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            1. ARMADA: Using motif activity dynamics to infer gene regulatory networks from gene expression data

            【外文期刊】 Pemberton-Ross, Peter J. ; Pachkov, Mikhail ; 等 《Methods: A Companion to Methods in Enzymology》 2015年85卷 62-74页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Transcription regulation; Gene regulatory network; Transcription factor;

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            2. MotEvo: integrated Bayesian probabilistic methods for inferring regulatory sites and motifs on multiple alignments of DNA sequences

            【外文期刊】 Arnold, Phil ; Erb, Ionas ; 等 《Bioinformatics》 2012年28卷4期 487-494页 SCISCIEMEDLINE

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            3. Embryonic stem cell-specific microRNAs contribute to pluripotency by inhibiting regulators of multiple differentiation pathways

            【外文期刊】 Gruber, Andreas J. ; Grandy, William A. ; 等 《Nucleic Acids Research》 2014年42卷14期 9313-9326页 SCISCIEMEDLINE

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            4. SwissRegulon: a database of genome-wide annotations of regulatory sites. oa

            【外文期刊】 Mikhail,Pachkov ; Ionas,Erb ; 等 《Nucleic acids research》 2007年35卷Database issue期 D127-31页 SCIMEDLINECABP

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            5. Embryonic stem cell-specific microRNAs contribute to pluripotency by inhibiting regulators of multiple differentiation pathways. oa

            【外文期刊】 Andreas J,Gruber ; William A,Grandy ; 等 《Nucleic acids research》 2014年42卷14期 9313-26页 SCIMEDLINECABP

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            6. The ISMARA client.

            【外文期刊】 Panu,Artimo ; Séverine,Duvaud ; 等 《F1000Research》 2016年5卷

            【关键词】 Graphical User Interface; bioinformatics; command line tool;

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            7. SwissRegulon, a database of genome-wide annotations of regulatory sites: recent updates. oa

            【外文期刊】 Mikhail,Pachkov ; Piotr J,Balwierz ; 等 《Nucleic acids research》 2013年41卷Database issue期 D214-20页 SCIMEDLINECABP

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            8. Sox4 is a master regulator of epithelial-mesenchymal transition by controlling Ezh2 expression and epigenetic reprogramming.

            【外文期刊】 Neha,Tiwari ; Vijay K,Tiwari ; 等 《Cancer cell》 2013年23卷6期 768-83页 SCIMEDLINECABP

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            9. Temporal and sequential transcriptional dynamics define lineage shifts in corticogenesis. oa

            【外文期刊】 Tanzila,Mukhtar ; Jeremie,Breda ; 等 《The EMBO journal》 2022年41卷24期 e111132页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 cortical development; lineage specification; networks;

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            10. Modeling of epigenome dynamics identifies transcription factors that mediate Polycomb targeting. oa

            【外文期刊】 Phil,Arnold ; Anne,Schöler ; 等 《Genome research》 2013年23卷1期 60-73页 SCIMEDLINECABP

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            11. Automated reconstruction of whole-genome phylogenies from short-sequence reads. oa

            【外文期刊】 Frederic,Bertels ; Olin K,Silander ; 等 《Molecular biology and evolution》 2014年31卷5期 1077-88页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Escherichia coli; Pseudomonas syringae; next-generation sequencing;

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            12. MicroRNA-221-222 regulate the cell cycle in mast cells. oa

            【外文期刊】 Ramon J,Mayoral ; Matthew E,Pipkin ; 等 《Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)》 2009年182卷1期 433-45页 SCIMEDLINECABP

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            13. Adipose tissue microRNAs as regulators of CCL2 production in human obesity. oa

            【外文期刊】 Erik,Arner ; Niklas,Mejhert ; 等 《Diabetes》 2012年61卷8期 1986-93页 SCIMEDLINECABP

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            14. Klf4 is a transcriptional regulator of genes critical for EMT, including Jnk1 (Mapk8). oa

            【外文期刊】 Neha,Tiwari ; Nathalie,Meyer-Schaller ; 等 《PloS one》 2013年8卷2期 e57329页 SCIMEDLINECABP

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            15. MotEvo: integrated Bayesian probabilistic methods for inferring regulatory sites and motifs on multiple alignments of DNA sequences.

            【外文期刊】 Phil,Arnold ; Ionas,Erb ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2012年28卷4期 487-94页 SCIMEDLINECABP

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            16. ISMARA: automated modeling of genomic signals as a democracy of regulatory motifs. oa

            【外文期刊】 Piotr J,Balwierz ; Mikhail,Pachkov ; 等 《Genome research》 2014年24卷5期 869-84页 SCIMEDLINECABP

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            17. Automated incorporation of pairwise dependency in transcription factor binding site prediction using dinucleotide weight tensors. oa

            【外文期刊】 Saeed,Omidi ; Mihaela,Zavolan ; 等 《PLoS computational biology》 2017年13卷7期 e1005176页 SCIMEDLINECABP

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            18. Tyrosine phosphatase SHP2 promotes breast cancer progression and maintains tumor-initiating cells via activation of key transcription factors and a positive feedback signaling loop.

            【外文期刊】 Nicola,Aceto ; Nina,Sausgruber ; 等 《Nature medicine》 2012年18卷4期 529-37页 SCIMEDLINECABP

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            19. Understanding the roadmap of metabolism by pathway analysis.

            【外文期刊】 Stefan,Schuster ; Axel,von Kamp ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2007年358卷 199-226页

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            20. Investigation of the motif activity of transcription regulators in pancreatic β-like cell subpopulations differentiated from human induced pluripotent stem cells.

            【外文期刊】 Eric,Leclerc ; Mikhail,Pachkov ; 等 《Molecular omics》 2024年20卷10期 654-665页

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            21. ARMADA: Using motif activity dynamics to infer gene regulatory networks from gene expression data.

            【外文期刊】 Peter J,Pemberton-Ross ; Mikhail,Pachkov ; 等 《Methods (San Diego, Calif.)》 2015年85卷 62-74页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Auto-regressive models; Gene regulatory network; Motif activity;

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            22. Crunch: integrated processing and modeling of ChIP-seq data in terms of regulatory motifs. oa

            【外文期刊】 Severin,Berger ; Mikhail,Pachkov ; 等 《Genome research》 2019年29卷7期 1164-1177页 SCIMEDLINECABP

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            23. The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line. oa

            【外文期刊】 FANTOM Consortium ; Harukazu,Suzuki ; 等 《Nature genetics》 2009年41卷5期 553-62页 SCIMEDLINECABP

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            24. Automated Reconstruction of Whole-Genome Phylogenies from Short-Sequence Reads

            【外文期刊】 Bertels, Frederic ; Silander, Olin K. ; 等 《Molecular biology and evolution》 2014年31卷5期 1077-1088页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 next-generation sequencing; Escherichia coli; Pseudomonas syringae;

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            25. Embryonic stem cell-specific microRNAs contribute to pluripotency by inhibiting regulators of multiple differentiation pathways

            【外文期刊】 Gruber, Andreas J. ; Grandy, William A. ; 等 《Nucleic Acids Research》 2014年42卷14期 9313-9326页 SCISCIEMEDLINE

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            26. Crunch: integrated processing and modeling of ChIP-seq data in terms of regulatory motifs

            【外文期刊】 Berger, Severin ; Pachkov, Mikhail ; 等 《Genome research》 2019年29卷7期 1164-1177页 SCISCIEMEDLINE

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            27. Temporal and sequential transcriptional dynamics define lineage shifts in corticogenesis

            【外文期刊】 Mukhtar, Tanzila ; Breda, Jeremie ; 等 2022年41卷24期 e111132-e111132页

            【关键词】 cortical development; lineage specification; networks;

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