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【中文期刊】 雷明莉 王博 等 《基因组学与应用生物学》 2017年36卷10期 4134-4140页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 在蛋白质组学研究中,差异表达分析能够帮助寻找与疾病相关的重要蛋白和生物标志物.目前广泛应用的差异表达分析方法大多是在单蛋白水平进行的,但是很多复杂疾病或者表型是由一些关键模块或通路上多个蛋白的微弱变化累加所致.本研究中,我们比较评估了5种基...
- 概要：
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【中文期刊】 李亚军 何金曼 等 《生物技术》 2025年35卷1期 25-29,94页ISTICCA
【摘要】 [目的]分析硅缺乏对小新月菱形藻基因在转录水平上的调控.[方法]收集缺硅24 h和正常培养条件下的藻细胞,利用illumina NovaSeq 6000平台对其RNA进行测序.以正常培养藻细胞为对照,鉴定硅缺乏条件下差异表达基因,并对其进行...
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【中文期刊】 罗曦 俞峰 等 《现代生物医学进展》 2025年25卷2期 364-371页ISTICCA
【摘要】 目的:筛选血管紧张素Ⅱ(Angiotensin Ⅱ,Ang Ⅱ)诱导的胸主动脉重构中差异表达的基因,并进行功能和机制的生物信息学预测.方法:利用GEO数据集(GSE64613)进行差异表达基因的筛选(Fold change≥2,P＜0.05...
- 概要：
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【中文期刊】 刘芮岑 李俐 等 《中国中药杂志》 2024年49卷13期 3473-3483页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 人参Panax ginseng为五加科人参属多年生草本植物,其主要活性成分为人参皂苷.在已报道的单体皂苷中,人参皂苷Rg1不仅药用功能广泛、含量丰富,且是《中国药典》中用于鉴定人参品质的主要单体皂苷种类之一.人参皂苷Rg1的生物合成主要催化...
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【中文期刊】 刘畅 刘思章 等 《中草药》 2024年55卷8期 2723-2733页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 通过权重基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)挖掘人参皂苷Rh1生物合成相关基因.方法 以种植于吉林省人参主产区304个农家品种的转录组测序数据为基础...
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【中文期刊】 徐载萍 王孟颖 等 《中国中药杂志》 2024年49卷20期 5433-5440页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为了挖掘铁皮石斛响应高温胁迫相关的基因,探究铁皮石斛耐热的分子机制,该研究以铁皮石斛"大红舌"为实验材料,分析高温处理0、2、6、12 h 4组样品的特性,并进行比较转录组分析和实时荧光定量PCR(qPCR)检测.通过高通量测序技术对高温处...
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【中文期刊】 康舒淇 朱田田 等 《中国药学杂志》 2024年59卷12期 1100-1109页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 对当归[Angelica sinensis(Oliv.)Diels]主栽品种"岷归1号"和"岷归2号"进行转录组测序差异比较分析,挖掘当归响应干旱胁迫关键基因.方法 以两品种当归的新鲜叶片和根组织为研究材料构建cDNA文库,利用二代高...
- 概要：
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【中文期刊】 李玉婵 师倩囡 等 《中草药》 2024年55卷21期 7435-7443页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 发掘生长素信号转导途径中可能参与三岛柴胡Bupleurum.falcatum侧根发育的关键基因.方法 采用Illumina Hiseq2500高通量测序平台对三岛柴胡不同发育阶段的根组织进行转录组测序,筛选差异表达的生长素信号转导基因...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 周婷 魏雅茹 等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷3期 400-415页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 本研究利用半薄切片法对比分析了宁夏枸杞(Lycium barbarum)雄性不育系'宁杞5号'和可育系'宁杞1号'花药不同发育时期的细胞学特征,并进一步采用RNA-seq技术分别对'宁杞5号'和'宁杞1号'小孢子母细胞时期、四分体时期和单核...
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【中文期刊】 程优 刘影 等 《生物技术》 2024年34卷6期 707-714,787页ISTICCA
【摘要】 [目的]探究艾塞那肽治疗糖尿病的机制和靶基因.[方法]下载数据集筛选差异表达基因,构建疗效相关的共表达网络筛选加权基因,选取两组数据交集基因并使用蛋白互作网络确立核心基因,使用糖尿病模型小鼠验证核心基因.[结果]共获取15个交集基因,综合G...
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【中文期刊】 张纯溪 王钊 《生物医学工程与临床》 2024年28卷5期 709-716页ISTICCA
【摘要】 目的 探讨左心室辅助装置(LVAD)对终末期心肌病患者心肌基因表达谱改变及其生物学意义.方法 从GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)检索并筛选植入LVAD的终末期射血分数降低型心力衰竭患者心肌mRN...
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【中文期刊】 江晨阳 代志鹏 等 《医药论坛杂志》 2023年44卷4期 1-6页ISTIC
【摘要】 目的 通过对激素性股骨头坏死(steroid-induced osteonecrosis of femoral head,SONFH)差异表达基因进行生物信息学分析,确定与SONFH的发生和发展相关的关键致病生物标志物,探究SONFH发生的...
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【中文期刊】 杜志祥 李阳 等 《中国血吸虫病防治杂志》 2022年34卷4期 352-360,369页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 筛选慢性日本血吸虫病肝纤维化差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对其功能进行分析.方法 从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载慢性日本血...
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【中文期刊】 王沛捷 马艳红 等 《基因组学与应用生物学》 2022年41卷3期 601-616页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 bHLH转录因子家族是第二大转录因子家族,在植物生长发育、花青素生物合成途径的调控、逆境胁迫响应等发挥重要作用.为挖掘马铃薯(Solanum tuberosum)的紫色块茎花青素合成相关的bHLH基因,本研究基于紫色马铃薯转录组测序数据筛选...
- 概要：
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【中文期刊】 余雨 成军 等 《中国血吸虫病防治杂志》 2022年34卷5期 507-513页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 探索与乙型肝炎病毒(HBV)相关肝细胞癌(HCC)发生发展相关的核心基因,为进一步揭示HBV相关HCC发病机制提供参考.方法 从高通量基因表达数据库(GEO)中下载GSE55092、GSE121248两个数据集,采用R语言筛选HCC组...
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- 方法：
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【中文期刊】 谭素梅 汪军鹏 等 《基因组学与应用生物学》 2022年41卷4期 710-719页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 脯氨酸羟化酶(prolyl hydroxylase,PHD)是胶原合成的关键酶,在维持胶原三螺旋结构稳定性中起着重要作用.为探究草鱼phd基因在草鱼不同组织中的表达水平及其在胶原合成方面的作用,本实验通过RACE技术获得phd 2 175 ...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 汤柳 宋伟 等 《中国皮肤性病学杂志》 2022年36卷10期 1118-1125页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 运用生物信息学方法筛选特应性皮炎(atopic dermatitis)的差异表达基因(DEGs),明确其功能并探讨AD的发病机制.方法 从GEO数据库中获取GSE120721、GSE16161、GSE6012 与 GSE329244 ...
- 概要：
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【中文期刊】 阿力米江·奥布力塔力甫 马建宝 等 《天然产物研究与开发》 2021年33卷12期 2119-2135页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 本文旨基于生物信息分析揭示非酒精性脂肪肝的关键基因,并基于超高效液相色谱-质谱联用技术(UPLC/MS-MS)、生物信息及分子对接技术识别并探究黑果枸杞总黄酮成分及其治疗非酒精性脂肪肝(NAFLD)的作用机制,为其药效物质基础研究提供参考依...
- 概要：
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【中文期刊】 徐文秀 蒋梦萍 等 《南京医科大学学报（自然科学版）》 2021年41卷12期 1747-1752,1773页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:应用生物信息学技术筛选高乳腺密度和低乳腺密度的正常女性的差异基因并分析其富集通路,为致密型乳腺女性乳腺癌早期诊断、靶向治疗和预后评估提供理论依据.方法:从GEO数据库获取GSE38506数据集,使用GEO2R筛选差异表达基因.使用DA...
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【中文期刊】 沈鹭 孙越 等 《中国细胞生物学学报》 2022年44卷7期 1248-1257页MEDLINEISTICCSCDCA
【摘要】 为了探究NFIB(nuclear factor I/B)基因在膀胱癌中的生物学功能,该研究应用CRISPR-Cas9技术构建NFIB敲除的膀胱癌细胞株,然后通过转录组学技术分析对照细胞NFIB-NC与NFIB敲除细胞株NFIB-KO-Ⅰ和N...
【关键词】 NFIB基因；CRISPR-Cas9；膀胱癌；
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【中文期刊】 代梦瑶 刘嘉 等 《基因组学与应用生物学》 2020年39卷7期 3052-3059页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 钙调素-钙调磷酸酶信号通路是酵母细胞中重要的铝胁迫应答通路,在铝胁迫的条件下可激活钙调素和钙调磷酸酶的转录和翻译.之前的研究表明钙调磷酸酶能够参与铝胁迫下土生隐球酵母的生长,添加了铝的培养基上再添加FK506(钙调磷酸酶抑制剂)时会对土生隐...
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- 结论：
【中文期刊】 肖龙会 黄海燕 等 《基因组学与应用生物学》 2020年39卷10期 4711-4726页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 LXRα (LiverX receptorα)是一种氧甾醇核受体,在免疫和脂类代谢等生物过程中发挥重要作用,为了进一步探究LXRα的生物学功能,本研究对LXRα和RXRA共同过表达的HepG2细胞进行了全基因组转录分析.在HepG2细胞中,...
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【中文期刊】 县锦雯 王炜烨 等 《中国病原生物学杂志》 2020年15卷11期 1289-1294页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 研究细粒棘球绦虫3-羟基酰基-CoA脱氢酶分子特性及其在细粒棘球绦虫不同发育阶段的表达差异.方法 通过分析细粒棘球绦虫原头蚴高通量转录组测序文库对Unigene进行KEGG通路分析,筛选出一个脂肪酸代谢酶通路及该通路的一个主要调控基因...
【关键词】 细粒棘球绦虫；3-羟基酰基-CoA脱氢酶；基因克隆；
- 概要：
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【中文期刊】 郁乐 张轶雯 等 《中国现代应用药学》 2019年36卷17期 2177-2182页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 通过生物信息学方法利用GEO芯片数据分析肝癌组织中的特征基因及预后的相关性.方法 在GEO数据库中获取肝癌芯片数据,并利用GEO2R工具分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因;利用GO数据库和KEGG数据库对差异表达基因进行富集和...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李晴晴 王化琨 等 《基因组学与应用生物学》 2019年38卷7期 3280-3285页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 本研究对非小细胞肺癌(non-small cell lung carcinoma,NSCLC)基因表达数据进行差异表达分析,并与蛋白质相互作用网络(PPIN)数据进行整合,进一步利用Heinz搜索算法识别NSCLC相关的基因功能模块,并对模...
- 概要：
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【中文期刊】 杜志兴 魏孔孔 等 《中国普外基础与临床杂志》 2021年28卷12期 1604-1611页ISTICCA
【摘要】 目的 探讨丙肝相关肝细胞癌(HCV-HCC)和乙肝相关肝细胞癌(HBV-HCC)的基因表达差异及其潜在的分子机制.方法 从公共基因表达数据库下载并整合HCV-HCC和HBV-HCC基因表达矩阵并使用limma包对HCV-HCC和HBV-HC...
- 概要：
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【中文期刊】 奥伟 殷德涛 《中国普外基础与临床杂志》 2021年28卷3期 329-335页ISTICCA
【摘要】 目的 进一步了解甲状腺乳头状癌(papillarythyroidcarcinoma,PTC)发生发展的生物分子机制,寻找新的临床病理特征判断依据以及预后评价和靶向治疗的新分子靶点.方法 通过分析基因表达综合数据库(GEO)中相关样本的基因芯...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 张伟国 郑昊洋 等 《沈阳药科大学学报》 2021年38卷11期 1183-1195页ISTICCSCDCA
【摘要】 目的 肝细胞癌是恶性程度较高的肿瘤之一.我国慢性肝炎患者较多,肝细胞癌发病率较高.本研究旨在筛选、鉴定肝细胞癌相关基因,并对鉴定基因的预后意义作初步分析.方法 应用R语言,从GEO数据库中的两个肝细胞癌基因芯片数据GSE112790和GSE...
- 概要：
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【中文期刊】 尤红俊 赵倩倩 等 《中国分子心脏病学杂志》 2021年21卷6期 4326-4334页ISTICCA
【摘要】 目的 对动脉粥样硬化(AS)基因芯片数据进行生物信息学分析,寻找疾病相关核心(Hub)基因,并探讨其在AS发生发展中的作用.方法 利用R语言包对基因表达综合数据库(GEO)中筛选出的AS芯片进行基因差异表达分析,String数据库进行蛋白相...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 徐梦雅 王迪 等 《中国病原生物学杂志》 2018年13卷1期 45-50,54页ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 应用RNA测序(RNA-Seq)技术分析spxA2调控的靶基因,以期揭示spx蛋白的转录调控机制,为血链球菌致病机制的深入研究奠定基础. 方法 采用高通量测序技术对血链球菌野生株和spxA2突变株进行转录组分析,将测序所产生的数据绘到...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 颜朗 吴燕 等 《应用与环境生物学报》 2017年23卷3期 459-466页ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 皇竹草是一种高产、优质牧草,但因耐寒性较差而极大限制了其在我国大面积种植和推广选择在冬季平均温度接近皇竹草耐寒极限温度的四川地区进行了5年自然驯化,筛选在最低温度-5 ℃下能够自然过冬的样本,并在冬季最低温度下和夏季最高温度下分别取样进行转...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 曾长英 周玉飞 等 《基因组学与应用生物学》 2015年34卷11期 2441-2447页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 通过实时定量PCR方法分析了miR395abcd与其靶基因ATRX在两个木薯品种的4种低温处理下的差异表达情况,靶基因的定量引物设计在与miRNA结合区的上游、结合边缘、结合区3个位置.结果显示miR395abcd与其靶基因在两个木薯品种、...
【关键词】 miR395abcd；靶基因；木薯；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 夏悦昕 王霓 等 《临床血液学杂志》 2019年32卷10期 751-755页ISTICCA
【摘要】 目的:探究慢性儿童免疫性血小板减少症(ITP)的关键基因和信号通路,为研究慢性ITP的潜在分子机制提供新的思路.方法:从GEO数据库获得mRNA表达芯片数据集GSE46922,利用GEO2R筛选出DEGs,并利用DAVID对DEGs进行GO...
【关键词】 生物信息学分析；慢性儿童免疫性血小板减少症；差异表达基因；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 阮班来 王桂玲 《解剖科学进展》 2019年25卷6期 680-684页ISTICCA
【摘要】 目的 通过对TCGA中胃癌的RNA-seq数据样本进行WGCNA分析,筛选出与胃癌TNM分期显著相关的LncRNA,为胃癌的治疗和生存期延长的研究提供参考依据.方法 采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法对375例胃癌患者基因表达进行...
【关键词】 胃癌；长链非编码；RNA加权基因共表达网络分析；
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 闫霜 周建业 等 《中国分子心脏病学杂志》 2018年18卷3期 2505-2508页ISTICCA
【摘要】 目的 对羊急性心梗卸负荷模型的microRNA表达谱进行初步差异分析,探索LVAD卸负荷的调控机制.方法 根据microRNA表达谱筛选出差异表达miRNA,用靶基因预测软件PITA、miRanda得到差异表达miRNA的靶基因,通过GO数...
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【学位论文】 作者：陈文燕 导师：汪思佳 中国科学院大学 生物学 计算生物学（博士） 2020年
【摘要】 人类的汗腺位于全身皮肤的表面，具有维持人体体温平衡和发挥散热的作用，并对于人类的进化起到了重要作用。汗腺数量增多使得早期智人拥有了强大的散热能力，进而有利于长途追逐猎物以及向更远的空旷地区迁徙，获取更多食物和迁徙速度的增快也是现代智人快速扩...
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【学位论文】 作者：李莹姝 导师：屠强 中国科学院大学 生物学 发育生物学（博士） 2020年
【摘要】 青鳉(Oryziaslatipes)是一种重要的脊椎动物模型，已经在遗传学、发育生物学以及环境科学等领域得到广泛应用。目前，高质量的青鳉基因组序列已经发布，大量可用于青鳉的实验技术手段也已经非常成熟。然而，将青鳉用于系统生物学研究还存在一些...
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【学位论文】 作者：金雅兰 导师：林古法 张超 同济大学 生物学 生物学（硕士） 2018年
【摘要】 线粒体是细胞能量代谢的中心，不仅参与氧化磷酸化途径，产生能量ATP,还参与三大代谢过程中的一百多种酶的合成；可以通过调节跨膜电位，控制细胞的程序性死亡。线粒体还与细胞增殖、血红素合成以及肝脏解毒等过程相关。越来越多的研究表明，线粒体在癌症的...
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：钱伟 导师：谭德勇 云南大学 生物学 动物学（硕士） 2002年
【摘要】 该研究对常用的DD-PCR和cDNA微矩阵方法进行了改进,使之能方便地应用.同时采用差异表达分析了p53对U251细胞基因表达的影响.采用限制性内切酶消化cDNA和通用质粒载体pBS,然后将消化的cDNA和质粒进行重组连接,以质粒载体上的序...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李晶晶 胡进红 等 《生物技术通报》 2025年41卷2期 202-209页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 [目的]探究盐胁迫下'宁杞1号'(Lycium barbarum Ningqi 1)信号转导途径相关基因差异表达规律,为深入解析'宁杞1号'耐盐碱的分子机理奠定基础.[方法]基于转录组测序技术,对不同浓度NaCl胁迫下'宁杞1号'叶片信号转...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 贺天文 朱浩彦 等 《武汉大学学报（医学版）》 2024年45卷6期 681-687页ISTICCABP
【摘要】 目的:通过生物信息学鉴定铜死亡和动脉粥样硬化斑块不稳定性相关的特征基因.方法:从基因表达综合数据库下载动脉粥样硬化斑块相关数据集GSE163154、GSE41571、GSE43292.合并三个数据集,根据收集到的铜死亡相关基因(CRGs)对...
【关键词】 铜死亡；不稳定动脉粥样硬化斑块；基因表达；
- 概要：
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【中文期刊】 张灵钰 黄伟旭 等 《中国辐射卫生》 2024年33卷2期 116-122页ISTIC
【摘要】 目的 利用高通量mRNA测序和生物信息学技术探讨分次低剂量电离辐射(low dose ionizing radiation,LDIR)诱导人支气管上皮(human bonchial epithelial,HBE)细胞衰老中差异表达mRNA及...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李小妹 黄士蒙 等 《药物生物技术》 2024年31卷1期 20-28页ISTICCA
【摘要】 研究旨在探寻糖尿病和心力衰竭之间可能存在的关联,并评估纤维化相关基因在其中发挥的作用.从GEO数据库中下载心力衰竭的单细胞测序和转录组测序数据;从CTD数据库中下载与糖尿病相关的基因;通过GO和KEGG通路富集分析寻找与糖尿病相关心力衰竭密...
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【学位论文】 作者：孙奕欣 导师：张志明 厦门大学 临床医学 外科学（硕士） 2021年
【摘要】 目的:乳腺癌是好发于女性的恶性肿瘤，目前临床治疗方式患者预后较差。OVOL2是一个转录因子，课题组前期研究发现，OVOL2对大多数肿瘤的恶性行为具有抑制作用。本研究在MDA-MB-231细胞中进行转录组测序实验（RNA-seq）与染色质免疫...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 陈佳 王湘秀 等 《基因组学与应用生物学》 2022年41卷2期 231-238页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 斑马鱼(Danio rerio)是研究人类肿瘤生物学重要的模式动物之一.癌症个性化治疗最常用的临床前研究模型为肿瘤异种移植,但斑马鱼异种移植模型与单细胞转录组分析测序相结合的研究鲜有报道.据此,本研究首先建立了结肠癌肿瘤细胞系HCT?116...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 王东欣 宋佳明 等 《基因组学与应用生物学》 2022年41卷9期 1938-1951页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 高粱(Sorghum bicolor)是禾本科(Poaceae)一年生草本植物,也是研究C4植物的模式生物.甜高粱相对于普通高粱有其独特的糖代谢积累机理,发掘其糖合成、运输和积累相关的调控基因和代谢途径,有助于糖分和碳源分配的遗传改良设计,...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 何基泽 龙小琴 等 《基因组学与应用生物学》 2022年41卷6期 1329-1338页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 毛兰素是主要存在于石斛体内的联苄类化合物,其被证实可以通过抑制肿瘤细胞的增殖与迁移以及促进其细胞凋亡来参与多种癌症的治疗.本研究旨在利用生物信息学技术分析铁皮石斛中可能参与毛兰素生物合成的联苄合成酶(bibenzyl synthase,BB...
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：李芹英 导师：于广利 中国海洋大学 药学 药物化学（博士） 2019年
【摘要】 异常糖基化已成为细胞恶变和肿瘤发展的普遍特征，其在癌症发生发展过程中发挥着重要的作用。研究癌变过程中细胞表面糖链的变化，对于糖链在肿瘤发生发展中作用的阐明、肿瘤糖链标志物的发现、以及肿瘤的早期诊断、治疗乃至抗肿瘤药物的研发等都具有十分重要的...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
- 概要：
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