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【中文期刊】 罗江毅 姚音 《河南科学》 2023年41卷8期 1093-1101页
【摘要】 依赖于临床标签的氨基酸致病突变预测方法通常由于标签存在跨基因的偏差、稀疏噪声等因素,出现性能膨胀的情况.为解决此问题,创新地在不需要标签的情况下,利用预训练蛋白质语言模型计算ClinVar数据库中突变位点的氨基酸概率分布,并基于此分布构造突...
【中文期刊】 李怡凡 王怡 等 《生物工程学报》 2023年39卷9期 3710-3723页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 作为细胞结构与功能的中心参与者,蛋白质一直是生命科学研究的中心主题.分析蛋白质序列变异对其结构、功能的影响,是研究蛋白的重要手段之一.近年一种称为深度突变扫描(deep mutational scanning,DMS)的技术被广泛应用于蛋白...
【外文期刊】 Daniel,Ellis ; Natalie,Brunette ; 等 《Frontiers in immunology》 2021年12卷 710263页
【关键词】 SARS-CoV-2; antigen stabilization; computational protein design;
【外文期刊】 JunJie,Wee ; Jiahui,Chen ; 等 《Computers in biology and medicine》 2024年182卷 109101页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 BA.2; COVID-19; Deep mutational scanning;
【外文期刊】 Angélica V,Medina-Cucurella ; Yaqi,Zhu ; 等 《Biotechnology and bioengineering》 2018年115卷8期 1925-1937页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 conformational epitope mapping; deep mutational scanning; nerve growth factor;
【外文期刊】 Monica B,Kirby ; Brian M,Petersen ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2025年122卷4期 e2412787122页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 antibodies; antibody development; deep mutational scanning;
【外文期刊】 Jakub,Otwinowski ; David M,McCandlish ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2018年115卷32期 E7550-E7558页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 deep mutational scanning; evolution; fitness landscape;
【外文期刊】 Hugh K,Haddox ; Adam S,Dingens ; 等 《eLife》 2018年7卷
【关键词】 BG505; ExpCM; deep mutational scanning;
【外文期刊】 Jochen,Weile ; Song,Sun ; 等 《Molecular systems biology》 2017年13卷12期 957页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 complementation; deep mutational scanning; genotype–phenotype;
【外文期刊】 Thomas D,Burton ; Nicholas S,Eyre ; 《Viruses》 2021年13卷6期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Dengue; Influenza; SARS-CoV-2;
【外文期刊】 Shahbaz,Ahmed ; Gopinath,Chattopadhyay ; 等 《Frontiers in molecular biosciences》 2022年9卷 997653页
【关键词】 chemical labeling; deep sequencing; evolutionary conservation;
【外文期刊】 Ali,Nikoomanzar ; Derek,Vallejo ; 等 《ACS synthetic biology》 2019年8卷6期 1421-1429页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 TNA; deep mutational scanning; droplet sorting;
【外文期刊】 Alexander F,McDonnell ; Marcin,Plech ; 等 《Molecular systems biology》 2024年20卷7期 825-844页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Deep Mutational Scanning; Eye Development; Transcription Factor;
【外文期刊】 Juhye M,Lee ; John,Huddleston ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2018年115卷35期 E8276-E8285页 SCIMEDLINECABP
【外文期刊】 Brendan B,Larsen ; Teagan,McMahon ; 等 《Cell》 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Nipah; deep mutational scanning; virus evolution;
【外文期刊】 Amelie,Stein ; Douglas M,Fowler ; 等 《Trends in biochemical sciences》 2019年44卷7期 575-588页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 computational biophysics; deep mutational scanning; genomics;
【外文期刊】 Matteo,De Leonardis ; Jorge,Fernandez-de-Cossio-Diaz ; 等 《BMC bioinformatics》 2024年25卷1期 229页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Computational biology; Deep mutational scanning; Directed evolution;
【外文期刊】 Lei,An ; Yueqiang,Wang ; 等 《Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine》 2023年255卷 14-25页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Deep mutational scanning; EGFR rare mutation; Functional classification of variants;
【外文期刊】 Carlos G,Acevedo-Rocha ; Matteo,Ferla ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2018年1685卷 87-128页
【关键词】 Cytochrome P450 monooxygenase; Deep mutational scanning; Directed evolution;
【外文期刊】 Megan,Leander ; Yuchen,Yuan ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2020年117卷41期 25445-25454页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 allostery; deep mutational scanning; functional plasticity;
【外文期刊】 Allison J,Greaney ; Andrea N,Loes ; 等 《Cell host & microbe》 2021年29卷3期 463-476.e6页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 RBD; SARS-CoV-2; antibody escape;
【外文期刊】 Matthew S,Faber ; James T,Van Leuven ; 等 《ACS synthetic biology》 2020年9卷1期 125-131页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Golden Gate cloning; deep mutational scanning; genome engineering;
【外文期刊】 David,Mavor ; Kyle A,Barlow ; 等 《Biology open》 2018年7卷7期 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Deep mutational scanning; Evolution; Ubiquitin;
【外文期刊】 Rasmus Krogh,Norrild ; Kristoffer Enøe,Johansson ; 等 《Cell reports methods》 2022年2卷11期 100333页
【外文期刊】 Bo,Wang ; Shahab,Razavi ; 等 《Computational and structural biotechnology journal》 2023年21卷 2434-2445页 SCIMEDLINE
【关键词】 Alzheimer's disease; Convolutional neural networks; Deep learning;
【外文期刊】 Glenna Wink,Foight ; Amy E,Keating ; 《Protein science : a publication of the Protein Society》 2016年25卷7期 1273-89页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 bacterial surface display; deep mutational scanning; interaction specificity;
【外文期刊】 Brian G,Peterson ; Jiwon,Hwang ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 ERAD; Endoplasmic reticulum associated degradation; UPS;
【外文期刊】 Nisha D,Kamath ; Kenneth A,Matreyek ; 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2024年2774卷 135-152页
【关键词】 Bxb1 integrase; DNA recombinase; Deep mutational scanning;
【外文期刊】 Warren,van Loggerenberg ; Shahin,Sowlati-Hashjin ; 等 《American journal of human genetics》 2023年110卷10期 1769-1786页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 AIP; HMBS,; acute hepatic porphryia;
【外文期刊】 Jacob D,Mehlhoff ; Marc,Ostermeier ; 《Methods in enzymology》 2020年643卷 203-224页 MEDLINE
【关键词】 Deep mutational scanning; Distribution of fitness effects; Fitness landscape;
【外文期刊】 Jesse D,Bloom ; 《Molecular biology and evolution》 2014年31卷10期 2753-69页 SCIMEDLINECABP
【外文期刊】 Adam S,Dingens ; Hugh K,Haddox ; 等 《Cell host & microbe》 2017年21卷6期 777-787.e4页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 HIV-1; PGT151; antibody escape;
【外文期刊】 Max V,Staller ; Eddie,Ramirez ; 等 《Cell systems》 2022年13卷4期 334-345.e5页
【关键词】 activation domain; all-atom simulations; deep mutational scanning;
【外文期刊】 Michael,Hicks ; Istvan,Bartha ; 等 《Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America》 2019年116卷18期 8960-8965页 SCIMEDLINECABP
【外文期刊】 Hugh K,Haddox ; Jared G,Galloway ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 Deep Mutational Scanning; Global Epistasis; Protein Evolution;
【外文期刊】 Alexandra M,Bendel ; Kristjana,Skendo ; 等 《BMC genomics》 2024年25卷1期 630页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Deep mutational scanning; High-throughput assay; Method optimization;
【外文期刊】 David,Mavor ; Kyle,Barlow ; 等 《eLife》 2016年5卷
【关键词】 S. cerevisiae; biophysics; chemical biology;
【外文期刊】 Sven,Larsen-Ledet ; Søren,Lindemose ; 等 《Structure (London, England : 1993)》 2025年33卷2期 262-273.e6页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 AlphaFold2; DMS; MAVE;
【外文期刊】 Andrew,Savinov ; Sebastian,Swanson ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【关键词】 Biological Sciences / Biophysics and Computational Biology; FragFold; Inhibitory peptides;
【外文期刊】 Brian P H,Metzger ; Yeonwoo,Park ; 等 《eLife》 2024年12卷
【关键词】 S. cerevisiae; deep mutational scanning; evolutionary biology;
【外文期刊】 Paul,Kennouche ; Arthur,Charles-Orszag ; 等 《The EMBO journal》 2019年38卷22期 e102145页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 bacterial adhesion; deep mutational scanning; meningitis;
【外文期刊】 Justin R,Klesmith ; John-Paul,Bacik ; 等 《ACS synthetic biology》 2015年4卷11期 1235-43页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 biomass conversion; deep mutational scanning; fast pyrolysis;
【外文期刊】 Paul J,Steiner ; Zachary T,Baumer ; 等 《Bio-protocol》 2020年10卷15期 e3697页
【关键词】 Deep Mutational Scanning; Directed Evolution; Nicking Mutagenesis;
【外文期刊】 Vanessa E,Gray ; Katherine,Sitko ; 等 《G3 (Bethesda, Md.)》 2019年9卷11期 3683-3689页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Amyloid; Amyloid beta; Deep mutational scanning;
【外文期刊】 Ziyuan,Jiang ; Anne E,van Vlimmeren ; 等 《bioRxiv : the preprint server for biology》
【外文期刊】 Krystian A,Kozek ; Andrew M,Glazer ; 等 《Heart rhythm》 2020年17卷12期 2180-2189页 SCIMEDLINE
【关键词】 Deep mutational scanning; K(V)11.1; KCNH2;
【外文期刊】 Sarah,Gersing ; Matteo,Cagiada ; 等 《Genome biology》 2023年24卷1期 97页 SCIMEDLINE
【关键词】 Deep mutational scanning; Diabetes; Variants of uncertain significance;
【外文期刊】 Laura M,Haynes ; Matthew L,Holding ; 等 《Protein science : a publication of the Protein Society》 2025年34卷4期 e70088页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 SERPINs; coevolution; deep mutational scanning;
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