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            1. Characterizing the Molecular Motions and Free Energy Landscapes of HIV-1 gp120

            【会议论文】桑鹏 第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会 2014年

            【摘要】 Background: Acquired immune deficiency syndrome (AIDS) has caused catastrophic consequences to human society.During the ...

            【关键词】 gp120； dynamics and function； conformational equilibrium and transition；

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            2. The structure of the Alzheimer amyloid beta 10-35 peptide probed through replica-exchange molecular dynamics simulations in explicit solvent

            【外文期刊】 Baumketner A ; Shea JE ; 《Journal of Molecular Biology》 2007年366卷1期 275-285页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 alzheimer amyloid beta peptide; replica exhange molecular dynamics simulations; peptide conformations;

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            3. Molecular insights into the mechanisms of cation-type specific stability and denaturation of poly-l-glutamate: A simulation study

            【外文期刊】 Shen, H. ; Shen, X. ; 等 《Molecular simulation》 2013年39卷10/13期 842-847页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cations; conformation changes; free-energy landscape;

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            4. A comparative study of structural and conformational properties of WNK kinase isoforms bound to an inhibitor: insights from molecular dynamic simulations

            【外文期刊】 Nisha Amarnath,Jonniya ; Md Fulbabu,Sk ; 等 2022年40卷3/4期 1400-1415页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 With-no-lysine (WNK) kinase; conformational dynamics; molecular dynamics;

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            5. Biochemical, structural and dynamical studies reveal strong differences in the thermal-dependent allosteric behavior of two extremophilic lactate dehydrogenases

            【外文期刊】 Iorio, Antonio ; Roche, Jennifer ; 等 《Journal of Structural Biology》 2021年213卷3期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Allosteric regulation; Lactate dehydrogenase; Conformational landscape;

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            6. Stochastic protein folding simulation in the three-dimensional HP-model

            【外文期刊】 Albrecht AA ; Skaliotis A ; 等 《Computational biology and chemistry》 2008年32卷4期 248-255页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 protein folding; HP-model; landscape analysis;

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            7. An anti-A beta (amyloid beta) single-chain variable fragment prevents amyloid fibril formation and cytotoxicity by withdrawing A beta oligomers from the amyloid pathway

            【外文期刊】 Marin-Argany, Marta ; Rivera-Hernandez, Geovanny ; 等 《The Biochemical Journal》 2011年437卷1期 25-34页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 amyloid fibril; amyloid-beta oligomer; anti-amyloid-beta;

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            8. Characterizing (un)binding mechanism of USP7 inhibitors to unravel the cause of enhanced binding potencies at allosteric checkpoint

            【外文期刊】 Mitul Srivastava ; Lovika Mittal ; 等 2022年31卷9期 e4398-e4398页

            【关键词】 allosteric regulation; classical and steered MD simulation; conformational change;

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            9. Probing the Conformational Dynamics of the Bioactive Peptide TLQP-21 in Solution: A Molecular Dynamics Study

            【外文期刊】 Chakraborty, Sandipan ; Akhter, Shamim ; 等 《Chemical biology and drug design》 2015年86卷4期 938-944页

            【关键词】 folding energy landscape; globular conformation; molecular dynamics simulation;

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            10. NMR characterization of a peptide model provides evidence for significant structure in the unfolded state of the villin headpiece helical subdomain

            【外文期刊】 Tang YF ; Goger MJ ; 等 《Biochemistry》 2006年45卷22期 6940-6946页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; SUBUNIT-BINDING DOMAIN; N-TERMINAL DOMAIN;

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            11. Therapeutic Peptides: Unravelling Conformational Dynamics by Systematic Application of Biophysical Techniques

            【外文期刊】 Pise, Nikita ; Prabhu, Arati ; 等 《Current Protein and Peptide Science》 2022年23卷9期 619-641页

            【关键词】 Therapeutic peptides; aggregation; conformation;

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            12. The Topology of the Energy Landscapes of Macromolecules in the Torsion Angle Space and the Principle of the Minimum Energy Dissipation Rate in Conformational Relaxation

            【外文期刊】 K. V. Shaitan ; 《Biophysics》 2017年62卷6期 892-899页 MEDLINE

            【关键词】 structural biology; molecular dynamics; supercomputer technologies;

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            13. Segmental folding of chromosomes: A basis for structural and regulatory chromosomal neighborhoods?

            【外文期刊】 Elphege P. Nora ; Job Dekker ; 等 《BioEssays :》 2013年35卷9期 818-828页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 chromatin domains; chromatin folding; chromosome conformation capture (3C);

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            14. Promiscuous and specific recognition among ephrins and Eph receptors

            【外文期刊】 Dai,D. ; Huang,Q. ; 等 《Biochimica et biophysica acta: BBA: International journal of biochemistry, biophysics and molecular biololgy. Proteins and Proteomics》 2014年1844卷10期 1729-1740页 SCISCIE

            【关键词】 Conformational dynamics; Conformational selection; Energy landscape;

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            15. Making connections: enhancers in cellular differentiation

            【外文期刊】 Herrmann, Jennifer C. ; Beagrie, Robert A. ; 等 2022年38卷4期 395-408页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 TRANSCRIPTION FACTORS; CHROMOSOME CONFORMATION; CHROMATIN ARCHITECTURE;

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            16. Story in a Sample-The Potential (and Limitations) of Cryo-Electron Microscopy Applied to Molecular Machines

            【外文期刊】 Joachim Frank ; 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2013年99卷11期 832-836页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 free-energy landscape; conformational states; ribosome;

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            17. Differences in nanoscale organization of regulatory active and inactive human chromatin

            【外文期刊】 Brandstetter, Katharina ; Zulske, Tilo ; 等 2022年121卷6期 977-990页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 FIBER; GENOME; DNA;

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            18. Splicing kinase srpk1 conforms to the landscape of its SR protein substrate

            【外文期刊】 Aubol, B.E. ; Jamros, M.A. ; 等 《Biochemistry》 2013年52卷43期 7595-7605页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Splicing kinase srpk1 conforms; landscape; SR protein substrate;

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            19. Generative models of conformational dynamics

            【外文期刊】 Langmead,C.J. ; 《Advances in Experimental Medicine and Biology》 2014年805卷 87-105页 SCIEMEDLINE

            【关键词】 Conformational ensembles; Energy landscapes; Generative models;

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            20. Systematic mapping of the conformational landscape and dynamism of soluble fibrinogen

            【外文期刊】 Pinelo, Jose E. E. ; Manandhar, Pragya ; 等 《Journal of thrombosis and haemostasis: JTH》 2023年21卷6期 1529-1543页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 cryptic interactions; conformational landscape; fibrinogenemia;

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            21. Markov dynamic models for long-timescale protein motion

            【外文期刊】 Chiang, Tsung-Han ; Hsu, David ; 等 《Bioinformatics》 2010年26卷12期 i269-i277页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 energy landscape; protein conformation; computation efficiency;

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            22. Exploring the mechanisms of genome-wide long-range interactions: interpreting chromosome organization

            【外文期刊】 Wang, Jingjing ; Meng, Xianwen ; 等 《Briefings in functional genomics》 2016年15卷5期 385-395页

            【关键词】 chromosomal conformation capture; long-range interactions; chromatin interactions;

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            23. New conformational polymorph of hydrochlorothiazide with improved solubility

            【外文期刊】 Saini, Anupam ; Chadha, Renu ; 等 《Pharmaceutical development and technology》 2016年21卷1/8期 611-618页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Conformation; crystal structure; crystal energy landscape;

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            24. Simulations of flow induced structural transition of the beta-switch region of glycoprotein Ib alpha

            【外文期刊】 Han, Mengzhi ; Xu, Ji ; 等 《Biophysical Chemistry: An International Journal Devoted to the Physical Chemistry of Biological Phenomena》 2016年209卷 9-20页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Glycoprotein Ib alpha; Protein conformational transition; Metadynamics;

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            25. A biological cosmos of parallel universes: does protein structural plasticity facilitate evolution?

            【外文期刊】 Meier S ; Ozbek S ; 《BioEssays: news and reviews in molecular, cellular and developmental biology》 2007年29卷11期 1095-1104页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 LONG-RANGE INTERACTIONS; ENERGY LANDSCAPE THEORY; ONE SEQUENCE;

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            26. Key features of an Hsp70 chaperone allosteric landscape revealed by ion-mobility native mass spectrometry and double electron-electron resonance

            【外文期刊】 Lai, Alex L. ; Clerico, Eugenia M. ; 等 《The Journal of biological chemistry》 2017年292卷21期 8773-8785页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 70-kilodalton heat shock protein (Hsp70); allosteric regulation; chaperone DnaK (DnaK);

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            27. Effect of Disease Causing Missense Mutations on Intrinsically Disordered Regions in Proteins

            【外文期刊】 Seera, Suryanarayana ; Nagarajaram, Hampapathalu A. ; 2022年29卷3期 254-267页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Conformational heterogeneity; Intrinsically disordered protein; intrinsically disordered region;

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            28. When fast is better: protein folding fundamentals and mechanisms from ultrafast approaches

            【外文期刊】 Victor Munoz ; Michele Cerminara ; 《The Biochemical Journal》 2016年473卷Pt.17期 2545-2559页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 conformational rheostats; molecular dynamics simulations; nuclear magnetic resonance;

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            29. Invited Review Evolution of the Concept of Conformational Dynamics of Enzyme Functions Over Half of a Century: A Personal View

            【外文期刊】 Péter Závodszky ; István Hajdú ; 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2013年99卷4期 263-269页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 conformational selection; energy landscape; protein dynamics;

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            30. Single-cell measurement of higher-order 3D genome organization with scSPRITE

            【外文期刊】 Arrastia, Mary, V ; Jachowicz, Joanna W. ; 等 2022年40卷1期 64-+页

            【关键词】 CHROMOSOME CONFORMATION; SUPER-ENHANCERS; NANOG LOCUS;

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            31. Rigorous analysis of free solution glycosaminoglycan dynamics using simple, new tools

            【外文期刊】 Nagarajan, Balaji ; Sankaranarayanan, Nehru Viji ; 等 2020年30卷8期 516-527页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 carbohydrates; conformational analysis; energy landscape;

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            32. Dynamical regulations of protein-ligand bindings at single molecular level

            【外文期刊】 Sagawa T ; Azuma T ; 等 《Biochemical and Biophysical Research Communications》 2007年355卷3期 770-775页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 single-molecular dynamics; X-ray; binding affinity;

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            33. Complementarity of structure ensembles in protein-protein binding

            【外文期刊】 Grunberg R ; Leckner J ; 等 《Structure》 2004年12卷12期 2125-2136页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 SIDE-CHAIN CONFORMATIONS; MOLECULAR RECOGNITION; DYNAMICS SIMULATIONS;

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            34. A comparative study for the intermediate states of myelin oligodendrocyte glycoprotein in the absence and presence of glycan - A computational approach

            【外文期刊】 Mathews, Rita ; Ramya, L. ; 《Journal of molecular graphics & modelling》 2020年96卷

            【关键词】 Myelin oligodendrocyte glycoprotein; GLYCAM; Steered Molecular Dynamics;

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            35. Aging dynamics in globular proteins: summary and analysis of experimental results and simulation by a modified trap model

            【外文期刊】 Herenyi L. ; Szigeti K. ; 等 《European Biophysics Journal》 2004年33卷1期 68-75页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Anomalous diffusion; Energy landscape; Spectral diffusion;

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            36. Temperature and solvent dependence of the dynamical landscape of tau protein conformations

            【外文期刊】 Bianconi, A. ; Ciasca, G. ; 等 《Journal of Biological Physics》 2012年38卷1期 169-179页 SCISCIE

            【关键词】 Intrinsic disordered proteins; Protein conformations; Temperature effects in protein fluctuations;

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            37. INTERMEDIATES AND KINETIC TRAPS IN THE FOLDING OF A LARGE RIBOZYME REVEALED BY CIRCULAR DICHROISM AND UV ABSORBANCE SPECTROSCOPIES AND CATALYTIC ACTIVITY

            【外文期刊】 Pan T. ; Sosnick TR. ; 《Nature structural biology》 1997年4卷11期 931-938页 MEDLINE

            【关键词】 Group-i ribozyme; Transfer ribonucleic-acid; Tetrahymena ribozyme;

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            38. Probing light-induced conformational transitions in bacterial photosynthetic reaction centers embedded in trehalose-water amorphous matrices

            【外文期刊】 Francia F ; Palazzo G ; 等 《Biochimica et biophysica acta. Bioenergetics》 2004年1658卷1/2期 50-57页 SCISCIE

            【关键词】 photosynthetic reaction center; trehalose; electron transfer;

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            39. Pathway complexity of Alzheimer's beta-amyloid A beta(16-22) peptide assembly

            【外文期刊】 Santini S ; Wei GH ; 等 《Structure》 2004年12卷7期 1245-1255页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 SOLID-STATE NMR; ACTIVATION-RELAXATION TECHNIQUE; MONTE-CARLO SIMULATIONS;

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            40. Conformational landscape of non-B variants of HIV-1 protease: A pulsed EPR study

            【外文期刊】 Tran, Trang T. ; Liu, Zhanglong ; 等 《Biochemical and Biophysical Research Communications》 2020年532卷2期 219-224页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 HIV-1 Protease; Non-B subtypes; Natural polymorphisms;

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            41. Local structural preferences and dynamics restrictions in the urea-denatured state of SUMO-1: NMR characterization

            【外文期刊】 Kumar A ; Srivastava S ; 等 《Biophysical Journal》 2006年90卷7期 2498-2509页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 NUCLEAR-MAGNETIC-RESONANCE; ENERGY LANDSCAPE THEORY; POLYPROLINE-II HELIX;

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            42. Physico-chemical properties of molten dimer ascorbate oxidase

            【外文期刊】 Nicolai E ; Di Venere A ; 等 《The FEBS journal》 2006年273卷22期 5194-5204页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 conformational change; dimeric intermediate; high pressure;

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            43. Protein dynamics and function: Insights from the energy landscape and solvent slaving

            【外文期刊】 Frauenfelder H ; Fenimore PW ; 等 《IUBMB life》 2007年59卷8/9期 506-512页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 protein motions; conformation space; energy landscape;

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            44. Predicting new protein conformations from molecular dynamics simulation conformational landscapes and machine learning

            【外文期刊】 Yiming Jin ; Linus O. Johannissen ; 等 2021年89卷8期 915-921页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 autoencoder; Calmodulin; conformational landscape;

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            45. Distinct unfolding and refolding pathways of ribonuclease a revealed by heating and cooling temperature jumps

            【外文期刊】 Torrent J ; Marchal S ; 等 《Biophysical Journal》 2008年94卷10期 4056-4065页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 CONFORMATIONAL FOLDING PATHWAY; NUCLEAR MAGNETIC-RESONANCE; PANCREATIC RIBONUCLEASE;

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            46. What lies in the future of high-pressure bioscience?

            【外文期刊】 Balny C ; 《Biochimica et biophysica acta: BBA: International journal of biochemistry, biophysics and molecular biololgy. Proteins and Proteomics》 2006年1764卷3期 632-639页 SCISCIE

            【关键词】 high pressure; biotechnology; folding;

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            47. Conformational space exploration of met- and leu-enkephalin using the MOLS method, molecular dynamics, and monte carlo simulation-a comparative study

            【外文期刊】 Ramya, L. ; Gautham, N. ; 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2012年97卷3期 165-176页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 conformational energy landscape; molecular dynamics; MOLS sampling;

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            48. Evolutionary divergence in the conformational landscapes of tyrosine vs serine/threonine kinases.

            【外文期刊】 Joan,Gizzio ; Abhishek,Thakur ; 等 《eLife》 2022年11卷

            【关键词】 coevolution; computational biology; conformational landscape;

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            49. Thermodynamics and folding landscapes of large proteins from a statistical mechanical model.

            【外文期刊】 Soundhararajan,Gopi ; Akashnathan,Aranganathan ; 等 《Current research in structural biology》 2019年1卷 6-12页

            【关键词】 Conformational entropy; Electrostatics; Energy landscape;

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            50. Effect of the Solvent Temperatures on Dynamics of Serine Protease Proteinase K. oa

            【外文期刊】 Peng,Sang ; Qiong,Yang ; 等 《International journal of molecular sciences》 2016年17卷2期 254页 SCIMEDLINE

            【关键词】 conformational sampling; free energy landscape; hierarchical dynamics of proteins;

            OA
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