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            1. Dynamic Pneumococcal Genetic Adaptations Support Bacterial Growth and Inflammation during Coinfection with Influenza

            【外文期刊】 Smith, Amanda P. ; Lane, Lindey C. ; 等 《Infection and immunity.》 2021年89卷7期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 influenza virus; pneumococcus; genetic adaptation;

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            2. Bacterial Factors Required for Transmission of Streptococcus pneumoniae in Mammalian Hosts

            【外文期刊】 Rowe, Hannah M. ; Karlsson, Erik ; 等 《Cell Host & Microbe》 2019年25卷6期 884-+页

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            3. Transposon Insertion Sequencing, a Global Measure of Gene Function. oa

            【外文期刊】 Tim,van Opijnen ; Henry L,Levin ; 《Annual review of genetics》 2020年54卷 337-365页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 HITS; INSeq; TIS;

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            4. Dual Membrane-spanning Anti-Sigma Factors Regulate Vesiculation in Gut Bacteroidota.

            【外文期刊】 Evan J,Pardue ; Mariana G,Sartorio ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            5. A genome-wide atlas of antibiotic susceptibility targets and pathways to tolerance. oa

            【外文期刊】 Dmitry,Leshchiner ; Federico,Rosconi ; 等 《Nature communications》 2022年13卷1期 3165页 SCIMEDLINECA

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            6. Targeted control of pneumolysin production by a mobile genetic element in Streptococcus pneumoniae.

            【外文期刊】 Emily J,Stevens ; Daniel J,Morse ; 等 《Microbial genomics》 2022年8卷4期

            【关键词】 ICE elements; Streptococcus pneumoniae; ZomB protein;

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            7. Identification of determinants that allow maintenance of high-level fluoroquinolone resistance in Acinetobacter baumannii. oa

            【外文期刊】 Efrat,Hamami ; Wenwen,Huo ; 等 《mBio》 2025年16卷1期 e0322124页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Acinetobacter; drug resistance mechanisms; efflux pumps;

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            8. Bacterial Factors Required for Transmission of Streptococcus pneumoniae in Mammalian Hosts. oa

            【外文期刊】 Hannah M,Rowe ; Erik,Karlsson ; 等 《Cell host & microbe》 2019年25卷6期 884-891.e6页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Streptococcus pneumoniae; ferret; influenza;

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            9. A fine scale phenotype-genotype virulence map of a bacterial pathogen. oa

            【外文期刊】 Tim,van Opijnen ; Andrew,Camilli ; 《Genome research》 2012年22卷12期 2541-51页 SCIMEDLINECABP

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            10. Control of virulence by small RNAs in Streptococcus pneumoniae. oa

            【外文期刊】 Beth,Mann ; Tim,van Opijnen ; 等 《PLoS pathogens》 2012年8卷7期 e1002788页 SCIMEDLINECABP

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            11. Rapid, Multianalyte Detection of Opioid Metabolites in Wastewater. oa

            【外文期刊】 Narendra,Kumar ; Muhit,Rana ; 等 《ACS nano》 2022年16卷3期 3704-3714页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 G-FET; LOD; aptamers;

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            12. Graphene Multiplexed Sensor for Point-of-Need Viral Wastewater-Based Epidemiology.

            【外文期刊】 Michael,Geiwitz ; Owen Rivers,Page ; 等 《ACS applied bio materials》 2024年7卷7期 4622-4632页

            【关键词】 SARS-CoV-2; aptamer; caffeine;

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            13. Directed Evolution of a Bacterial Leucyl tRNA in Mammalian Cells for Enhanced Noncanonical Amino Acid Mutagenesis. oa

            【外文期刊】 Rachel L,Huang ; Delilah,Jewel ; 等 《ACS synthetic biology》 2024年13卷7期 2141-2149页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 E. coli leucyl-tRNA; adeno-associated virus; directed evolution in mammalian cells;

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            14. T-cell activation leads to poor activation of the HIV-1 clade E long terminal repeat and weak association of nuclear factor-kappaB and NFAT with its enhancer region.

            【外文期刊】 Anne-Marie,Lemieux ; Marie-Eve,Paré ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2004年279卷51期 52949-60页 SCIMEDLINECABP

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            15. Genome-Wide Fitness and Genetic Interactions Determined by Tn-seq, a High-Throughput Massively Parallel Sequencing Method for Microorganisms.

            【外文期刊】 Tim,van Opijnen ; David W,Lazinski ; 等 《Current protocols in microbiology》 2015年36卷 1E.3.1-1E.3.24页

            【关键词】 Streptococcus pneumoniae; Tn-seq; Vibrio cholerae;

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            16. ShinyOmics: collaborative exploration of omics-data. oa

            【外文期刊】 Defne,Surujon ; Tim,van Opijnen ; 《BMC bioinformatics》 2020年21卷1期 22页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Data integration; Functional genomics; Systems biology;

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            17. CRISPRi-TnSeq maps genome-wide interactions between essential and non-essential genes in bacteria.

            【外文期刊】 Bimal,Jana ; Xue,Liu ; 等 《Nature microbiology》 2024年9卷9期 2395-2409页

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            18. Tn-seq: high-throughput parallel sequencing for fitness and genetic interaction studies in microorganisms. oa

            【外文期刊】 Tim,van Opijnen ; Kip L,Bodi ; 等 《Nature methods》 2009年6卷10期 767-72页 SCIMEDLINECABP

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            19. CRISPRi-TnSeq: A genome-wide high-throughput tool for bacterial essential-nonessential genetic interaction mapping.

            【外文期刊】 Bimal,Jana ; Xue,Liu ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            20. Immunosuppression broadens evolutionary pathways to drug resistance and treatment failure during Acinetobacter baumannii pneumonia in mice.

            【外文期刊】 Wenwen,Huo ; Lindsay M,Busch ; 等 《Nature microbiology》 2022年7卷6期 796-809页

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            21. Host-informed therapies for the treatment of pneumococcal pneumonia.

            【外文期刊】 Bharathi,Sundaresh ; Shuying,Xu ; 等 《Trends in molecular medicine》 2021年27卷10期 971-989页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 host-directed therapies; host-informed; immunity;

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            22. Effects of random mutations in the human immunodeficiency virus type 1 transcriptional promoter on viral fitness in different host cell environments. oa

            【外文期刊】 Tim,van Opijnen ; Maarten C,Boerlijst ; 等 《Journal of virology》 2006年80卷13期 6678-85页 SCIMEDLINECABP

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            23. Peptide Probes of Colistin Resistance Discovered via Chemically Enhanced Phage Display.

            【外文期刊】 Michael,Kelly ; Samantha,Cambray ; 等 《ACS infectious diseases》 2020年6卷9期 2410-2418页

            【关键词】 colistin resistance; covalent binding; iminoboronates;

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            24. Diclofenac sensitizes multi-drug resistant Acinetobacter baumannii to colistin.

            【外文期刊】 Fabiana,Bisaro ; Clay D,Jackson-Litteken ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            25. Antibiotic susceptibility signatures identify potential antimicrobial targets in the Acinetobacter baumannii cell envelope. oa

            【外文期刊】 Edward,Geisinger ; Nadav J,Mortman ; 等 《Nature communications》 2020年11卷1期 4522页 SCIMEDLINECA

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            26. LptD depletion disrupts morphological homeostasis and upregulates carbohydrate metabolism in Escherichia coli.

            【外文期刊】 Frida Svanberg,Frisinger ; Bimal,Jana ; 等 《FEMS microbes》 2023年4卷 xtad013页

            【关键词】 Escherichia coli; LptD; carbohydrate metabolism;

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            27. Dynamic Pneumococcal Genetic Adaptations Support Bacterial Growth and Inflammation during Coinfection with Influenza. oa

            【外文期刊】 Amanda P,Smith ; Lindey C,Lane ; 等 《Infection and immunity》 2021年89卷7期 e0002321页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 genetic adaptation; immune response; influenza virus;

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            28. Droplet Tn-Seq combines microfluidics with Tn-Seq for identifying complex single-cell phenotypes. oa

            【外文期刊】 Derek,Thibault ; Paul A,Jensen ; 等 《Nature communications》 2019年10卷1期 5729页 SCIMEDLINECA

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            29. Entropy of a bacterial stress response is a generalizable predictor for fitness and antibiotic sensitivity. oa

            【外文期刊】 Zeyu,Zhu ; Defne,Surujon ; 等 《Nature communications》 2020年11卷1期 4365页 SCIMEDLINECA

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            30. A bacterial pan-genome makes gene essentiality strain-dependent and evolvable.

            【外文期刊】 Federico,Rosconi ; Emily,Rudmann ; 等 《Nature microbiology》 2022年7卷10期 1580-1592页

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            31. Phage Display of Dynamic Covalent Binding Motifs Enables Facile Development of Targeted Antibiotics. oa

            【外文期刊】 Kelly A,McCarthy ; Michael A,Kelly ; 等 《Journal of the American Chemical Society》 2018年140卷19期 6137-6145页 SCIMEDLINECABP

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            32. The Transcriptional landscape of Streptococcus pneumoniae TIGR4 reveals a complex operon architecture and abundant riboregulation critical for growth and virulence. oa

            【外文期刊】 Indu,Warrier ; Nikhil,Ram-Mohan ; 等 《PLoS pathogens》 2018年14卷12期 e1007461页 SCIMEDLINECABP

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            33. Identification of Determinants that Allow Maintenance of High-Level Fluoroquinolone Resistance in Acinetobacter baumannii.

            【外文期刊】 Efrat,Hamami ; Wenwen,Huo ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》

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            34. Topologically correct synthetic reconstruction of pathogen social behavior found during Yersinia growth in deep tissue sites.

            【外文期刊】 Stacie A,Clark ; Derek,Thibault ; 等 《eLife》 2020年9卷

            【关键词】 Yersinia; droplets; immunology;

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            35. Antibiotics Disrupt Coordination between Transcriptional and Phenotypic Stress Responses in Pathogenic Bacteria. oa

            【外文期刊】 Paul A,Jensen ; Zeyu,Zhu ; 等 《Cell reports》 2017年20卷7期 1705-1716页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Pseudomonas; RNA-seq; Streptococcus;

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            36. Genetic conflicts over sex ratio: mite-endosymbiont interactions.

            【外文期刊】 Filipa,Vala ; Tim,Van Opijnen ; 等 《The American naturalist》 2003年161卷2期 254-66页 SCIMEDLINEBP

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            37. Enhanced Directed Evolution in Mammalian Cells Yields a Hyperefficient Pyrrolysyl tRNA for Noncanonical Amino Acid Mutagenesis. oa

            【外文期刊】 Delilah,Jewel ; Rachel E,Kelemen ; 等 《Angewandte Chemie (International ed. in English)》 2024年63卷9期 e202316428页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 Directed Evolution; Genetic Code Expansion; Nonsense Suppression;

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            38. Transposon insertion sequencing: a new tool for systems-level analysis of microorganisms. oa

            【外文期刊】 Tim,van Opijnen ; Andrew,Camilli ; 《Nature reviews. Microbiology》 2013年11卷7期 435-42页 SCIMEDLINECABP

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            39. The Phenylacetic Acid Catabolic Pathway Regulates Antibiotic and Oxidative Stress Responses in Acinetobacter. oa

            【外文期刊】 Anna J,Hooppaw ; Jenna C,McGuffey ; 等 《mBio》 2022年13卷3期 e0186321页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Acinetobacter; antibiotics; gene regulation;

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            40. The human immunodeficiency virus type 1 promoter contains a CATA box instead of a TATA box for optimal transcription and replication. oa

            【外文期刊】 Tim,van Opijnen ; Joost,Kamoschinski ; 等 《Journal of virology》 2004年78卷13期 6883-90页 SCIMEDLINECABP

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            41. Adaptation of HIV-1 depends on the host-cell environment. oa

            【外文期刊】 Tim,van Opijnen ; Anthony,de Ronde ; 等 《PloS one》 2007年2卷3期 e271页 SCIMEDLINECABP

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            42. Dielectrophoresis assisted rapid, selective and single cell detection of antibiotic resistant bacteria with G-FETs. oa

            【外文期刊】 Narendra,Kumar ; Wenjian,Wang ; 等 《Biosensors & bioelectronics》 2020年156卷 112123页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Antibiotic resistance bacteria; Biosensors; Dielectrophoresis;

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            43. The Landscape of Phenotypic and Transcriptional Responses to Ciprofloxacin in Acinetobacter baumannii: Acquired Resistance Alleles Modulate Drug-Induced SOS Response and Prophage Replication. oa

            【外文期刊】 Edward,Geisinger ; Germán,Vargas-Cuebas ; 等 《mBio》 2019年10卷3期 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Acinetobacter; DNA gyrase; antibiotic resistance;

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            44. MAGenTA: a Galaxy implemented tool for complete Tn-Seq analysis and data visualization. oa

            【外文期刊】 Katherine Maia,McCoy ; Margaret L,Antonio ; 等 《Bioinformatics (Oxford, England)》 2017年33卷17期 2781-2783页 SCIMEDLINECABP

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            45. Interspecies recombination, not de novo mutation, maintains virulence after β-lactam resistance acquisition in Streptococcus pneumoniae. oa

            【外文期刊】 Andrew T,Nishimoto ; Tina H,Dao ; 等 《Cell reports》 2022年41卷11期 111835页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 CP: Microbiology; S.?pneumoniae; antibiotic resistance;

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            46. Yersinia pseudotuberculosis doxycycline tolerance strategies include modulating expression of genes involved in cell permeability and tRNA modifications. oa

            【外文期刊】 Hector S,Alvarez-Manzo ; Robert K,Davidson ; 等 《PLoS pathogens》 2022年18卷5期 e1010556页 SCIMEDLINECABP

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            47. Strain Dependent Genetic Networks for Antibiotic-Sensitivity in a Bacterial Pathogen with a Large Pan-Genome. oa

            【外文期刊】 Tim,van Opijnen ; Sandra,Dedrick ; 等 《PLoS pathogens》 2016年12卷9期 e1005869页 SCIMEDLINECABP

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            48. Streptococcus pneumoniae favors tolerance via metabolic adaptation over resistance to circumvent fluoroquinolones. oa

            【外文期刊】 Tina H,Dao ; Haley,Echlin ; 等 《mBio》 2024年15卷2期 e0282823页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Streptococcus pneumoniae; antibiotic resistance; virulence;

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            49. Genome-wide phage susceptibility analysis in Acinetobacter baumannii reveals capsule modulation strategies that determine phage infectivity. oa

            【外文期刊】 Jinna,Bai ; Nicole,Raustad ; 等 《PLoS pathogens》 2023年19卷6期 e1010928页 SCIMEDLINECABP

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            50. Essential Gene Analysis in Acinetobacter baumannii by High-Density Transposon Mutagenesis and CRISPR Interference. oa

            【外文期刊】 Jinna,Bai ; Yunfei,Dai ; 等 《Journal of bacteriology》 2021年203卷12期 e0056520页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Acinetobacter baumannii; CRISPR; Tn-seq;

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