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            1. The tissue proteome in the multi-omic landscape of kidney disease

            【外文期刊】 Rinschen, Markus M. ; Saez-Rodriguez, Julio ; 《Nature reviews. Nephrology》 2021年17卷3期 205-219页

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            2. Exhaustively characterizing feasible logic models of a signaling network using Answer Set Programming

            【外文期刊】 Guziolowski, Carito ; Videla, Santiago ; 等 《Bioinformatics》 2013年29卷18期 2320-2326页 SCISCIEMEDLINE

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            3. Mechanism-based biomarker discovery

            【外文期刊】 Antoranz, Asier ; Sakellaropoulos, Theodore ; 等 《Drug discovery today》 2017年22卷8期 1209-1215页 SCISCIEMEDLINE

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            4. Quantitative Systems Toxicology Modeling To Address Key Safety Questions in Drug Development: A Focus of the TransQST Consortium

            【外文期刊】 Ferreira, Sofia ; Fisher, Ciaran ; 等 《Chemical research in toxicology》 2020年33卷1期 7-9页 SCISCIEMEDLINE

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            5. Cooperative development of logical modelling standards and tools with CoLoMoTo

            【外文期刊】 Naldi, Aurelien ; Monteiro, Pedro T. ; 等 《Bioinformatics》 2015年31卷7期 1154-1159页 SCISCIEMEDLINE

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            6. Systems approach reveals distinct and shared signaling networks of the four PGE(2) receptors in T cells

            【外文期刊】 Lone, Anna M. ; Giansanti, Piero ; 等 《Science Signaling》 2021年14卷703期

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            7. Prediction of human population responses to toxic compounds by a collaborative competition (vol 33, pg 933, 2015)

            【外文期刊】 Eduati, Federica ; Mangravite, Lara M. ; 等 《Nature biotechnology》 2015年33卷10期 1109-1109页

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            8. Transcriptional response networks for elucidating mechanisms of action of multitargeted agents

            【外文期刊】 Kibble, Milla ; Khan, Suleiman A. ; 等 《Drug discovery today》 2016年21卷7期 1063-1075页 SCISCIEMEDLINE

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            9. GDSCTools for mining pharmacogenomic interactions in cancer

            【外文期刊】 Cokelaer, Thomas ; Chen, Elisabeth ; 等 《Bioinformatics》 2018年34卷7期 1226-1228页 SCISCIEMEDLINE

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            10. Gli1(+) Mesenchymal Stromal Cells Are a Key Driver of Bone Marrow Fibrosis and an Important Cellular Therapeutic Target

            【外文期刊】 Schneider, Rebekka K. ; Mullally, Ann ; 等 《Cell stem cell》 2017年20卷6期 785-800页

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            11. Big science and big data in nephrology

            【外文期刊】 Saez-Rodriguez, Julio ; Rinschen, Markus M. ; 等 《Kidney international.》 2019年95卷6期 1326-1337页 SCISCIE

            【关键词】 chronic kidney disease; gene expression; proteomic analysis;

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            12. A community computational challenge to predict the activity of pairs of compounds

            【外文期刊】 Bansal, Mukesh ; Yang, Jichen ; 等 《Nature biotechnology》 2014年32卷12期 1213-U69页

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            13. Deep spatial profiling of human COVID-19 brains reveals neuroinflammation with distinct microanatomical microglia-T-cell interactions

            【外文期刊】 Schwabenland, Marius ; Salie, Henrike ; 等 《Immunity》 2021年54卷7期 1594-1610.e11页 SCISCIEMEDLINE

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            14. OmniPath: guidelines and gateway for literature-curated signaling pathway resources

            【外文期刊】 Turei, Denes ; Korcsmaros, Tamas ; 等 《Nature methods》 2016年13卷12期 965-967页 SCISCIEMEDLINE

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            15. Assessment of network module identification across complex diseases

            【外文期刊】 Choobdar, Sarvenaz ; Ahsen, Mehmet E. ; 等 《Nature methods》 2019年16卷9期 843-+页 SCISCIEMEDLINE

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            16. Inferring causal molecular networks: empirical assessment through a community-based effort

            【外文期刊】 Hill, Steven M. ; Heiser, Laura M. ; 等 《Nature methods》 2016年13卷4期 310-318页 SCISCIEMEDLINE

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            17. Medial Arterial Calcification JACC State-of-the-Art Review

            【外文期刊】 Lanzer, Peter ; Hannan, M. Fadil ; 等 《Journal of the American College of Cardiology》 2021年78卷11期 1145-1165页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 ANKLE-BRACHIAL INDEX; STAGE RENAL-DISEASE; MATRIX GLA PROTEIN;

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            18. PHONEMeS: Efficient Modeling of Signaling Networks Derived from Large-Scale Mass Spectrometry Data

            【外文期刊】 Gjerga, Enio ; Dugourd, Aurelien ; 等 《Journal of proteome research》 2021年20卷4期 2138-2144页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 phosphoproteomics; cell signaling; modelling;

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            19. Early Outcomes and Risk Factors for Kidney Transplantation with Controlled Circulatory Death Donor (cDCD) in a Nationwide Strategy. Spanish Multicentre SENTRA-GEODAS-Group

            【外文期刊】 Portoles, Jose ; Jose Perez-Saez, Maria ; 等 《Transplantation: Official Journal of the Transplantation Society》 2018年102卷9S期 S32-S33页 SCISCIEMEDLINE

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            20. System-Wide Quantitative Proteomics of the Metabolic Syndrome in Mice: Genotypic and Dietary Effects

            【外文期刊】 Terfve, Camille ; Sabido, Eduard ; 等 《Journal of proteome research》 2017年16卷2期 831-841页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 metabolic syndrome; mass spectrometry; SWATH-MS;

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            21. Cross-regional homeostatic and reactive glial signatures in multiple sclerosis

            【外文期刊】 Tim,Trobisch ; Amel,Zulji ; 等 《Acta Neuropathologica》 2022年144卷5期 987-1003页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Single-nucleus RNA-sequencing; Glial heterogeneity; Astrocytes;

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            22. Transcription Factor Activities Enhance Markers of Drug Sensitivity in Cancer

            【外文期刊】 Garcia-Alonso, Luz ; Iorio, Francesco ; 等 《Cancer research: The official organ of the American Association for Cancer Research, Inc》 2018年78卷3期 769-780页 SCISCIEMEDLINE

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            23. Metabolic Communication by SGLT2 Inhibition

            【外文期刊】 Anja M.,Billing ; Young Chul,Kim ; 等 2024年149卷11期 860-884页

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            24. Identification of drug-specific pathways based on gene expression data: application to drug induced lung injury

            【外文期刊】 Melas, Ioannis N. ; Sakellaropoulos, Theodore ; 等 《Integrative Biology: quantitative biosciences from nano to macro》 2015年7卷8期 904-920页

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            25. COVID-19 in elderly kidney transplant recipients

            【外文期刊】 Crespo, Marta ; Perez-Saez, Maria J. ; 等 《American journal of transplantation: official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons》 2020年20卷10期 2883-2889页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 clinical research; practice; infection and infectious agents - viral;

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            26. Contextualization of causal regulatory networks from toxicogenomics data applied to drug-induced liver injury

            【外文期刊】 Trairatphisan, Panuwat ; de Souza, Terezinha Maria ; 等 《Toxicology Letters: An International Journal Providing a Forum for Original and Pertinent Contributions in Toxicology Research》 2021年350卷 40-51页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Causal reasoning; Pathway footprints; Signaling networks;

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            27. Prediction of human population responses to toxic compounds by a collaborative competition

            【外文期刊】 Eduati, Federica ; Mangravite, Lara M. ; 等 《Nature biotechnology》 2015年33卷9期 933-U172页

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            28. A community effort to assess and improve drug sensitivity prediction algorithms

            【外文期刊】 Costello, James C. ; Heiser, Laura M. ; 等 2014年32卷12期 1202-U57页

            【关键词】 CANCER CELL-LINES; HUMAN BREAST; GENES;

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            29. Crowdsourcing biomedical research: leveraging communities as innovation engines

            【外文期刊】 Saez-Rodriguez, Julio ; Costello, James C. ; 等 《Nature reviews. Genetics》 2016年17卷8期 470-486页 SCISCIEMEDLINE

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            30. Cancer develops, progresses and responds to therapies through restricted perturbation of the protein-protein interaction network

            【外文期刊】 Serra-Musach, Jordi ; Aguilar, Helena ; 等 《Integrative Biology: quantitative biosciences from nano to macro》 2012年4卷9期 1038-1048页

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            31. Benchmark and integration of resources for the estimation of human transcription factor activities (vol 29, pg 1363, 2019)

            【外文期刊】 Garcia-Alonso, Luz ; Holland, Christian H. ; 等 《Genome research》 2021年31卷4期 745-745页 SCISCIEMEDLINE

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            32. A single-cell model of PIP3 dynamics using chemical dimerization

            【外文期刊】 MacNamara, Aidan ; Stein, Frank ; 等 《Bioorganic and medicinal chemistry》 2015年23卷12期 2868-2876页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bayesian; Modeling; Dynamic;

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            33. Dynamic 3D proteomes reveal protein functional alterations at high resolution in situ

            【外文期刊】 Cappelletti, Valentina ; Hauser, Thomas ; 等 《Cell》 2021年184卷2期 545-+页 SCISCIEMEDLINE

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            34. Predicting disease severity in multiple sclerosis using multimodal data and machine learning

            【外文期刊】 Andorra, Magi ; Freire, Ana ; 等 2024年271卷3期 1133-1149页

            【关键词】 Multiple sclerosis; Omics; Imaging;

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            35. The orchestra of lipid-transfer proteins at the crossroads between metabolism and signaling

            【外文期刊】 Chiapparino, Antonella ; Maeda, Kenji ; 等 《Progress in Lipid Research: An International Journal》 2016年61卷 30-39页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Signaling lipid; Biological membranes; Non-vesicular lipid trafficking;

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            36. New insights into the mechanisms underlying 5-fluorouracil-induced intestinal toxicity based on transcriptomic and metabolomic responses in human intestinal organoids

            【外文期刊】 Rodrigues, Daniela ; de Souza, Terezinha ; 等 《Archives of Toxicology》 2021年95卷8期 2691-2718页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 5-FU toxicity; Human organoid models; Molecular mechanisms;

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            37. Molecular consequences of SARS-CoV-2 liver tropism

            【外文期刊】 Wanner, Nicola ; Andrieux, Geoffroy ; 等 2022年4卷3期 310-+页

            【关键词】 COMPUTATIONAL PLATFORM; RENAL TROPISM; COVID-19;

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            38. A Landscape of Pharmacogenomic Interactions in Cancer

            【外文期刊】 Iorio, Francesco ; Knijnenburg, Theo A. ; 等 《Cell》 2016年166卷3期 740-754页 SCISCIEMEDLINE

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            39. FUNKI: interactive functional footprint-based analysis of omics data

            【外文期刊】 Hernansaiz-Ballesteros, Rosa ; Holland, Christian H. ; 等 2022年38卷7期 2075-2076页 SCISCIEMEDLINE

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            40. NADH Shuttling Couples Cytosolic Reductive Carboxylation of Glutamine with Glycolysis in Cells with Mitochondrial Dysfunction

            【外文期刊】 Gaude, Edoardo ; Schmidt, Christina ; 等 《Molecular cell》 2018年69卷4期 581-593页 SCISCIEMEDLINE

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            41. Body mass dynamics of migratory nightjars are explained by individual turnover and fueling

            【外文期刊】 Hidalgo-Rodriguez, Paula ; Saez-Gomez, Pedro ; 等 2021年32卷6期 1086-1093页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 between-subject variation; Caprimulgus ruficollis; fuel accumulation;

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            42. Gli1+ Mesenchymal Stromal Cells Are a Key Driver of Bone Marrow Fibrosis and an Important Cellular Therapeutic Target. oa

            【外文期刊】 Rebekka K,Schneider ; Ann,Mullally ; 等 《Cell stem cell》 2017年20卷6期 785-800.e8页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Gli1; bone marrow fibrosis; mesenchymal stem cells;

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            43. Robustness and applicability of transcription factor and pathway analysis tools on single-cell RNA-seq data. oa

            【外文期刊】 Christian H,Holland ; Jovan,Tanevski ; 等 《Genome biology》 2020年21卷1期 36页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Benchmark; Functional analysis; Pathway analysis;

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            44. Phosphoproteomic analysis of metformin signaling in colorectal cancer cells elucidates mechanism of action and potential therapeutic opportunities.

            【外文期刊】 Barbora,Salovska ; Erli,Gao ; 等 《Clinical and translational medicine》 2023年13卷2期 e1179页

            【关键词】 DIA mass spectrometry; colorectal cancer; drug synergy;

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            45. Systems approach reveals distinct and shared signaling networks of the four PGE2 receptors in T cells.

            【外文期刊】 Anna M,Lone ; Piero,Giansanti ; 等 《Science signaling》 2021年14卷703期 eabc8579页 SCIMEDLINEBP

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            46. A microfluidics platform for combinatorial drug screening on cancer biopsies. oa

            【外文期刊】 Federica,Eduati ; Ramesh,Utharala ; 等 《Nature communications》 2018年9卷1期 2434页 SCIMEDLINECA

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            47. Adipocyte-secreted BMP8b mediates adrenergic-induced remodeling of the neuro-vascular network in adipose tissue. oa

            【外文期刊】 Vanessa,Pellegrinelli ; Vivian J,Peirce ; 等 《Nature communications》 2018年9卷1期 4974页 SCIMEDLINECA

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            48. Efficient randomization of biological networks while preserving functional characterization of individual nodes. oa

            【外文期刊】 Francesco,Iorio ; Marti,Bernardo-Faura ; 等 《BMC bioinformatics》 2016年17卷1期 542页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Networks; Pathways; Rewiring;

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            49. Pan-Cancer landscape of protein activities identifies drivers of signalling dysregulation and patient survival. oa

            【外文期刊】 Abel,Sousa ; Aurelien,Dugourd ; 等 《Molecular systems biology》 2023年19卷3期 e10631页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 adaptation; cancer genomics; cell signalling;

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            50. A network-based transcriptomic landscape of HepG2 cells uncovering causal gene-cytotoxicity interactions underlying drug-induced liver injury. oa

            【外文期刊】 Lukas S,Wijaya ; Attila,Gabor ; 等 《Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology》 2024年198卷1期 14-30页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 WGCNA; biomarkers; cytotoxicity;

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