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            1. Event extraction across multiple levels of biological organization

            【外文期刊】 Pyysalo, Sampo ; Ohta, Tomoko ; 等 《Bioinformatics》 2012年28卷18期 I575-I581页 SCISCIEMEDLINE

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            2. Automatic extraction of angiogenesis bioprocess from text

            【外文期刊】 Wang, Xinglong ; McKendrick, Iain ; 等 《Bioinformatics》 2011年27卷19期 2730-2737页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 gene product; pharmacological agents; drug design;

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            3. Extracting Protein Interactions from Text with the Unified AkaneRE Event Extraction System

            【外文期刊】 Sæ ; tre, Rune ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2010年7卷3期 442-453页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Text mining; bioinformatics (genome or protein) databases.; language parsing and understanding;

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            4. AGRA: analysis of gene ranking algorithms

            【外文期刊】 Kocbek, Simon ; Saetre, Rune ; 等 《Bioinformatics》 2011年27卷8期 1185-1186页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 genes; biomedical concept space;

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            5. Text mining meets workflow: linking U-Compare with Taverna

            【外文期刊】 Kano, Yoshinobu ; Dobson, Paul ; 等 《Bioinformatics》 2010年26卷19期 2486-2487页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 proteins: domain; biomedical literature; biological science;

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            6. PathText: a text mining integrator for biological pathway visualizations

            【外文期刊】 Kemper, Brian ; Matsuzaki, Takuya ; 等 《Bioinformatics》 2010年26卷12期 I374-I381页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 signaling pathway; metabolic pathway; biological pathway visualization;

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            7. Automatic extraction of angiogenesis bioprocess from text. oa

            【外文期刊】 Xinglong,Wang ; Iain,McKendrick ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2011年27卷19期 2730-7页 SCIMEDLINECABP

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            8. Event extraction for systems biology by text mining the literature.

            【外文期刊】 Sophia,Ananiadou ; Sampo,Pyysalo ; 等 《Trends in biotechnology》 2010年28卷7期 381-90页 SCIMEDLINECABP

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            9. AGRA: analysis of gene ranking algorithms. oa

            【外文期刊】 Simon,Kocbek ; Rune,Sætre ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2011年27卷8期 1185-6页 SCIMEDLINECABP

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            10. Overview of the ID, EPI and REL tasks of BioNLP Shared Task 2011. oa

            【外文期刊】 Sampo,Pyysalo ; Tomoko,Ohta ; 等 《BMC bioinformatics》 2012年13 Suppl 11卷 S2页 SCIMEDLINEBP

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            11. Event extraction for DNA methylation. oa

            【外文期刊】 Tomoko,Ohta ; Sampo,Pyysalo ; 等 《Journal of biomedical semantics》 2011年2 Suppl 5卷 S2页 SCIMEDLINEBP

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            12. Improving clinical named entity recognition in Chinese using the graphical and phonetic feature. oa

            【外文期刊】 Yifei,Wang ; Sophia,Ananiadou ; 等 《BMC medical informatics and decision making》 2019年19卷Suppl 7期 273页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Named entity recognition; Neural networks; Text mining;

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            13. Extracting protein interactions from text with the unified AkaneRE event extraction system.

            【外文期刊】 Rune,Saetre ; Kazuhiro,Yoshida ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 442-53页 SCIMEDLINEBP

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            14. Corpus annotation for mining biomedical events from literature. oa

            【外文期刊】 Jin-Dong,Kim ; Tomoko,Ohta ; 等 《BMC bioinformatics》 2008年9卷 10页 SCIMEDLINEBP

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            15. New challenges for text mining: mapping between text and manually curated pathways. oa

            【外文期刊】 Kanae,Oda ; Jin-Dong,Kim ; 等 《BMC bioinformatics》 2008年9 Suppl 3卷 S5页 SCIMEDLINEBP

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            16. Discovering and visualizing indirect associations between biomedical concepts. oa

            【外文期刊】 Yoshimasa,Tsuruoka ; Makoto,Miwa ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2011年27卷13期 i111-9页 SCIMEDLINECABP

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            17. Filling the gaps between tools and users: a tool comparator, using protein-protein interaction as an example.

            【外文期刊】 Yoshinobu,Kano ; Ngan,Nguyen ; 等 《Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing》 616-27页

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            18. Annotation and detection of drug effects in text for pharmacovigilance. oa

            【外文期刊】 Paul,Thompson ; Sophia,Daikou ; 等 《Journal of cheminformatics》 2018年10卷1期 37页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Adverse drug effects; Corpus annotation; Drug effects;

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            19. Overview of the Cancer Genetics and Pathway Curation tasks of BioNLP Shared Task 2013. oa

            【外文期刊】 Sampo,Pyysalo ; Tomoko,Ohta ; 等 《BMC bioinformatics》 2015年16 Suppl 10卷 S2页 SCIMEDLINEBP

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            20. The Genia Event and Protein Coreference tasks of the BioNLP Shared Task 2011. oa

            【外文期刊】 Jin-Dong,Kim ; Ngan,Nguyen ; 等 《BMC bioinformatics》 2012年13 Suppl 11卷 S1页 SCIMEDLINEBP

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            21. Proximity-based frameworks for generating embeddings from multi-output data.

            【外文期刊】 Tingting,Mu ; John Yannis,Goulermas ; 等 《IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence》 2012年34卷11期 2216-32页 SCIMEDLINE

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            22. PathText: a text mining integrator for biological pathway visualizations. oa

            【外文期刊】 Brian,Kemper ; Takuya,Matsuzaki ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2010年26卷12期 i374-81页 SCIMEDLINECABP

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            23. U-Compare bio-event meta-service: compatible BioNLP event extraction services. oa

            【外文期刊】 Yoshinobu,Kano ; Jari,Björne ; 等 《BMC bioinformatics》 2011年12卷 481页 SCIMEDLINEBP

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            24. Mining metabolites: extracting the yeast metabolome from the literature. oa

            【外文期刊】 Chikashi,Nobata ; Paul D,Dobson ; 等 《Metabolomics : Official journal of the Metabolomic Society》 2011年7卷1期 94-101页 SCIMEDLINECA

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            25. Improving the performance of dictionary-based approaches in protein name recognition.

            【外文期刊】 Yoshimasa,Tsuruoka ; Jun'ichi,Tsujii ; 《Journal of biomedical informatics》 2004年37卷6期 461-70页 SCIMEDLINEBP

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            26. A re-evaluation of biomedical named entity-term relations.

            【外文期刊】 Tomoko,Ohta ; Sampo,Pyysalo ; 等 《Journal of bioinformatics and computational biology》 2010年8卷5期 917-28页 SCIMEDLINEBP

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            27. Building a high-quality sense inventory for improved abbreviation disambiguation. oa

            【外文期刊】 Naoaki,Okazaki ; Sophia,Ananiadou ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2010年26卷9期 1246-53页 SCIMEDLINECABP

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            28. Evaluating contributions of natural language parsers to protein-protein interaction extraction. oa

            【外文期刊】 Yusuke,Miyao ; Kenji,Sagae ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2009年25卷3期 394-400页 SCIMEDLINECABP

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            29. Accelerating the annotation of sparse named entities by dynamic sentence selection. oa

            【外文期刊】 Yoshimasa,Tsuruoka ; Jun'ichi,Tsujii ; 等 《BMC bioinformatics》 2008年9 Suppl 11卷 S8页 SCIMEDLINEBP

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            30. Event extraction across multiple levels of biological organization. oa

            【外文期刊】 Sampo,Pyysalo ; Tomoko,Ohta ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2012年28卷18期 i575-i581页 SCIMEDLINECABP

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            31. Improving the inter-corpora compatibility for protein annotations.

            【外文期刊】 Yue,Wang ; Jin-Dong,Kim ; 等 《Journal of bioinformatics and computational biology》 2010年8卷5期 901-16页 SCIMEDLINEBP

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            32. Learning string similarity measures for gene/protein name dictionary look-up using logistic regression.

            【外文期刊】 Yoshimasa,Tsuruoka ; John,McNaught ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2007年23卷20期 2768-74页 SCIMEDLINECABP

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            33. U-Compare: share and compare text mining tools with UIMA. oa

            【外文期刊】 Yoshinobu,Kano ; William A,Baumgartner ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2009年25卷15期 1997-8页 SCIMEDLINECABP

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            34. Protein-protein interaction extraction by leveraging multiple kernels and parsers.

            【外文期刊】 Makoto,Miwa ; Rune,Saetre ; 等 《International journal of medical informatics》 2009年78卷12期 e39-46页 SCIMEDLINEBP

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            35. Event extraction with complex event classification using rich features.

            【外文期刊】 Makoto,Miwa ; Rune,Saetre ; 等 《Journal of bioinformatics and computational biology》 2010年8卷1期 131-46页 SCIMEDLINEBP

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            36. Automatic recognition of topic-classified relations between prostate cancer and genes using MEDLINE abstracts. oa

            【外文期刊】 Hong-Woo,Chun ; Yoshimasa,Tsuruoka ; 等 《BMC bioinformatics》 2006年7 Suppl 3卷 S4页 SCIMEDLINEBP

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            37. FACTA: a text search engine for finding associated biomedical concepts. oa

            【外文期刊】 Yoshimasa,Tsuruoka ; Jun'ichi,Tsujii ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2008年24卷21期 2559-60页 SCIMEDLINECABP

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            38. Text mining meets workflow: linking U-Compare with Taverna. oa

            【外文期刊】 Yoshinobu,Kano ; Paul,Dobson ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2010年26卷19期 2486-7页 SCIMEDLINECABP

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            39. Investigating heterogeneous protein annotations toward cross-corpora utilization. oa

            【外文期刊】 Yue,Wang ; Jin-Dong,Kim ; 等 《BMC bioinformatics》 2009年10卷 403页 SCIMEDLINEBP

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            40. An analysis of gene/protein associations at PubMed scale. oa

            【外文期刊】 Sampo,Pyysalo ; Tomoko,Ohta ; 等 《Journal of biomedical semantics》 2011年2 Suppl 5卷 S5页 SCIMEDLINEBP

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            41. Disambiguating the species of biomedical named entities using natural language parsers. oa

            【外文期刊】 Xinglong,Wang ; Jun'ichi,Tsujii ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2010年26卷5期 661-7页 SCIMEDLINECABP

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            42. Extraction of gene-disease relations from Medline using domain dictionaries and machine learning.

            【外文期刊】 Hong-Woo,Chun ; Yoshimasa,Tsuruoka ; 等 《Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing》 4-15页

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            43. Complex event extraction at PubMed scale. oa

            【外文期刊】 Jari,Björne ; Filip,Ginter ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2010年26卷12期 i382-90页 SCIMEDLINECABP

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            44. Discovering and visualizing indirect associations between biomedical concepts

            【外文期刊】 Tsuruoka, Yoshimasa ; Miwa, Makoto ; 等 《Bioinformatics》 2011年27卷13期 I111-I119页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 genes; chemical compounds; MEDLINE database;

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            45. Building a high-quality sense inventory for improved abbreviation disambiguation

            【外文期刊】 Okazaki, Naoaki ; Ananiadou, Sophia ; 等 《Bioinformatics》 2010年26卷9期 1246-1253页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MEDLINE abstract; bio-medical text; high-quality sense inventory;

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            46. U-Compare: share and compare text mining tools with UIMA

            【外文期刊】 Kano, Yoshinobu ; Baumgartner, William A. Jr. ; 等 《Bioinformatics》 2009年25卷15期 1997-1998页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Unstructured Information Management Architecture framework; CMU UIMA Component Repository; BioNLP UIMA Repository;

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            47. Disambiguating the species of biomedical named entities using natural language parsers

            【外文期刊】 Wang, Xinglong ; Tsujii, Jun'ichi ; 等 《Bioinformatics》 2010年26卷5期 661-667页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 biomedical named entity; domain portability;

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            48. Complex event extraction at PubMed scale

            【外文期刊】 Bjorne, Jari ; Ginter, Filip ; 等 《Bioinformatics》 2010年26卷12期 i382-i390页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 entity recognition; PubMed scale; complex event extraction;

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