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【中文期刊】 章广能 张育芳 等 《生物信息学》 2024年22卷4期 287-295页ISTIC
【摘要】 化合物-蛋白质互作的鉴定对药物发现、靶标鉴定,网络药理学和蛋白质功能的阐明等至关重要.本文开发了一种基于表示学习的图神经网络预测化合物-蛋白质互作模型.首先利用Word2vec表示学习方法自动提取化合物和蛋白质的特征;然后将特征输入构建图神...
【关键词】 化合物-蛋白质相互作用；表示学习；图神经网络；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 荣丹琪 王倩 等 《中国药科大学学报》 2023年54卷3期 305-313页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 药物研发过程中,化合物-蛋白质相互作用(compound-protein interaction,CPI)预测是发现苗头化合物、药物重定位等研究的关键技术手段.近年来,深度学习被广泛应用于CPI研究,加速了药物发现中CPI预测的发展.本文重...
【关键词】 深度学习；化合物-蛋白质相互作用；药物重定位；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘宏生 于笑雪 等 《辽宁大学学报（自然科学版）》 2023年50卷2期 126-133页
【摘要】 化合物-蛋白质相互作用(Compound-protein interaction,CPI)预测是药物研发领域的一个重大课题.随着生物科学的飞速发展,各种科学实验产生了大量的生物数据,通过计算方法能够快速有效地提取和利用这些信息.已有方法未能...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 彭丹妮 黄静 等 《生命科学》 2007年19卷4期 461-464页ISTICCSCD
【摘要】 酵母双杂交系统自出现以来,广泛用于研究蛋白质之间的相互作用,它是一种具有高灵敏度的研究蛋白质之间关系的技术.在酵母双杂交系统基础上发展的酵母三杂交系统将应用范围扩展到蛋白质-蛋白质、蛋白质-RNA、蛋白质-小分子化合物等更广阔的研究领域.本...
【关键词】 酵母三杂交系统；蛋白质-蛋白质相互作用；蛋白质-RNA相互作用；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：张勐 导师：朱真峰 郑州大学 计算机科学与技术 计算机技术（硕士） 2023年
【摘要】 确定化合物与蛋白质之间的相互作用是药物研发中的重要一环。基于先验知识的传统方法存在消耗时间长、投入成本高等问题。为了解决这些问题，许多研究人员采用深度学习算法，通过分析化合物与蛋白质数据的特征，挖掘两者之间的相互关系。基于深度学习的预测方法...
【关键词】 多通道自注意力融合 ； 化合物-蛋白质相互作用 ；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：万晓喆 导师：蒋华良 郑明月 中国科学院大学 药学 药物设计学（博士） 2022年
【摘要】 近年来，深度学习在药物研发中的应用得到飞速发展，极大缩短了研发的时间。但是传统的深度学习算法集中定义在欧氏结构数据上，而药物研发相关的生物大数据往往具有复杂高维的非欧氏结构，比如表征分子形状的三维结构、表征生物数据间相互关联的关系图等。为了...
【关键词】 图神经网络 ； 化合物-蛋白质相互作用 ；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：王景虎 导师：郑光 兰州大学 计算机科学与技术 计算机科学与技术;计算机应用技术（硕士） 2020年
【摘要】 药物靶标的识别在药物发现和生物制药领域起着重要作用，其核心就是化合物-蛋白质相互作用关系的识别。传统的基于实验验证的药物研发模式，已经积累了大量的化合物-蛋白质相互作用关系的基础数据，然而，该模式存在流程复杂、识别不全、周期长、费用高昂以及...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：王志斌 导师：郑光 兰州大学 软件工程 软件工程（硕士） 2018年
【摘要】 识别化合物-蛋白质相互作用在药物发现和药物设计中起到至关重要的作用，它为理解药物的药效、靶向以及不良副作用提供了有价值的参考。传统的方法主要是通过实验来验证化合物和蛋白质之间的相互作用关系，这种方法费时、费力，且不可能对所有的化合物、蛋白质...
【关键词】 深度学习 ； 化合物-蛋白质相互作用 ；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王茜 丁一柠 《中国医药科学》 2025年15卷13期 61-65,70页
【摘要】 目的 基于网络药理学和分子对接研究黄芩中黄酮类化合物治疗炎症性肠病(IBD)的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库筛选黄芩中的黄酮类成分,联合ChEMBL等预测成分靶点,通过GeneCards等获取IBD靶点.使用Cytoscape等构...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 刘晓娟 海雪丰 《现代畜牧兽医》 2025年5期 17-22页
【摘要】 试验旨在通过网络药理学及分子对接方法探究荜茇在牛疾病中的抗炎作用机制.利用中医药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)收集荜茇的活性化合物及其作用靶点,在GeneCards数据库收集炎症相关靶点,并在Venny 2.1得到交集靶点;将交集...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 邓雅文 曾瑞峰 等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷8期 1469-1482页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 本研究旨在通过生物信息学方法筛选鉴定益气活血散干预脓毒症中的关键基因及预测核心通路.首先检索本草组鉴HERB平台获取益气活血散的成分和靶点,并通过多个疾病数据库检索筛选得到脓毒症的潜在靶点.通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 方馨悦 石岚 等 《上海交通大学学报（医学版）》 2024年44卷10期 1287-1298页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 混合谱系白血病(mixed lineage leukemia,MLL)基因重排(MLL-rearranged,MLL-r)引起的急性白血病亚型侵袭性高且预后不良,缺少特异性治疗手段.MLL蛋白具有组蛋白甲基转移酶活性,在胚胎发育和正常造血中...
【关键词】 MLL基因重排白血病；Menin；靶向治疗；
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【中文期刊】 曹前 魏胜利 等 《北京中医药大学学报》 2024年47卷8期 1089-1099页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 探讨雪菊防治高脂血症的潜在活性成分及作用机制.方法 利用超高效液相色谱串联四极杆静电场轨道阱质谱(UPLC-Q-Exactive Orbitrap MS)对雪菊黄酮部位及其入血成分进行定性分析;筛选雪菊黄酮入血成分与高脂血症的交集靶点...
【关键词】 雪菊；高脂血症；超高效液相色谱串联四极杆静电场轨道阱质谱；
- 概要：
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【中文期刊】 郝霞 刘静 等 《药学前沿》 2024年28卷11期 365-380页ISTICCA
【摘要】 目的 利用高分辨液相色谱-质谱联用仪,快速准确地对红花清肝十三味丸中复杂的化学成分进行分析鉴定,旨在明确其缓解非酒精性脂肪肝的有效成分,同时结合网络药理学和分子对接,探索红花清肝十三味丸潜在的作用机制.方法 使用甲醇和含有0.1％甲酸的水溶...
- 概要：
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【中文期刊】 黄丽丽 毛佳瑜 等 《浙江临床医学》 2024年26卷12期 1750-1753页ISTIC
【摘要】 目的 基于网络药理学和分子对接技术探究COB-187治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制.方法 通过蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)、基因本体(GO)生物过程富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析、分子对接等方法...
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【中文期刊】 王曼曼 宁文华 等 《实用心脑肺血管病杂志》 2024年32卷5期 72-77,82页ISTIC
【摘要】 目的 基于加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习算法探究葡萄糖代谢参与缺血性脑卒中(IS)的机制及其关键基因.方法 本实验时间为2022年11月—2023年6月.从GEO数据库GPL6883平台下载IS芯片数据集GSE16561,其...
【关键词】 缺血性卒中；葡萄糖代谢；加权基因共表达网络分析；
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【中文期刊】 龚元勋 赵净洁 等 《右江医学》 2024年52卷4期 303-312页
【摘要】 目的 利用网络药理学和分子对接技术研究古代经典名方辛夷散用于过敏性鼻炎防治的潜在作用机制.方法 通过TCMSP数据库检索经典名方辛夷散的活性成分并确定作用靶点,通过GeneCards Database、Online Men-delian I...
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【中文期刊】 胡琳娜 范发才 等 《中国民间疗法》 2024年32卷20期 51-55页
【摘要】 目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨消喘膏治疗支气管哮喘的潜在作用机制.方法:利用本草组鉴(HERB)及中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选消喘膏的活性成分,通过 HERB 数据库及瑞士靶标预测(SwissTargetPred...
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【中文期刊】 常俊杰 狄伟 《中医临床研究》 2024年16卷35期 6-12页
【摘要】 目的:基于网络药理学和分子对接探讨泽泻—木通—车前子治疗生殖器疱疹的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)下载并筛选出泽泻、木通、车前子的有效活性成分及对应靶点,在GeneCards、OMIM数据库中获取生殖器疱疹...
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【中文期刊】 管勤昊 汤丽华 等 《食品研究与开发》 2023年44卷23期 182-190页
【摘要】 多酚类化合物作为一种重要的天然产物,具有多种潜在的有益功效,其与蛋白质相互作用的构效关系一直是天然产物化学领域研究的重点.多酚与蛋白质可以产生一系列共价与非共价相互作用,在食品、医药、生物领域得到了广泛应用.同时,多酚的结构对其与蛋白质相互...
【关键词】 多酚-蛋白质相互作用；构效关系；天然活性物质；
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【中文期刊】 吴怡 邵思梦 等 《分析化学》 2023年51卷1期 112-119页
【摘要】 利用超高效液相色谱-轨道阱高分辨质谱(UHPLC-Orbitrap-MS)结合链霉亲和素包被的96孔板的方法筛选人参复杂体系中蓖麻凝集素120(RCA 120)的寡糖结合剂.将RCA 120修饰的96孔板与溶菌酶修饰的96孔板分别与寡糖标准...
【关键词】 超高效液相色谱-质谱技术；人参；寡糖；
- 概要：
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【中文期刊】 鲍慧玮 孟凡娟 等 《人参研究》 2023年35卷2期 30-35页
【摘要】 目的 利用网络药理学研究方法,探讨中药林蛙油中治疗慢性咳嗽的活性成分、作用靶点及相关通路,探究其作用机制.方法 利用中国知网分别以林蛙油、哈蟆油、蛤蟆油为检索词进行检索,在已发表的相关研究文献中查找中药林蛙油的主要成分并进行筛选.利用Gen...
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【中文期刊】 孙蕊 齐月 《中医临床研究》 2022年14卷34期 21-25页
【摘要】 目的:探索桃仁-红花药对治疗糖尿病周围神经病变的作用机制.方法:对桃仁、红花两味中药主要化学成分和作用的靶点进行检索,通过GeneCards、DrugBank、TTD3个数据库找出糖尿病周围神经病变相关靶点.取药物与疾病的交集靶点绘制韦恩图...
- 概要：
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【中文期刊】 康乐 苗晋鑫 等 《中医学报（英文）》 2021年1卷1期 24-35,中插4页
【摘要】 目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨普济消毒饮(Puji Xiaodu Yin,PJXDY)治疗新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)的潜在分子机制.方法:通过TCMSP数据库及相关文献记...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 蒋永容 陈川 等 《中国肿瘤临床》 2011年38卷16期 931-934页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:利用基因芯片技术分析肝癌HepG2细胞和正常肝上皮LO2细胞中miRNA的表达,并对HepG2细胞中低表达的miRNA-122a进行靶基因预测及相关生物信息学分析,为以miRNA-122a为靶点的基因治疗提供理论和实验基础.方法:利用...
【关键词】 miRNA-122a；基因芯片；靶基因；
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【中文期刊】 刘林 杜晓辉 《医学分子生物学杂志》 2010年7卷1期 74-78页ISTICCA
【摘要】 p53作为重要的抑癌基因已经成为一个治疗癌症重点的突破目标之一.直接调节p53基因或调节P53和MDM2蛋白质相互作用是再激活p53基因的两种重要机制.对于表达野生型P53的癌症设计小分子阻断剂阻断MDM2与P53蛋白相互作用是一个很有前景...
- 概要：
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【中文期刊】 杜克群 江华娟 等 《中国医院药学杂志》 2023年43卷6期 633-643,668页ISTICPKUCA
【摘要】 目的:探究桃红四物汤促进骨折愈合的潜在药效物质及作用靶点和通路.方法:采用UPLC-Q-Exactive Orbitrap/MS技术,结合对照品比对与文献数据,对桃红四物汤化学成分进行鉴定.通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)及...
【关键词】 桃红四物汤；骨折愈合；UPLC-Q-Exactive Orbitrap/MS；
- 概要：
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【中文期刊】 程瑶 黄荣 等 《现代中药研究与实践》 2023年37卷6期 16-21页ISTICCA
【摘要】 目的 探讨桃红四物汤治疗子宫异常出血(AUB)的潜在生物学机制.方法 通过中药系统药理数据库(TCMSP)筛选TSD的活性化合物及其靶点,运用GeneCards、OMMI等数据库数据库筛选AUB靶点,确定交集基因;构建靶点网络和蛋白质相互作...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘鑫馗 吴嘉瑞 等 《中国实验方剂学杂志》 2017年23卷16期 203-210页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨吴茱萸汤的功效物质基础和配伍机制.方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索吴茱萸汤全方4味中药的化学成分和作用靶点.进而构建化合物-靶点网络、蛋白互作(PPI)网络、靶点-通路网络,研究吴茱萸汤作用机制.结果:化合物-靶...
【关键词】 吴茱萸汤；网络药理学；蛋白质-蛋白质相互作用；
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