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            1. Horizontal acquisition of toxic alkaloid synthesis in a clade of plant associated fungi

            【外文期刊】 Marcet-Houben, Marina ; Gabaldon, Toni ; 《Fungal Genetics and Biology》 2016年86卷 71-80页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Clavicipitaceae; HGT; Loline;

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            2. A study of the DNA damage checkpoint in Candida albicans: uncoupling of the functions of Rad53 in DNA repair, cell cycle regulation and genotoxic stress-induced polarized growth

            【外文期刊】 Loll-Krippleber, Raphael ; d'Enfert, Christophe ; 等 《Molecular Microbiology》 2014年91卷3期 452-471页 SCISCIEMEDLINE

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            3. Timing the origin of eukaryotic cellular complexity with ancient duplications

            【外文期刊】 Vosseberg, Julian ; van Hooff, Jolien J. E. ; 等 《Nature Ecology & Evolution》 2021年5卷1期

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            4. Expansion of Signal Transduction Pathways in Fungi by Extensive Genome Duplication

            【外文期刊】 Corrochano, Luis M. ; Kuo, Alan ; 等 《Current Biology: CB》 2016年26卷12期 1577-1584页 SCISCIEMEDLINE

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            5. Adaptation of S. cerevisiae to Fermented Food Environments Reveals Remarkable Genome Plasticity and the Footprints of Domestication

            【外文期刊】 Legras, Jean-Luc ; Galeote, Virginie ; 等 《Molecular biology and evolution》 2018年35卷7期 1712-1727页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Saccharomyces cerevisiae; adaptation; domestication;

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            6. Human tRNAs with inosine 34 are essential to efficiently translate eukarya-specific low-complexity proteins

            【外文期刊】 Gabriel Torres, Adrian ; Rodriguez-Escriba, Marta ; 等 《Nucleic Acids Research》 2021年49卷12期 7011-7034页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 ADENOSINE-DEAMINASE; INTELLECTUAL DISABILITY; CODON USAGE;

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            7. Selection following Gene Duplication Shapes Recent Genome Evolution in the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

            【外文期刊】 Fernandez, Rosa ; Marcet-Houben, Marina ; 等 《Molecular biology and evolution》 2020年37卷9期 2601-2615页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 gene duplicates; FAIRE-Seq; insect;

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            8. Acquisition of prokaryotic genes by fungal genomes

            【外文期刊】 Marcet-Houben, Marina ; Gabaldcdn, Toni ; 《Trends in Genetics》 2010年26卷1期 5-8页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 species evolution; genorne; phylogenomic criteria;

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            9. Advances and Applications in the Quest for Orthologs

            【外文期刊】 Forslund, Sofia K. ; Altenhoff, Adrian ; 等 《Molecular biology and evolution》 2019年36卷10期 2157-2164页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 orthology; gene family; genome evolution;

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            10. Correction: Gene Expansion Shapes Genome Architecture in the Human Pathogen Lichtheimia corymbifera: An Evolutionary Genomics Analysis in the Ancient Terrestrial Mucorales (Mucoromycotina). oa

            【外文期刊】 Volker U,Schwartze ; Sascha,Winter ; 等 《PLoS genetics》 2016年12卷12期 e1006491页 SCIMEDLINECABP

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            11. PhylomeDB v3.0: an expanding repository of genome-wide collections of trees, alignments and phylogeny-based orthology and paralogy predictions. oa

            【外文期刊】 Jaime,Huerta-Cepas ; Salvador,Capella-Gutierrez ; 等 《Nucleic acids research》 2011年39卷Database issue期 D556-60页 SCIMEDLINECABP

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            12. Differential gene retention as an evolutionary mechanism to generate biodiversity and adaptation in yeasts.

            【外文期刊】 Guillaume,Morel ; Lieven,Sterck ; 等 《Scientific reports》 2015年5卷 11571页

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            13. Evolutionary and functional patterns of shared gene neighbourhood in fungi.

            【外文期刊】 Marina,Marcet-Houben ; Toni,Gabaldón ; 《Nature microbiology》 2019年4卷12期 2383-2392页

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            14. Comparative Genomics Used to Predict Virulence Factors and Metabolic Genes among Monilinia Species.

            【外文期刊】 Marina,Marcet-Houben ; Maria,Villarino ; 等 《Journal of fungi (Basel, Switzerland)》 2021年7卷6期

            【关键词】 CAZome; brown rot; secondary metabolism;

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            15. EvolClustDB: Exploring Eukaryotic Gene Clusters with Evolutionarily Conserved Genomic Neighbourhoods.

            【外文期刊】 Marina,Marcet-Houben ; Ismael,Collado-Cala ; 等 《Journal of molecular biology》 2023年435卷14期 168013页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 comparative genomics; eukaryotes; gene neighbourhood;

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            16. PhylomeDB V5: an expanding repository for genome-wide catalogues of annotated gene phylogenies. oa

            【外文期刊】 Diego,Fuentes ; Manuel,Molina ; 等 《Nucleic acids research》 2022年50卷D1期 D1062-D1068页 SCIMEDLINECABP

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            17. Genetically encodable bioluminescent system from fungi. oa

            【外文期刊】 Alexey A,Kotlobay ; Karen S,Sarkisyan ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2018年115卷50期 12728-12732页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 bioluminescence; fungal luciferase; fungal luciferin biosynthesis;

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            18. Shared evolutionary footprints suggest mitochondrial oxidative damage underlies multiple complex I losses in fungi. oa

            【外文期刊】 Miquel Àngel,Schikora-Tamarit ; Marina,Marcet-Houben ; 等 《Open biology》 2021年11卷4期 200362页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 complex I; mitochondria; oxidative phosphorylation;

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            19. Selection following Gene Duplication Shapes Recent Genome Evolution in the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum. oa

            【外文期刊】 Rosa,Fernández ; Marina,Marcet-Houben ; 等 《Molecular biology and evolution》 2020年37卷9期 2601-2615页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 FAIRE-Seq; gene duplicates; insect;

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            20. A study of the DNA damage checkpoint in Candida albicans: uncoupling of the functions of Rad53 in DNA repair, cell cycle regulation and genotoxic stress-induced polarized growth.

            【外文期刊】 Raphaël,Loll-Krippleber ; Christophe,d'Enfert ; 等 《Molecular microbiology》 2014年91卷3期 452-71页 SCIMEDLINECABP

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            21. New developments for the Quest for Orthologs benchmark service.

            【外文期刊】 Adrian,Altenhoff ; Yannis,Nevers ; 等 《NAR genomics and bioinformatics》 2024年6卷4期 lqae167页

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            22. Chromosome level assemblies of Nakaseomyces (Candida) bracarensis uncover two distinct clades and define its adhesin repertoire. oa

            【外文期刊】 Marina,Marcet-Houben ; Ewa,Księżopolska ; 等 《BMC genomics》 2024年25卷1期 1053页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Nakaseomyces ; Adhesins; Genomics;

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            23. Evolutionary histories of expanded peptidase families in Schistosoma mansoni.

            【外文期刊】 Larissa Lopes,Silva ; Marina,Marcet-Houben ; 等 《Memorias do Instituto Oswaldo Cruz》 2011年106卷7期 864-77页 SCIMEDLINEBP

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            24. Several secondary metabolite gene clusters in the genomes of ten Penicillium spp. raise the risk of multiple mycotoxin occurrence in chestnuts.

            【外文期刊】 Marco,Garello ; Edoardo,Piombo ; 等 《Food microbiology》 2024年122卷 104532页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Food safety; LC-MS/MS; Mycotoxigenic fungi;

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            25. Horizontal acquisition of toxic alkaloid synthesis in a clade of plant associated fungi. oa

            【外文期刊】 Marina,Marcet-Houben ; Toni,Gabaldón ; 《Fungal genetics and biology : FG & B》 2016年86卷 71-80页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Clavicipitaceae; Ergot alkaloids; HGT;

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            26. Evolutionary genomics of yeast pathogens in the Saccharomycotina. oa

            【外文期刊】 Toni,Gabaldón ; Miguel A,Naranjo-Ortíz ; 等 《FEMS yeast research》 2016年16卷6期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Candida; Saccharomycotina; evolution;

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            27. Phylogenomics Identifies an Ancestral Burst of Gene Duplications Predating the Diversification of Aphidomorpha. oa

            【外文期刊】 Irene,Julca ; Marina,Marcet-Houben ; 等 《Molecular biology and evolution》 2020年37卷3期 730-756页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Aphidomorpha; aphids; gene duplication;

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            28. Parental origin of the allotetraploid tobacco Nicotiana benthamiana. oa

            【外文期刊】 Matteo,Schiavinato ; Marina,Marcet-Houben ; 等 《The Plant journal : for cell and molecular biology》 2020年102卷3期 541-554页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Nicotiana benthamiana ; interspecific hybrid; phylogenetic tree;

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            29. Genomics of the expanding pine pathogen Lecanosticta acicola reveals patterns of ongoing genetic admixture.

            【外文期刊】 Marina,Marcet-Houben ; Fernando,Cruz ; 等 《mSystems》 2024年9卷3期 e0092823页

            【关键词】 Lecanosticta acicola; admixture; comparative genomics;

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            30. Examination of Genome-Wide Ortholog Variation in Clinical and Environmental Isolates of the Fungal Pathogen Aspergillus fumigatus. oa

            【外文期刊】 Maria Augusta C,Horta ; Jacob L,Steenwyk ; 等 《mBio》 2022年13卷4期 e0151922页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Aspergillus fumigatus; PanOrtho genome; clinical and environmental isolates;

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            31. EvolClust: automated inference of evolutionary conserved gene clusters in eukaryotes. oa

            【外文期刊】 Marina,Marcet-Houben ; Toni,Gabaldón ; 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2020年36卷4期 1265-1266页 SCIMEDLINECABP

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            32. Human tRNAs with inosine 34 are essential to efficiently translate eukarya-specific low-complexity proteins. oa

            【外文期刊】 Adrian Gabriel,Torres ; Marta,Rodríguez-Escribà ; 等 《Nucleic acids research》 2021年49卷12期 7011-7034页 SCIMEDLINECABP

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            33. The genome and development-dependent transcriptomes of Pyronema confluens: a window into fungal evolution. oa

            【外文期刊】 Stefanie,Traeger ; Florian,Altegoer ; 等 《PLoS genetics》 2013年9卷9期 e1003820页 SCIMEDLINECABP

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            34. Extreme genomic erosion after recurrent demographic bottlenecks in the highly endangered Iberian lynx. oa

            【外文期刊】 Federico,Abascal ; André,Corvelo ; 等 《Genome biology》 2016年17卷1期 251页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Conservation genomics; Genetic diversity; Genetic drift;

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            35. Chromosome-level assembly, annotation and phylome of Pelobates cultripes, the western spadefoot toad. oa

            【外文期刊】 Hans Christoph,Liedtke ; Fernando,Cruz ; 等 《DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes》 2022年29卷3期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 amphibia; genome assembly; phylome;

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            36. Phylogenomics of the olive tree (Olea europaea) reveals the relative contribution of ancient allo- and autopolyploidization events. oa

            【外文期刊】 Irene,Julca ; Marina,Marcet-Houben ; 等 《BMC biology》 2018年16卷1期 15页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Hybridization; Lamiales; Olive;

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            37. Genomic evidence for recurrent genetic admixture during the domestication of Mediterranean olive trees (Olea europaea L.). oa

            【外文期刊】 Irene,Julca ; Marina,Marcet-Houben ; 等 《BMC biology》 2020年18卷1期 148页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Admixture; Domestication; Genome;

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            38. Whole genome analysis of two sympatric human Mansonella: Mansonella perstans and Mansonella sp "DEUX".

            【外文期刊】 Miriam,Rodi ; Caspar,Gross ; 等 《Frontiers in cellular and infection microbiology》 2023年13卷 1159814页

            【关键词】 Mansonella perstans; Mansonella sp “DEUX”; Wolbachia;

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            39. Towards reconstructing a metabolic tree of life. oa

            【外文期刊】 Marina,Marcet-Houben ; Pere,Puigbò ; 等 《Bioinformation》 2007年2卷4期 135-44页 MEDLINE

            【关键词】 dendogram; enzymes; metablic pathways;

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            40. Functional Characterization of Clinical Isolates of the Opportunistic Fungal Pathogen Aspergillus nidulans.

            【外文期刊】 Rafael Wesley,Bastos ; Clara,Valero ; 等 《mSphere》 2020年5卷2期

            【关键词】 Aspergillus nidulans ; clinical isolates; genome sequencing;

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            41. The Schistosoma mansoni phylome: using evolutionary genomics to gain insight into a parasite's biology. oa

            【外文期刊】 Larissa Lopes,Silva ; Marina,Marcet-Houben ; 等 《BMC genomics》 2012年13卷 617页 SCIMEDLINEBP

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            42. Molecular signatures of plastic phenotypes in two eusocial insect species with simple societies. oa

            【外文期刊】 Solenn,Patalano ; Anna,Vlasova ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2015年112卷45期 13970-5页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 DNA methylation; genome sequencing; phenotypic plasticity;

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            43. Corrigendum: Differential gene retention as an evolutionary mechanism to generate biodiversity and adaptation in yeasts.

            【外文期刊】 Guillaume,Morel ; Lieven,Sterck ; 等 《Scientific reports》 2015年5卷 12596页

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            44. The transposable element-rich genome of the cereal pest Sitophilus oryzae. oa

            【外文期刊】 Nicolas,Parisot ; Carlos,Vargas-Chávez ; 等 《BMC biology》 2021年19卷1期 241页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Coleoptera; Endosymbiosis; Evolution;

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            45. Widespread Inter- and Intra-Domain Horizontal Gene Transfer of d-Amino Acid Metabolism Enzymes in Eukaryotes.

            【外文期刊】 Miguel A,Naranjo-Ortíz ; Matthias,Brock ; 等 《Frontiers in microbiology》 2016年7卷 2001页

            【关键词】 Abaccus; Candida glabrata; amino acid racemase;

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            46. Beyond the Whole-Genome Duplication: Phylogenetic Evidence for an Ancient Interspecies Hybridization in the Baker's Yeast Lineage. oa

            【外文期刊】 Marina,Marcet-Houben ; Toni,Gabaldón ; 《PLoS biology》 2015年13卷8期 e1002220页 SCIMEDLINECABP

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            47. Whole genome sequencing of turbot (Scophthalmus maximus; Pleuronectiformes): a fish adapted to demersal life. oa

            【外文期刊】 Antonio,Figueras ; Diego,Robledo ; 等 《DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes》 2016年23卷3期 181-92页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 genetic map; genome evolution; genome sequencing;

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            48. FUNGALOXPHOS: an integrated database for oxidative phosphorylation in fungi.

            【外文期刊】 José L,Lavín ; Marina,Marcet-Houben ; 等 《Mitochondrion》 2013年13卷4期 357-9页 SCIMEDLINECABP

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            49. Acquisition of prokaryotic genes by fungal genomes.

            【外文期刊】 Marina,Marcet-Houben ; Toni,Gabaldón ; 《Trends in genetics : TIG》 2010年26卷1期 5-8页 SCIMEDLINECABP

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            50. PhylomeDB v4: zooming into the plurality of evolutionary histories of a genome. oa

            【外文期刊】 Jaime,Huerta-Cepas ; Salvador,Capella-Gutiérrez ; 等 《Nucleic acids research》 2014年42卷Database issue期 D897-902页 SCIMEDLINECABP

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