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【中文期刊】 丁天宇 白新娜 等 《中华口腔医学研究杂志（电子版）》 2025年19卷3期 160-169页ISTICCA
【摘要】 目的利用秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）阿尔茨海默病（AD）模型，通过转录组测序分析探究其早期分子病理机制，为口腔-神经疾病研究提供实验平台。方法采用Illumina HiSeq平台对野生型N2和泛神经元表达人源...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 华杨 孙劲禹 等 《中华心脏与心律电子杂志》 2023年11卷1期 32-38页
【摘要】 目的:利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法筛选与肥厚型心肌病（HCM）发生相关的关键基因，为今后的研究提供线索。方法:首先，从公共基因表达数据库（GEO）下载GSE36961和GSE160997数据集，使用R语言中的“limma”和...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 陈正启 余金凤 等 《生物技术通报》 2021年37卷6期 73-84页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为探讨金耳菌丝体时期和子实体时期基因表达变化,利用高通量测序技术进行RNA-Seq分析.差异基因分析显示,两个时期共有10 992个差异表达基因,其中在子实体时期上调、下调的基因数分别为9 988和1 004个.GO功能聚类分析显示,差异表...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张泽鑫 吴汶丰 等 《中华消化杂志》 2021年41卷5期 336-343页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因，并分析差异共表达基因与预后的关系。方法:基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别...
【关键词】 结肠肿瘤；加权基因共表达网络分析；差异基因表达分析；
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 黄巧巧 陈军莹 等 《中华临床医师杂志(电子版)》 2022年16卷2期 112-123页ISTICCA
【摘要】 目的:探究与宫颈癌发展密切相关的信号通路关键分子，运用生物信息学方法来分析RAS蛋白信号通路与宫颈癌转移之间关系。方法:分析受miR-3162-5p调控的信号通路，选出与宫颈癌发展相关的高分通路，运用Oncomine检索通路中的基因在宫颈癌...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王希君 沈容芳 等 《中华肿瘤杂志》 2020年42卷5期 396-402页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱，为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法:从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据，根据组织AFP...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 李铂 彭亮 等 《中草药》 2020年51卷21期 5579-5589页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 通过分析30％聚乙二醇(PEG)模拟的干旱胁迫处理下半夏茎段转录组数据,挖掘响应干旱胁迫的相关基因,探索干旱胁迫下半夏发生"倒苗"的分子机制.方法 以干旱胁迫下半夏发生"倒苗"时的茎段作为研究材料,采用Illumina Hiseq 2...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 朱立 戴五敏 等 《中国肿瘤生物治疗杂志》 2020年27卷11期 1278-1283页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:通过分析非小细胞肺癌顺铂敏感株及耐药株的基因芯片表达数据,筛选差异基因及关键通路,构建蛋白相互作用网络,探讨关键集群功能.方法:从GEO数据库获得基因芯片表达数据,利用GEO2R工具筛选差异基因,通过STRING数据库和Cytosca...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张珊 陈巍 等 《中华行为医学与脑科学杂志》 2020年29卷9期 827-833页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:分析抑郁症患者较健康人各脑区转录组基因的差异表达情况。方法:在基因表达谱数据库(gene expression omnibus，GEO)中搜索抑郁症病例-对照设计并含有原始数据的研究，设定物种为人。以各数据集所有转录组基因为观察变量，...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 谭玉靓 唐文静 等 《现代预防医学》 2020年47卷12期 2228-2232页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 基于生物信息学,对缺血性脑卒中(IS)相关差异表达基因(DEGs)进行分子层面的分析,深入分析IS的发病机制和关键基因.方法 从GEO数据库下载与IS相关的生物基因芯片,基于P值及log |FC|值对GEO原始数据进行筛选,确定DEG...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 邢益桓 付斌 等 《中国肿瘤生物治疗杂志》 2020年27卷7期 801-806页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:对非吸烟女性肺癌潜在相关基因进行生物信息学分析及功能预测,探讨非吸烟女性肺癌患者的发病机制及预后标志物.方法:选择从GEO数据库下载非吸烟女性肺癌患者的基因芯片并用GEO2R软件筛选出差异表达基因(differentially exp...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 满君 张晓梅 等 《现代预防医学》 2020年47卷3期 502-507页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 应用生物信息学方法挖掘恶性肺结节的相关基因,为恶性肺结节诊断和治疗提供靶点.方法 从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载基因芯片数据集GSE108375和GSE27489,利用GEO2R筛选恶性肺结节的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王慧慧 萨建 等 《中华疾病控制杂志》 2020年24卷3期 274-278,289页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 探讨急性髓系白血病(acute myelocytic leukemia,AML)不同融合基因的时间序列基因表达数据的网络差异,识别靶基因.方法 采用网络差异分析的方法,针对AML的不同融合基因相关的基因表达数据构建网络,对联合网络的全...
- 概要：
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【中文期刊】 颜朝阳 徐同欣 等 《中国肿瘤生物治疗杂志》 2020年27卷12期 1393-1398页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:通过TCGA和GEO数据库筛选与食管腺癌相关的关键基因,并分析其生物学功能、相关信号通路和临床意义.方法:综合TCGA数据库食管腺癌数据和GEO数据库GSE92396芯片数据,使用R软件的DEseq2包和Limma包进行差异表达基因分...
- 概要：
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【中文期刊】 何诚成 张迎春 等 《细胞与分子免疫学杂志》 2019年35卷6期 481-490页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSF49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据....
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 刘珺 乔丽娟 等 《细胞与分子免疫学杂志》 2019年35卷9期 783-788页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 利用生物信息学技术探究1/17型辅助 T(Th/17)细胞的功能及其分化过程.方法 采用高通量基因表达数据库(GEO)中包含来源于健康人体Th17 细胞和Th1/17细胞基因表达数据的基因芯片数据集(GSE104021)进行生物信息学...
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【中文期刊】 韩昌旭 侯彬彬 等 《中华皮肤科杂志》 2019年52卷3期 176-181页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 比较并分析申克孢子丝菌菌丝相及早期酵母相转录组学的差异,明确酵母相形成过程中转录组表达谱的变化.方法 对25℃沙氏培养基培养96 h获得的菌丝相申克孢子丝菌及37℃脑心浸液培养基培养36 h获得的早期酵母相申克孢子丝菌的转录组进行测序...
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【中文期刊】 安森玲 石丽媛 等 《中国热带医学》 2019年19卷2期 182-187页ISTICPKUCA
【摘要】 鼠疫是由鼠疫耶尔森菌(简称鼠疫菌)引起的烈性传染病.鼠疫菌质粒是鼠疫菌染色体外的遗传物质,3种常规质粒中,pMT1质粒序列变化最大,结构组成最复杂,目前对其研究相对较少.应用BLAST和Mauve软件对已有36株菌株的pMT1质粒序列比对,...
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【中文期刊】 于曼 张幸 《中国职业医学》 2021年48卷1期 51-58页ISTICCA
【摘要】 目的 基于公共数据库中恶性胸膜间皮瘤(MPM)的基因芯片和二代测序数据集,筛选与MPM发生发展相关的信号通路、生物标志物和预后相关基因.方法 从基因表达数据库下载MPM基因芯片表达数据集GSE51024和GSE2549,分别包括MPM患者8...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 张轶雯 楼倩雯 等 《中国临床药理学与治疗学》 2018年23卷4期 422-427页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:通过分析近端与远端结直肠癌的差异基因集和其集中的关键通路,区分不同部位结肠癌的分子表达特征基因谱.方法:利用GEO数据库中高通量基因芯片数据筛选出具有结肠癌患者肿瘤部位近远端信息的芯片.采用GO基因功能注释和KEGG通路富集分析,筛选...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 朱爱青 宫兆燕 《中华肿瘤防治杂志》 2018年25卷8期 545-549页ISTICPKUCA
【摘要】 目的 皮肤黑色素瘤是一种恶性程度非常高的肿瘤,预后较差,早期易出现淋巴及血路转移.本研究通过对皮肤黑色素瘤和良性痣基因芯片进行数据挖掘及生物信息学分析,为两者鉴别诊断及探索黑色素瘤的发病机制及潜在药物靶点提供参考.方法 从基因表达综合数据库...
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- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 唐彪 胡增辉 等 《植物科学学报》 2018年36卷2期 252-263页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 以'西伯利亚'百合(Lilium'Siberia')花蕾期、半开期、盛开期、衰败期的花瓣为材料,利用RNA-seq技术对其转录组进行高通量测序,分析单萜合成途径中差异表达的基因并阐明其分子机制.结果显示,'西伯利亚'百合通过转录组测序分析共...
- 概要：
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【中文期刊】 曹丹 余乐 等 《四川大学学报（医学版）》 2018年49卷6期 899-903页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 建立生物信息学分析筛选肝癌基因芯片差异表达基因的方法,助力肝癌发病分子机制的研究.方法 通过R语言软件分析肝癌芯片数据GSE45436中肝癌组织和癌旁组织差异表达的基因,DAVID软件对差异表达基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 吴小梅 张昕 等 《菌物学报》 2017年36卷2期 193-203页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 双孢蘑菇是世界第一大宗栽培食用菌,具有重要经济价值.为探讨双孢蘑菇子实体不同发育时期基因表达变化,利用高通量测序技术对双孢蘑菇原基期、采收期和开伞后期等不同发育时期进行RNA-Seq分析,共筛选到6 328个差异表达基因,其中3 941个上...
- 概要：
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【中文期刊】 王威 丑天胜 等 《菌物学报》 2015年34卷4期 683-693页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 对金针菇Flammulina velutipes单核菌丝W23的菌丝体以及与L11质配后的双核菌丝H1123菌丝体进行了转录组测序,以本实验室已获得的W23基因组为参考基因组研究两样本间差异基因,并对这些差异基因进行了GO功能和Pathwa...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 薛菲 吴鹏杰 等 《昆虫学报》 2015年58卷10期 1072-1080页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 [目的]探究中华蜜蜂Apis cerana cerana Male abnomal 21(mab-21)基因在不同发育阶段的表达特性及染螨条件下mab-21基因表达变化规律.[方法]本研究利用RT-PCR方法,克隆了中华蜜蜂mab-21的基...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 甘甜 冷向军 等 《生物技术通报》 2014年11期 152-158页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 配对盒基因7（Paired box 7 gene，PAX7）在神经嵴发育及原肠胚形成、肌肉自主更新与再生中扮演着重要角色，对细胞更新、分化、凋亡等起着十分重要的调控作用。参照GenBank中斑马鱼、线鳍电鳗和虹鳟等物种PAX7序列的保守区域...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 岳昌武 吕玉红 等 《第三军医大学学报》 2014年36卷16期 1754-1757页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 分析大肠癌始动细胞群锌指蛋白表达谱变化信息.方法 采用无血清悬浮培养结合CD133抗体标记磁珠分选获得Colo205来源大肠癌始动细胞,高通量测序分析180个锌指蛋白基因mRNA表达谱变化,并筛选差异表达基因,利用荧光定量PCR技术对...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 盛军庆 林巧惠 等 《动物学杂志》 2014年49卷4期 597-604页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 部分双壳贝类的线粒体遗传方式不同于标准的母系遗传(SMI),被称为双单性遗传现象(DUI).池蝶蚌(Hyriopsis schlegelii)是淡水双壳贝类,是否存在双单性遗传现象？本文采用普通PCR扩增、SHOT-GUN测序及软件拼接获得...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘中娇 窦龙涛 等 《解剖学报》 2020年51卷1期 51-57页ISTICCSCDCABP
【摘要】 目的 利用生物信息学方法筛选乳头状甲状腺癌(PTC)的关键基因及其所在信号通路,探讨其致癌机制.方法 从基因表达综合数据库(GEO)的两个测序平台的7个GSE芯片中获得PTC和癌旁组织样本的数据.首先利用R语言分别筛选出两个测序平台样本的差...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 刘静 何蓉蓉 等 《现代生物医学进展》 2020年20卷7期 1381-1384页ISTICCA
【摘要】 目的:通过生物信息学方法分析老年胃癌与正常癌旁组织间的差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs).方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载基因表...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 董诗坤 沈宇杰 等 《山东大学耳鼻喉眼学报》 2020年34卷6期 82-91页ISTICCA
【摘要】 目的 基于头颈部鳞癌(HNSCC)的生物标记物及其通路尚不明确的现状,研究旨在分析和鉴定HNSCC中异常甲基化的差异表达基因,探讨其关键基因和潜在通路.方法 从GEO数据库下载基因表达的数据集GSE107591和甲基化数据集GSE33202...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 曾晶 潘其忠 等 《昆虫学报》 2012年55卷10期 1132-1141页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为探究中华蜜蜂Apis cerana cerana dynactin p62 基因的表达特性,本研究克隆了中华蜜蜂dynactin p62的基因组DNA序列(GenBank登录号:JX101463)和rnRNA序列(GenBank登录号:J...
【关键词】 中华蜜蜂；dynactin p62；基因克隆；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 颜薇 张利利 等 《中华皮肤科杂志》 2011年44卷2期 130-133页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 探讨光老化皮肤与正常皮肤的基因表达差异,在转录组水平上探讨光老化分子生物学机制.方法 选取2007-2008年入院面部光老化患者6例,收集患者全颜面除皱术中切除的耳前(光曝露)、耳后(光保护)全层皮肤,进行全基因组表达芯片分析,筛选差...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 冯宾 赵玉沛 等 《中华外科杂志》 2007年45卷23期 1629-1633页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 应用基因芯片技术筛选胰腺导管腺癌(PDAC)获得性多药耐药(MDR)相关基因.方法 通过含人类全基因组的寡聚核苷酸基因芯片(Affymetrix HG U133 2.0 plus)筛查人胰腺癌细胞株SW1990与多药耐药细胞亚株SW1...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 阮晔 刘志民 等 《中华内分泌代谢杂志》 2004年20卷6期 541-544页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的应用基因芯片技术研究甲状腺乳头状癌(PTC)和正常成人甲状腺组织基因的差异表达.方法分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将PTC组和对照组甲状腺组织的mRNA分别标记成探针,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交.通...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李文 周健 等 《中华微生物学和免疫学杂志》 2002年22卷2期 148-151页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 目的用基因差异显示(DDRT-PCR)方法观察器官移植后患者白细胞mRNA表达变化,为建立无创性预测免疫排斥反应指征提供依据.方法对1例心脏移植和1例心脏瓣膜置换术加肾移植患者术后外周血白细胞mRNA表达进行DDRT-PCR分析,并对差异条...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 许优沁 张庆芬 等 《解剖学报》 2017年48卷1期 37-42页ISTICCSCDCABP
【摘要】 目的 从基因水平揭示放射前后人外周血细胞的变化.方法 从基因表达数据库(GEO)中下载两组经放射处理后人外周血基因芯片数据,利用Qlucore Omics Explorer 3.0软件筛选差异表达基因,STRING、DAVID等在线分析工具...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 巴雪丽 刘婷婷 等 《生物技术》 2014年24卷5期 51-54页ISTICCA
【摘要】 目的:研究甜瓜叶片Hsp70基因在白粉病胁迫下的表达差异.方法:采用对白粉病抗性不同的2个甜瓜品种,Trizol法提取叶片总RNA,PCR技术克隆Hsp70基因核心片段,采用Semi-Q-RT-PCR技术,以Actin基因为内参基因,对白粉...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 曹文君 陈长生 等 《现代生物医学进展》 2010年10卷10期 1963-1967页ISTICCA
【摘要】 目的:探索差异表达基因集(DEGs)筛选的有效方法.方法:基于蒙特卡洛模拟比较Efron's GSA、SAFE、Globaltest、PCOT2等四种基因集方法在分析微阵列数据时的统计推断能力.结果:Globaltest和PCOT2两种基于...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 许艳 陈鑫恺 等 《国际遗传学杂志》 2010年33卷4期 215-220页ISTICCA
【摘要】 目的 探讨不同奖赏性脑区及不同用药时程下可卡因的精神成瘾机制及其成瘾过程是否具有脑区性和时程性差异.方法 从基因表达谱中提取随可卡因摄入量递增、在不同用药时程下6个脑区(NAc、AMG、LH、Septum、VTA和mPFC)表达水平发生改变...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 李薇 江亚文 等 《中华生物医学工程杂志》 2010年16卷2期 140-146页ISTICCA
【摘要】 目的 比较环境因素诱发系统性红斑狼疮患者(SLE)与健康人外周血单个核细胞基因表达水平的差异.方法 选择5例无家族发病案例的SLE患者与5例健康人外周血单个核细胞,提取总RNA进行扩增、Cy3染色后,与Agilcnt 4X44K人全基因组芯...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 郭榕 李勇 《肿瘤研究与临床》 2010年22卷2期 84-88页ISTICCA
【摘要】 目的 建立目的基因差异信息标量化的配对研究体系,比较经典的代表性差异分析(RDA)方法和消减杂交差异显示分析(SHDD)方法在克隆差异基因方面的灵敏度.方法 以人类乳头瘤病毒(HPV)DNA为模板行PCR扩增获得376 bp和869 bp两...
【关键词】 代表性差异分析；消减杂交差异显示分析；基因组；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 梁光萍 苏踊跃 等 《现代生物医学进展》 2009年9卷17期 3340-3342,3322页ISTICCA
【摘要】 基因表达系列分析(SAGE)技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞内表达的基因,还可以比较不同组织在不同时间、空间条件下基因表达的差异,从而发现新基因.SAGE技术在肿瘤研究中的应用发展很快.本文综述了SAGE技术的原理、应用及其近年来的发近...
【关键词】 基因表达系列分析(SAGE)；全基因组表达谱；差异表达；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 孙波 郑桂琴 等 《中国妇幼保健》 2009年24卷20期 2856-2859页ISTICCA
【摘要】 目的:运用基因微阵列技术研究子痫前期和正常妊娠外周血白细胞差异表达基因.方法:Trizol法抽提外周血白细胞总RNA,经cDNA荧光标记、杂交与清洗后进行芯片扫描和图像分析,获得子痫前期外周血的差异表达基因.结果:在所检测的21 000个基...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 周艳宏 《国际肿瘤学杂志》 2006年33卷7期 481-483页ISTICCA
【摘要】 抑制消减杂交(SSH)与基因芯片技术是筛选差异表达基因的新方法 ,因其快速、高效等特点而得以广泛应用.SSH或基因芯片技术单独使用存在不同程度的缺陷或不足,但若将两种技术结合,则能充分发挥各自优势,并能最大限度弥补其不足,从而成为较为理想的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：江珍红 导师：张子丁 中国农业大学 生物学 生物信息学（博士） 2017年
【摘要】 自然条件下,植物在其生长发育过程中不可避免地遭受多种生物胁迫的危害,使得其产量受到严重影响.因此迫切需要探索植物响应生物胁迫的分子机理,为培育抗病经济作物提供理论知识和方法.近年来随着高通量组学(如转录组和互作组)技术的飞速发展,产生了大量...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：张礼 导师：陈松灿 刘学军 南京航空航天大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（博士） 2016年
【摘要】 近年来,新一代高通量DNA测序技术的快速发展,给人类研究基因组学和转录组学提供了巨大的技术支持,取得前所未有的成就.基于新一代测序技术的RNA-seq技术,正快速取代传统基因芯片技术,成为研究转录组学的标准技术手段.RNA-seq测序技术直...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：辛春雷 导师：赵春亭 青岛大学 临床医学 临床医学博士(专业学位)（博士） 2016年
【摘要】 实验目的:通过对HOXB4、HOXC4基因转染MS-5细胞(小鼠基质细胞)后共培养人类CD34+造血干细胞,明确引起其扩增的潜在下游关键效应因子,分析造血干细胞增殖涉及的差异基因表达、蛋白作用网络、信号通路富集分析、转录调控网络构建,阐明通...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
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