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【中文期刊】 孙雨楠 叶川 等 《生理科学进展》 2025年56卷3期 202-209页ISTICPKUCA
【摘要】 蛋白质是生命活动的物质基础.蛋白质的功能取决于其空间结构,因此解析蛋白质的空间结构对于理解其功能至关重要.人工智能(artificial intelligence,AI)模型的利用极大地推进了蛋白质空间结构预测算法的开发,AlphaFold...
【关键词】 蛋白质结构预测；AlphaFold2；蛋白质语言模型；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 高正 高向东 等 《中国药科大学学报》 2025年56卷3期 368-375页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为解决抗原肽与特定MHC-II类分子的结合亲和力预测模型性能较低,无法满足临床需求的现状,提出一种基于深度学习的MHC-II类分子与多肽亲和力的预测模型T5MHCII.该模型通过迁移学习的方法,利用蛋白质语言模型ProtT5已学习到的知识对...
【关键词】 主要组织相容性复合体；亲和力预测；深度学习；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 李明辰 钟博子韬 等 《合成生物学》 2025年6卷3期 636-650页
【摘要】 2025年年初,杭州深度求索人工智能基础技术研究有限公司发布并开源了其自主研发的DeepSeek-R1对话大模型.该模型具备极低的推理成本和出色的思维链推理能力,在多种任务上能够媲美甚至超越闭源的GPT-4o和o1模型,引发了国际社会的高度...
【关键词】 大语言模型；AI蛋白质；深度自注意力变换网络；
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张锦雄 孟雪莉 等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷8期 1303-1320页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 在蛋白质设计领域,人工智能技术的应用已经催生了一些大模型.蛋白质的计算设计是指利用计算机技术辅助确定蛋白质的氨基酸序列,实现预设的结构和功能的过程.基于计算的蛋白质设计可进行改造设计或从头设计.特定功能的蛋白质快速生成,对生物医学研究、药物...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 任鹏 段乐乐 《软件》 2024年45卷4期 24-28页
【摘要】 在新药研发中,药物与靶标的结合亲和力是一个关键指标,对于它的准确预测对加速药物筛选至关重要.近年来,随着深度学习技术的应用,药物与靶标的结合亲和力预测取得了显著进步,受到了广泛关注.然而,现有方法大多忽略药物的结构信息,且缺乏学习蛋白质的序...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 罗江毅 姚音 《河南科学》 2023年41卷8期 1093-1101页
【摘要】 依赖于临床标签的氨基酸致病突变预测方法通常由于标签存在跨基因的偏差、稀疏噪声等因素,出现性能膨胀的情况.为解决此问题,创新地在不需要标签的情况下,利用预训练蛋白质语言模型计算ClinVar数据库中突变位点的氨基酸概率分布,并基于此分布构造突...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 张良 谈攀 等 《生物工程学报》 2025年41卷3期 934-948页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 蛋白质突变效应预测是生物信息学和蛋白质工程领域的一个关键挑战.近年来,深度学习,特别是蛋白质语言模型的发展为该领域带来了新的机遇.本文综述了蛋白质语言模型在蛋白质突变效应预测中的应用,重点讨论了 3类主要模型:基于序列的模型、基于结构的模型...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 刘奕彤 陈文欣 等 《生物工程学报》 2025年41卷8期 3252-3261页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 癌症是严重的全球健康问题,是导致人类死亡的重要原因之一.传统的癌症治疗往往有损害重要器官功能的风险.抗癌肽(anticancer peptides,ACPs)因其体积小、特异性高和毒性低被认为是对抗人类常见癌症最有前景的治疗剂之一.但抗癌肽...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【中文期刊】 徐小放 杨春德 等 《生物工程学报》 2023年39卷4期 1815-1824页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 抗菌肽(antimicrobial peptides,AMPs)广泛存在于生命体中,是一种具有广谱抗菌活性、免疫调节功能的小分子多肽.抗菌肽不易产生耐药性,适用范围广,具有极大的临床价值,是传统抗生素的有力竞争者.识别抗菌肽是抗菌肽研究领域...
- 概要：
- 方法：
- 结论：
【外文期刊】 Frickey T ; Lupas A ; 《Bioinformatics》 2004年20卷18期 3702-3704页SCISCIEMEDLINE
【关键词】 Models;Molecular;Programming Languages;
- 概要：
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【学位论文】 作者：李哲 导师：胡俊 浙江工业大学 控制科学与工程 控制科学与工程（硕士） 2024年
【摘要】 蛋白质与蛋白质的相互作用是普遍存在的，准确识别蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)对于理解蛋白质功能机制和促进药物开发具有重要意义。生物湿实验方法虽然在确定PPI方面极其精确，但由于时间消耗大、成本高昂以及对实验环境的严格要求，它无法满足对海量...
【关键词】 蛋白质与蛋白质相互作用 ； 预测方法 ；
- 概要：
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【学位论文】 作者：瞿洋 导师：郑建萍 温州医科大学 其他 电子信息（硕士） 2024年
【摘要】 基因测序是目前广泛应用于生物医学领域的一项关键生物学技术，在揭示生命的奥秘和促进医学研究方面发挥着重要的作用。它的发展为科学家提供了更多了解遗传信息和疾病机制的机会。而Phi29DNA聚合酶在基因测序中扮演着举足轻重的角色，其高度的特异性和...
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【学位论文】 作者：李沅峰 导师：王健 吉林大学 生物学 农业生物环境与能源工程（硕士） 2024年
【摘要】 在生物医药领域中，使用传统实验验证的方法设计和测试新药物工程复杂，需要投入大量的时间和人力，且具有实验操作等干扰因素。为了提高药物研发效率，减少成本，我们主要利用数据分析方法进行药物虚拟筛选，并对合格的药物做进一步的性能优化，设计出既能保证...
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【学位论文】 作者：赵建权 导师：卜东波 郑州大学 计算机科学与技术 计算机科学与技术（硕士） 2024年
【摘要】
蛋白质是生物体的基本组成部分，是以氨基酸为基本单元脱水缩合而形成的一条或者多条肽链，在催化反应、免疫反应和信息传递等生物过程中有重要作用。抗体是由浆细胞产生的特殊蛋白质，是免疫系统在应对抗原时的产物。
蛋白质序列设计研究的是如何设...
- 概要：
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【学位论文】 作者：夏德菲 导师：杨润涛 山东大学 其他 电子信息（硕士） 2023年
【摘要】 长非编码核糖核酸(Longnon-codingRibonucleicAcids,LncRNAs)不编码蛋白质,其长度超过200个核苷酸且相对分子量较大。LncRNA与蛋白质结合影响染色体结构和基因转录，参与信号转导、染色体复制、物质转运、有...
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【学位论文】 作者：汪乾梁 导师：张贵军 浙江工业大学 其他 电子信息（硕士） 2023年
【摘要】 结构域是蛋白质在进化、折叠和功能上的最小独立单元。蛋白质结构域信息对于实验解析和计算方法获取蛋白质三维结构都具有重要意义。从实验解析蛋白质结构来说，结构域的缺失可以降低蛋白质的灵活性，从而提高蛋白质的溶解度，因此如果能够确定结构域的话，更容...
- 概要：
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【学位论文】 作者：李美扬 导师：魏小梅 华中农业大学 药学 生物与医药（硕士） 2022年
【摘要】 大量的化合物-蛋白质互作（Chemical-proteininteraction,CPI）关系隐藏在生物医学文献中，这些生物实体之间的关系对药物发现、临床医学和结构化生物医学数据库的构建起到重要作用。然而手工提取CPI既昂贵又费时，因此应用...
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【中文期刊】 朱文珍 吕文志 等 《放射学实践》 2025年40卷1期 5-8页ISTICPKUCSCD
【摘要】 人工智能大模型在医疗领域展现出广泛应用前景,尤其是在精准诊疗、药物研发和医学教育方面取得显著进展.在精准诊疗中,大模型通过自然语言处理和计算机视觉技术辅助病历管理、影像分析和病理诊断,显著提高效率与准确性,同时减少医生负担.在药物研发中,大...
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【中文期刊】 郭金龙 许鑫 等 《中国新药杂志》 2025年34卷13期 1384-1390页ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 大语言模型(large language models,LLM)在不同学科的科学发现中得到了越来越多的重视,对药物研发领域也产生了深远的影响.与药物研发相关的LLM类型广泛,包括通用LLM、蛋白质LLM、分子LLM等.LLM在靶点发现与识别...
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【学位论文】 作者：张微 导师：郭菲 王丹 天津大学 计算机科学与技术 计算机技术（硕士） 2021年
【摘要】 蛋白质通过相互作用，来发挥相应的活性和生物学功能，从而维持生命体中细胞的功能秩序。相互作用位点在三维空间中的结构信息构成了蛋白质间相互作用界面。由于相互作用后形成的复合物结构决定了它们的功能，所以只有确定并了解相互作用界面的结构信息，才能在...
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【学位论文】 作者：俞欢 导师：钱敏平 北京大学 数学 概率论与数理统计（博士） 2007年
【摘要】 在后基因组时代，对于蛋白质功能位点和相互作用位点的预测是一个重要的研究课题。这些位点的识别对于认识蛋白质功能机制有着重大的意义。 我们设计并实现了基于分层随机语言模型的算法，从序列数据出发对激酶这种特殊的蛋白质的功能位点进行预测。...
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【中文期刊】 孟人杰 罗楠 等 《军事医学》 2024年48卷3期 213-218页ISTICCSCDCA
【摘要】 目的 利用深度学习方法,鉴别基因组相似度很高的大肠杆菌和志贺菌,为临床诊断和疫情防控提供参考依据.方法 提出一种迁移学习大规模预训练蛋白质语言模型的卷积神经网络(CNN),用于细菌类型鉴别,该方法可在属水平上实现对细菌类型的快速准确鉴别.为...
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【中文期刊】 王攀 陈心浩 等 《生物医学工程学杂志》 2007年24卷5期 1023-1026页MEDLINEISTICPKUCA
【摘要】 神经分子生物学的深入研究,生成了海量数据,神经系统相关蛋白及基因的数据搜集和整理势在必行.以NCBI和RCSB维护的一级数据库作为核酸序列、蛋白质序列和蛋白质结构信息来源,设计新的数据模型,建立本地二级数据库.该数据库基于Sun Blade...
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【中文期刊】 于冬梅 翟凤英 等 《卫生研究》 2006年35卷6期 759-761页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 估计和预测居民合理营养所需的最低食物支出.方法 使用线性规划模型估计和预测的目标人群是18～49岁不同体力活动水平的男、女成年人,研究使用的软件工具为GAMS语言程序.结果 目标人群达到13种主要营养素或者仅达到能量、脂肪、蛋白质低限...
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【中文期刊】 聂红 张慧 等 《中国临床康复》 2005年9卷26期 268-269页ISTICPKUCA
【摘要】 目的:回顾近年来镇痛药的研究进展,从其最新的研究手段和方法、对中枢性致敏现象的药物及镇痛模型几方面进行概述.资料来源:应用计算机检索NCBI数据库1996-01/2001-01的文章,检索词"analgesic,analgetic,pain...
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【中文期刊】 张娟娟 张春莲 等 《安徽医药》 2019年23卷8期 1600-1603页ISTICCA
【摘要】 目的 构建预测上皮性卵巢癌(EOC)预后的列线图模型,验证其应用价值.方法 对2009年1月至2012年1月十堰市太和医院152例经手术病理确诊的初治EOC病人进行术后持续随访.检测其病理标本中CD133、Snail、E-cadherin蛋...
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【中文期刊】 王英 张锡林 《国外医学（寄生虫病分册）》 2002年29卷3期 114-116页ISTICCA
【摘要】 <篇首> 许多寄生虫基因组计划已经启动并正在执行中,需对大量有关核苷酸序列的数据进行分析.当前急需一种理论性工具来进行基因组数据的分析,包括蛋白质编码序列的鉴定,为此已建立了多种计算方法.常用的基因鉴定法有序列相似性研究、基因标记(GeneMa...
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【中文期刊】 黄蓉 张鹤渐 等 《生物工程学报》 2024年40卷12期 4670-4681页MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 酶的结构和活性受环境pH值的影响.了解酶对极端pH值的适应机制并进行区分,对于阐明酶的分子机制和工业应用具有重要意义.本研究利用ESM-2 蛋白质语言模型对最适pH值大于等于 9 和/或小于等于 5 的微生物的分泌蛋白进行编码,分别获得了 ...
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