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【中文期刊】 邹晶 高磊 等 《中国生物医学工程学报》 2010年29卷2期 212-219页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 挖掘特征基因是分析基因表达谱的一项基础工作,但众多的特征基因挖掘方法所挖掘的特征基因集合并不完全一致.本研究试图从生物功能和样本分类能力两个方面,分析比较不同方法所挖掘的特征基因的功能一致性,并对RankGene中的八种不同特征基因挖掘方法...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 戴伟 张浩轩 等 《集成技术》 2025年14卷3期 87-101页
【摘要】 癌症是一种与基因密切相关的疾病,具有多种亚型,各亚型在遗传、表型和治疗反应上存在显著差异.准确的癌症亚型分类对个性化治疗至关重要,有助于提高治疗效果.然而,基于患者基因表达数据的癌症亚型分类方法在样本不均衡的情况下,往往难以有效区分稀有亚型...
- 概要：
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【学位论文】 作者：李珉导师：王树林 陈治平 湖南大学 计算机科学与技术 计算机技术（硕士） 2012年
【摘要】 基因芯片技术可以同时快速检测成千上万个基因的表达水平，但由于受采样成本的限制，由此获得的基因表达谱数据具有高维小样本的特点。基于基因表达谱，在分子水平上对肿瘤数据的分类具有重要的研究价值，然而，由于基因表达谱数据的“高维小样本”特性使得许多...
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【学位论文】 作者：杨昆导师：李建中 哈尔滨工业大学 计算机科学与技术 计算机软件与理论（博士） 2008年
【摘要】 基因表达水平是衡量基因功能活动的重要指标。基因表达的信息是理解基因功能和基因调控的潜在机制的一个重要线索。基因芯片（微阵列）具有在单一的实验中并行地检测任何细胞或组织类型中成千上万个基因的表达水平的能力，已经成为生物学和医学研究领域中常用的...
- 概要：
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【学位论文】 作者：李伍举导师：王升启 范明 中国人民解放军军事医学科学院 解放军军事医学科学院 生物学 生物化学与分子生物学（博士） 2003年
【摘要】 基于基因芯片技术,可以同时观察在某一生命现象中成千上万个基因的动态表达水平,使得人们能够在基因组水平上以系统的、全局的观念去研究生命现象及其本质;但是,通过基因芯片实验直接获得的是一个基因表达谱,其实际应用要通过对基因表达谱的生物信息学处理...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 秦喜文 王芮 等 《中国生物医学工程学报》 2022年41卷2期 177-185页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 乳腺癌基因数据的分类研究在临床医学上具有重要意义.针对基因数据的结构复杂、高维小样本等特点,提出一种最大相关最小条件冗余和深度级联森林结合的基因数据分类方法.选取博德基因研究所乳腺癌基因表达数据集,共98个数据作为样本,每个样本包含1 21...
- 概要：
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【中文期刊】 韩磊 黄瑞龙 等 《智慧健康》 2022年8卷17期 1-4页
【摘要】 肿瘤基因表达数据具有高维小样本、类别分布不平衡等特点,导致传统方法对其准确分类面临新的挑战.为此,本文提出一种基于Weka平台和代价敏感特征选择的基因表达数据分类方法.首先,对实验中所采用的6组肿瘤基因表达数据进行标准化预处理;然后,通过W...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 潘以红 范雪萌 等 《生物学杂志》 2019年36卷2期 22-27,40页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为了识别肺癌发展过程中的关键基因,揭示其发展的潜在机制,得到肺癌的预测模型,从GEO(Gene Ex-pression Omnibus)数据库下载了基因芯片GSE19188和GSE40791进行研究.首先对基因表达数据分析得到805个同趋势...
【关键词】 肺癌；差异表达基因(DEGs)；蛋白质交互(PPI)网络；
- 概要：
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【中文期刊】 王世祥 张飞 等 《中国生物医学工程学报》 2016年35卷3期 301-309页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 吸烟是导致肺癌的一个重要诱导因素,从全基因组基因甲基化水平出发,利用生物信息学方法,通过建立对当前吸烟/不吸烟样本的模式识别分类模型,识别甲基化特征基因,为揭示不吸烟肺癌患者的患病机理奠定基础.为避免甲基化微阵列数据超高维小样本、高噪声、高...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 刘亚杰 施心陵 等 《中国卫生统计》 2014年31卷3期 505-507,509页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 从分子生物学的角度对不同类别肿瘤样本基因表达数据进行准确和稳定分类,为肿瘤治疗路径的选择提供分型依据.方法 给出一种基于双层粒子群优化(TLPSO)算法的肿瘤基因表达样本分类模型,选取103个肿瘤基因表达样本,包括乳腺、前列腺、肺和结...
- 概要：
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【中文期刊】 王年 许鸿洋 等 《生物学杂志》 2014年31卷1期 82-86页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 针对局部线性嵌入算法(Local Linear Embedding,LLE)利用试凑法寻找近邻数耗时的缺陷性,提出一种增强的核局部线性嵌入算法 (Enhanced Kernel Local Linear Embedding,EKLLE)自动...
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【中文期刊】 李建更 李辉 《生物学杂志》 2011年28卷6期 58-61页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 肝癌是中国最常见的恶性肿瘤之一.基于肿瘤基因表达谱数据的分析与研究是当今研究的热点,对于癌症的早期诊断、治疗具有十分重要的意义.针对高维小样本基因表达谱数据所显现的变量间严重共线性、类别变量与预测变量的非线性关系,采用了基于样条变换的偏最小...
- 概要：
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【中文期刊】 李建更 李萍 等 《中国生物医学工程学报》 2009年28卷4期 554-560页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基于机器学习方法寻找和发现新的胃癌亚型分类的相关基因,可以为探讨胃癌发生的分子机制及其基因水平的诊断和治疗提供标志和依据.试验选用33例中国人的胃癌Oligo基因芯片数据,数据包括13例弥漫型胃癌样本、20例肠型胃癌样本,基因向量为21 3...
- 概要：
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【中文期刊】 单连峰 张惠丹 等 《中国医科大学学报》 2009年38卷7期 501-503页ISTICPKUCABP
【摘要】 目的 研究广义似然比检验(GLRT)与支持向量机(SVM)相结合的混合法在基因芯片表达数据分类研究中的应用效果.方法 结合 Golub研究的白血病基因表达数据,利用GLRT寻找白血病表达水平存在显著性差异的基因,再使用SVM对白血病进行分类...
- 概要：
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【中文期刊】 马猛 汝颖 等 《中国生物医学工程学报》 2009年28卷5期 707-712页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基于肿瘤基因表达数据,利用信息科学的方法和技术建立肿瘤预测分类模型,对肿瘤基因表达模式研究和肿瘤的诊断识别具有重要意义.本研究提出一种从肿瘤基因表达数据中直接挖掘分类规则建立肿瘤预测分类器的方法.该方法首先抽取实验样本集,分别找出标记肿瘤和...
- 概要：
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【中文期刊】 刘全金 李颖新 等 《中国生物医学工程学报》 2008年27卷5期 710-715页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基于肿瘤基因表达谱,提出了单隐层BP网络灵敏度分析法以有效选取肿瘤亚型分类特征基因.首先以Bhattacharyya距离为尺度滤除分类无关基因;然后从"功能基因组合"的角度出发,依据输入特征对BP网络输出的灵敏度生成候选特征基因子集;最后以...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 邱浪波 王广云 等 《中国生物医学工程学报》 2008年27卷1期 82-86页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基因芯片技术能够检测大量基因的表达水平,在肿瘤研究中得到日益广泛的应用.基于基因芯片表达谱的肿瘤分类诊断是肿瘤表达谱研究的一个热点.肿瘤表达谱分类是一个典型的高维度小样本分类问题,描述一个两步策略的分类方法.在测试的基因表达谱中存在大量的非...
- 概要：
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【中文期刊】 华琳 郑卫英 等 《生物工程学报》 2008年24卷9期 1643-1648页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 利用随机森林-通路分析法,通过袋外样本OOB的分类错误率筛选特征代谢通路,在特征通路上作基因表达相关性研究并对通路上的基因采用MAP(Mining attribute profile)算法挖掘不同实验条件下基因的共调控表达模式,对共调控表达...
- 概要：
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【中文期刊】 武振宇 李康 《中国卫生统计》 2007年24卷1期 8-11页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 探讨支持向量机在基因表达数据分类研究中的应用条件和效果.方法 使用支持向量机软件包,通过实际基因表达数据考核其应用效果,并通过模拟试验进一步验证和研究在含有大量无差异表达基因情况下对分类产生的影响.结果 对四种疾病的真实基因表达数据的...
- 概要：
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【中文期刊】 蔡斌 David Hogg 等 《中国肿瘤临床》 2007年34卷18期 1033-1035页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨不同分化级别人子宫內膜癌组织基因表达谱差异,寻找高危子宫内膜癌的基因表达谱.方法:利用基因芯片分析32例不同分化子宫內膜癌间差异表达基因,并对基因表达谱进行层次聚类分析.结果:按分化对所有样本分组,筛选出差异表达基因33个(P＜0...
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【中文期刊】 朱明珠 郭政 等 《中国生物医学工程学报》 2006年25卷2期 158-162,177页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 应用机器学习进行分类是基因功能预测的一种重要手段.但是许多预测集中的阳性样本过少,会降低功能预测的效果.针对此问题,本研究对结合支持向量机(SVM)算法的几种常用非平衡数据分类方法进行实验比较,包括投票整合分类器和移动分类面等.在此基础上提...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王海芸 李霞 等 《生物医学工程学杂志》 2005年22卷3期 505-509页MEDLINEISTICPKUCA
【摘要】 利用基因表达谱数据借助于模式分类的方法识别癌症等疾病的类型及不同亚型是DNA芯片技术的一个应用方面.在这篇文章中,我们研究比较了在不同的特征基因选择方法的情况下,Fisher线性判别,Logit非线性判别,最小距离和K-最近邻四种模式分类方...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 李鹏 阮晓钢 《中国生物医学工程学报》 2005年24卷4期 397-402页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 本研究基于自组织映射网络(SOM),分析多骨髓瘤基因表达数据,建立预测多骨髓瘤的自组织预测模型(SOPM).该模型使用相关分析法,分析原始数据集中的7129个基因对致病的影响程度,运用自组织映射网络通过自学习的过程,挖掘出25个重要基因,并...
- 概要：
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【中文期刊】 李霞 张田文 等 《中国生物医学工程学报》 2004年23卷1期 66-72页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 基因芯片新兴生物技术为从分子水平上研究疾病的发病机理和临床疾病诊断提供了强有力的手段.其中特征基因选择是疾病模式识别诊断最重要的一个环节,但不同的特征基因选择方法往往影响疾病模式分类方法的效能.本研究针对这一问题,结合结肠癌基因表达谱数据分...
- 概要：
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【中文期刊】 李志文 蔡先发 等 《北京生物医学工程》 2014年33卷1期 47-51页ISTIC
【摘要】 目的 基因芯片技术对医学临床诊断、治疗、药物开发和筛选等技术的发展具有革命性的影响.针对高维医学数据降维困难及基因表达谱样本数据少、维度高、噪声大的特点,维数约减十分必要.基于主成分分析(principal component analys...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 孙远帅 陈垚 等 《生物信息学》 2013年11卷3期 161-166页ISTIC
【摘要】 基因芯片技术的发展为生物信息学带来了机遇,使在基因表达水平上进行癌症诊断成为可能.但基因芯片数据高维小样本的特征也使传统机器学习方法面临挑战.本文利用真实的基因表达数据,测试了目前主要的分类方法和降维方法在癌症诊断方面的效果,通过实验对比发...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 李凌波 张静 等 《生物信息学》 2013年11卷1期 72-78页ISTIC
【摘要】 基于基因表达谱的肿瘤分类信息基因选取是发现肿瘤特异表达基因、探索肿瘤基因表达模式的重要手段.借助由基因表达谱获得的分类信息进行肿瘤诊断是当今生物信息学领域中的一个重要研究方向,有望成为临床医学上一种快速而有效的肿瘤分子诊断方法.鉴于肿瘤基因...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 秦瑞斌 郑浩然 等 《北京生物医学工程》 2012年31卷6期 574-578页ISTIC
【摘要】 目的 针对小样本数据的错标记问题,本文在CL-stability算法的基础上提出一种加权的错标记样本识别算法(UCL-stability).方法 在UCL-stability算法中,根据样本标记翻转后数据所能选出的差异特征数目,定义了一个投...
- 概要：
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【中文期刊】 王蕊平 王年 等 《生物信息学》 2011年09卷2期 164-166,170页ISTIC
【摘要】 海量数据的存在是现代信息社会的一大特点,如何在成千上万的基因中有效地选出样本的分类特征对癌症的诊治具有重要意义.采用局部非负矩阵分解方法对癌症基因表达谱数据进行特征提取.首先对基因表达谱数据进行筛选,然后构造局部非负矩阵并对其进行分解得到维...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 蔡显圣 杜芳 《中国医疗设备》 2011年26卷4期 28-32页ISTIC
【摘要】 依据基因表达数据,利用计算机技术对其样本进行分类并找到在肿瘤组织中特异表达的基因,使之能够对疾病的治疗和生物医学研究起到有益的参考和借鉴作用.本文采用非负矩阵分解算法,对基因表达数据进行分析,然后对分解后得到的基矩阵中各集合基因进行比较,找...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张娅 饶妮妮 等 《航天医学与医学工程》 2008年21卷4期 356-360页MEDLINEISTICCA
【摘要】 目的 利用基因芯片数据识别与结肠癌相关的特征基因,对该疾病的临床诊断和生物医学研究起到有益的参考和借鉴作用.方法 本文建议了一种称为k均值分类信息指数(kmeans information in-dex to classification,...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 阴常欣 马文丽 等 《山东医药》 2008年48卷40期 25-27页ISTICCA
【摘要】 目的 研究结肠腺瘤、结肠癌基因表达谱,筛查结肠癌相关基因.方法 用BRB-Array Tools对公共基因芯片数据库GEO中的结肠腺瘤、结肠癌基因芯片表达数据进行统计学分析,找出在结肠腺瘤和结肠癌发生发展中均发生变化的基因及二者的特异性基因...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 张旭东 王亚东 等 《生物信息学》 2006年4卷1期 8-12页ISTIC
【摘要】 由于基因表达数据高属性维、低样本维的特点,Fisher分类器对该种数据分类性能不是很高.本文提出了Fisher的改进算法Fisher-List.该算法独特之处在于为每个类别确定一个决策阀值,每个阀值既包含总体样本信息,又含有某些对分类至关重...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 陈威震 王雯 《世界华人消化杂志》 2006年14卷12期 1156-1160页ISTICCA
【摘要】 目的:研究Barrett食管(BE)和食管腺癌的基因表达谱,筛查与食管腺癌相关的基因.方法:使用Dchip软件对已经在GEO数据库中公开的BE和食管腺癌Affymetrix芯片表达谱数据进行分析.还原扫描图像进行独立核验,并对基因和组织进行...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张梦莹 卢易 等 《转化医学电子杂志》 2017年4卷6期 16-19页
【摘要】 目的:识别肾细胞癌(RCC)中的关键基因,并揭示其在肿瘤中的作用机理.方法:从GEO数据库下载芯片数据GSE53757,筛选它们之间的差异表达基因(DEGs).使用DAVID在线工具对DEGs进行GO功能注释和KEGG富集分析,然后使用基于...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 徐建震 郭政 等 《生物物理学报》 2005年21卷3期 187-194页MEDLINEISTICCA
【摘要】 使用两套基因表达谱数据,按各基因的表达值方差,选择表达变异基因对样本聚类,发现一般使用方差较大的前10%的基因作为特征基因,就可以较好地对疾病样本聚类.对不同的疾病,包含聚类信息的特征基因有不同的分布特点.在此基础上,结合基因功能分类体系(...
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【中文期刊】 李丽 李霞 等 《生命科学研究》 2003年7卷4期 369-373,376页ISTICCA
【摘要】 对基因表达谱进行特征基因选择不仅能改善疾病分类方法的效能,而且为寻找与疾病相关的特征基因提供新的途径.通过比较用调整p值的t检验、非参数评分两种特征基因选择算法后和未进行选择时支持向量机(SVM)分类器的分类性能、支持向量(SV)的吻合度、...
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- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李伍举 《军事医学科学院院刊》 2002年26卷1期 73-76页ISTICCSCDCA
【摘要】 DNA微阵列技术是继DNA重组技术、PCR扩增技术之后的又一重大生物技术.基于微阵列实验,可以同时观察在某一生命现象中成千上万个基因的动态表达水平.与过去的研究模式即单个基因的表达研究相比,分子生物学工作者的观念将由此发生巨大改变,使得人们...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李泽 包雷 等 《生物物理学报》 2002年18卷4期 413-417页MEDLINEISTICCA
【摘要】 在分析基因表达谱数据特性的基础上,提出了一个将之用于肿瘤分子分型和选取相应亚型特征基因的策略.该策略包括三个步骤:首先采用一个无监督的基因过滤算法以降低用于分型计算的数据的噪声,其次提出了一个概率模型对样本中的分类结构进行建模,最后基于聚类...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 任重鲁 李金明 《计算机工程与科学》 2014年36卷7期 1389-1397页
【摘要】 基因芯片是微阵列技术的典型代表,它具有高通量的特性和同时检测全部基因组基因表达水平的能力.应用微阵列芯片的一个主要目的是基因表达模式的发现,即在基因组水平发现功能相似,生物学过程相关的基因簇;或者将样本分类,发现样本的各种亚型.例如根据基因...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨月莹 刘娣 等 《江西农业大学学报》 2013年35卷4期 807-812页
【摘要】 随着基因芯片在基因的发现与识别等研究方面的应用,高通量并行识别特征基因成为表达谱分析的重要工作之一.地方猪种民猪在抗寒性方面表现出较好的生物特征,提出的目标优化方法在识别民猪抗寒性状相关基因方面效果较好.通过制备常温状态和低温状态两类样本的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李秋德 《医学信息》 2013年22期 626-626页
【摘要】 针对基因表达数据维数高、样本量小及噪音大等因素，造成基因选取困难的问题。本文提出一种组合式的肿瘤信息基因选择策略，首先用信息熵对 Relief算法和RFSC算法复合剔除分类无关基因，再用PCA对特征基因降维，最后用集成神经网络评估分类能力，...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 杨俊丽 刘田福 等 《计算机工程与应用》 2012年48卷36期 146-150页
【摘要】 分类特征基因是基因表达谱数据分析中的重点,目前的特征基因选择方法均没有考虑到基因在不同类别中分布失衡给特征基因选择算法带来的影响.提出一种样本无关的特征基因选择方法,该方法利用改进地类间差异函数和类内波动函数,根据两个函数的一致性选择每个类...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 单连峰 李明 等 《数学的实践与认识》 2010年40卷9期 82-86页
【摘要】 为快速、准确地对基因芯片表达数据进行分类,提出了一种新型的基因芯片表达数据分类模型.该模型首先使用广义似然比检验(GLRT)有效鉴别出表达有显著性差异的基因.然后,将这些表达有显著性差异的基因用于最小二乘支持向量机(LS-SVM)的训练,从...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 谢芬 《福建电脑》 2010年26卷3期 2-3页
【摘要】 提出了一种基于遗传算法(GA)优化支持向量机(SVM)分类决策树的用于肿瘤基因分类的新方法.该方法针对基因表达数据样本少维数高的特点,采用了支持向量机分类间隔作为遗传算法适应度函数.利用遗传算法在每一决策树结点自动选择最优或近优的分类决策,...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 谢芬 《电脑知识与技术》 2010年6卷10期 2493-2495页
【摘要】 基于多类别肿瘤基因表达谱数据集,从研究肿瘤与正常组织的分类入手,对肿瘤分类特征基因选取问题进行分析和研究.将决策树算法应用到肿瘤基因表达谱分类研究中,尝试引入遗传算法,对决策树分类规则进行优化.试验结果表明,在样本有限的情况下,该方法比单个...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 党春艳 周继鹏 等 《广西师范大学学报（自然科学版）》 2009年27卷3期 154-157页
【摘要】 通过对慢性浅表性胃炎脾虚证与正常人、慢性浅表性胃炎脾虚证与脾胃湿热证两组胃肠粘膜配对样本的基因表达谱进行分析,在特征提取阶段分别利用Wilcoxon符号秩检验、组间和组内平方和比率(BSS/WSS)、基于相关距离的冗余分析方法,分别得到9个...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李建中 杨昆 等 《软件学报》 2006年17卷7期 1485-1493页
【摘要】 在基因表达数据分析中,鉴别基因是后续研究中非常重要的信息基因.有很多研究致力于从基因表达数据中选出信息基因这一挑战性工作,并提出了一些基因选择方法.然而,这些方法(特别是非参数选择方法)都没有考虑不同样本类别中样本大小的不平衡性问题.考虑样...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 徐持华 张国良 等 《数理医药学杂志》 2006年19卷2期 202-204页CA
【摘要】 目的:探讨聚类分析方法在苯中毒基因表达谱研究中的应用价值.方法:从7组正常对照及苯中毒患者外周血提取总RNA,逆转录合成cDNA后,体外转录合成生物素标记的mRNA,与含有2780个cDNA克隆的微阵列肿瘤相关基因芯片杂交,经荧光染料标记后...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 郭政 张田文 等 《同济大学学报（自然科学版）》 2006年34卷2期 264-269页
【摘要】 按GeneOntology基因功能分类体系,将基因模块化地组织成具有显著生物意义的低维功能模块单元,并将其作为新的分析指标用于分类微阵列疾病样本,从而提出了基于功能表达谱的聚类分析新途径.采用NCI60数据集,通过功能表达谱对组织样本进行聚...
- 概要：
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