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            1. Consensus on Molecular Subtypes of High-Grade Serous Ovarian Carcinoma

            【外文期刊】 Chen, Gregory M. ; Kannan, Lavanya ; 等 《Clinical cancer research: an official journal of the American Association for Cancer Research》 2018年24卷20期 5037-5047页 SCISCIEMEDLINE

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            2. A comprehensive gene regulatory network for the diauxic shift in Saccharomyces cerevisiae

            【外文期刊】 Geistlinger, Ludwig ; Csaba, Gergely ; 等 《Nucleic Acids Research》 2013年41卷18期 8452-8463页 SCISCIEMEDLINE

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            3. Tobacco exposure associated with oral microbiota oxygen utilization in the New York City Health and Nutrition Examination Study

            【外文期刊】 Beghini, Francesco ; Renson, Audrey ; 等 《Annals of epidemiology》 2019年34卷 18-25页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Microbiota; RNA; Ribosomal;

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            4. Spatial transcriptomics of healthy and fibrotic human liver at single-cell resolution. oa

            【外文期刊】 Brianna R,Watson ; Biplab,Paul ; 等 《Nature communications》 2025年16卷1期 319页 SCIMEDLINECA

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            5. Detection of Co-expressed Pathway Modules Associated With Mineral Concentration and Meat Quality in Nelore Cattle.

            【外文期刊】 Wellison J S,Diniz ; Gianluca,Mazzoni ; 等 《Frontiers in genetics》 2019年10卷 210页

            【关键词】 AMPK pathway; RNA sequencing; co-expression analysis;

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            6. BioPlexR and BioPlexPy: integrated data products for the analysis of human protein interactions. oa

            【外文期刊】 Ludwig,Geistlinger ; Roger,Vargas ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2023年39卷3期 SCIMEDLINECABP

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            7. Integrated annotation prioritizes metabolites with bioactivity in inflammatory bowel disease. oa

            【外文期刊】 Amrisha,Bhosle ; Sena,Bae ; 等 《Molecular systems biology》 2024年20卷4期 338-361页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Bioactive Compound Prioritization; Computational Method; Inflammatory Bowel Disease;

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            8. RaggedExperiment: the missing link between genomic ranges and matrices in Bioconductor. oa

            【外文期刊】 Marcel,Ramos ; Martin,Morgan ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2023年39卷6期 SCIMEDLINECABP

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            9. Charting the cellular biogeography in colitis reveals fibroblast trajectories and coordinated spatial remodeling.

            【外文期刊】 Paolo,Cadinu ; Kisha N,Sivanathan ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            10. Waldron et al. Reply to "Commentary on the HMP16SData Bioconductor Package". oa

            【外文期刊】 Levi,Waldron ; Lucas,Schiffer ; 等 《American journal of epidemiology》 2019年188卷6期 1031-1032页 SCIMEDLINEBP

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            11. BugSigDB captures patterns of differential abundance across a broad range of host-associated microbial signatures. oa

            【外文期刊】 Ludwig,Geistlinger ; Chloe,Mirzayi ; 等 《Nature biotechnology》 2024年42卷5期 790-802页 SCIMEDLINECABP

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            12. Charting the cellular biogeography in colitis reveals fibroblast trajectories and coordinated spatial remodeling. oa

            【外文期刊】 Paolo,Cadinu ; Kisha N,Sivanathan ; 等 《Cell》 2024年187卷8期 2010-2028.e30页 SCIMEDLINECABP

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            13. Consensus on Molecular Subtypes of High-Grade Serous Ovarian Carcinoma. oa

            【外文期刊】 Gregory M,Chen ; Lavanya,Kannan ; 等 《Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research》 2018年24卷20期 5037-5047页 SCIMEDLINEBP

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            14. Microbiome connections with host metabolism and habitual diet from 1,098 deeply phenotyped individuals. oa

            【外文期刊】 Francesco,Asnicar ; Sarah E,Berry ; 等 《Nature medicine》 2021年27卷2期 321-332页 SCIMEDLINECABP

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            15. Reliable Analysis of Clinical Tumor-Only Whole-Exome Sequencing Data.

            【外文期刊】 Sehyun,Oh ; Ludwig,Geistlinger ; 等 《JCO clinical cancer informatics》 2020年4卷 321-335页

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            16. Thyroid hormone rewires cortical circuits to coordinate body-wide metabolism and exploratory drive.

            【外文期刊】 Daniel R,Hochbaum ; Alexandra C,Dubinsky ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            17. HMP16SData: Efficient Access to the Human Microbiome Project Through Bioconductor. oa

            【外文期刊】 Lucas,Schiffer ; Rimsha,Azhar ; 等 《American journal of epidemiology》 2019年188卷6期 1023-1026页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Bioconductor; Human Microbiome Project; bioinformatics;

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            18. Bioconductor's EnrichmentBrowser: seamless navigation through combined results of set- & network-based enrichment analysis. oa

            【外文期刊】 Ludwig,Geistlinger ; Gergely,Csaba ; 等 《BMC bioinformatics》 2016年17卷 45页 SCIMEDLINEBP

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            19. Factors influencing the efficiency of generating genetically engineered pigs by nuclear transfer: multi-factorial analysis of a large data set. oa

            【外文期刊】 Mayuko,Kurome ; Ludwig,Geistlinger ; 等 《BMC biotechnology》 2013年13卷 43页 SCIMEDLINEBP

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            20. SIMON: Open-Source Knowledge Discovery Platform.

            【外文期刊】 Adriana,Tomic ; Ivan,Tomic ; 等 《Patterns (New York, N.Y.)》 2021年2卷1期 100178页

            【关键词】 artificial intelligence; autoML; bioinformatics;

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            21. Publisher Correction: Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor.

            【外文期刊】 Robert A,Amezquita ; Aaron T L,Lun ; 等 《Nature methods》 2020年17卷2期 242页 SCIMEDLINECABP

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            22. Micropatterning as a tool to identify regulatory triggers and kinetics of actin-mediated endothelial mechanosensing.

            【外文期刊】 Florian A,Gegenfurtner ; Berenice,Jahn ; 等 《Journal of cell science》 2018年131卷10期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Endothelial cell; MLK1; MRTF;

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            23. Curated single cell multimodal landmark datasets for R/Bioconductor. oa

            【外文期刊】 Kelly B,Eckenrode ; Dario,Righelli ; 等 《PLoS computational biology》 2023年19卷8期 e1011324页 SCIMEDLINECABP

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            24. GenomicSuperSignature facilitates interpretation of RNA-seq experiments through robust, efficient comparison to public databases. oa

            【外文期刊】 Sehyun,Oh ; Ludwig,Geistlinger ; 等 《Nature communications》 2022年13卷1期 3695页 SCIMEDLINECA

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            25. Genetics meets metabolomics: a genome-wide association study of metabolite profiles in human serum. oa

            【外文期刊】 Christian,Gieger ; Ludwig,Geistlinger ; 等 《PLoS genetics》 2008年4卷11期 e1000282页 SCIMEDLINECABP

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            26. Genome-Wide Detection of CNVs and Their Association with Meat Tenderness in Nelore Cattle. oa

            【外文期刊】 Vinicius Henrique da,Silva ; Luciana Correia de Almeida,Regitano ; 等 《PloS one》 2016年11卷6期 e0157711页 SCIMEDLINECABP

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            27. Multiomic Integration of Public Oncology Databases in Bioconductor.

            【外文期刊】 Marcel,Ramos ; Ludwig,Geistlinger ; 等 《JCO clinical cancer informatics》 2020年4卷 958-971页

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            28. CNVRanger: association analysis of CNVs with gene expression and quantitative phenotypes. oa

            【外文期刊】 Vinicius,da Silva ; Marcel,Ramos ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2020年36卷3期 972-973页 SCIMEDLINECABP

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            29. Tobacco exposure associated with oral microbiota oxygen utilization in the New York City Health and Nutrition Examination Study. oa

            【外文期刊】 Francesco,Beghini ; Audrey,Renson ; 等 《Annals of epidemiology》 2019年34卷 18-25.e3页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 16S; Human microbiome; Microbiota;

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            30. Toward a gold standard for benchmarking gene set enrichment analysis. oa

            【外文期刊】 Ludwig,Geistlinger ; Gergely,Csaba ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2021年22卷1期 545-556页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 RNA-seq; gene expression data; gene set analysis;

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            31. Orchestrating a community-developed computational workshop and accompanying training materials.

            【外文期刊】 Sean,Davis ; Marcel,Ramos ; 等 《F1000Research》 2018年7卷 1656页

            【关键词】 Bioconductor; R; bioinformatics;

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            32. Genome-wide association study identifies two novel regions at 11p15.5-p13 and 1p31 with major impact on acute-phase serum amyloid A. oa

            【外文期刊】 Carola,Marzi ; Eva,Albrecht ; 等 《PLoS genetics》 2010年6卷11期 e1001213页 SCIMEDLINECABP

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            33. Multiomic Analysis of Subtype Evolution and Heterogeneity in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma. oa

            【外文期刊】 Ludwig,Geistlinger ; Sehyun,Oh ; 等 《Cancer research》 2020年80卷20期 4335-4345页 SCIMEDLINECABP

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            34. From sets to graphs: towards a realistic enrichment analysis of transcriptomic systems. oa

            【外文期刊】 Ludwig,Geistlinger ; Gergely,Csaba ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2011年27卷13期 i366-73页 SCIMEDLINECABP

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            35. Thyroid hormone remodels cortex to coordinate body-wide metabolism and exploration. oa

            【外文期刊】 Daniel R,Hochbaum ; Lauren,Hulshof ; 等 《Cell》 2024年187卷20期 5679-5697.e23页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 body-brain coordination; exploration; metabolism;

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            36. A comprehensive gene regulatory network for the diauxic shift in Saccharomyces cerevisiae. oa

            【外文期刊】 Ludwig,Geistlinger ; Gergely,Csaba ; 等 《Nucleic acids research》 2013年41卷18期 8452-63页 SCIMEDLINECABP

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            37. Identification of putative regulatory regions and transcription factors associated with intramuscular fat content traits. oa

            【外文期刊】 Aline S M,Cesar ; Luciana C A,Regitano ; 等 《BMC genomics》 2018年19卷1期 499页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Fatty acids; Gene expression; Mammals;

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            38. Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor. oa

            【外文期刊】 Robert A,Amezquita ; Aaron T L,Lun ; 等 《Nature methods》 2020年17卷2期 137-145页 SCIMEDLINECABP

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            39. Addressing false discoveries in network inference.

            【外文期刊】 Tobias,Petri ; Stefan,Altmann ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2015年31卷17期 2836-43页 SCIMEDLINECABP

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            40. A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors.

            【外文期刊】 Marcela M,de Souza ; Adhemar,Zerlotini ; 等 《Scientific reports》 2018年8卷1期 13747页

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            41. Widespread modulation of gene expression by copy number variation in skeletal muscle.

            【外文期刊】 Ludwig,Geistlinger ; Vinicius Henrique,da Silva ; 等 《Scientific reports》 2018年8卷1期 1399页

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            42. Micropatterning as a tool to identify regulatory triggers and kinetics of actin-mediated endothelial mechanosensing

            【外文期刊】 Gegenfurtner, Florian A. ; Jahn, Berenice ; 等 《Journal of Cell Science》 2018年131卷10期 jcs212886-jcs212886页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Micropatterning; Mechanosensing; MRTF;

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            43. CNVRanger: association analysis of CNVs with gene expression and quantitative phenotypes

            【外文期刊】 da Silva, Vinicius ; Ramos, Marcel ; 等 《Bioinformatics》 2020年36卷3期 972-973页 SCISCIEMEDLINE

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            44. Reporting guidelines for human microbiome research: the STORMS checklist

            【外文期刊】 Chloe,Mirzayi ; Audrey,Renson ; 等 《Nature medicine》 2021年27卷11期 1885-1892页 SCISCIEMEDLINE

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            45. HMP16SData: Efficient Access to the Human Microbiome Project Through Bioconductor

            【外文期刊】 Schiffer, Lucas ; Azhar, Rimsha ; 等 《American Journal of Epidemiology》 2019年188卷6期 1023-1026页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioconductor; bioinformatics; databases;

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            46. Addressing false discoveries in network inference

            【外文期刊】 Petri, Tobias ; Altmann, Stefan ; 等 《Bioinformatics》 2015年31卷17期 2836-2843页 SCISCIEMEDLINE

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            47. Waldron et al. Reply to "Commentary on the HMP16SData Bioconductor Package"

            【外文期刊】 Waldron, Levi ; Schiffer, Lucas ; 等 《American Journal of Epidemiology》 2019年188卷6期 1031-1032页 SCISCIEMEDLINE

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            48. Multiomic Analysis of Subtype Evolution and Heterogeneity in High-Grade Serous Ovarian Carcinoma

            【外文期刊】 Geistlinger, Ludwig ; Oh, Sehyun ; 等 《Cancer research: The official organ of the American Association for Cancer Research, Inc》 2020年80卷20期 4335-4345页 SCISCIEMEDLINE

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            49. From sets to graphs: towards a realistic enrichment analysis of transcriptomic systems

            【外文期刊】 Geistlinger, Ludwig ; Csaba, Gergely ; 等 《Bioinformatics》 2011年27卷13期 I366-I373页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 transcription factors; genes: expression; regulation;

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