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          1. 调控染色质高级结构的蛋白质机器的系统鉴定与机制研究

          【中文期刊】 冯园庆  季雄  《中国基础科学》 2018年20卷1期 30-35页

          【摘要】 染色质高级结构及功能研究是当前生命科学领域的国际前沿热点.染色质高级结构决定了基因的正确表达,其异常通常伴随着发育畸形和癌症发生.迄今为止,染色质高级结构如何建立和维持、如何行使功能、其动态变化及其与基因、细胞功能的关系尚不清楚.本项目整合...

          【关键词】 染色质高级结构；三维基因组；拓扑相关结构域；

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          2. Molecular mechanism of directional CTCF recognition of a diverse range of genomic sites

          【中文期刊】 《细胞研究（英文版）》 2017年27卷11期 1365-1377页SCIMEDLINEISTICCSCDBP

          【摘要】 CTCF,a conserved 3D genome architecture protein,determines proper genome-wide chromatin looping interactions through dir...

          【关键词】 CTCF；zinc finger protein；3D genome；

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          3. HiC-3DViewer: a new tool to visualize Hi-C data in 3D space

          【中文期刊】 《定量生物学（英文版）》 2017年5卷2期 183-190页

          【摘要】 Background:Although significant progress has been made to map chromatin structure at unprecedented resolution and scales...

          【关键词】 Hi-C；3D genome visualization；chromatin structure prediction；

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          4. Computational tools for Hi-C data analysis

          【中文期刊】 《定量生物学（英文版）》 2017年5卷3期 215-225页

          【摘要】 Background:In eukaryotic genome,chromatin is not randomly distributed in cell nuclei,but instead is organized into highe...

          【关键词】 3D genome structure；Hi-C data processing tool；chromatin interactions；

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          5. 3D Genome of macaque fetal brain reveals evolutionary innovations during primate corticogenesis.

          【外文期刊】 Xin,Luo ; Yuting,Liu ; 等 《Cell》 2021年184卷3期 723-740.e21页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D genome;EPHA7;TAD;

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          6. EMF1 functions as a 3D chromatin modulator in Arabidopsis.

          【外文期刊】 Jiayue,Shu ; Linhua,Sun ; 等 《Molecular cell》 2024年84卷24期 4729-4739.e6页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D chromatin structure;EMF1;cohesin;

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          7. 3D chromatin structure in chondrocytes identifies putative osteoarthritis risk genes. oa

          【外文期刊】 Eliza,Thulson ; Eric S,Davis ; 等 《Genetics》 2022年222卷4期 SCIMEDLINEBP

          【关键词】 3D chromatin structure;genome-wide association studies;genomics;

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          8. Methods for the Differential Analysis of Hi-C Data.

          【外文期刊】 Chiara,Nicoletti ; 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2022年2301卷 61-95页

          【关键词】 3D chromatin structure;Bioinformatics;Differential chromatin interactions;

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          9. A Bioconductor/R Workflow for the Detection and Visualization of Differential Chromatin Loops.

          【外文期刊】 J P,Flores ; Eric,Davis ; 等 《F1000Research》 2024年13卷 1346页

          【关键词】 3D chromatin structure;Hi-C;data visualization;

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          10. DNA methylation modulated genetic variant effect on gene transcriptional regulation. oa

          【外文期刊】 Yong,Zeng ; Rahi,Jain ; 等 《Genome biology》 2023年24卷1期 285页SCIMEDLINE

          【关键词】 CTCF;Chromatin 3D structure;Memo-eQTL;

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          11. Response eQTLs, chromatin accessibility, and 3D chromatin structure in chondrocytes provide mechanistic insight into osteoarthritis risk.

          【外文期刊】 Nicole E,Kramer ; Seyoun,Byun ; 等 《Cell genomics》 2025年5卷1期 100738页

          【关键词】 3D chromatin structure;chondrocyte;chromatin accessibility;

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          12. Role of the Nuclear Lamina in Age-Associated Nuclear Reorganization and Inflammation.

          【外文期刊】 Lidya,Kristiani ; Miri,Kim ; 等 《Cells》 2020年9卷3期

          【关键词】 3D chromatin structure;Hi-C;aging;

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          13. Chromatin Conformation Links Distal Target Genes to CKD Loci. oa

          【外文期刊】 Maarten M,Brandt ; Claartje A,Meddens ; 等 《Journal of the American Society of Nephrology : JASN》 2018年29卷2期 462-476页SCIMEDLINEBP

          【关键词】 3D chromatin structure;DNA regulatory elements;STARR-seq;

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          14. Three-dimensional chromatin ensemble reconstruction via stochastic embedding.

          【外文期刊】 Enrico,Guarnera ; Zhen Wah,Tan ; 等 《Structure (London, England : 1993)》 2021年29卷6期 622-634.e3页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D reconstruction;Hi-C data;Markov state modeling;

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          15. Advances in Genomic Profiling and Analysis of 3D Chromatin Structure and Interaction. oa

          【外文期刊】 Binhua,Tang ; Xiaolong,Cheng ; 等 《Genes》 2017年8卷9期 SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D chromatin;Hi-C;disease;

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          16. Systematic functional characterization of antisense eRNA of protocadherin α composite enhancer. oa

          【外文期刊】 Yuxiao,Zhou ; Siyuan,Xu ; 等 《Genes & development》 2021年35卷19-20期 1383-1394页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D chromatin structure;R-loop formation;RNase H1;

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          17. A three-dimensional genomics view for speciation research.

          【外文期刊】 Ashwini V,Mohan ; Paula,Escuer ; 等 《Trends in genetics : TIG》 2024年40卷8期 638-641页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D genome structure;chromatin folding;chromosomal rearrangements;

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          18. Cryoelectron tomography reveals the multiplex anatomy of condensed native chromatin and its unfolding by histone citrullination. oa

          【外文期刊】 Nathan,Jentink ; Carson,Purnell ; 等 《Molecular cell》 2023年83卷18期 3236-3252.e7页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D modeling;chromatin higher-order structure;cryoelectron microscopy;

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          19. Localized, non-random differences in chromatin accessibility between homologous metaphase chromosomes. oa

          【外文期刊】 Wahab A,Khan ; Peter K,Rogan ; 等 《Molecular cytogenetics》 2014年7卷1期 70页SCIMEDLINEBP

          【关键词】 3-D super resolution microscopy;Allelic differences;Differential chromatin accessibility;

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          20. Genomic Marks Associated with Chromatin Compartments in the CTCF, RNAPII Loop and Genomic Windows. oa

          【外文期刊】 Teresa,Szczepińska ; Ayatullah Faruk,Mollah ; 等 《International journal of molecular sciences》 2021年22卷21期 SCIMEDLINE

          【关键词】 3D genome structure;GC content;H3K27me3;

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          21. Temporal analysis suggests a reciprocal relationship between 3D chromatin structure and transcription. oa

          【外文期刊】 Kathleen S M,Reed ; Eric S,Davis ; 等 《Cell reports》 2022年41卷5期 111567页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D chromatin organization;CP: Molecular biology;chromatin loops;

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          22. Coming full circle: On the origin and evolution of the looping model for enhancer-promoter communication. oa

          【外文期刊】 Tessa M,Popay ; Jesse R,Dixon ; 《The Journal of biological chemistry》 2022年298卷8期 102117页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D genome;CTCF;Cohesin;

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          23. Where and when to start: Regulating DNA replication origin activity in eukaryotic genomes. oa

          【外文期刊】 Clare S K,Lee ; Matthias,Weiβ ; 等 《Nucleus (Austin, Tex.)》 2023年14卷1期 2229642页SCIMEDLINEBP

          【关键词】 3D Genome Organization;DNA replication;chromatin structure;

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          24. Dynamic coalescence of yeast Heat Shock Protein genes bypasses the requirement for actin. oa

          【外文期刊】 Linda S,Rubio ; David S,Gross ; 《Genetics》 2023年223卷4期 SCIMEDLINEBP

          【关键词】 HSP gene coalescence; Saccharomyces cerevisiae ;3D genome structure;

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          25. Xist drives spatial compartmentalization of DNA and protein to orchestrate initiation and maintenance of X inactivation.

          【外文期刊】 Mackenzie,Strehle ; Mitchell,Guttman ; 《Current opinion in cell biology》 2020年64卷 139-147页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D structure;Chromatin regulation;Epigenetics;

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          26. Characterization of Structural Variations in the Context of 3D Chromatin Structure. oa

          【外文期刊】 Kyukwang,Kim ; Junghyun,Eom ; 等 《Molecules and cells》 2019年42卷7期 512-522页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D chromatin structure;Hi-C;gene regulation;

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          27. Altered chromatin landscape and 3D interactions associated with primary constitutional MLH1 epimutations. oa

          【外文期刊】 Paula,Climent-Cantó ; Marc,Subirana-Granés ; 等 《Clinical epigenetics》 2024年16卷1期 193页SCIMEDLINE

          【关键词】 Cis-regulatory regions; MLH1 promoter methylation;3D interactions;

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          28. Deciphering the 3D structures of plant genomes: Building blocks of hierarchically organized chromatin domains.

          【外文期刊】 Hongwoo,Lee ; Pil Joon,Seo ; 《Journal of experimental botany》 SCIMEDLINECA

          【关键词】 3D genome;Hi-C;TAD-like structure;

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          29. Hi-C, a chromatin 3D structure technique advancing the functional genomics of immune cells.

          【外文期刊】 Ran,Liu ; Ruitang,Xu ; 等 《Frontiers in genetics》 2024年15卷 1377238页

          【关键词】 3D chromatin structure;Hi-C;diseases;

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          30. Epigenetic and Transcriptional Variability Shape Phenotypic Plasticity.

          【外文期刊】 Simone,Ecker ; Vera,Pancaldi ; 等 《BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology》 2018年40卷2期 SCIMEDLINEBP

          【关键词】 3D chromatin structure;DNA methylation;biological noise;

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          31. Ovulation suppression protects against chromosomal abnormalities in mouse eggs at advanced maternal age.

          【外文期刊】 Emmanouella E,Chatzidaki ; Sean,Powell ; 等 《Current biology : CB》 2021年31卷18期 4038-4051.e7页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D chromatin structure;Hi-C;aging;

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          32. lncRNA 5430416N02Rik Promotes the Proliferation of Mouse Embryonic Stem Cells by Activating Mid1 Expression through 3D Chromatin Architecture.

          【外文期刊】 Tong,Zhao ; Mingyang,Cai ; 等 《Stem cell reports》 2020年14卷3期 493-505页

          【关键词】 3D chromatin structure;5430416N02Rik;embryonic stem cells;

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          33. Endogenous DNA Double-Strand Breaks during DNA Transactions: Emerging Insights and Methods for Genome-Wide Profiling. oa

          【外文期刊】 Britta A M,Bouwman ; Nicola,Crosetto ; 《Genes》 2018年9卷12期 SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D genome structure;DNA double-strand breaks;cancer;

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          34. Epigenetic Regulations in Mammalian Cells: Roles and Profiling Techniques. oa

          【外文期刊】 Uijin,Kim ; Dong-Sung,Lee ; 《Molecules and cells》 2023年46卷2期 86-98页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D chromatin structure;DNA methylation;RNA modification;

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          35. Computational Analysis of Hi-C Data.

          【外文期刊】 Mattia,Forcato ; Silvio,Bicciato ; 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2021年2157卷 103-125页

          【关键词】 3D chromatin structure;Bioinformatics;Chromatin interactions;

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          36. Use of 3D imaging for providing insights into high-order structure of mitotic chromosomes. oa

          【外文期刊】 Mohammed,Yusuf ; Kohei,Kaneyoshi ; 等 《Chromosoma》 2019年128卷1期 7-13页SCIMEDLINEBP

          【关键词】 3D;Chromatin;Chromosome structure;

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          37. Rapid Irreversible Transcriptional Reprogramming in Human Stem Cells Accompanied by Discordance between Replication Timing and Chromatin Compartment.

          【外文期刊】 Vishnu,Dileep ; Korey A,Wilson ; 等 《Stem cell reports》 2019年13卷1期 193-206页

          【关键词】 chromatin 3D architecture;chromatin 3D organization;chromatin structure;

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          38. Reprogramming of Meiotic Chromatin Architecture during Spermatogenesis.

          【外文期刊】 Yao,Wang ; Hanben,Wang ; 等 《Molecular cell》 2019年73卷3期 547-561.e6页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D chromatin structure;gametogenesis;meiosis;

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          39. A B-Cell-Specific Enhancer Orchestrates Nuclear Architecture to Generate a Diverse Antigen Receptor Repertoire. oa

          【外文期刊】 E Mauricio,Barajas-Mora ; Eden,Kleiman ; 等 《Molecular cell》 2019年73卷1期 48-60.e5页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D structure;B cells;Igκ;

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          40. Major Reorganization of Chromosome Conformation During Muscle Development in Pig.

          【外文期刊】 Maria,Marti-Marimon ; Nathalie,Vialaneix ; 等 《Frontiers in genetics》 2021年12卷 748239页

          【关键词】 3D genome architecture;Hi-C;chromatin structure;

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          41. Assay for transposase-accessible chromatin and circularized chromosome conformation capture, two methods to explore the regulatory landscapes of genes in zebrafish.

          【外文期刊】 A,Fernández-Miñán ; J,Bessa ; 等 《Methods in cell biology》 2016年135卷 413-30页MEDLINE

          【关键词】 3D chromatin structure;4C-seq;ATAC-seq;

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          42. 3D genomic regulation of lncRNA and Xist in X chromosome.

          【外文期刊】 Furong,Yan ; Xiangdong,Wang ; 等 《Seminars in cell & developmental biology》 2019年90卷 174-180页SCIMEDLINEBP

          【关键词】 3D genomic regulation;Chromatin structure;X-chromosome inactivation;

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          43. Transcription Elongation Can Affect Genome 3D Structure. oa

          【外文期刊】 Sven,Heinz ; Lorane,Texari ; 等 《Cell》 2018年174卷6期 1522-1536.e22页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 CTCF;NS1;chromatin compaction;

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          44. A new class of constitutively active super-enhancers is associated with fast recovery of 3D chromatin loops. oa

          【外文期刊】 Jayoung,Ryu ; Hyunwoong,Kim ; 等 《BMC bioinformatics》 2019年20卷Suppl 3期 127页SCIMEDLINEBP

          【关键词】 3D chromatin structure;Chromatin loops;Gene regulation;

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          45. Chromatin Structure from Development to Ageing.

          【外文期刊】 Lorelei,Ayala-Guerrero ; Sherlyn,Claudio-Galeana ; 等 《Sub-cellular biochemistry》 2023年102卷 7-51页MEDLINE

          【关键词】 3D genome organization;Ageing;Cellular senescence;

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          46. Enhancers as regulators of antigen receptor loci three-dimensional chromatin structure. oa

          【外文期刊】 E Mauricio,Barajas-Mora ; Ann J,Feeney ; 《Transcription》 2020年11卷1期 37-51页MEDLINE

          【关键词】 3D structure;Enhancer;Igκ;

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          47. The Impact of Polycomb Group Proteins on 3D Chromatin Structure and Environmental Stresses in Plants.

          【外文期刊】 Yali,Liu ; Suxin,Xiao ; 等 《Plants (Basel, Switzerland)》 2025年14卷7期

          【关键词】 3D chromatin structure;H2Aub;H3K27me3;

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          48. Chromatin Remodelers in the 3D Nuclear Compartment.

          【外文期刊】 Mauro,Magaña-Acosta ; Viviana,Valadez-Graham ; 《Frontiers in genetics》 2020年11卷 600615页

          【关键词】 3D organization;ATP-dependent remodeling complexes;architectural proteins;

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          49. The three-dimensional genome: regulating gene expression during pluripotency and development.

          【外文期刊】 Guillaume,Andrey ; Stefan,Mundlos ; 《Development (Cambridge, England)》 2017年144卷20期 3646-3658页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D chromatin structure;Enhancers;Gene regulation;

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          50. Chromatin-centric insights into DNA replication.

          【外文期刊】 Yang,Liu ; Zhengrong,Zhangding ; 等 《Trends in genetics : TIG》 2025年41卷5期 412-424页SCIMEDLINECABP

          【关键词】 3D genome structure;DNA replication;chromatin environment;

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