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            1. Phylogenetic evaluation of the 'Typhimurium' complex of Salmonella strains using a seven-gene multi-locus sequence analysis

            【外文期刊】 Bell, Rebecca L. ; Gonzalez-Escalona, Narjol ; 等 《Infection, Genetics and Evolution: Journal of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics in Infectious Diseases》 2011年11卷1期 83-91页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Salmonella enterica; Phylogenetics; Multi-locus sequence analysis;

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            2. Parallel Evolution of Two Clades of an Atlantic-Endemic Pathogenic Lineage of Vibrio parahaemolyticus by Independent Acquisition of Related Pathogenicity Islands

            【外文期刊】 Xu, Feng ; Gonzalez-Escalona, Narjol ; 等 《Applied and Environmental Microbiology》 2017年83卷18期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 emerging pathogen; genomics; HGT;

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            3. Genomics of foodborne pathogens for microbial food safety

            【外文期刊】 Allard, Marc W. ; Bell, Rebecca ; 等 《Current opinion in biotechnology》 2018年49卷 224-229页 SCISCIEMEDLINE

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            4. A Nonautochthonous US Strain of Vibrio parahaemolyticus Isolated from Chesapeake Bay Oysters Caused the Outbreak in Maryland in 2010

            【外文期刊】 Haendiges, Julie ; Jones, Jessica ; 等 《Applied and Environmental Microbiology》 2016年82卷11期 3208-3216页 SCISCIEMEDLINE

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            5. Sequence Type 631 Vibrio parahaemolyticus, an Emerging Foodborne Pathogen in North America

            【外文期刊】 Xu, Feng ; Gonzalez-Escalona, Narjol ; 等 《Journal of Clinical Microbiology》 2017年55卷2期 645-648页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Vibrio parahaemolyticus; core genome multilocus sequence type analysis; emerging pathogen;

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            6. Phylogenomic Pipeline Validation for Foodborne Pathogen Disease Surveillance

            【外文期刊】 Timme, Ruth E. ; Strain, Errol ; 等 《Journal of Clinical Microbiology》 2019年57卷5期 e01816-18-e01816-18页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Listeria; Salmonella; validation;

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            7. mcr-Colistin Resistance Genes Mobilized by IncX4, IncHI2, and IncI2 Plasmids in Escherichia coli of Pigs and White Stork in Spain.

            【外文期刊】 Lourdes,Migura-Garcia ; Juan J,González-López ; 等 《Frontiers in microbiology》 2019年10卷 3072页

            【关键词】 Escherichia coli; MinION nanopore; Spain;

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            8. Genome sequencing and comparative genomics of enterohemorrhagic Escherichia coli O145:H25 and O145:H28 reveal distinct evolutionary paths and marked variations in traits associated with virulence & colonization. oa

            【外文期刊】 Sandra C,Lorenz ; Narjol,Gonzalez-Escalona ; 等 《BMC microbiology》 2017年17卷1期 183页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Bacterial adaptation & colonization; Comparative genomics; EHEC O145:H25;

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            9. Genomics of foodborne pathogens for microbial food safety.

            【外文期刊】 Marc W,Allard ; Rebecca,Bell ; 等 《Current opinion in biotechnology》 2018年49卷 224-229页 SCIMEDLINECABP

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            10. A Nonautochthonous U.S. Strain of Vibrio parahaemolyticus Isolated from Chesapeake Bay Oysters Caused the Outbreak in Maryland in 2010. oa

            【外文期刊】 Julie,Haendiges ; Jessica,Jones ; 等 《Applied and environmental microbiology》 2016年82卷11期 3208-3216页 SCIMEDLINECABP

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            11. Complete Genome Sequences of Four Salmonella enterica Strains Associated with Pistachios Assembled Using a Combination of Short- and Long-Read Sequencing.

            【外文期刊】 Julie,Haendiges ; Narjol,Gonzalez-Escalona ; 等 《Microbiology resource announcements》 2019年8卷38期

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            12. AMRFinderPlus and the Reference Gene Catalog facilitate examination of the genomic links among antimicrobial resistance, stress response, and virulence.

            【外文期刊】 Michael,Feldgarden ; Vyacheslav,Brover ; 等 《Scientific reports》 2021年11卷1期 12728页

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            13. Pandemic Vibrio parahaemolyticus, Maryland, USA, 2012. oa

            【外文期刊】 Julie,Haendiges ; Marvin,Rock ; 等 《Emerging infectious diseases》 2014年20卷4期 718-20页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Maryland; PFGE pattern; USA;

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            14. Virulence and resistance genes profiles and clonal relationships of non-typhoidal food-borne Salmonella strains isolated in Tunisia by whole genome sequencing.

            【外文期刊】 Amal,Ben Hassena ; Julie,Haendiges ; 等 《International journal of food microbiology》 2021年337卷 108941页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Foods; Phylogeny; Resistance genes;

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            15. Sequence Type 631 Vibrio parahaemolyticus, an Emerging Foodborne Pathogen in North America. oa

            【外文期刊】 Feng,Xu ; Narjol,Gonzalez-Escalona ; 等 《Journal of clinical microbiology》 2017年55卷2期 645-648页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Vibrio parahaemolyticus; core genome multilocus sequence type analysis; emerging pathogen;

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            16. Molecular Characterization of Salmonella Detected along the Broiler Production Chain in Trinidad and Tobago.

            【外文期刊】 Anisa Sarah,Khan ; Rian Ewald,Pierneef ; 等 《Microorganisms》 2022年10卷3期

            【关键词】 Salmonella; Trinidad and Tobago; antimicrobial resistance genes;

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            17. An evaluation of alternative methods for constructing phylogenies from whole genome sequence data: a case study with Salmonella.

            【外文期刊】 James B,Pettengill ; Yan,Luo ; 等 《PeerJ》 2014年2卷 e620页

            【关键词】 Congruence; Next generation sequencing; Outbreak;

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            18. Phylogenetic analyses of Salmonella detected along the broiler production chain in Trinidad and Tobago. oa

            【外文期刊】 Anisa S,Khan ; Rian E,Pierneef ; 等 《Poultry science》 2023年102卷2期 102322页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Salmonella; Trinidad and Tobago; WGS;

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            19. Draft Genome Sequences of Two O104:H21 Escherichia coli Isolates Causing Hemorrhagic Colitis during a 1994 Montana Outbreak Provide Insight into Their Pathogenicity. oa

            【外文期刊】 Narjol,Gonzalez-Escalona ; Melinda A,McFarland ; 等 《Genome announcements》 2013年1卷5期 MEDLINE

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            20. Parallel Evolution of Two Clades of an Atlantic-Endemic Pathogenic Lineage of Vibrio parahaemolyticus by Independent Acquisition of Related Pathogenicity Islands. oa

            【外文期刊】 Feng,Xu ; Narjol,Gonzalez-Escalona ; 等 《Applied and environmental microbiology》 2017年83卷18期 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 HGT; emerging pathogen; genomics;

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            21. Complete Genome Sequences of Four Enterohemolysin-Positive (ehxA) Enterocyte Effacement-Negative Shiga Toxin-Producing Escherichia coli Strains. oa

            【外文期刊】 Sandra C,Lorenz ; Michael L,Kotewicz ; 等 《Genome announcements》 2016年4卷5期 MEDLINE

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            22. Closed Genome Sequences of 28 Foodborne Pathogens from the CFSAN Verification Set, Determined by a Combination of Long and Short Reads.

            【外文期刊】 Narjol,Gonzalez-Escalona ; George John,Kastanis ; 等 《Microbiology resource announcements》 2020年9卷18期

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            23. Outbreak of Vibrio parahaemolyticus Sequence Type 120, Peru, 2009. oa

            【外文期刊】 Narjol,Gonzalez-Escalona ; Ronnie G,Gavilan ; 等 《Emerging infectious diseases》 2016年22卷7期 1235-7页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 El Ni?o; Peru; Vibrio parahaemolyticus;

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            24. Genomic Analysis and Antimicrobial Resistance of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli in Peru.

            【外文期刊】 Willi,Quino ; Junior,Caro-Castro ; 等 《Frontiers in microbiology》 2021年12卷 802404页

            【关键词】 Campylobacter; antimicrobial resistance; genomic analysis;

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            25. Virulence Gene Profiles and Clonal Relationships of Escherichia coli O26:H11 Isolates from Feedlot Cattle as Determined by Whole-Genome Sequencing. oa

            【外文期刊】 Narjol,Gonzalez-Escalona ; Magaly,Toro ; 等 《Applied and environmental microbiology》 2016年82卷13期 3900-3912页 SCIMEDLINECABP

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            26. Draft Genome Sequence of Bivalent Clostridium botulinum Strain IBCA10-7060, Encoding Botulinum Neurotoxin B and a New FA Mosaic Type. oa

            【外文期刊】 Narjol,Gonzalez-Escalona ; Nagarajan,Thirunavukkarasu ; 等 《Genome announcements》 2014年2卷6期 MEDLINE

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            27. Genomic Comparison of Eight Closed Genomes of Multidrug-Resistant Salmonella enterica Strains Isolated From Broiler Farms and Processing Plants in Trinidad and Tobago.

            【外文期刊】 Meghan,Maguire ; Anisa S,Khan ; 等 《Frontiers in microbiology》 2022年13卷 863104页

            【关键词】 Salmonella; Trinidad and Tobago; complete genome;

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            28. Closed genome sequence of Clostridium botulinum type B1 strain isolated from an infant botulism case in the United States.

            【外文期刊】 Christine A,Pillai ; Nagarajan,Thirunavukkarasu ; 等 《Microbiology resource announcements》 2024年13卷2期 e0085423页

            【关键词】 Clostridium botulinum; MiSeq; genomic characterization;

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            29. Comparison of commercial RNA extraction kits for preparation of DNA-free total RNA from Salmonella cells. oa

            【外文期刊】 Lydia V,Rump ; Benedicta,Asamoah ; 等 《BMC research notes》 2010年3卷 211页 MEDLINEBP

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            30. Genome Sequences of Brevundimonas naejangsanensis Strain FS1091 and Bacillus amyloliquefaciens Strain FS1092, Isolated from a Fresh-Cut-Produce-Processing Plant.

            【外文期刊】 Ganyu,Gu ; Narjol,Gonzalez-Escalona ; 等 《Microbiology resource announcements》 2020年9卷4期

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            31. Tracing Origins of the Salmonella Bareilly Strain Causing a Food-borne Outbreak in the United States.

            【外文期刊】 Maria,Hoffmann ; Yan,Luo ; 等 《The Journal of infectious diseases》 2016年213卷4期 502-8页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 geographic information systems; next generation sequencing; salmonellosis;

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            32. Phylogenomic Pipeline Validation for Foodborne Pathogen Disease Surveillance. oa

            【外文期刊】 Ruth E,Timme ; Errol,Strain ; 等 《Journal of clinical microbiology》 2019年57卷5期 SCIMEDLINE

            【关键词】 Listeria ; Salmonella ; WGS;

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            33. Closed Genome Sequences of Two Clostridium botulinum Strains Obtained by Nanopore Sequencing.

            【外文期刊】 Narjol,Gonzalez-Escalona ; Julie,Haendiges ; 等 《Microbiology resource announcements》 2018年7卷9期

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            34. Detection of colistin resistance mcr-1 gene in Salmonella enterica serovar Rissen isolated from mussels, Spain, 2012- to 2016. oa

            【外文期刊】 Antonio,Lozano-Leon ; Carlos,Garcia-Omil ; 等 《Euro surveillance : bulletin Europeen sur les maladies transmissibles = European communicable disease bulletin》 2019年24卷16期 SCIMEDLINE

            【关键词】 Salmonella; antimicrobial resistance; mcr-1 gene;

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            35. Single Laboratory Evaluation of the Q20+ Nanopore Sequencing Kit for Bacterial Outbreak Investigations. oa

            【外文期刊】 Maria,Hoffmann ; Jay Hee,Jang ; 等 《International journal of molecular sciences》 2024年25卷22期 SCIMEDLINE

            【关键词】 complete genomes; foodborne pathogen; longread sequencing;

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            36. Evaluating the accuracy of Listeria monocytogenes assemblies from quasimetagenomic samples using long and short reads. oa

            【外文期刊】 Seth,Commichaux ; Kiran,Javkar ; 等 《BMC genomics》 2021年22卷1期 389页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Assembly; Listeria; Metagenomics;

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            37. Global Expansion of Pacific Northwest Vibrio parahaemolyticus Sequence Type 36. oa

            【外文期刊】 Michel,Abanto ; Ronnie G,Gavilan ; 等 《Emerging infectious diseases》 2020年26卷2期 323-326页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Canada; El Ni?o; North America;

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            38. Genomic analysis of the diversity, antimicrobial resistance and virulence potential of clinical Campylobacter jejuni and Campylobacter coli strains from Chile. oa

            【外文期刊】 Veronica,Bravo ; Assaf,Katz ; 等 《PLoS neglected tropical diseases》 2021年15卷2期 e0009207页 SCIMEDLINEBP

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            39. Closed genomes of four multidrug resistance Salmonella enterica serotype Infantis isolated in Costa Rica.

            【外文期刊】 Francisco,Duarte ; Estela,Cordero ; 等 《Microbiology resource announcements》 2024年13卷1期 e0025723页

            【关键词】 Illumina sequencing; Infantis; Nanopore sequencing;

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            40. Closing Clostridium botulinum Group I Genomes Using a Combination of Short- and Long-Reads.

            【外文期刊】 Narjol,Gonzalez-Escalona ; Shashi K,Sharma ; 《Frontiers in microbiology》 2020年11卷 239页

            【关键词】 Clostridium botulinum; MiSeq sequencing; SNP phylogeny;

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            41. Draft Genome Sequences of 33 Salmonella enterica Clinical and Wildlife Isolates from Chile. oa

            【外文期刊】 Magaly,Toro ; Patricio,Retamal ; 等 《Genome announcements》 2015年3卷2期 MEDLINE

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            42. Epidemic Dynamics of Vibrio parahaemolyticus Illness in a Hotspot of Disease Emergence, Galicia, Spain. oa

            【外文期刊】 Jaime,Martinez-Urtaza ; Joaquin,Trinanes ; 等 《Emerging infectious diseases》 2018年24卷5期 852-859页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Galicia; Spain; Vibrio parahaemolyticus;

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            43. Prevalence, distribution and evolutionary significance of the IS629 insertion element in the stepwise emergence of Escherichia coli O157:H7. oa

            【外文期刊】 Lydia V,Rump ; Markus,Fischer ; 等 《BMC microbiology》 2011年11卷 133页 SCIMEDLINEBP

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            44. Nanopore Sequencing Allows Recovery of High-Quality Completely Closed Genomes of All Cronobacter Species from Powdered Infant Formula Overnight Enrichments.

            【外文期刊】 Narjol,Gonzalez-Escalona ; Hee Jin,Kwon ; 等 《Microorganisms》 2024年12卷12期

            【关键词】 Cronobacter; complete genomes; foodborne pathogen;

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            45. Choice of library preparation affects sequence quality, genome assembly, and precise in silico prediction of virulence genes in shiga toxin-producing Escherichia coli. oa

            【外文期刊】 Julie,Haendiges ; Karen,Jinneman ; 等 《PloS one》 2021年16卷3期 e0242294页 SCIMEDLINECABP

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            46. Draft Genome Sequences of Clinical Vibrio parahaemolyticus Strains Isolated in Maryland (2010 to 2013). oa

            【外文期刊】 Julie,Haendiges ; Ruth,Timme ; 等 《Genome announcements》 2014年2卷4期 MEDLINE

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            47. Comparative Sequence Analysis of Multidrug-Resistant IncA/C Plasmids from Salmonella enterica.

            【外文期刊】 Maria,Hoffmann ; James B,Pettengill ; 等 《Frontiers in microbiology》 2017年8卷 1459页

            【关键词】 IncA/C plasmid; Salmonella enterica; antimicrobial resistance;

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            48. Is El Niño a long-distance corridor for waterborne disease?

            【外文期刊】 Jaime,Martinez-Urtaza ; Joaquin,Trinanes ; 等 《Nature microbiology》 2016年1卷 16018页

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            49. Non-Cholera Vibrios: The Microbial Barometer of Climate Change.

            【外文期刊】 Craig,Baker-Austin ; Joaquin,Trinanes ; 等 《Trends in microbiology》 2017年25卷1期 76-84页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Vibrio; climate change; heatwave;

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            50. Characterization of Vibrio parahaemolyticus clinical strains from Maryland (2012-2013) and comparisons to a locally and globally diverse V. parahaemolyticus strains by whole-genome sequence analysis.

            【外文期刊】 Julie,Haendiges ; Ruth,Timme ; 等 《Frontiers in microbiology》 2015年6卷 125页

            【关键词】 NGS; SNPs; Vibrio parahaemolyticus;

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