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【中文期刊】 秦立峰 王加强 等 《中国组织工程研究》 2025年29卷19期 4069-4075页 ISTICPKUCA
【摘要】 背景:颗粒细胞的状态很大程度上影响卵母细胞的质量.随着高龄女性在辅助生殖中占比不断增多,为了能更好地评估卵母细胞的质量,此研究在转录水平对不同年龄段患者来源的颗粒细胞进行了检测.目的:探究低龄和高龄患者颗粒细胞mRNA及长链非编码RNA表达...
【中文期刊】 须凌峰 张月姣 等 《实用口腔医学杂志》 2024年40卷1期 36-42页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探讨下颌髁突软骨祖细胞对流体剪切力的反应.方法:对体外培养的软骨祖细胞施以可致细胞退变的流体剪切力刺激,然后做第二代高通量RNA测序.使用DESeq2软件筛选差异基因,做基因本体(GO)功能富集分析、京都基因和基因百科全书(KEGG)...
【中文期刊】 杜明阳 马健芝 等 《植物遗传资源学报》 2024年25卷10期 1781-1792页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 甘油-3-磷酸醜基转移酶(GPAT,glycerol-3-phosphate acyltransferase)是三酰甘油(TAG,triacylglycerol)生物合成的核心酶,在植物生长发育以及抗逆过程中发挥重要作用.本研究基于蒿叶猪毛...
【中文期刊】 杨品 任振华 等 《基因组学与应用生物学》 2024年43卷7期 1196-1213页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 多模态组学数据的联合运用在揭示细胞异质性和解析细胞命运调控机制方面具有重要意义,目前已有多种方法被开发,用于处理不同组学模态数据的整合.本研究通过对应用于不同整合任务的多种数据整合方法进行性能评测,为相关领域的研究提供有益参考.使用6个联合...
【中文期刊】 林兴雨 尹新明 等 《昆虫学报》 2024年67卷10期 1428-1438页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 [目的]基于低覆盖度全基因组测序数据和转录组数据重新构建蜡蝉总科(Fulgoroidea)高阶元类群之间的系统发育关系,为理解蜡蝉总科的系统发育关系提供基因组数据.[方法]利用二代测序技术获得了蛾蜡蝉科蜡蝉Flatidasp.1种的低覆盖度...
【中文期刊】 程宇飞 董林林 等 《世界科学技术-中医药现代化》 2024年26卷2期 472-481页 ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 通过对党参蛋白激酶SnRK2家族鉴定,以及对其与转录因子的相关性进行初步解析,为党参抗根腐病机制的解析及高抗性优质党参新品种培育提供数据支撑.方法 基于党参转录组,采用生物信息学手段对CpSnRK2基因家族进行系统性研究.结果 在党参...
【中文期刊】 章君华 卢莹莹 等 《浙江医学》 2024年46卷20期 2210-2213,2217,后插3页 ISTICCA
【摘要】 目的 分析与子痫前期(PE)相关的转录组内含子多聚腺苷酸化(IPA)现象.方法 从GEO数据库中收集到90例PE相关样本的转录组数据.采用STAR比对到人类基因组hg38,利用IPAFinder软件分析比对文件中的IPA现象.Miranda...
【中文期刊】 丁跃 陈琛 等 《食品科学》 2024年45卷2期 172-177页
【摘要】 为了提高枯草芽孢杆菌生长和产孢效率,在30 L发酵罐水平考察了苹果酸对菌株DF生长代谢的影响.发酵16～27 h耦合pH 8.0流加苹果酸(终质量分数1.5％)使得生物量(22 h)达到3.68× 1010 CFU/mL,较对照提高71.9...
【中文期刊】 王玉凤 孟缘 等 《广西植物》 2023年43卷10期 1861-1875页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 AP2/ERF转录因子在植物生长发育和响应非生物胁迫中发挥着重要作用.为探究欧耧斗菜(Aquilegia vulgaris)中AP2/ERF对盐胁迫的响应,该研究基于前期试验获得的盐胁迫下转录组数据,通过生物信息学方法筛选欧耧斗菜4P2/E...
【中文期刊】 宋南 王淼淼 等 《昆虫学报》 2023年66卷12期 1626-1637页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 [目的]本研究旨在利用白蚁转录组和低覆盖度全基因组测序(low-coverage whole-genome sequencing)数据重建白蚁领科(Termitoidae)昆虫内高阶元类群(科和亚科)之间的系统发育关系,为研究白蚁系统进化提...
【中文期刊】 颜其燕 吴军华 等 《浙江医学》 2023年45卷24期 2684-2688页 ISTICCA
【摘要】 单细胞测序是一项新兴的测序技术,指在单个细胞水平上对细胞基因组和转录组等组学进行测序.相比传统的测序方法,单细胞测序在揭示生物异质性方面具有独特优势,有利于更深层次地揭示疾病发生、发展的机制.同时,单细胞测序在发现稀有细胞群体、展现细胞起源...
【中文期刊】 贠佳琦 杨洁冰 等 《昆虫学报》 2022年65卷12期 1571-1581页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 [目的]本研究旨在鉴定飞蝗Locusta migratoria雌成虫脂肪体中表达的G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptor,GPCR)基因,揭示其在飞蝗卵发育和卵巢生长中的功能.[方法]基于前期获得的第1个促性腺...
【中文期刊】 刘运 柳方圆 等 《四川动物》 2022年41卷6期 619-627页 ISTICPKU
【摘要】 豚鹿Axis porcinus是国家一级重点保护野生动物,为理解其基因表达上的基本特征,本研究采用RNA-seq技术对16个豚鹿血液样本进行了测序和从头组装,一共得到615548条unigenes,Contig N50为803 bp.将组装...
【中文期刊】 叶瑞 王莉君 等 《动物医学进展》 2023年44卷8期 97-101页
【摘要】 长爪沙鼠具有独特的生理学、解剖学和行为学特性,近年来已在医学和生物学等领域得到广泛研究和应用.作为一种多功能实验动物,长爪沙鼠可用于建立多种良好的寄生虫感染模型.随着基因组序列的公布,长爪沙鼠及其寄生虫感染模型的组学研究已经取得了明显进步....
【中文期刊】 暴会会 思彤 等 《云南师范大学学报（自然科学版）》 2023年43卷5期 13-18页
【摘要】 马铃薯野生种Solanium commersonii(CM)具有很强的抗冻性,对低温处理下不同时间点的抗寒材料CM及冷冻敏感材料StGp Phureja(DM)取样,进行转录组及代谢组测序,对116种酚酸类物质进行差异分析.结果表明,11种...
【中文期刊】 周理韡 郑书栋 等 《国际生殖健康/计划生育杂志》 2022年41卷6期 487-493页 ISTICCA
【摘要】 生物信息学(bioinformatics)在生殖系统的研究中被广泛应用于各个技术层面,包括基因组、转录组、蛋白组和代谢组.通过数据的系统化采集和可视化处理,生殖过程中各种关键分子的作用机制正逐步被发现并阐明.生物信息学技术在生殖系统研究中的...
【中文期刊】 徐凤娇 娄新宇 等 《中国真菌学杂志》 2022年17卷2期 94-98页 ISTICCSCD
【摘要】 目的 揭示小鼠骨髓源巨噬细胞(bone marrow-derived macrophages,BMMs)被烟曲霉(Aspergillus fumigatus)A1160c孢子侵染之后与未处理对照组BMMs相比表达出现差异的免疫信号通路及孢子...
【中文期刊】 蒋琬 袁杰 等 《军事医学》 2022年46卷1期 37-43页 ISTICCSCDCA
【摘要】 目的 研究早期胚胎中等位基因表达不平衡的现象及其背后的调控因素.方法 基于两个不同品系纯合小鼠的正反交杂交实验设计,对早期胚胎中5个重要阶段的RNA测序数据进行生物信息学分析.结果 建立了识别基于正反交杂交品系中等位基因表达不平衡的工作流程...
【中文期刊】 吴松锋 朱云平 等 《生物化学与生物物理进展》 2005年32卷2期 99-105页 SCIISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 转录组和蛋白质组比较研究发现,总体而言其间的相关性不高.根据数据的类型不同可以将现有的研究分为4类:单点比较、两点差异比较、多点时序比较和多点非时序比较.对其差异原因的研究和分析表明:除了由实验系统及数据类型不同导致的差异外,转录后蛋白质合...
【中文期刊】 孙晶 刘玉玮 等 《生态毒理学报》 2022年17卷3期 256-267页
【摘要】 氧化石墨烯(graphene oxide,GO)是目前十分重要的人工纳米材料,且极有可能被排放到环境中.因而GO与环境中的共存污染物多环芳烃(polycyclic aromatic hydrocarbons,PAHs)对水生生物的复合暴露毒...
【中文期刊】 张高华 于树涛 等 《遗传》 2019年41卷11期 1050-1059页 MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 高油酸花生(Arachishypogaea L.)油具有优异的营养成分和热氧化稳定性,有利于人体健康和工业生产.但是高油酸花生在发芽期间对温度比较敏感,限制了其在低温地区的引种.为了进一步了解高油酸花生在发芽期响应低温胁迫的分子机制,本研究...
【中文期刊】 陈丽洁 梁景耀 等 《中华皮肤科杂志》 2019年52卷10期 729-735页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 探讨中重度特应性皮炎(AD)患者皮损和非皮损组织转录组差异表达基因,并阐述差异表达基因在AD发病机制中的作用.方法 2016年7-10月于广州市皮肤病防治所/广州医科大学皮肤病研究所门诊收集5例汉族AD患者的皮损和非皮损组织,运用二代...
【中文期刊】 叶兴状 刘丹 等 《植物研究》 2019年39卷2期 276-286页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为加强中国特有濒危植物半枫荷资源的保护与利用工作,采用高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对其进行转录组测序,将得到的数据过滤后进行de novo组装并聚类去冗余,获得77 629个Unigenes,通过九大功能数据库比对、...
【中文期刊】 许文娟 宋雪燕 等 《安徽医科大学学报》 2019年54卷3期 359-363页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的 拟探索在肺癌、乳腺癌等肿瘤组织中高表达的细胞趋化因子配体18(CCL18)对非小细胞肺癌细胞A549转录组的影响,分析其促进肿瘤发生发展的可能机制.方法 通过伤口愈合实验验证CCL18对A549迁移能力的影响;通过提取总RNA进行测序...
【中文期刊】 刘韬 魏文燕 等 《水生生物学报》 2019年43卷5期 969-976页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为鉴定鱼源鲁氏耶尔森氏菌(Yersinia ruckeri)SC09菌株水生环境中不同温度的转录组水平上的差异,研究采用链特异性转录组测序(Strand-specific RNA-seq)技术对菌体生理温度(28℃)和实验培养温度(37℃)...
【中文期刊】 李雨濛 马佳康 等 《医学研究生学报》 2019年32卷7期 715-719页 ISTICPKU
【摘要】 目的 食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确.文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性.方法 下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构...
【中文期刊】 彭淑贤 李浔 等 《南方医科大学学报》 2019年39卷6期 641-649页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 对非小细胞肺癌两种亚型肺腺癌和肺鳞状细胞癌的基因差异表达进行生物信息学分析,寻找非小细胞肺癌潜在的生物学标志物运用于临床诊断,进而提高患者生存率.方法 获取肺腺癌和肺鳞状细胞癌的基因表达谱分析数据集,使用R语言处理,t检验分析鉴定肺腺...
【中文期刊】 张少平 邱珊莲 等 《西北植物学报》 2019年39卷5期 808-816页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为获取紫背天葵(Cynura bicolor DC.)叶片中花青素种类及其合成调控基因等信息,该试验以紫背天葵叶背面紫色以及经处理叶背面几乎全绿(对照)的叶片为材料,进行转录组测序分析,同时进行6个相关差异表达基因的qRT-PCR分析和6种...
【中文期刊】 张少平 郑开斌 等 《热带亚热带植物学报》 2019年27卷6期 702-712页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为了解树葡萄(Myrciaria cauliflora)类黄酮合成相关酶差异表达基因信息,对其幼叶和成熟叶进行全转录组测序并比较分析.结果表明,从树葡萄幼叶和成熟叶中获得59321条单基因簇(Unigenes),在8大数据库共注释到3291...
【中文期刊】 刘晴 董燕玲 等 《中华实验眼科杂志》 2019年37卷9期 701-706页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 分析致角膜溃疡的金黄色葡萄球菌和正常人结膜囊分离的金黄色葡萄球菌的差异表达基因,探讨金黄色葡萄球菌性角膜溃疡可能的发病机制.方法 收集2018年1—8月在青岛眼科医院检验科分离培养的10株金黄色葡萄球菌,其中5株来自经培养证实的细菌性...
【关键词】 金黄色葡萄球菌/基因； 角膜炎/微生物学； 结膜囊；
【中文期刊】 付苏宏 雷鸣 等 《广西植物》 2019年39卷6期 831-842页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为深入了解菊叶香藜法尼基焦磷酸合酶基因,该研究对菊叶香藜转录组数据库进行挖掘,获取了两条FPPS基因序列(DsFPPS1和DsFPPS2),并对DsFPPS1和DsFPPS2编码蛋白的理化性质、结构、功能、系统进化进行了分析.结果表明:Ds...
【中文期刊】 倪宇昕 章立群 等 《中国老年学杂志》 2019年39卷24期 6069-6073页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的 分析L-缬氨酸对巨噬细胞raw264.7的作用.方法 建立raw264.7细胞系培养体系,分为对照组、脂多糖(LPS)+干扰素(IFN)-γ刺激组、不同浓度L-缬氨酸组,分别在不同条件下培养24 h后收集细胞上清,进行白细胞介素(IL...
【关键词】 L-缬氨酸； raw264.7细胞； 转录组学；
【中文期刊】 向涵 王绍 等 《南方医科大学学报》 2019年39卷4期 456-463页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 通过转录组测序筛选大鼠尿道发育过程中相关差异基因,并进行验证;探究邻苯二甲酸二乙酯(DEHP)诱导SD大鼠尿道下裂的发生机制.方法 40只成年SD孕鼠随机分成4组(n=10),前两组予以空白对照处理,分别于妊娠期16 d(GD16组)...
【中文期刊】 刘雄芳 李太强 等 《植物研究》 2019年39卷2期 294-302页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为全面了解余甘子转录组SSR位点的分布特征和变异规律,本研究利用Illumina Hiseq 4000平台对余甘子叶片转录组进行测序,通过MISA软件对获得的Unigenes进行SSR位点搜索和统计分析.结果 发现9 538条包含SSR位点...
【中文期刊】 徐金瑞 吕翠萍 等 《吉林大学学报（医学版）》 2019年45卷1期 12-16,后插1页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:通过卡介苗 (BCG) 感染牛肺泡巨噬细胞 (BAM) 的转录组测序及生物信息学分析, 揭示差异表达的基因和长链非编码RNA (lncRNA) , 为巨噬细胞抗结核分枝杆菌感染的免疫调控机制研究提供理论依据.方法:采用肺脏灌洗离心法收...
【中文期刊】 王大玮 周凡 等 《植物研究》 2019年39卷1期 148-155页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 以怒江红山茶叶片为材料,采用Illumina Hiseq 2000平台测序,共获得140 996条无冗余的序列,进行SSR位点搜索后,得到32 696个SSR位点,出现频率为23.2％.所搜索的SSR以二核苷酸重复类型最多,三核苷酸和单核苷...
【中文期刊】 青薇 代彦君 等 《中国组织工程研究》 2019年23卷2期 239-244页 ISTICPKUCA
【摘要】 背景:近年来国内外研究将辛伐他汀缓释微球组装在支架材料上,发现其可完成骨缺损的修复,取得不错的效果.目的:探讨辛伐他汀缓释微球对组织工程成骨性能的影响.方法:采用薄膜分散法制作纳米脂质体辛伐他汀缓释微球,检测其粒径和多分散系数及包封率.采用...
【中文期刊】 周志军 韩媛吕 等 《环境昆虫学报》 2019年41卷4期 799-807页 ISTICPKUCSCD
【摘要】 优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa是一种在我国具有悠久人工饲养历史的鸣虫.简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)非常适用于种群遗传研究.本文运用MISA软件分别在优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结...
【中文期刊】 张少平 郑开斌 等 《西北植物学报》 2019年39卷9期 1551-1558页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为获取紫背天葵(Gynura bicolor D C.)花青素合成代谢相关调控基因信息,该试验以紫背天葵叶片为材料,以其花朵为对照,进行转录组测序,并进行CHS、CHI、F3H等8类合成酶基因以及MYB、bHLH及WD40等3类转录因子检索...
【中文期刊】 张威 叶颖江 等 《北京大学学报（医学版）》 2019年51卷3期 542-547页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:探索直肠癌新辅助放化疗的敏感性分子特征.方法:前瞻性收集局部进展期中、低位直肠癌30例患者的临床病理资料,包括一般情况、放化疗前影像学资料、放化疗前活组织病理检查资料、肿瘤分化程度等9项指标,分析其与直肠癌放化疗后肿瘤消退分级(tum...
【中文期刊】 邹辛联 周安佩 等 《西北植物学报》 2019年39卷2期 240-249页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 该研究以滇杨正、倒扦插苗为对象,于速生期(8月)收集插穗主枝萌发处下侧树皮组织和主枝的叶片组织进行转录组比较分析.结果显示:(1)正、倒扦插滇杨苗于2种组织中的转录调控变化存在差异;测序得到358 587条Unigenes,并于叶片组织和树...
【中文期刊】 李琳 肖瑶宇 等 《西北植物学报》 2019年39卷8期 1379-1388页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为深入挖掘中国水仙转录组中萜类合成相关基因,了解中国水仙萜类代谢途径和分子调控机制,该研究以'云香'水仙为材料,在其盛花期花瓣与副冠转录组测序的基础上,筛选已注释的萜类合成途径基因并利用NCBI blastn进行再注释,通过对部分候选基因的...
【中文期刊】 鲁武锋 李丽芳 等 《环境昆虫学报》 2019年41卷4期 789-798页 ISTICPKUCSCD
【摘要】 泽兰实蝇Procecidochares utilis Stone是恶性杂草紫茎泽兰Eupatorium adenophorum Spreng重要的专食性天敌.为进一步开发泽兰实蝇的基因资源,深入了解其遗传信息,本研究采用Illumina H...
【中文期刊】 苗成利 孙春艳 等 《中国老年学杂志》 2019年39卷12期 2995-2999页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的 通过转录组测序分析颗粒物(PM)2.5是否会在肠道中积累并引起基因表达的异常.方法 采用BALB/c品系小鼠,将处理过的PM2.5硅胶颗粒采用直接饲喂方式进行培养,分别取喂食10 d和30 d的小鼠大肠黏膜进行转录组测序并进行基因表达...
【关键词】 颗粒物(PM)2.5； 肠道炎症； 转录组测序；
【中文期刊】 杨莹 陈宇晟 等 《遗传》 2018年40卷11期 964-976页 MEDLINEISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 表观遗传学修饰包括DNA、RNA和蛋白质的化学修饰,基于非序列改变所致基因表达和功能水平变化.近年来,在DNA和蛋白质修饰基础上,可逆RNA甲基化修饰研究引领了第3次表观遗传学修饰研究的浪潮.RNA存在100余种化学修饰,甲基化是最主要的修...
【中文期刊】 丁蒙蒙 时小东 等 《广西植物》 2018年38卷1期 90-100页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 楠木(Phoebe zhennan)为樟科常绿乔木,是国家二级重点保护树种.楠木生长缓慢,木材形成所需周期较长,其原因有待进一步深入分析.近年来转录因子已成为植物分子生物学研究的热点,高通量测序技术的应用和发展促进了转录因子的挖掘和深入分析...
【中文期刊】 纪艳丽 彭广华 《眼科新进展》 2018年38卷1期 84-88页 ISTICPKUCA
【摘要】 单细胞转录组测序技术(single-cell RNA-sequencing,sc RNA-seq)是从单个细胞水平分析细胞转录组的表达谱,用于鉴定细胞特异性标记物,发现罕见细胞类型、细胞亚型,揭示细胞之间的差异表达,成为研究复杂生物体系细胞...
【中文期刊】 姚运法 张少平 等 《西北植物学报》 2018年38卷11期 2000-2009页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 采用Illumina Hi-seq 2500转录组高通量测序,构建黄秋葵花和果荚转录组文库,并利用测序评估、差异基因功能注释等生物信息学方法进行分析.研究结果表明:(1)分别获得黄秋葵花和果荚有效数据7.12 Gb和8.14Gb,碱基百分比...
【中文期刊】 李彦 焦秀洁 等 《西北植物学报》 2018年38卷7期 1244-1253页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 利用Illumina HiSeqTM 2000对山地虎耳草和棒腺虎耳草进行转录组测序,分析和比较其SSR和SNP特征.结果表明:山地虎耳草63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25％,有110种重复基元,平...
【中文期刊】 李彦 更吉卓玛 等 《植物研究》 2018年38卷6期 939-947页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 利用MISA (MicroSatellite)软件对山地虎耳草转录组拼接序列进行微卫星位点信息分析,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测提供候选序列.结果发现,在拼接得到的63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生...
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