33卷23期 3819-3821页 SCIMEDLINECABP

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            44. Knot_pull-python package for biopolymer smoothing and knot detection. oa

            【外文期刊】 Aleksandra I,Jarmolinska ; Anna,Gambin ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2020年36卷3期 953-955页 SCIMEDLINECABP

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            45. Theta-curves in proteins. oa

            【外文期刊】 Pawel,Dabrowski-Tumanski ; Dimos,Goundaroulis ; 等 《Protein science : a publication of the Protein Society》 2024年33卷9期 e5133页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 knotoids; knots; proteins;

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            46. Restriction of S-adenosylmethionine conformational freedom by knotted protein binding sites. oa

            【外文期刊】 Agata P,Perlinska ; Adam,Stasiulewicz ; 等 《PLoS computational biology》 2020年16卷5期 e1007904页 SCIMEDLINECABP

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            47. Complex lasso: new entangled motifs in proteins.

            【外文期刊】 Wanda,Niemyska ; Pawel,Dabrowski-Tumanski ; 等 《Scientific reports》 2016年6卷 36895页

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            48. AlphaKnot: server to analyze entanglement in structures predicted by AlphaFold methods. oa

            【外文期刊】 Wanda,Niemyska ; Pawel,Rubach ; 等 《Nucleic acids research》 2022年50卷W1期 W44-W50页 SCIMEDLINECABP

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            49. LassoProt: server to analyze biopolymers with lassos. oa

            【外文期刊】 Pawel,Dabrowski-Tumanski ; Wanda,Niemyska ; 等 《Nucleic acids research》 2016年44卷W1期 W383-9页 SCIMEDLINECABP

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            50. AlphaFold predicts novel human proteins with knots. oa

            【外文期刊】 Agata P,Perlinska ; Wanda H,Niemyska ; 等 《Protein science : a publication of the Protein Society》 2023年32卷5期 e4631页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 biological function; evolution; folding;

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