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【中文期刊】 万晓耕 《生物信息学》 2021年19卷1期 35-46页ISTIC
【摘要】 蛋白质的序列、结构和功能多种多样.大量研究表明蛋白质的结构与其氨基酸序列的排序有关,并且局部的氨基酸序列环境对蛋白质的结构具有一定的影响.本文提出一种新的基于5-mer氨基酸扭转角统计偏好的蛋白质结构类型预测方法,在该方法通过PDB数据库中...
- 概要：
- 方法：
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【中文期刊】 郑斌 厉力华 《中国生物医学工程学报》 2013年32卷5期 580-587页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 蛋白质序列特征表示和机器学习算法是影响蛋白质结构类预测效果好坏的两个重要方面.本研究基于k-字统计频率和k-片段位置分布两种特征提取方法,将分别提取到的氨基酸序列信息和物理化学性质信息同蛋白质二级结构信息进行融合,建立17维和57维的特征信...
【关键词】 蛋白质结构类预测；特征信息集；Ma-Ada多分类器融合；
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【中文期刊】 林建春 《生物学通报》 2019年54卷12期 27-29页ISTICCA
【摘要】 NCBI数据库为生物学科研及教学工作人员提供了多种生物学数据库检索服务.介绍 NCBI数据库在高中生物学教学中的应用,可通过种属数据库查询生物分类地位、通过核酸数据库查询生物间亲缘关系,以及通过蛋白质信息数据库查询了解蛋白质结构等,列举了 ...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 李楠 李春 《生物信息学》 2012年10卷4期 238-240页ISTIC
【摘要】 基于氨基酸的16种分类模型,给出蛋白质序列的派生序列,进而结合加权拟熵和LZ复杂度构造出34维特征向量来表示蛋白质序列.借助于贝叶斯分类器对同源性不超过25％的640数据集进行蛋白质结构类预测,准确度达到71.28％.
- 概要：
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【中文期刊】 张天驰 张菁 《生物信息学》 2011年09卷2期 142-145页ISTIC
【摘要】 蛋白质折叠过程模拟是当前蛋白质研究领域的一个难点问题.针对这一问题,提出了一个描述蛋白质折叠过程的算法一拟蛇算法,并且从分子振荡和分子动力学理论两个方面来证明该算法的核心函数是可行和正确的.经过实验总结出所有蛋白质空间结构都可以通过两种类型...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 梅娟 何胜 等 《食品与生物技术学报》 2010年29卷1期 123-127页
【摘要】 蛋白质的远同源性探测是结构基因组学和功能基因组学的主要研究任务之一.一些具有一定相似结构和功能、但序列相似性却较低的蛋白质组成蛋白质超家族,则远同源性探测问题等价于对蛋白质超家族的识别问题.作者提出了一种基于模块性的聚类算法ModuleFi...
- 概要：
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【中文期刊】 秦永芳 李登弟 等 《细胞生物学杂志》 2009年31卷4期 514-520页MEDLINEISTICCSCDCA
【摘要】 同源异型-亮氨酸拉链(HD-Zip)蛋白是属于同源异型盒蛋白家族中为植物所特有的一类转录因子,它包含一个高度保守的同源异型结构域(HD),HD羧基末端紧密连接着一个亮氨酸拉链(LZ)结构域.通过LZ结构域的相互作用,HD-Zip蛋白以二聚体...
【关键词】 HD-Zip转录因子；蛋白质结构；分类；
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- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：于晓丽 导师：韩榕生 华北电力大学(北京) 华北电力大学 物理学 理学;理论物理（硕士） 2011年
【摘要】
生物信息学是一门新兴的采用计算机技术和信息技术研究生命科学中各种生物信息的表达，采集，存储，检索和分析的交叉学科，它是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学、化学等学科的相互渗透而又高度交叉形成的一门新兴学科。
...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 施建宇 潘泉 等 《生物化学与生物物理进展》 2006年33卷2期 155-162页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 在不依赖于序列相似性的条件下,蛋白质折叠子识别是一种分析蛋白质结构的重要方法.提出了一种三层支持向量机融合网络,从蛋白质的氨基酸序列出发,对27类折叠子进行识别.融合网络使用支持向量机作为成员分类器,采用"多对多"的多类分类策略,将折叠子的...
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【中文期刊】 李晓琴 罗辽复 《生物化学与生物物理进展》 2002年29卷6期 938-941页SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 给出了α型、β型、α/β型、多域型蛋白质二级结构主序列六联体的分布规律.提出了根据蛋白质二级结构主序列对蛋白质结构型进行识别(分类)的方法.以蛋白质二级结构主序列三联体为参数,利用Mahalanobis距离方法对上述4种结构型的蛋白质进行识...
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【学位论文】 作者：白雪 导师：杨洁 大连理工大学 数学 计算数学（硕士） 2017年
【摘要】
在过去的几年时间里，人工智能在生命科学和医学等各个领域都发挥着无可替代的重要作用。起初最主要应用在序列分析中，这个方面时至今日也仍有很多重要问题亟待解决。
随着DNA测序技术的发展，新兴的技术使得DNA和蛋白质的线性序列数据呈几何...
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【学位论文】 作者：曹佳佳 导师：代琦 浙江理工大学 生物学 生物学（硕士） 2015年
【摘要】 随着测序技术的发展，蛋白质序列数据库呈指数增长，而与之对应的蛋白质结构与功能数据库的增速却不成比例。尽管我们可以通过实验方法来确定蛋白质的结构和功能，但该方法费时费力，无法满足日益增长的蛋白质序列数据的要求。因此，我们亟需探索理论计算方法来...
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【学位论文】 作者：陈伟程 导师：邹权 厦门大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2014年
【摘要】 随着大量生物学数据的增长，仅仅利用传统的生物学实验来测定蛋白质结构或其他性质的方法不仅需要耗费大量人力物力，其时间的耗费也是相当大。因此，如何建立自动学习的方法来预测蛋白质，从而大大降低生物实验的成本是一个非常有意义的研究课题。另一方面，随...
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【学位论文】 作者：郑斌 导师：厉力华 杭州电子科技大学 控制科学与工程 控制工程（硕士） 2013年
【摘要】 随着人类基因组计划的完成以及生物测序技术的发展,大量的蛋白质序列信息数据不断涌现出来。然而人们对蛋白质高级结构和功能的认识还不够,远远落后于对蛋白质序列的认识。同时通过传统的生物实验方法已经无法满足海量数据的处理需求,因此非常有必要探讨借助...
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【中文期刊】 康勍 胡健 等 《中国药科大学学报》 2009年40卷2期 190-192页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:建立蛋白质多重序列的质量评估法.方法:假定在多重序列比对中的一条序列是未知的,以其他序列作为模板,通过将模板蛋白质的三维结构作为未知蛋白质的预测模型,进而比较预测与实际结构的相似性,将它们的平均值作为多重序列比对的质量.结果:通过SC...
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【中文期刊】 张同亮 丁永生 《生物医学工程学杂志》 2008年25卷4期 921-924页MEDLINEISTICPKUCA
【摘要】 提出了一种基于二叉树支持向量机(BT-SVM)的蛋白质结构类多类预测新方法.采用26维的向量来表示蛋白质序列的特征.BT-SVM多类分类方法能消除SVM在多分类问题中存在的不可分数据问题.采用两个经典数据集作为测试数据,通过自身一致性和n折...
- 概要：
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【中文期刊】 许文龙 李骜 等 《中国生物医学工程学报》 2007年26卷1期 1-5页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 介绍了一种从蛋白质序列预测残基相对可溶性的新方法.该方法基于支持向量回归,并将序列局部信息作为输入.不同于先前的大部分预测方法仅对特定的蛋白残基相对可溶性进行状态分类,该方法预测了相对可溶性的连续值,从而比状态分类保留了蛋白质三维结构的更多...
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【中文期刊】 王健 赵金红 《现代预防医学》 2006年33卷2期 165-167,171页ISTICPKUCA
【摘要】 <篇首> 趋化因子(chemokine)受体为7次跨膜G蛋白偶联受体,主要表达于中性粒细胞、巨噬细胞等炎症细胞表面,亦可表达于上皮细胞、平滑肌细胞和成纤维细胞等结构细胞.趋化因子受体与趋化因子相互作用并非1:1对应,通常一种趋化因子受体能与多个...
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【学位论文】 作者：朱蕾 导师：林魁 北京师范大学 生态学 生态学（博士） 2008年
【摘要】 蛋白质的相似性比对方法通常被用于蛋白质的比较和分类，以此注释和理解功能未知的蛋白质。然而自然界中大量的多结构域蛋白质往往降低了这些传统比较方法的有效性，因为由于某些广泛存在的结构域，在比对过程中经常将许多非同源关系的蛋白质连接起来或者产生信...
- 概要：
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【学位论文】 作者：公国玺 导师：周春光 吉林大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2008年
【摘要】 结构域(domain),可以看作是蛋白质结构、折叠、功能、进化和设计的基本单位.大多数的蛋白质都可划分为若干个结构域,结构域的不同组合也使得蛋白质具有不同的三级结构并且具有不同的功能.因此蛋白质结构域边界检测问题在实验和计算结构生物领域都具...
- 概要：
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【学位论文】 作者：张同亮 导师：丁永生 东华大学 控制科学与工程 控制理论与控制工程（博士） 2008年
【摘要】 蛋白质是生命体赖以生存的营养要素，是细胞组织的重要组成部分。几乎所有的生物过程都与蛋白质发生某种联系。根据蛋白质序列的排列顺序和序列信息确定蛋白质的功能成为生物学研究重点。目前蛋白质序列数量的激增，急需要开发快速、准确地计算工具预测蛋白质的...
- 概要：
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【学位论文】 作者：蒋宏民 导师：陈家骏 南京大学 计算机科学与技术 计算机应用技术（硕士） 2004年
【摘要】 蛋白质的研究是生命科学研究的基础和重大核心问题之一。对于蛋白质结构的研究，一直是热门的课题。研究蛋白质的功能要深入了解它们的结构，特别是空间结构，因为结构决定功能。生命的功能和它的结构，二者是统一的。有什么样的结构必定有什么样的功能，反之亦...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：王海瑜 导师：潘泉 西北工业大学 系统科学 系统工程（硕士） 2004年
【摘要】 随着人类基因组计划的顺利进展,越来越多的蛋白质序列被测定出来,利用理论计算方法来研究蛋白质的结构和功能从而指导实验是一项非常有意义的工作.该文从蛋白质的一级序列出发使用多分类器组合的一些算法对蛋白质结构进行分类研究,论文主要工作如下:1、首...
- 概要：
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【学位论文】 作者：蒋明 导师：刘长林 华中科技大学 化学 无机化学（硕士） 2003年
【摘要】 金属离子是金属蛋白重要的辅助因子,极大的影响着蛋白质的空间结构.脱去金属辅基可引起金属蛋白二级结构、三级结构、氨基酸侧链和四级结构不同程度的改变.配位作用的强弱及肽链中的弱相互作用网络是导致肽链变构的主要因素,我们在研究中发现柔性的α螺旋具...
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【学位论文】 作者：李菁 导师：相秉仁 中国药科大学 药学 药物分析（硕士） 2003年
【摘要】 在该论文中,采用了同源建模的方式对蛋白质分子的结构进行预测.论文工作共分为四个部分.第一部分是采用动态规划的策略进行蛋白质分子之间的序列对比,从而分析蛋白质之间的相似性,把相似性大于30﹪的蛋白质称为同源蛋白质.第二部分是分别采用改进的Ch...
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【中文期刊】 宗立平 李晓琴 《生命科学研究》 2016年20卷5期 381-388页ISTICCA
【摘要】 蛋白质折叠类型识别是蛋白质结构研究的重要内容,折叠类型分类是折叠识别的基础.通过对AS-TRAL-1.65数据库α类蛋白质所属折叠类型进行系统研究,建立蛋白质折叠类型模板数据库,提取反映折叠类型拓扑结构的模板特征参数,根据模板特征参数和TM...
- 概要：
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【中文期刊】 陈治伟 李晓琴 《生物信息学》 2012年10卷1期 31-36页ISTIC
【摘要】 重建生物进化树一直以来都是进化生物学家的梦想.大量物种全基因组的测序使得我们可以从全基因组水平上构建进化树,来研究各个物种之间的进化关系.本文采用2种统计方法和3种距离计算方法,在全基因组水平上建立基于蛋白质结构的进化树.选取93个物种的全...
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【中文期刊】 郭海娟 吕强 等 《生物信息学》 2010年08卷4期 287-290页ISTIC
【摘要】 蛋白质折叠模式识别是一种分析蛋白质结构的重要方法.以序列相似性较低的蛋白质为训练集,提取蛋白质序列信息频数及疏水性等信息作为折叠类型特征,从SCOP数据库中已分类蛋白质构建1 393种折叠模式的数据集,采用SVM预测蛋白质1 393种折叠模...
- 概要：
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- 结论：
【中文期刊】 李晓琴 仁文科 等 《生物信息学》 2010年08卷3期 245-247,253页ISTIC
【摘要】 蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题,折叠分类是蛋白质折叠研究的基础.目前的蛋白质折叠类型分类基本上靠专家完成,不同的库分类并不相同,迫切需要一个建立在统一原理基础上的蛋白质折叠类型数据库.本文以ASTRAL-1.65数据库中序列同源性...
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【中文期刊】 郭雨珍 冯恩民 《生物信息学》 2007年5卷4期 182-184页ISTIC
【摘要】 本文综述了近年来蛋白质结构的确定、预测、比较、分类和功能五个问题的研究概况,并分析了解决每个问题的方法,最后指出蛋白质结构研究的发展前景.
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- 结论：
【中文期刊】 叶协杰 娄长春 《医学情报工作》 2004年25卷6期 428-430页ISTICCA
【摘要】 Entrez是美国生物医学技术信息中心创建的一个集成化数据库检索系统,可检索相互连接的几个数据库信息,它整合了科学文献,DNA和蛋白质序列数据,3-D蛋白质结构和蛋白质功能区数据,种群研究数据集,基因表达数据,完整的基因组数据以及分类学数据...
【关键词】 生物医学数据库；Entrez检索系统；医学信息；
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【中文期刊】 闫化军 章毅 《生物信息学》 2004年2卷4期 19-24,41页ISTIC
【摘要】 运用加入竞争层的BP网络,研究了基于蛋白质二级结构内容的域结构类预测问题.在BP网络中嵌入一竞争,层显著提高了网络预测性能.仅使用了一个小的训练集和简单的网络结构,获得了很高的预测精度:自支持精度97.62%,jack-knife测试精度9...
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【中文期刊】 邓静 吴华昌 等 《生物技术》 2003年13卷4期 47-48页ISTICCA
【摘要】 木瓜凝乳蛋白酶是木瓜蛋白酶家族中的一种特殊的蛋白酶,具有较高的热稳定性和pH稳定性.该文对木瓜凝乳蛋白酶的分类、鉴别、特性及其主要结构进行了概述.
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【中文期刊】 王玺年 陈金萍 《畜牧兽医杂志》 2015年34卷5期 22-25,28页
【摘要】 采用生物信息学相关分析软件和比较基因组学方法,对山羊Pit-1基因序列和氨基酸序列进行理化性质、磷酸化、卷曲螺旋和结构特征以及功能分类等进行预测.结果表明:山羊Pit-1蛋白含有磷酸化位点、跨膜结构域和卷曲螺旋结构,α-螺旋和无规则卷曲是其...
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- 结论：
【中文期刊】 徐炳政 张东杰 等 《中国食品添加剂》 2014年5期 171-175页
【摘要】 近年来,全球范围内重金属污染日益严重,大量重金属元素进入人体并产生蓄积,严重威胁到人类健康,因此寻找安全、高效的重金属解毒天然产物引起国内外学者越来越多的重视.金属硫蛋白是一种低分子量、富含半胱氨酸的胞内蛋白质,根据不同的蛋白质结构可将金属...
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【中文期刊】 施建宇 雷朝霞 等 《计算机工程与应用》 2011年47卷20期 151-154页
【摘要】 蛋白质三维空间结构固有的复杂性给其结构分类带来了较大的困难.将蛋白质空间结构映射成为二维距离矩阵,并进一步视作灰度纹理图像,使用拉冬变换分析了该图像的纹理方向特性,基于灰度共生矩阵和Radon投影矩阵提出了一种低维的蛋白质结构特征提取方法....
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【中文期刊】 肖绚 肖纯材 等 《计算机应用研究》 2010年27卷10期 3698-3700页
【摘要】 蛋白质二级结构预测在蛋白质结构预测中具有很重要的作用.基于伪氨基酸成分表示蛋白质的方法,能提高蛋白质结构和功能预测的成功率,利用蛋白质距离矩阵灰度图,基于几何矩提出了一种伪氨基酸构造方法,结合氨基酸的成分对蛋白质二级结构类型进行预测,通过国...
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【中文期刊】 张乐颖 王加启 等 《中国畜牧兽医》 2008年35卷11期 40-43页
【摘要】 水通道蛋白是专门运输水的跨膜蛋白,其基因结构、基因表达调控、染色体定位、蛋白质结构、组织分布和生理功能得到了较为深入的研究.作者从水通道蛋白的发现,水通道蛋白的分子结构、分类、分布和生理功能及水通道蛋白的研究展望作一综述.
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【中文期刊】 史小红 《生物数学学报》 2010年25卷2期 337-342页ISTIC
【摘要】 提出了基于图论模型的H系数分类蛋白质结构为H结型和NH结型的方法.论述了蛋白质结构中序列不相邻的Cα原子之间的空间距离与序列相邻的Cα原子之间空间距离的关系.用此方法对PDB的66个单链蛋白质结构进行分类,结果显示H结型占18.2%.H结在...
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【中文期刊】 蔡禄 裴智勇 等 《生物物理学报》 2009年25卷1期 65-71页MEDLINEISTICCA
【摘要】 蛋白质-蛋白质相互作用是蛋白质发挥其功能的重要途径之一.作者基于相互作用蛋白质数据库、基因本体数据库和蛋白质结构分类数据库(structural clflssification of proteiins,SCOP),结合SWISS-PROT...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 施建宇 张艳宁 《生物物理学报》 2009年25卷2期 106-116页MEDLINEISTICCA
【摘要】 蛋白质结构自动分类是探索蛋白质结构-功能关系的一种重要研究手段.首先将蛋白质折叠子三维空间结构映射成为二维距离矩阵,并将距离矩阵视作灰度图像.然后基于灰度直方图和灰度共生矩阵提出了一种计算简单的折叠子结构特征提取方法,得到了低维且能够反映折...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 周元林 丁美萍 《中国医师进修杂志》 2008年31卷3期 67-69页ISTIC
【摘要】 <篇首> 基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMPs)是一组Zn2+依赖性蛋白酶,现已发现20多种,根据蛋白质结构可分为五大类,即基质溶解酶、胶原酶、明胶酶、膜型酶和其他不能分类的基质酶,其主要功能是降解和重塑细...
- 概要：
- 方法：
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【学位论文】 作者：孙素平 导师：史小红 冯孝周 西安工业大学 光学工程 光学（硕士） 2018年
【摘要】 蛋白质分类问题是蛋白质科学研究中的一个重要部分，近年来引起了广大学者地关注。为了全面揭示蛋白质的组成结构以及相关功能，对蛋白质分类问题的研究就成为了很重要的研究课题，并且蛋白质分类问题在生物物理学的理论研究和实践研究方面均具有极其重要作用。...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：王栋 导师：孙济洲 天津大学 计算机科学与技术 计算机科学与技术;计算机应用技术（博士） 2010年
【摘要】 本论文的主要研究对象是生物信息学中的蛋白质序列分类问题。利用计算的方法,从蛋白质的一级序列决定了其三维结构的角度出发,针对氨基酸序列建立数学模型进行蛋白质结构分类,并引入并行计算的思想提高分类器性能。用并行计算方法进行蛋白质序列的结构分类减...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【学位论文】 作者：冯杰 导师：王天明 大连理工大学 数学 应用数学（博士） 2008年
【摘要】 随着人类和一些模式生物基因组计划的相继完成和全面实施，产生了大量的生物序列数据。对这些数据的保存、处理、分析和研究推动了分子生物学、数学以及计算机科学的结合，由此发展起来的计算分子生物学也逐渐成为自然科学中异常活跃的一个研究领域。计算分子生...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【会议论文】刘晓辉 第十次中国生物物理学术大会 2006年
【摘要】 蛋白质结构分类和研究是后基因组时代的一项重要任务,也是探索蛋白质折叠、功能关系的有效方法.创立一种新型的分类体系就意味着对复杂的蛋白质结构有了进一步的理解.蛋白质结构分类可以包括不同层次,如折叠类型、拓扑结构、家族、超家族、结构域等.已经上...
- 概要：
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