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【中文期刊】 傅东升 艾克热木江·木合热木 《中国组织工程研究》 2025年29卷20期 4379-4388页 ISTICPKUCA
【摘要】 背景:多指畸形患者中参与Heghog信号通路的一些转录因子发生异常表达,这些转录因子调控大量靶基因的表达,从而影响细胞的功能.目的:通过单细胞转录组分析多指畸形患者的转录组特征.方法:从GEO公共数据库中下载4例多指畸形患者细胞间质和上皮细...
【中文期刊】 王瑾瑾 崔文飞 等 《南方医科大学学报》 2024年44卷7期 1243-1255页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 结合GEO数据库利用网络药理学、分子对接技术及动物实验探究鬼箭羽治疗糖尿病肾病(DKD)的潜在作用机制.方法 通过TCMSP、PubChem及Swiss Target Prediction数据库获取鬼箭羽的活性成分和作用靶点.利用GE...
【中文期刊】 黄海燕 翁嘉灏 等 《世界中医药》 2024年19卷10期 1369-1378,1385页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的:本研究拟验证参附汤这一经典名方是否通过铁死亡缓解心力衰竭.方法:网络药理学寻找参附汤、心力衰竭、铁死亡重叠基因.Metascape数据库进行基因本体(GO)富集分析及富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路预测.用阿霉素对H...
【中文期刊】 张宏 展淑琴 《实用临床医药杂志》 2024年28卷19期 22-26,32页 ISTICCA
【摘要】 目的 基于生物信息学分析筛选阿尔茨海默病(AD)的核心基因,并对可能的致病信号通路进行分析.方法 从基因表达综合(GEO)数据库中下载AD相关基因芯片数据,筛选出GSE227221和GSE162873数据集.应用GEO2R在线分析软件筛选A...
【中文期刊】 郭社卫 甄英伟 等 《中华神经外科疾病研究杂志》 2024年18卷5期 15-21页 ISTICCA
【摘要】 目的 基于中国脑胶质瘤基因组图谱数据库(CGGA)资料分析,构建有效预测胶质母细胞瘤(GBM)患者预后的列线图模型,以期为临床治疗提供帮助.方法 从CGGA数据库获取下载全基因转录组_693(mRNAseq_693)测序数据及临床数据,应用...
【关键词】 胶质母细胞瘤; 中国脑胶质瘤基因组图谱数据库; 基因本体分析;
【中文期刊】 陈启庭 林洪 等 《中国医院用药评价与分析》 2024年24卷6期 655-661页 ISTIC
【摘要】 目的:探讨活血化瘀中药药对川芎-赤芍拮抗动脉粥样硬化的潜在分子机制及药理过程.方法:使用R语言Limma包分析GEO数据库GSE43292 数据集,对有表达差异的动脉粥样硬化基因进行筛选和提取.川芎-赤芍药对所含的化学活性组分及靶点通过中药...
【关键词】 川芎-赤芍药对; 动脉粥样硬化; GEO数据库联合网络药理学;
【中文期刊】 姚曼曼 路月亭 等 《海南医学》 2024年35卷24期 3613-3620页 ISTICCA
【摘要】 目的 筛选天然多酚类化合物原花青素(procyanidin,PC)与OSCC相关的核心靶点及其调控机制,并探讨其对患者预后的影响,为PC在OSCC中的临床应用提供理论依据.方法 通过网络药理学方法筛选PC与OSCC的交集靶点,构建蛋白-蛋白...
【中文期刊】 曹莎莎 李铭 等 《东南大学学报(医学版)》 2024年43卷3期 311-322页 ISTICCA
【摘要】 目的:基于丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路相关基因(MRGs)构建预后模型,提高食管鳞状细胞癌(ESCC)患者的预后效果.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)获取ESCC患者的相关信息,从京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库获取M...
【关键词】 食管鳞癌; 丝裂原活化蛋白激酶信号通路; 预后;
【中文期刊】 翟倩雯 郭玥 等 《亚太传统医药》 2024年20卷12期 126-132页
【摘要】 目的:明确叉头框蛋白O(FoxO)在呼吸道合胞病毒(RSV)感染疾病中的表达及意义,探究麻杏石甘汤是否通过调控FoxO信号通路治疗RSV感染疾病.方法:从基因数据存储的公共平台获得RSV感染人支气管上皮细胞(BEAS-2B细胞)差异表达基因...
【中文期刊】 许泽波 孙文栋 等 《医学理论与实践》 2024年37卷18期 3066-3068,3100页
【摘要】 目的:结直肠侧向发育型肿瘤(LST)检出率逐年升高,但其发病机制尚不明确.本研究将通过生物信息学方法分析该疾病mRNA表达数据集,探讨其发病机制.方法:利用差异基因分析,明确GSE77635中LST与正常对照组差异基因表达的情况,并对差异基...
【关键词】 结直肠侧向发育型肿瘤; GEO数据库; 差异基因分析;
【中文期刊】 吴敏 朱可芯 等 《临床合理用药》 2024年17卷14期 19-22,28页
【摘要】 目的 利用数据挖掘技术,整理基于调控核转录因子-κB(NF-κB)通路中药复方治疗慢性肾脏病(CKD)的相关文献,分析该通路中药用药的特点与规律.方法 通过中国知网数据库检索基于NF-κB通路研究中药复方治疗CKD的相关文献,将涉及的中药复...
【中文期刊】 李鹏 《首都食品与医药》 2024年31卷23期 14-17页
【摘要】 目的 采用生物信息分析方法探讨SHP-1基因在卵巢癌中的表达、信号通路和预后关系.方法 在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中检索SHP-1基因,分析SHP-1基因在人实体肿瘤中的表达情况.应用相互作用基因/蛋白在线检索工具(STRING)建...
【中文期刊】 徐晓敏 房城 等 《世界中医药》 2023年18卷5期 600-605页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的:在肾脏代谢组学技术基础上,探讨黄芩-白芍药对对2型糖尿病(T2DM)的防治机制,并通过寻找内源性潜在生物标志物,寻找其相关代谢通路.方法:非糖尿病健康同窝出生仔畜(db/m小鼠)为空白组,同时选择血糖值高于11.1 mol/L的糖尿病...
【中文期刊】 袁艳 杨烨 等 《中国药理学通报》 2023年39卷5期 961-969页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 目的 探索头花蓼(Polygonum capitatum,PC)治疗幽门螺杆菌相关性胃炎(Helicobacter Pylori associated gastritis,HAG)的作用机制.方法 运用数据库识别PC活性化合物的作用靶点及H...
【关键词】 头花蓼; 幽门螺杆菌相关性胃炎; 网络药理学;
【中文期刊】 韩玲 陈琴 等 《中国医药导报》 2023年20卷13期 13-17页 ISTICCA
【摘要】 目的 基于生物信息学分析miR-143调控Toll样受体2(TLR2)信号通路对溃疡性结肠炎(UC)的影响.方法 在GEO数据库中下载GSE75214、GSE53306、GSE48958基因数据集及miRNA数据集GSE68306进行分析....
【中文期刊】 朱翠雯 马甜甜 等 《分子诊断与治疗杂志》 2023年15卷4期 549-553页 ISTIC
【摘要】 目的 基于癌症基因图谱(TCGA)数据库,分析DEAD-BOX RNA解旋酶(DDX27)基因在肝细胞癌中的表达、临床意义以及分子信号通路.方法 通过TCGA数据库下载的肝细胞癌相关的表达数据和临床特征数据,运用R.4.0.3软件和Stra...
【中文期刊】 付佳音 莫非 等 《贵州医科大学学报》 2023年48卷3期 285-292页 ISTIC
【摘要】 目的 探讨胃癌(GC)组织中碳酸酐酶(CAⅨ)的临床意义及其分子机制.方法 采用基因表达谱动态数据分析(GEPIA2)数据库预测GC组织中CAⅨ基因的差异性表达,利用癌症数据分析(UALCAN)数据库分析CAⅨ表达与GC患者临床病理特征的关...
【中文期刊】 张迁 刘娟 等 《国际检验医学杂志》 2023年44卷6期 704-707页 ISTICCA
【摘要】 目的 探讨基于GEO数据库分析黄褐斑基因表达的差异性,并对差异表达基因调控的功能通路进行分析.方法 将2021年4月作为时间截点,基于GEO数据库筛选黄褐斑相关基因表达谱,选择"chloas-ma"为筛选条件,"human"为物种类型.使用...
【中文期刊】 李婉莹 贺磊 等 《山西医药杂志》 2023年52卷11期 866-870页 ISTICCA
【摘要】 目的 借助CiteSpace软件的合作网络共现和关键词聚类等多项功能对结肠炎与信号通路领域进行可视化分析,阐述当前发展现状并尝试预测未来发展趋势和前沿热点.方法 检索2000年1月至2022年9月中国知网、万方数据知识服务平台、维普网及We...
【中文期刊】 陈广芳 文昌晖 《西部中医药》 2023年36卷9期 25-34页 ISTIC
【摘要】 目的:通过基因表达数据库(GEO)芯片分析及分子对接方法探讨槲皮素对银屑病外周血中性粒细胞弹性蛋白酶(neutrophil elastase,NE)的分子机制.方法:从公共GEO下载GSE106087芯片数据,筛选差异靶点基因;收集中药系统...
【中文期刊】 付兴前 郭礼跃 等 《世界中医药》 2022年17卷5期 736-742页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的:基于数据挖掘和网络药理学探讨治疗肝肾亏虚型膝骨关节炎的用药规律及其作用机制.方法:通过检索国家知识基础设施数据库(CNKI)近10年治疗肝肾亏虚型膝骨关节炎的方剂,运用中医传承辅助平台建立数据库,利用该软件的熵聚类等算法,总结出治疗肝...
【中文期刊】 霍叶琳 王月 等 《南方医科大学学报》 2022年42卷2期 190-200页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 通过挖掘GEPIA数据库中的基因信息,分析T细胞免疫球蛋白黏蛋白分子3(TIM-3)基因在上皮性卵巢癌(EOC)中的表达及作用机制.方法 采用GEPIA数据库在线分析TIM-3基因在EOC组织和正常卵巢组织中的表达水平.收集2018年...
【中文期刊】 张艳 周庆兵 等 《世界中医药》 2022年17卷9期 1254-1258,1264页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的:探究调节DNA甲基化的中药活性成分和用药规律.方法:运用GeneCards数据库获取DNA甲基化相关基因靶点,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)查找靶基因相关的活性成分和中药,纳入条件为类药性≥0.18,口服生物利用度≥...
【中文期刊】 徐魁 李敏才 《中国老年学杂志》 2022年42卷8期 1971-1974页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的 基于2型糖尿病(T2DM)患者内皮细胞中基因芯片数据分析差异性表达基因、信号传导通路及蛋白质网络.方法 从基因表达数据库(GEO)下载GSE92724数据,数据预处理后,使用R软件分析T2DM与对照组中内皮细胞差异表达基因,运用基因富...
【中文期刊】 陈士林 罗赣 《世界中医药》 2022年17卷4期 489-493,498页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的:基于数据挖掘和网络药理学探究中医古方治疗冠心病的配伍规律及作用机制.方法:从国家人口与健康科学数据共享平台提供的中医古方数据集V1.0中筛选治疗冠心病的方剂,通过SPSS Statistics25.0、SPSS Modeler14.1...
【中文期刊】 韩夏夏 蒋扬 等 《上海交通大学学报(医学版)》 2022年42卷9期 1197-1207页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的·利用生物信息学方法研究系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)患者免疫细胞亚群的代谢通路活化水平.方法·从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载SL...
【中文期刊】 薛娜 肖莹 等 《中国免疫学杂志》 2022年38卷23期 2847-2851页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:利用多重生物信息分析挖掘和预测干燥综合征(SS)发病过程的核心基因及关键通路.方法:GEO数据库下载SS基因数据GSE97614,利用R语言中limma数据包进行均一化数据处理,GEO2R分析筛选差异表达基因(DEGs).多重生物信息...
【中文期刊】 金璐 《科技资讯》 2023年21卷4期 15-18页
【摘要】 数字通信相关技术以及计算机技术的快速发展极大地推动了高速数据传输的需求,PCIe Gen5信号速率已经达到32 Gb/s,在数据采集、雷达通信、遥感探测等领域,数据量的日益增大和数据处理的日益复杂化,使高速数据传输逐渐成为通信系统设计中的关...
【中文期刊】 李伟 《中国继续医学教育》 2023年15卷10期 170-173页
【摘要】 医学研究生教育的目标,是培养出具备较高临床诊疗水平和科研水平的医学生.然而,临床实践与科研实践往往难以兼顾,是目前医学研究生教育中面临的难题.肿瘤发生的原因,往往是由于基因的突变或表达异常.近年来,测序、芯片等高通量检测技术的普及,为肿瘤学...
【中文期刊】 梁宇堃 陈良全 等 《内蒙古医学杂志》 2023年55卷4期 385-390页
【摘要】 目的 运用癌症基因组图谱(TCGA)数据库,探究高迁移率族蛋白B1(high mobility group box 1,HMGB1)在结肠癌组织样本和正常组织样本中的表达情况,挖掘其与结肠癌临床特征的相关性.方法 运用生物信息学方法从TCG...
【中文期刊】 曾国生 罗美兰 等 《药品评价》 2023年20卷1期 32-37页 CA
【摘要】 目的 运用网络药理学探讨银屑胶囊治疗银屑病的作用机制.方法 通过文献挖掘、数据库检索获得银屑胶囊治疗银屑病的潜在作用靶点,构建蛋白互作网络(Protein–protein?interaction?network,PPI),筛选核心靶点,进行...
【中文期刊】 纪霞 郭海荣 等 《包头医学院学报》 2023年39卷7期 29-33页 CA
【摘要】 目的:采用数据挖掘方法探讨细胞周期蛋白B1(CCNB1)在宫颈癌中的表达、功能富集和信号通路及其与患者预后关系.方法:采用生物信息数据分析方法探讨相关肿瘤数据库中CCNB1 基因在宫颈癌组织及其癌旁组织中的表达;对CCNB1 基因进行生物学...
【中文期刊】 沈浮 邝高艳 等 《中国组织工程研究》 2021年25卷14期 2183-2191页 ISTICPKUCA
【摘要】 背景:类风湿关节炎的发病机制目前尚不完全明确,免疫失衡是类风湿关节炎发病的重要环节,而免疫浸润在类风湿关节炎中的相关调控机制的研究较少.目的:利用GEO基因芯片数据库,对类风湿关节炎基因探针芯片数据进行通路富集和免疫浸润分析,并对类风湿关节...
【关键词】 类风湿关节炎; 免疫浸润; GEO基因芯片数据库;
【中文期刊】 王鼎 林天烨 等 《中国组织工程研究》 2021年25卷32期 5148-5154页 ISTICPKUCA
【摘要】 背景:中医药物治疗股骨头坏死常作为辅助手段,然而其用药规律、组方原则及作用机制尚不清楚.目的:挖掘并分析广州中医药大学第一附属医院三骨科保髋病区治疗股骨头坏死的中药组方用药规律,并探讨潜在新方组合的作用机制.方法:收集2017年1月至201...
【中文期刊】 魏佳乐 刘鑫奕 等 《上海交通大学学报(医学版)》 2021年41卷10期 1277-1284页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 ·通过整合不孕症遗传因素大数据,挖掘突变规律及相关致病基因.方法 ·根据全球蛋白资源数据库(Universal Protein Resource,Uniprot)蛋白类别对搜集的人类不孕症致病基因进行分类,统计分析临床病例中每类基因的...
【中文期刊】 朱翠雯 柳家翠 等 《分子诊断与治疗杂志》 2022年14卷7期 1212-1216页 ISTIC
【摘要】 目的 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库,分析线粒体天冬氨酰-tRNA合成酶2(DARS2)基因在膀胱癌患者和正常组织中的表达差异,研究其与患者临床特征、预后相关性及参与膀胱癌的调节信号通路.方法 从TCGA数据库下载膀胱癌相关的表达资料...
【中文期刊】 王璐 饶颖 等 《浙江中医药大学学报》 2022年46卷9期 1043-1054页 ISTIC
【摘要】 [目的]以数据挖掘和网络药理学为基础,探讨中药治疗腹泻型肠易激综合征(irritable bowel syndrome with predominant diarrhea,IBS-D)的方证关系.[方法]收集中国知网(China Natio...
【中文期刊】 梁鹏晨 周紫艳 等 《江苏大学学报(医学版)》 2022年32卷1期 1-7,12页 ISTICCA
【摘要】 目的:应用L1000微干扰数据集筛选治疗骨质疏松症的化合物,通过多种生物信息学的方法评价及细胞学活性验证,旨在发现新的骨质疏松症治疗药物.方法:在GEO数据库中检索与骨质疏松症相关的数据,利用R语言的limma包对数据集进行基因表达量的差异...
【中文期刊】 赵冉 冯圣鋆 等 《山东医药》 2022年62卷21期 54-57页 ISTICCA
【摘要】 目的 基于TCGA数据库数据分析肺腺癌组织中扩展突触标记蛋白3(ESYT3)基因的表达变化和临床意义,并探讨其分子作用机制.方法 从TCGA数据库中下载肺腺癌患者的临床相关资料,观察肺腺癌组织和正常肺组织中ESYT3 RNA的表达量、ESY...
【关键词】 扩展突触标记蛋白3基因; 肺腺癌; TCGA数据库;
【中文期刊】 章爽 高桂平 等 《国际眼科杂志》 2022年22卷9期 1490-1495页 ISTICCA
【摘要】 生物信息学是一门对基因组学和蛋白质组学进行研究的新兴学科,是生物学、计算机科学、信息工程和统计学的综合交叉学科.在眼科生物基因研究中,角膜、晶状体、房水、玻璃体和视网膜因富含大量的生物信息,是理想的生物信息学研究对象.基因组学检测技术的高效...
【中文期刊】 高燕 李叶 等 《北京生物医学工程》 2022年41卷2期 118-124页 ISTIC
【摘要】 目的 膜性肾病是造成成年人肾病综合征的最常见因素之一,约1/3的患者会发展为终末期肾病.近年来,虽然与膜性肾病有关的自身抗原陆续被鉴定出来,但是对于其发病机制还是知之甚少.本研究依托GEO数据库的GSE108113数据集,从中提取膜性肾病患...
【中文期刊】 许杨 刘黎 等 《解放军医学院学报》 2022年43卷8期 880-886页 ISTICCA
【摘要】 背景 尿苷-胞苷激酶2(uridine-cytidine kinase 2,UCK2)在多种类型癌组织中过表达,其在肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)发生发展中的作用及其调控机制研究较少.目的 研究UCK2对LUAD...
【关键词】 尿苷-胞苷激酶2; 肺腺癌; 癌症基因组图谱数据库;
【中文期刊】 赵格 黎昌学 等 《口腔疾病防治》 2022年30卷1期 27-32页 ISTIC
【摘要】 目的 探索miR?135b?5p在口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)及癌旁组织中的表达及其临床意义,预测miR?135b?5p靶基因并进行相关生物信息学分析.方法 通过肿瘤与癌症基因图谱(t...
【关键词】 口腔鳞状细胞癌; 微小RNA; miR-135b-5p;
【中文期刊】 许丽娜 谢俊英 等 《癌症进展》 2022年20卷21期 2195-2197,2201页 ISTIC
【摘要】 目的 探讨建立肿瘤患者中心静脉通路数据库的必要性、可行性及临床价值.方法 建立肿瘤患者中心静脉通路数据库,分析4种中心静脉通路模式的临床应用.结果 数据库涵盖6个部分内容,共计47个条目.在16188例患者中共置入20667根导管的1003...
【中文期刊】 张纱纱 蒋刚 等 《肿瘤预防与治疗》 2022年35卷2期 134-141页 ISTIC
【摘要】 目的:筛选宫颈癌组织中差异表达的环状RNA(circular RNA,circRNA),并对其结合的微小RNA(microR-NA,miRNA)及靶向的信使RNA(messenger RNA,mRNA)进行生物信息学分析.方法:从GEO数据...
【中文期刊】 韦玲 闻明 《中国免疫学杂志》 2020年36卷21期 2582-2586页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探究Toll样受体4(TLR4)基因对苯肾上腺素(PE)诱导的心肌细胞肥大的影响及其作用机制.方法:选择GEO数据库中人及小鼠心肌肥厚组织的测序数据,借助R软件进行分析,筛选出目的基因TLR4;使用PE处理原代心肌细胞,检测细胞中TL...
【中文期刊】 罗旋 王薇 等 《陕西中医药大学学报》 2022年45卷6期 28-33页
【摘要】 连翘为中医临床中常用的药物,具有多种药理作用且疗效明确.近年来研究发现连翘在抗病毒方面具有较好的活性,其所含有的木脂素类成分活性较强,能够抑制多种病毒的感染.现利用CNKI、PubMed等数据库,对连翘的抗流感病毒、抗冠状病毒、抗疱疹病毒以...
【中文期刊】 唐励静 申利贤 等 《糖尿病新世界》 2022年25卷17期 38-43页
【摘要】 目的 探究健脾清化方治疗2型糖尿病的潜在活性成分和作用机制.方法 采用TCMSP数据库检索健脾清化方中党参、黄芪、山药、葛根、黄芩、黄连、黄精、鬼箭羽所含有的化学成分及作用靶点,Uniprot database用于对靶点基因的校正,Cyto...
【中文期刊】 邱淑娟 《中国处方药》 2022年20卷6期 1-3页
【摘要】 目的 探讨帕金森病相关基因表达、功能富集和信号通路.方法 首先检索基因表达谱数据库(GEO)中关于帕金森病相关基因芯片数据,应用GEO数据库在线分析软件GEO2R分析帕金森病患者(尸体)脑组织黑质和对照组脑组织(尸体)黑质中差异表达基因.S...
【中文期刊】 陈玉升 郭杨 等 《中华医学杂志》 2019年99卷29期 2311-2314页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 采用生物信息分析技术探讨胶质瘤(Glioma)差异表达基因筛选、功能富集和相关信号通路.方法 在基因表达谱数据库(GEO)中选取胶质瘤中相关基因表达谱芯片数据,采用R软件lima包筛选胶质瘤患者肿瘤组织和正常脑组织中差异表达基因.对筛...