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            1. E. coli gene regulatory networks are inconsistent with gene expression data. oa

            【外文期刊】 Simon J,Larsen ; Richard,Röttger ; 等 《Nucleic acids research》 2019年47卷1期 85-92页 SCIMEDLINECABP

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            2. POCT urine dipstick versus central laboratory analyses: Diagnostic performance and logistics in the medical emergency

            【外文期刊】 Eline Sandvig,Andersen ; Claus,Østergaard ; 等 《Clinical biochemistry》 2023年111卷 17-25页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Bacteriuria; Hematuria; Hyperglycemia;

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            3. Mature Epitope Density--a strategy for target selection based on immunoinformatics and exported prokaryotic proteins. oa

            【外文期刊】 Anderson R,Santos ; Vanessa Bastos,Pereira ; 等 《BMC genomics》 2013年14 Suppl 6卷 S4页 SCIMEDLINEBP

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            4. Hypothesis of a potential BrainBiota and its relation to CNS autoimmune inflammation.

            【外文期刊】 Maria L,Elkjaer ; Lukas,Simon ; 等 《Frontiers in immunology》 2022年13卷 1043579页

            【关键词】 CNS autoimmunity; bacterial transcripts; brainbiome;

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            5. Unbiased examination of genome-wide human endogenous retrovirus transcripts in MS brain lesions.

            【外文期刊】 Maria L,Elkjaer ; Tobias,Frisch ; 等 《Multiple sclerosis (Houndmills, Basingstoke, England)》 2021年27卷12期 1829-1837页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 HERV-H; HERV-W/17; Multiple sclerosis;

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            6. CoryneRegNet 6.0--Updated database content, new analysis methods and novel features focusing on community demands. oa

            【外文期刊】 Josch,Pauling ; Richard,Röttger ; 等 《Nucleic acids research》 2012年40卷Database issue期 D610-4页 SCIMEDLINECABP

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            7. Response to: 'Correspondence on 'Safety and efficacy of faecal microbiota transplantation for active peripheral

            【外文期刊】 Maja Skov,Kragsnaes ; Jens,Kjeldsen ; 等 《Annals of the rheumatic diseases》 2023年82卷7期 e165页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 arthritis; inflammation; psoriatic;

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            8. Author Correction: Osteogenesis depends on commissioning of a network of stem cell transcription factors that act as

            【外文期刊】 Alexander,Rauch ; Anders K,Haakonsson ; 等 《Nature genetics》 2019年51卷4期 766页 SCIMEDLINECABP

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            9. Massive fungal biodiversity data re-annotation with multi-level clustering.

            【外文期刊】 Duong,Vu ; Szániszló,Szöke ; 等 《Scientific reports》 2014年4卷 6837页

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            10. Automated quantification of vacuole fusion and lipophagy in Saccharomyces cerevisiae from fluorescence and cryo- oa

            【外文期刊】 Jacob Marcus,Egebjerg ; Maria,Szomek ; 等 《Autophagy》 2024年20卷4期 902-922页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Deep learning; Niemann-Pick disease; X-ray;

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            11. Enabling single-cell trajectory network enrichment.

            【外文期刊】 Alexander G B,Grønning ; Mhaned,Oubounyt ; 等 《Nature computational science》 2021年1卷2期 153-163页

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            12. The Druggable Pocketome of Corynebacterium diphtheriae: A New Approach for in silico Putative Druggable

            【外文期刊】 Syed S,Hassan ; Syed B,Jamal ; 等 《Frontiers in genetics》 2018年9卷 44页

            【关键词】 Corynebacterium diphtheria; druggable genome; global druggable (GD);

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            13. MoSBi: Automated signature mining for molecular stratification and subtyping. oa

            【外文期刊】 Tim Daniel,Rose ; Thibault,Bechtler ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2022年119卷16期 e2118210119页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 biclustering; multiomics; pathomechanism;

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            14. MS2AI: automated repurposing of public peptide LC-MS data for machine learning applications.

            【外文期刊】 Tobias Greisager,Rehfeldt ; Konrad,Krawczyk ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2022年38卷3期 875-877页 SCIMEDLINECABP

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            15. Bi-Force: large-scale bicluster editing and its application to gene expression data biclustering. oa

            【外文期刊】 Peng,Sun ; Nora K,Speicher ; 等 《Nucleic acids research》 2014年42卷9期 e78页 SCIMEDLINECABP

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            16. Monitoring performance of clinical artificial intelligence in health care: a scoping review.

            【外文期刊】 Eline Sandvig,Andersen ; Johan Baden,Birk-Korch ; 等 《JBI evidence synthesis》 2024年22卷12期 2423-2446页

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            17. Phosphoproteomics of patient-derived xenografts identifies targets and markers associated with sensitivity and

            【外文期刊】 Robin,Beekhof ; Andrea,Bertotti ; 等 《Science translational medicine》 2023年15卷709期 eabm3687页 SCIMEDLINEBP

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            18. Dynamics of inflammation-associated plasma proteins following faecal microbiota transplantation in patients with

            【外文期刊】 Maja Skov,Kragsnaes ; Jennifer Rugaard Bregndahl,Jensen ; 等 《RMD open》 2024年10卷1期

            【关键词】 Arthritis, Psoriatic; Cytokines; Inflammation;

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            19. Correction: Quantifying Online News Media Coverage of the COVID-19 Pandemic: Text Mining Study and Resource. oa

            【外文期刊】 Konrad,Krawczyk ; Tadeusz,Chelkowski ; 等 《Journal of medical Internet research》 2021年23卷7期 e31544页 SCIMEDLINE

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            20. On the limits of computational functional genomics for bacterial lifestyle prediction.

            【外文期刊】 Eudes,Barbosa ; Richard,Röttger ; 等 《Briefings in functional genomics》 2014年13卷5期 398-408页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 actinobacteria; bioinformatics; machine learning;

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            21. Analytical Performance Specifications for Input Variables: Investigation of the Model of End-Stage Liver Disease.

            【外文期刊】 Eline S,Andersen ; Richard,Röttger ; 等 《Clinical chemistry》 2024年70卷4期 653-659页 SCIMEDLINECABP

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            22. Landscape analysis of available European data sources amenable for machine learning and recommendations on usability oa

            【外文期刊】 Ralitsa,Raycheva ; Kostadin,Kostadinov ; 等 《Orphanet journal of rare diseases》 2024年19卷1期 147页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Artificial intelligence (AI); Consent; Databases;

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            23. An integrative in-silico approach for therapeutic target identification in the human pathogen Corynebacterium oa

            【外文期刊】 Syed Babar,Jamal ; Syed Shah,Hassan ; 等 《PloS one》 2017年12卷10期 e0186401页 SCIMEDLINECABP

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            24. Enhancing the therapeutic window for Spectinamide anti-tuberculosis Agents: Synthesis, Evaluation, and activation of oa

            【外文期刊】 Jiuyu,Liu ; Pradeep B,Lukka ; 等 《Bioorganic & medicinal chemistry letters》 2024年112卷 129934页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Phosphate Prodrug; Spectinamide; Tuberculosis;

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            25. Comparing the performance of biomedical clustering methods.

            【外文期刊】 Christian,Wiwie ; Jan,Baumbach ; 等 《Nature methods》 2015年12卷11期 1033-8页 SCIMEDLINECABP

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            26. ON THE POWER AND LIMITS OF SEQUENCE SIMILARITY BASED CLUSTERING OF PROTEINS INTO FAMILIES.

            【外文期刊】 Christian,Wiwie ; Richard,Röttger ; 《Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing》 2017年22卷 39-50页

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            27. Computational Integrative Biology--on the joint analysis of diverse biological data sets.

            【外文期刊】 Jan,Baumbach ; Richard,Röttger ; 《Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro》 2014年6卷11期 1008-9页 SCIMEDLINEBP

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            28. Plasma levels of multiple cardiovascular- and inflammation-related proteins analysed for associations with disease

            【外文期刊】 Dženan,Mašić ; Kristian,Stengaard-Pedersen ; 等 《Clinical and experimental rheumatology》 2023年41卷9期 1801-1807页 SCIMEDLINE

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            29. Guiding biomedical clustering with ClustEval.

            【外文期刊】 Christian,Wiwie ; Jan,Baumbach ; 等 《Nature protocols》 2018年13卷6期 1429-1444页 SCIMEDLINECA

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            30. The AIMe registry for artificial intelligence in biomedical research.

            【外文期刊】 Julian,Matschinske ; Nicolas,Alcaraz ; 等 《Nature methods》 2021年18卷10期 1128-1131页 SCIMEDLINECABP

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            31. Osteogenesis depends on commissioning of a network of stem cell transcription factors that act as repressors of

            【外文期刊】 Alexander,Rauch ; Anders K,Haakonsson ; 等 《Nature genetics》 2019年51卷4期 716-727页 SCIMEDLINECABP

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            32. DiMmer: Discovery of Differentially Methylated Regions in Epigenome-Wide Association Study (EWAS) Data.

            【外文期刊】 Tobias,Frisch ; Jonatan,Gøttcke ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2018年1807卷 51-62页

            【关键词】 DNA modification; Differentially methylated regions; Epigenetic;

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            33. Unsupervised clustering of a deeply phenotyped cohort of adults with idiopathic generalized epilepsy.

            【外文期刊】 Line,Gavnholt ; Joanna,Gesche ; 等 《Epilepsia》 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 absence; cluster; idiopathic generalized epilepsy;

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            34. Density parameter estimation for finding clusters of homologous proteins--tracing actinobacterial pathogenicity

            【外文期刊】 Richard,Röttger ; Prabhav,Kalaghatgi ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2013年29卷2期 215-22页 SCIMEDLINECABP

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            35. Federated horizontally partitioned principal component analysis for biomedical applications.

            【外文期刊】 Anne,Hartebrodt ; Richard,Röttger ; 《Bioinformatics advances》 2022年2卷1期 vbac026页

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            36. LifeStyle-Specific-Islands (LiSSI): Integrated Bioinformatics Platform for Genomic Island Analysis. oa

            【外文期刊】 Eudes,Barbosa ; Richard,Röttger ; 等 《Journal of integrative bioinformatics》 2017年14卷2期 MEDLINE

            【关键词】 Bacteria; Homologous genes; Island;

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            37. BacillusRegNet: a transcriptional regulation database and analysis platform for Bacillus species.

            【外文期刊】 Goksel,Misirli ; Jennifer,Hallinan ; 等 《Journal of integrative bioinformatics》 2014年11卷2期 244页 MEDLINE

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            38. Clinical performance of AI-integrated risk assessment pooling reveals cost savings even at high prevalence of COVID-19.

            【外文期刊】 Farzin,Kamari ; Esben,Eller ; 等 《Scientific reports》 2024年14卷1期 8853页

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            39. Synthesis of a biological active β-hairpin peptide by addition of two structural motifs.

            【外文期刊】 Sabrina,Fischer ; Matthias,Lamping ; 等 《Bioorganic & medicinal chemistry》 2017年25卷2期 603-608页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Disulfides; Filaggrin; NMR spectroscopy;

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            40. In silico identification of essential proteins in Corynebacterium pseudotuberculosis based on protein-protein oa

            【外文期刊】 Edson Luiz,Folador ; Paulo Vinícius Sanches Daltro,de Carvalho ; 等 《BMC systems biology》 2016年10卷1期 103页 MEDLINE

            【关键词】 Corynebacterium pseudotuberculosis; Essential proteins; Protein-protein interaction network;

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            41. Variability analysis of LC-MS experimental factors and their impact on machine learning.

            【外文期刊】 Tobias Greisager,Rehfeldt ; Konrad,Krawczyk ; 等 《GigaScience》 2022年12卷

            【关键词】 bioinformatics; data mining; deep learning;

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            42. Quantifying Online News Media Coverage of the COVID-19 Pandemic: Text Mining Study and Resource. oa

            【外文期刊】 Konrad,Krawczyk ; Tadeusz,Chelkowski ; 等 《Journal of medical Internet research》 2021年23卷6期 e28253页 SCIMEDLINE

            【关键词】 COVID-19; infoveillance; public health;

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            43. Jllumina - A comprehensive Java-based API for statistical Illumina Infinium HumanMethylation450 and MethylationEPIC

            【外文期刊】 Diogo,Almeida ; Ida,Skov ; 等 《Journal of integrative bioinformatics》 2016年13卷4期 294页 MEDLINE

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            44. On the trail of EHEC/EAEC--unraveling the gene regulatory networks of human pathogenic Escherichia coli bacteria.

            【外文期刊】 Josch,Pauling ; Richard,Röttger ; 等 《Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro》 2012年4卷7期 728-33页 SCIMEDLINEBP

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            45. Monitoring performance of clinical artificial intelligence: a scoping review protocol.

            【外文期刊】 Eline Sandvig,Andersen ; Johan Baden,Birk-Korch ; 等 《JBI evidence synthesis》 2024年22卷3期 453-460页

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            46. The FeatureCloud Platform for Federated Learning in Biomedicine: Unified Approach. oa

            【外文期刊】 Julian,Matschinske ; Julian,Späth ; 等 《Journal of medical Internet research》 2023年25卷 e42621页 SCIMEDLINE

            【关键词】 AI store; additive secret sharing; artificial intelligence;

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            47. A Systematic Review of Tissue and Single Cell Transcriptome/Proteome Studies of the Brain in Multiple Sclerosis.

            【外文期刊】 Maria L,Elkjaer ; Richard,Röttger ; 等 《Frontiers in immunology》 2022年13卷 761225页

            【关键词】 NAGM; NAWM; brain lesions;

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            48. Time-Resolved Systems Medicine Reveals Viral Infection-Modulating Host Targets.

            【外文期刊】 Christian,Wiwie ; Irina,Kuznetsova ; 等 《Systems medicine (New Rochelle, N.Y.)》 2019年2卷1期 1-9页

            【关键词】 drug discovery; host factors; influenza A;

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            49. How little do we actually know? On the size of gene regulatory networks.

            【外文期刊】 Richard,Röttger ; Ulrich,Rückert ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 1293-300页 SCIMEDLINEBP

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            50. nanoBERT: a deep learning model for gene agnostic navigation of the nanobody mutational space.

            【外文期刊】 Johannes Thorling,Hadsund ; Tadeusz,Satława ; 等 《Bioinformatics advances》 2024年4卷1期 vbae033页

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