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            1. A generally applicable lightweight method for calculating a value structure for tools and services in bioinformatics infrastructure projects

            【外文期刊】 Gerhard Mayer ; Christian Quast ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2019年20卷4期 1215-1221页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 bioinformatics infrastructure; de.NBI; cost factors;

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            2. Deciphering the role of microRNA – A step by step guide

            【外文期刊】 Siddharth Manvati ; Kailash Chandra Mangalhara ; 等 《Gene Expression Patterns: A Section of Mechanisms of Development》 2017年25/26卷 59-65页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 microRNA; Pathway study; Bioinformatics tools;

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            3. A review of methods for interpretation of glycopeptide tandem mass spectral data

            【外文期刊】 Hu, Han ; Khatri, Kshitij ; 等 《Glycoconjugate journal》 2016年33卷3期 285-296页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Glycoprotein; Mass spectrometry; Collisional activated dissociation;

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            4. Revealing new antimicrobial peptides in Leymus arenarius based on transcriptome sequencing

            【外文期刊】 Shelenkov, A. ; Slavokhotova, A. A. ; 《The FEBS journal》 2014年281卷Suppl.1期 419-419页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Antimicrobial peptide; Bioinformatics tools; Transcriptome sequencing;

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            5. Inhibition analysis of aflatoxin by in silico targeting the thioesterase domain of polyketide synthase enzyme in Aspergillus ssp

            【外文期刊】 Labib, Mai M. ; Amin, M. K. ; 等 2022年40卷9/10期 4328-4340页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Human challenges; aflatoxin; bioinformatics tools;

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            6. Computational approaches for high-throughput single-cell data analysis

            【外文期刊】 Todorov, Helena ; Saeys, Yvan ; 《The FEBS journal》 2019年286卷8期 1451-1467页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 bioinformatics; computational tools; proteome;

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            7. Automation of in-silico data analysis processes through workflow management systems

            【外文期刊】 Romano P ; 《Briefings in bioinformatics》 2008年9卷1期 57-68页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 biological data integration; automation of retrieval and analysis processes; XML;

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            8. A survey of tools for variant analysis of next-generation genome sequencing data

            【外文期刊】 Stephan Pabinger ; Andreas Dander ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2014年15卷2期 256-278页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Mendelian disorders; cancer; variants;

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            9. miRNAFinder: A comprehensive web resource for plant Pre-microRNA classification

            【外文期刊】 Lokuge, Sandali ; Jayasundara, Shyaman ; 等 2022年215/216卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics; microRNA; Novel miRNA;

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            10. A robust method for the rapid detection of microsatellite instability in colorectal cancer

            【外文期刊】 Zhao, Lin ; Shan, Guangyu ; 等 《Oncology letters》 2020年20卷2 Pt.B期 1982-1988页

            【关键词】 bioinformatics; colorectal; computational tools;

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            11. Interpretation of differential gene expression results of RNA-seq data: review and integration

            【外文期刊】 Adam McDermaid ; Brandon Monier ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2019年20卷6期 2044-2054页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 differential gene expression analysis; differentially expressed genes; bioinformatics tools;

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            12. APT: An Automated Probe Tracker From Gene Expression Data

            【外文期刊】 Kumar, Gautam ; Kumar, Rajnish ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2021年18卷5期 1864-1874页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Probes; Bioinformatics; Genomics;

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            13. Combining many interaction networks to predict gene function and analyze gene lists

            【外文期刊】 Mostafavi,S. ; Morris,Q. ; 《Proteomics》 2012年12卷10期 1687-1696页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Algorithm; Bioinformatics; Functional genomics;

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            14. Top-k Similar Graph Matching Using TraM in Biological Networks

            【外文期刊】 Amin, Mohammad Shafkat ; Finley, Russell L. ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2012年9卷6期 1790-1804页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Graphs and networks; bioinformatics; biology and genetics;

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            15. Multi-Factored Gene-Gene Proximity Measures Exploiting Biological Knowledge Extracted from Gene Ontology: Application in Gene Clustering

            【外文期刊】 Acharya, Sudipta ; Saha, Sriparna ; 等 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2020年17卷1期 207-219页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Semantics; Integrated circuits; Bioinformatics;

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            16. Structural annotation of Beta-1,4-N-acetyl galactosaminyltransferase 1 (B4GALNT1) causing Hereditary Spastic Paraplegia 26

            【外文期刊】 Dad, Rubina ; Malik, Uzma ; 等 《Gene: An International Journal Focusing on Gene Cloning and Gene Structure and Function》 2017年626卷 258-263页

            【关键词】 Structural insights; B4GALNT1; Bioinformatics tools;

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            17. CReSIL: accurate identification of extrachromosomal circular DNA from long-read sequences

            【外文期刊】 Wanchai Visanu ; Jenjaroenpun Piroon ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2022年23卷6期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 CRESIL; eccDNA; long-read sequence;

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            18. In Silico Structural and Functional Annotation of Nine Essential Hypothetical Proteins from Streptococcus pneumoniae

            【外文期刊】 《Nature reviews Cancer》 2020年20卷2期 336-347页

            【关键词】 hypothetical proteins; S. pneumoniae strain D39; in silico analysis of protein;

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            19. Seven quick tips for beginners in protein crystallography

            【外文期刊】 Kurpiewska, Katarzyna ; Kot, Ewa ; 等 2021年68卷4期 535-546页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 determination; bioinformatic tools; database;

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            20. Information quality in proteomics

            【外文期刊】 Stead DA ; Paton N ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2008年9卷2期 174-188页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 information quality; proteomics; standards;

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            21. Proteomic applications of automated GPCR classification

            【外文期刊】 Davies MN ; Gloriam DE ; 等 《Proteomics》 2007年7卷16期 2800-2814页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 alignment; bioinformatics; classification;

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            22. M-CAMP(TM): A Cloud-based Web Platform with a Novel Approach for Species-level Classification of 16S rRNA Microbiome Sequences

            【外文期刊】 Schriefer, Andrew E. ; Kumar, Brajendra ; 等 《Current Bioinformatics》 2023年18卷1期 21-39页

            【关键词】 Microbiology; 16S-seq; DNA sequencing;

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            23. Genome sequencing data analysis for rare disease gene discovery

            【外文期刊】 Umlai, Umm-Kulthum Ismail ; Bangarusamy, Dhinoth Kumar ; 等 2022年23卷1期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 rare diseases; whole genome sequencing; variant interpretation;

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            24. In silico study of drought and salt tolerance in wheat

            【外文期刊】 Fujah-Yusuf, A. ; Labhilili, M. ; 等 《The FEBS journal》 2014年281卷Suppl.1期 305-305页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics tools; Drought & Salt-tolerant Candidate Genes; Marker-assisted selection;

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            25. Genomic and functional characterisation of two Enterococcus strains isolated from Cotija cheese and their potential role in ripening

            【外文期刊】 Olvera-Garcia, Myrna ; Sanchez-Flores, Alejandro ; 等 《Applied Microbiology and Biotechnology》 2018年102卷5期 2251-2267页

            【关键词】 Comparative genomics; Lactic acid bacteria proteolytic system; Antibacterial compounds;

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            26. End-to-End Security for Local and Remote Human Genetic Data Applications at the EGA

            【外文期刊】 Alexander Senf ; 《IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics》 2019年16卷4期 1324-1327页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics; Genomics; Tools;

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            27. Universal Spectrum Explorer: A Standalone (Web-)Application for Cross-Resource Spectrum Comparison

            【外文期刊】 Schmidt, Tobias ; Samaras, Patroklos ; 等 《Journal of proteome research》 2021年20卷6期 3388-3394页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 visualization; bioinformatics; spectrum comparison;

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            28. proBAMconvert: A Conversion Tool for proBAM/proBed

            【外文期刊】 Olexiouk, Volodimir ; Menschaert, Gerben ; 《Journal of proteome research》 2017年16卷7期 2639-2644页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 proBAM; proBed; conversion tool;

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            29. Exploring cyanobacterial genomes for natural product biosynthesis pathways

            【外文期刊】 Micallef, Melinda L. ; D'Agostino, Paul M. ; 等 《Marine genomics》 2015年21卷 1-12页

            【关键词】 Cyanobacteria; Genome mining; Natural products;

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            30. Sequencing technologies and tools for short tandem repeat variation detection

            【外文期刊】 Minh Duc Cao ; Balasubramanian, Sureshkumar ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2015年16卷2期 193-204页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 short tandem repeat variation; high-throughput sequencing; bioinformatics tools;

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            31. Ten Bioinformatics Tools for Single Nucleotide Polymorphisms Detection

            【外文期刊】 Mahin Ghorbani ; Hamed Karimi ; 《American Journal of Bioinformatics》 2014年3卷2期 45-48页

            【关键词】 SNP Detection; Single Nucleotide Polymorphism; Biomarker;

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            32. OxaBIND: A tool for identifying oxalate-binding domain(s)/motif(s) in protein(s)

            【外文期刊】 Sassanarakkit S. ; Peerapen P. ; 等 《International Journal of Biological Macromolecules: Structure, Function and Interactions》 2023年243卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics; Computational biology; Kidney stone;

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            33. Serverless computing in omics data analysis and integration

            【外文期刊】 Grzesik, Piotr ; Augustyn, Dariusz R. ; 等 2022年23卷1期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cloud computing; serverless computing; omics data processing;

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            34. Predicting HLA-DPB1 permissive probabilities through a DPB1 prediction service towards the optimization of HCT donor selection

            【外文期刊】 Sajulga, Ray ; Madbouly, Abeer ; 等 《Human Immunology: Official Journal of the American Society for Histocompatibility and Immunogenetics》 2021年82卷12期 903-911页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 HLA-DPB1 prediction; Hematopoietic stem-cell transplantation; HLA imputation;

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            35. Towards more accurate prediction of ubiquitination sites: a comprehensive review of current methods, tools and features

            【外文期刊】 Chen, Zhen ; Zhou, Yuan ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2015年16卷4期 640-657页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 protein ubiqutination; bioinformatics; tool development;

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            36. Systems biology visualization tools for drug target discovery

            【外文期刊】 Tianxiao Huan ; Xiaogang Wu ; 等 《Expert opinion on drug discovery》 2010年5卷5期 425-439页

            【关键词】 bioinformatics; drug discovery; systems biology;

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            37. A survey of molecular descriptors used in mass spectrometry based proteomics

            【外文期刊】 Audain,E. ; Sanchez,A. ; 等 《Current topics in medicinal chemistry》 2014年14卷3期 388-397页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatics tools; Cheminformatics; Isoelectric point;

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            38. New insights into phospholipases in oat (Avena sativa) from bioinformatic analysis

            【外文期刊】 Ben Halima, Nihed ; 《International Journal of Biological Macromolecules: Structure, Function and Interactions》 2019年133卷 804-810页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Avena sativa; Bioinformatic tools; Phospholipases;

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            39. Domain shuffling of a highly mutable ligand-binding fold drives adhesin generation across the bacterial kingdom

            【外文期刊】 Barringer, Rob ; Parnell, Alice E. ; 等 《Proteins: Structure, Function, and Genetics》 2023年91卷8期 1007-1020页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 adhesin; bioinformatics; fibril;

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            40. Stacks 2: Analytical methods for paired-end sequencing improve RADseq-based population genomics

            【外文期刊】 Rochette, NC ; Rivera-Colon, AG ; 等 2019年28卷21期 4737-4754页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 bioinformatics; conservation genetics; genotype calling;

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            41. Teaching Expression Proteomics: From the Wet-Lab to the Laptop

            【外文期刊】 Miguel C. Teixeira ; Pedro M. Santos ; 等 《Biochemistry and molecular biology education》 2009年37卷5期 279-286页

            【关键词】 Expression proteomics; two-dimensional electrophoresis; bioinformatics tools;

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            42. Reconstruction of small subunit ribosomal RNA from high‐throughput sequencing data: A comparative study of metagenomics and total RNA sequencing

            【外文期刊】 Christopher A. Hempel ; Shea E. E. Carson ; 等 《Methods in Ecology and Evolution》 2023年14卷8期 2049-2064页

            【关键词】 bioinformatics; data processing tool benchmarking; metagenomics;

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            43. Identifying Genes Whose Mutant Transcripts Cause Dominant Disease Traits by Potential Gain-of-Function Alleles

            【外文期刊】 Zeynep Coban-Akdemir ; Janson J. White ; 等 《The American Journal of Human Genetics》 2018年103卷2期 171-187页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 dominant negative; antimorphic; nonsense-mediated decay;

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            44. The virtual human: Towards a global systems biology of multiscale, distributed biochemical network models

            【外文期刊】 Kell DB ; 《IUBMB life》 2007年59卷11期 689-695页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 systems biology; modelling; metabolomics;

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            45. New Association Between Diabetes Mellitus and Pancreatic Cancer

            【外文期刊】 Monireh Rezaei ; Zinat Shams ; 等 《Current diabetes reviews》 2023年19卷1期 80-91页

            【关键词】 Diabetes; pancreatic cancer; bioinformatics;

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            46. Functional Domain Marker (FDM): an In Silico Demonstration in Solanaceae Using Simple Sequence Repeats (SSRs)

            【外文期刊】 Yu, Ju-Kyung ; Paik, Hyojung ; 等 《Plant molecular biology reporter》 2010年28卷2期 352-356页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Bioinformatic tool; Sequence analysis; Gene annotation;

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            47. Bioinformatics tools and databases for whole genome sequence analysis of Mycobacterium tuberculosis

            【外文期刊】 《Infection, Genetics and Evolution: Journal of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics in Infectious Diseases》 2016年45卷 359-368页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Analysis tools; Bioinformatics; Databases;

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            48. The HLA-DP peptide repertoire from human respiratory syncytial virus is focused on major structural proteins with the exception of the viral polymerase

            【外文期刊】 Lorente, Elena ; Barnea, Eilon ; 等 《Autonomic neuroscience: basic & clinical》 2019年221卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Antigen processing; Bioinformatics tools; HLA;

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            49. Biological significance, computational analysis, and applications of plant microRNAs

            【外文期刊】 Szwacka, Maria ; Pawelkowicz, Magdalena ; 等 《Acta Physiologiae Plantarum》 2018年40卷8期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Plant microRNA; Regulatory mechanisms; NGS;

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            50. Simultaneous Improvement in the Precision, Accuracy, and Robustness of Label-free Proteome Quantification by Optimizing Data Manipulation Chains

            【外文期刊】 Tang, Jing ; Fu, Jianbo ; 等 《Molecular & cellular proteomics: MCP》 2019年18卷8期 1683-1699页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Label-free quantification; Bioinformatics; Omics;

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