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            1. Computational approaches from polymer physics to investigate chromatin folding

            【外文期刊】 Bianco, Simona ; Chiariello, Andrea M. ; 等 《Current Opinion in Cell Biology》 2020年64卷 10-17页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Chromatin organization; Polymer models; SBS model;

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            2. A novel complex genomic rearrangement affecting the KCNJ2 regulatory region causes a variant of Cooks syndrome

            【外文期刊】 Cinque, Luigia ; Micale, Lucia ; 等 《Human Genetics》 2022年141卷2期 217-227页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 CHROMATIN DOMAINS; INTELLECTUAL DISABILITY; GENE;

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            3. Dynamic 3D chromatin architecture contributes to enhancer specificity and limb morphogenesis

            【外文期刊】 Kragesteen, Bjort K. ; Spielmann, Malte ; 等 《Nature Genetics》 2018年50卷10期 1463-1473页 SCISCIEMEDLINE

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            4. Active and poised promoter states drive folding of the extended HoxB locus in mouse embryonic stem cells

            【外文期刊】 Barbieri, Mariano ; Xie, Sheila Q. ; 等 《Nature structural & molecular biology》 2017年24卷6期 515-+页 MEDLINE

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            5. Repression and 3D-restructuring resolves regulatory conflicts in evolutionarily rearranged genomes

            【外文期刊】 Ringel, Alessa R. ; Szabo, Quentin ; 等 《Cell》 2022年185卷20期 3689-+页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 ENHANCER-PROMOTER COMMUNICATION; DE-NOVO METHYLATION; DNA METHYLATION;

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            6. 8-oxodG accumulation within super-enhancers marks fragile CTCF-mediated chromatin loops

            【外文期刊】 Scala, Giovanni ; Gorini, Francesca ; 等 《Nucleic Acids Research》 2022年50卷6期 3292-3306页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 G-QUADRUPLEX STRUCTURES; PROINFLAMMATORY GENE-EXPRESSION; DNA OXIDATION;

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            7. Polymer models are a versatile tool to study chromatin 3D organization

            【外文期刊】 Esposito, Andrea ; Bianco, Simona ; 等 《Biochemical Society transactions.》 2021年49卷4期 1675-1684页 SCISCIEMEDLINE

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            8. CTCF mediates dosage- and sequence-context-dependent transcriptional insulation by forming local chromatin domains

            【外文期刊】 Huang, Hui ; Zhu, Quan ; 等 《Nature Genetics》 2021年53卷7期 1064-+页 SCISCIEMEDLINE

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            9. Polymer physics indicates chromatin folding variability across single-cells results from state degeneracy in phase separation. oa

            【外文期刊】 Mattia,Conte ; Luca,Fiorillo ; 等 《Nature communications》 2020年11卷1期 3289页 SCIMEDLINECA

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            10. Hierarchical folding and reorganization of chromosomes are linked to transcriptional changes in cellular differentiation. oa

            【外文期刊】 James,Fraser ; Carmelo,Ferrai ; 等 《Molecular systems biology》 2015年11卷12期 852页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 chromatin contacts; chromosome architecture; epigenetics;

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            11. Complex multi-enhancer contacts captured by genome architecture mapping. oa

            【外文期刊】 Robert A,Beagrie ; Antonio,Scialdone ; 等 《Nature》 2017年543卷7646期 519-524页 SCIMEDLINECABP

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            12. Jamming phase diagram for frictional particles.

            【外文期刊】 Massimo Pica,Ciamarra ; Raffaele,Pastore ; 等 《Physical review. E, Statistical, nonlinear, and soft matter physics》 2011年84卷4 Pt 1期 041308页 MEDLINECA

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            13. Repression and 3D-restructuring resolves regulatory conflicts in evolutionarily rearranged genomes. oa

            【外文期刊】 Alessa R,Ringel ; Quentin,Szabo ; 等 《Cell》 2022年185卷20期 3689-3704.e21页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 3D genome organization; CTCF; DNA methylation;

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            14. Conformation regulation of the X chromosome inactivation center: a model. oa

            【外文期刊】 Antonio,Scialdone ; Ilaria,Cataudella ; 等 《PLoS computational biology》 2011年7卷10期 e1002229页 SCIMEDLINECABP

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            15. A Dynamic Folded Hairpin Conformation Is Associated with α-Globin Activation in Erythroid Cells.

            【外文期刊】 Andrea M,Chiariello ; Simona,Bianco ; 等 《Cell reports》 2020年30卷7期 2125-2135.e5页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 gene regulation; globin loci; higher-order chromatin organization;

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            16. Promoter-proximal CTCF binding promotes distal enhancer-dependent gene activation. oa

            【外文期刊】 Naoki,Kubo ; Haruhiko,Ishii ; 等 《Nature structural & molecular biology》 2021年28卷2期 152-161页 SCIMEDLINECABP

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            17. Polymer models of the hierarchical folding of the Hox-B chromosomal locus.

            【外文期刊】 Carlo,Annunziatella ; Andrea M,Chiariello ; 等 《Physical review. E》 2016年94卷4-1期 042402页

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            18. Recurrent incisional hernia, enterocutaneous fistula and loss of the substance of the abdominal wall: plastic with organic prosthesis, skin graft and VAC therapy. Clinical case.

            【外文期刊】 Sara,Nicodemi ; Sergio,Corelli ; 等 《Annali italiani di chirurgia》 172-6页 SCIMEDLINE

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            19. The colocalization transition of homologous chromosomes at meiosis.

            【外文期刊】 Mario,Nicodemi ; Barbara,Panning ; 等 《Physical review. E, Statistical, nonlinear, and soft matter physics》 2008年77卷6 Pt 1期 061913页 MEDLINECA

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            20. Physics meets biology: The joining of two forces to further our understanding of cellular function.

            【外文期刊】 Michelle D,Wang ; Mario,Nicodemi ; 等 《Molecular cell》 2021年81卷15期 3033-3037页 SCIMEDLINECABP

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            21. Guidelines for Vascular Anomalies by the Italian Society for the study of Vascular Anomalies (SISAV).

            【外文期刊】 Francesco,Stillo ; Raul,Mattassi ; 等 《International angiology : a journal of the International Union of Angiology》 2022年41卷2 Suppl 1期 1-130页 SCIMEDLINEBP

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            22. A single dose of cocaine rewires the 3D genome structure of midbrain dopamine neurons.

            【外文期刊】 Dominik,Szabó ; Vedran,Franke ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            23. Active and poised promoter states drive folding of the extended HoxB locus in mouse embryonic stem cells.

            【外文期刊】 Mariano,Barbieri ; Sheila Q,Xie ; 等 《Nature structural & molecular biology》 2017年24卷6期 515-524页 SCIMEDLINECABP

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            24. RNA polymerase II primes Polycomb-repressed developmental genes throughout terminal neuronal differentiation. oa

            【外文期刊】 Carmelo,Ferrai ; Elena,Torlai Triglia ; 等 《Molecular systems biology》 2017年13卷10期 946页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 RNA polymerase II; cell plasticity; chromatin bivalency;

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            25. RNA-mediated symmetry breaking enables singular olfactory receptor choice. oa

            【外文期刊】 Ariel D,Pourmorady ; Elizaveta V,Bashkirova ; 等 《Nature》 2024年625卷7993期 181-188页 SCIMEDLINECABP

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            26. Chromosomes Phase Transition to Function. oa

            【外文期刊】 Mario,Nicodemi ; Simona,Bianco ; 《Biophysical journal》 2020年119卷4期 724-725页 SCIMEDLINECABP

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            27. Predicting chromatin architecture from models of polymer physics.

            【外文期刊】 Simona,Bianco ; Andrea M,Chiariello ; 等 《Chromosome research : an international journal on the molecular, supramolecular and evolutionary aspects of chromosome biology》 2017年25卷1期 25-34页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Brownian motion; Chromosomes; Classical statistical mechanics;

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            28. Polymer physics reveals a combinatorial code linking 3D chromatin architecture to 1D chromatin states.

            【外文期刊】 Andrea,Esposito ; Simona,Bianco ; 等 《Cell reports》 2022年38卷13期 110601页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 3D genome organization; CP: Molecular biology; biophysics;

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            29. An integrated view of the structure and function of the human 4D nucleome.

            【外文期刊】 4D Nucleome Consortium ; Job,Dekker ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            30. Polymer physics of chromosome large-scale 3D organisation.

            【外文期刊】 Andrea M,Chiariello ; Carlo,Annunziatella ; 等 《Scientific reports》 2016年6卷 29775页

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            31. Phase separation of ecDNA aggregates establishes in-trans contact domains boosting selective MYC regulatory interactions.

            【外文期刊】 Mattia,Conte ; Tommaso,Matteuzzi ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            32. Molecular Dynamics simulations of the Strings and Binders Switch model of chromatin.

            【外文期刊】 Carlo,Annunziatella ; Andrea M,Chiariello ; 等 《Methods (San Diego, Calif.)》 2018年142卷 81-88页 SCIMEDLINECABP

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            33. Single-allele chromatin interactions identify regulatory hubs in dynamic compartmentalized domains. oa

            【外文期刊】 A Marieke,Oudelaar ; James O J,Davies ; 等 《Nature genetics》 2018年50卷12期 1744-1751页 SCIMEDLINECABP

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            34. Thermodynamic pathways to genome spatial organization in the cell nucleus. oa

            【外文期刊】 Mario,Nicodemi ; Antonella,Prisco ; 《Biophysical journal》 2009年96卷6期 2168-77页 SCIMEDLINECABP

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            35. Polymer models of chromatin organization.

            【外文期刊】 Mariano,Barbieri ; Antonio,Scialdone ; 等 《Frontiers in genetics》 2013年4卷 113页

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            36. Polymer physics models reveal structural folding features of single-molecule gene chromatin conformations.

            【外文期刊】 Mattia,Conte ; Alex,Abraham ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            37. Mechanics and dynamics of X-chromosome pairing at X inactivation. oa

            【外文期刊】 Antonio,Scialdone ; Mario,Nicodemi ; 《PLoS computational biology》 2008年4卷12期 e1000244页 SCIMEDLINECABP

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            38. Stochastic transitions and jamming in granular pipe flow.

            【外文期刊】 Samuel,Brand ; Robin C,Ball ; 等 《Physical review. E, Statistical, nonlinear, and soft matter physics》 2011年83卷3 Pt 1期 031309页 MEDLINECA

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            39. A Polymer Physics Model to Dissect Genome Organization in Healthy and Pathological Phenotypes.

            【外文期刊】 Mattia,Conte ; Luca,Fiorillo ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2022年2301卷 307-316页

            【关键词】 Genome organization; Pathological phenotype; Polymer physics;

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            40. Hmga2 protein loss alters nuclear envelope and 3D chromatin structure. oa

            【外文期刊】 Giuseppina,Divisato ; Andrea M,Chiariello ; 等 《BMC biology》 2022年20卷1期 171页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 High mobility group proteins; Histone modifications; Lamin;

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            41. A model of the large-scale organization of chromatin.

            【外文期刊】 Mariano,Barbieri ; Mita,Chotalia ; 等 《Biochemical Society transactions》 2013年41卷2期 508-12页 SCIMEDLINECABP

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            42. Multiscale modelling of chromatin 4D organization in SARS-CoV-2 infected cells.

            【外文期刊】 Andrea M,Chiariello ; Alex,Abraham ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            43. Diffusion-based DNA target colocalization by thermodynamic mechanisms.

            【外文期刊】 Antonio,Scialdone ; Mario,Nicodemi ; 《Development (Cambridge, England)》 2010年137卷22期 3877-85页 SCIMEDLINECABP

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            44. Granular dynamics, jamming, rheology and instabilities.

            【外文期刊】 Patrick,Richard ; Mario,Nicodemi ; 《The European physical journal. E, Soft matter》 2007年22卷3期 193页 SCIMEDLINECA

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            45. Critical behavior and axis defining symmetry breaking in Hydra embryonic development.

            【外文期刊】 Andrea,Gamba ; Mario,Nicodemi ; 等 《Physical review letters》 2012年108卷15期 158103页 SCIMEDLINECA

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            46. Accurate sensitivity in optically preamplified direct detection.

            【外文期刊】 Paolo,Martelli ; Silvia M,Pietralunga ; 等 《Optics letters》 2004年29卷13期 1473-5页 SCIMEDLINE

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            47. Further Delineation of Duplications of ARX Locus Detected in Male Patients with Varying Degrees of Intellectual Disability. oa

            【外文期刊】 Loredana,Poeta ; Michela,Malacarne ; 等 《International journal of molecular sciences》 2022年23卷6期 SCIMEDLINE

            【关键词】 3D structure; ARX; KDM5C-SYN1 axis;

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            48. Single-cell analysis of CD4+ T-cell differentiation reveals three major cell states and progressive acceleration of proliferation. oa

            【外文期刊】 Valentina,Proserpio ; Andrea,Piccolo ; 等 《Genome biology》 2016年17卷 103页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Adaptive immunity; CD4+ T cells; Cell cycle;

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            49. Physical mechanisms of chromatin spatial organization.

            【外文期刊】 Andrea M,Chiariello ; Simona,Bianco ; 等 《The FEBS journal》 2022年289卷5期 1180-1190页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 active motors; chromatin architecture; computer simulations;

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            50. Publisher Correction: Comparison of the Hi-C, GAM and SPRITE methods using polymer models of chromatin. oa

            【外文期刊】 Luca,Fiorillo ; Francesco,Musella ; 等 《Nature methods》 2021年18卷10期 1266页 SCIMEDLINECABP

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