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【中文期刊】 景凯 徐志伟 等 《山东大学学报（医学版）》 2024年62卷1期 21-30页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的 利用生物信息学分析方法,结合 GEO 数据库,探讨获取结直肠肿瘤关键基因的差异表达情况.方法 使用GEO数据库分析结直肠肿瘤患者的肿瘤组织和正常组织基因表达数据,使用GEO2R筛选差异表达基因(differential express...
【中文期刊】 陈秀敏 吴熊军 等 《中国计划生育和妇产科》 2024年16卷11期 72-76页 ISTIC
【摘要】 目的 基于基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)分析子痫前期(preeclampsia,PE)患者血浆外泌体miRNA表达特征及调控网络.方法 筛选GEO数据库中PE患者的miRNA表达谱数据.时间截点为2...
【中文期刊】 Mackenzie A.Marrella Fernando H.Biase 《畜牧与生物技术杂志（英文版）》 2023年14卷5期 1869-1879页
【摘要】 Background A gap currently exists between genetic variants and the underlying cell and tissue biology of a trait,and exp...
【关键词】 Differential gene expression； eQTL analysis； Gene expression；
【中文期刊】 李旺宁 梁梦静 等 《生物工程学报》 2023年39卷11期 4563-4579页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 为研究莱茵衣藻丝/苏氨酸蛋白激酶(silk/threonine protein kinase,STK)介导藻细胞蓝光响应的分子机制,本文对蓝光胁迫下莱茵衣藻STK突变株系crstk11(AphvⅢ盒反向插入stk11基因编码区)进行表型鉴定...
【中文期刊】 阮珍 寇久社 《中国组织工程研究》 2025年29卷18期 3767-3774页 ISTICPKUCA
【摘要】 背景:医用臭氧局部注射作为一种新的治疗方法,对损伤的骨骼肌组织具有抗炎、镇痛及免疫调节等作用,但其作用机制尚缺乏系统的研究.目的:观察医用臭氧对兔骨骼肌挤压伤模型的干预效应,通过转录组测序与标记定量蛋白技术分析损伤的兔胫骨前肌在经过臭氧治疗...
【中文期刊】 许娟 胡琬琪 《医学分子生物学杂志》 2025年22卷1期 76-83页 ISTICCA
【摘要】 目的 应用生物信息学工具探索糖酵解相关基因(glycolysis-related genes,GRGs)在胃癌中的表达及基于其所构建的风险评分模型与胃癌患者预后的关系.方法 从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,...
【中文期刊】 陈尚金 钟双泽 等 《安徽医药》 2025年29卷1期 74-78,后插2-后插4页 ISTICCA
【摘要】 目的 探索肾透明细胞癌(ccRCC)发生和进展的相关关键基因,研究其潜在的作用机制及预后价值.方法 该研究于2022年11月始通过CEO2R在线分析工具对GEO数据库中的GSE6344和GSE53757进行差异表达基因(DEGs)的筛选并取...
【中文期刊】 沈怡媛 尤超 等 《磁共振成像》 2024年15卷1期 6-13页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 探讨MRI联合临床病理特征在乳腺癌人表皮生长因子受体2(human epidermal growth factor receptor 2,HER-2)表达状态中的鉴别诊断价值,尤其是在HER-2低表达乳腺癌中的鉴别诊断价值.材料与方法...
【关键词】 乳腺癌； 人表皮生长因子受体2； 磁共振成像；
【中文期刊】 高玉广 钟洁 等 《中国组织工程研究》 2024年28卷20期 3182-3189页 ISTICPKUCA
【摘要】 背景:急性脑出血中存在差异表达的基因,这些基因与脑出血发生发展有关.目的:筛选急性脑出血大鼠模型脑组织中差异表达的基因和关键基因,并采用qPCR进行验证,分析关键基因与脑出血后神经功能、脑组织含水量的关系.方法:78只SD大鼠随机分为2组:...
【中文期刊】 孙俊丽 王昭君 等 《中国医科大学学报》 2024年53卷9期 769-776页 ISTICPKUCABP
【摘要】 目的 基于生物信息学方法筛选急性缺血性脑卒中(IS)后心功能不全的关键基因及信号通路.方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE102558数据集,以P<0.05且|log2FC|>0.6筛选差异表达基因(DEG).Cytoscape软...
【中文期刊】 吕卓辰 罗士元 等 《临床麻醉学杂志》 2024年40卷11期 1184-1191页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs).方法 从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症...
【中文期刊】 邵妍丽 卢贝 等 《西北植物学报》 2024年44卷7期 1105-1112页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 [目的]WRKY是植物特异性转录因子家族之一,参与植物多种生命活动,但在草莓中鲜见WRKY70相关报道.深入解析WRKY70同源基因在草莓响应胁迫过程中的作用,加快分子育种技术应用,培育新草莓种质资源.[方法]用同源克隆法从'红颜'草莓果实...
【中文期刊】 张雅兰 蒋甜甜 等 《郑州大学学报（医学版）》 2024年59卷6期 788-791页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的:分析小鼠感染肝毛细线虫后第20和90天肝脏miRNA表达谱,筛选并鉴定差异表达miRNA.方法:将20只6周龄BABL/c雄性小鼠随机分为4组,分别为第20天感染组和对照组、第90天感染组和对照组,感染组以20卵/只的剂量灌胃感染期肝...
【中文期刊】 俎高钰 李凤娇 等 《解剖学报》 2024年55卷4期 482-492页 ISTICCSCDCABP
【摘要】 目的 分析人基底神经节各核团的分子标志物以及不同核团间、不同性别、疾病相关的差异表达,探讨差异表达基因的生物学功能.方法 针对来源于10具人尸脑45个基底神经节核团样本,按是否有神经疾病分为对照组和帕金森病组,对照组按性别分为女性和男性组,...
【中文期刊】 刘瑞雪 李德生 等 《癌变.畸变.突变》 2024年36卷1期 21-28,34页 ISTICCA
【摘要】 目的:基于血清脂质组学研究新疆哈萨克族食管鳞状细胞癌(ESCC)患者的脂质代谢特征.方法:选取2018年1月—2020年12月新疆医科大学第一附属医院胸外科就诊的30例哈萨克族ESCC患者(ESCC组),另外选择同期在新疆医科大学健康管理中...
【中文期刊】 杨晢铭 李佳荫 等 《临床军医杂志》 2024年52卷7期 666-670页 ISTICCA
【摘要】 目的 探究胃癌及肝癌中差异表达的基因,并分析其生物学功能及其在临床应用中的潜在价值.方法 在基因表达综合数据库中选取胃癌相关数据集GSE79943 及肝癌相关数据集GSE84402 进行分析.通过对两个数据集的基因表达数据进行差异分析确定共...
【中文期刊】 侯洁欣 戴吉 等 《中国血液流变学杂志》 2024年34卷2期 202-207页 ISTICCA
【摘要】 目的 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定与病毒性脓毒症儿童患者相关的关键基因.方法 使用GSE119217数据集进行差异表达基因(DEGs)分析,筛选病毒性脓毒症儿童患者相关的DEGs.采用WGCNA筛选与脓毒症临床特征相关性最高...
【中文期刊】 张冠 杨登科 《联勤军事医学》 2024年38卷11期 966-970页 ISTIC
【摘要】 目的 研究肾结石的关键差异基因、信号通路及蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,从而寻找潜在的诊疗靶点,为难治性、复发性、遗传高风险性结石提供新的诊疗思路.方法 基于生物信息学方法和R...
【中文期刊】 宋尖卓 马健 等 《新疆医科大学学报》 2024年47卷4期 526-532页 ISTICCA
【摘要】 目的 探讨鸟氨酸脱羧酶1(ODC1)基因对前列腺癌细胞PC-3 LncRNA表达的影响,为进一步研究其作用及调控机制提供一些实验基础和线索.方法 以前列腺癌细胞PC-3作为研究对象,敲低ODC1基因,经q-PCR检测及 WB检测验证后采用I...
【中文期刊】 石水波 罗龙华 等 《中华男科学杂志》 2024年30卷9期 782-788页 MEDLINEISTICCSCDCA
【摘要】 目的:通过DNBSEQ平台测序技术构建文库,并以此来确定人类正常与弱精子症精子中lncRNA和mRNA的表达差异,并通过生物信息学方法分析其在弱精子症中的生物学意义.方法:将9份正常精液样本及9份弱精子症精液样本分组后,分离精子,提取总RN...
【中文期刊】 王芳 李建婷 等 《医学研究杂志》 2024年53卷3期 50-55页 ISTIC
【摘要】 目的 利用低叶酸饲喂联合甲氨蝶呤(methotrexate,MTX)诱导的小鼠神经管畸形(neural tube defects,NTDs)模型,分析孕9.5天胎鼠脑组织和脊髓组织基因转录表达的变化,探讨可能影响神经组织发育的功能基因及转录...
【中文期刊】 高志鹏 贾迪 等 《哈尔滨医科大学学报》 2024年58卷2期 120-128页 ISTICCA
【摘要】 目的 筛选肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)中预后相关免疫基因并解析其在乳腺癌中的预后价值.方法 获取癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库1 086 例乳腺癌样本和...
【中文期刊】 孙秀玲 冯馨阅 等 《北华大学学报（自然科学版）》 2024年25卷6期 795-800页 ISTICCA
【摘要】 目的 探讨大鼠孕期暴露DBP对子代睾丸mRNA差异表达的影响.方法 选取清洁级SD成年鼠,雌雄比例1:2交配,确定怀孕后行DBP染毒,试验组灌胃剂量为500 mg/kg,同时设置对照组,每组8只;试验组老鼠染毒至哺乳期结束,饲养子代雄鼠60...
【关键词】 邻苯二甲酸二丁酯(DBP)； mRNA； 睾丸；
【中文期刊】 苏轶楣 滕腾 等 《中国医药导报》 2024年21卷24期 109-116,145页 ISTICCA
【摘要】 目的 应用生物信息学对变应性鼻炎患者与健康对照者的鼻黏膜细胞间差异表达基因进行分析,探索变应性鼻炎的发病机制及关键基因.方法 从GEO数据库中下载5名健康对照者鼻上皮细胞样品和7例变应性鼻炎患者鼻上皮细胞样品的芯片数据(GSE43523)....
【中文期刊】 王晶 董辉 等 《生物信息学》 2024年22卷3期 183-191页 ISTIC
【摘要】 采用生物信息学方法,通过公共数据库,分析系统性红斑狼疮(SLE)N6-甲基腺苷(m6A)修饰谱系.基于公共数据建立SLE m6A传修饰表达谱,分析m6A相关的DEGs在SLE中的潜在作用;利用ADEx数据库获取DEGs,利用m6A GEO数...
【中文期刊】 崔永康 苟小军 等 《医学研究杂志》 2024年53卷12期 78-87页 ISTIC
【摘要】 目的 探讨非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)的关键基因,构建NAFLD疾病进程的风险预测模型并进行验证.方法 基于GEO数据库中已有的NAFLD表达谱芯片数据集,采用差异表达基...
【关键词】 非酒精性脂肪性肝病； 差异表达基因分析； KEGG通路富集分析；
【中文期刊】 鲁增辉 石萍 等 《中医药导报》 2024年30卷11期 76-81页 ISTIC
【摘要】 目的:探究东亚钳蝎蝎身和蝎尾中活性多肽成分及相关基因的表达差异.方法:通过Illumina Hiseq测序平台分别对东亚钳蝎蝎身和蝎尾进行转录组学测序和生物信息学分析.结果:转录组测序共获得70 160条unigenes,对其中5 859个...
【中文期刊】 刘晓雅 常孟孟 等 《中国现代医生》 2024年62卷14期 6-10,18页
【摘要】 目的 利用基因共表达权重网络(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)探索与尿道下裂发病相关的潜在基因.方法 利用WGCNA算法将数据集GSE35034 处理并构建基因共表达权重...
【中文期刊】 薛天源 何钰晴 等 《山西农业大学学报（自然科学版）》 2024年44卷1期 1-13页
【摘要】 [目的]为了解青蒿(Artemisia annua L.)查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)基因家族的分子进化特性及其在不同组织部位的表达情况.[方法]从Pfam数据库下载CHS蛋白HMM模型,并使用HUMMER 3...
【中文期刊】 佘细虹 曾智 等 《内科》 2024年19卷3期 302-307页
【摘要】 目的 应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合差异表达基因(DEG)分析法鉴定重度抑郁症(MDD)的关键基因.方法 从基因表达数据库中获取MDD患者和健康志愿者死后脑组织mRNA微阵列数据.应用WGCNA和DEG分析法筛选与MDD最显著...
【关键词】 重度抑郁症； 加权基因共表达网络分析； 生物标志物；
【中文期刊】 张雪梅 彭亚彬 等 《食品研究与开发》 2024年45卷13期 179-186页
【摘要】 曲酸是一种真菌次生代谢产物,在化妆品、食品和制药工业中有多种用途.为揭示米曲霉发酵生产曲酸的生物合成机制,该研究利用基因工程的手段获得一株kojR过表达菌株T58 号,摇瓶发酵曲酸产量最高达到 29.54 g/L,较原始米曲霉菌株 3.04...
【中文期刊】 赵茜 冯晓诗 等 《锦州医科大学学报》 2024年45卷4期 1-10页 CA
【摘要】 目的 鉴定和验证胶质瘤发生发展及预后的相关基因.方法 利用孟德尔随机化方法筛选与胶质瘤发生风险相关的蛋白.基于TCGA数据库获取胶质瘤组织与癌旁组织的差异表达基因,整合风险蛋白和差异表达基因,并使用LASSO回归分析进一步筛选关键基因;使用...
【中文期刊】 夏敬青 刘海荣 等 《浙江农林大学学报》 2024年41卷2期 223-233页
【摘要】 [目的]探究短时间中波紫外线(UV-B)辐射对三叶青Tetrastigma hemsleyanum酚类成分、抗氧化能力及相关基因表达的影响.[方法]将 3 年生三叶青苗经UV-B持续辐射 12.0 h,在 0、0.5、1.0、3.0、6.0...
【中文期刊】 郑燕钗 王育婷 等 《创伤与急诊电子杂志》 2024年12卷3期 203-211页
【摘要】 目的 筛选急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)的核心基因,并预测相应基因的潜在治疗药物.方法 从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载数据集GSE24519与...
【中文期刊】 刘梦莹 蔡浩 等 《赣南医学院学报》 2024年44卷5期 441-449页
【摘要】 目的:高通量筛选结合生物信息学分析方法寻找乳腺癌关键基因,为探讨乳腺癌潜在分子标志物、提高对乳腺癌发生发展机制的认识提供指导.方法:⑴从GEO数据库筛选所需基因芯片数据集,利用GEO2R在线分析各数据集的差异表达基因,绘制韦恩图得到共同显著...
【中文期刊】 张珂 张敏 等 《中国畜牧兽医》 2024年51卷7期 2739-2750页
【摘要】 [目的]筛选广西麻鸡卵巢中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA)以及微RNA(microRNAs,miRNA),并进一步筛选出与鸡产蛋性状相关的...
【中文期刊】 孙苗苗 张大 等 《河南外科学杂志》 2024年30卷1期 14-17页
【摘要】 目的 研究HOXC9在神经母细胞瘤(Nuroblastoma,NB)中的表达与临床应用.方法 筛选来自TARGET数据库的NB基因表达数据集,分析差异表达基因(DEG);再利用DAVID数据库进行富集分析,筛选出NB关键基因并进行预后分析....
【中文期刊】 张慧琼 张倩 等 《华中师范大学学报（自然科学版）》 2024年58卷5期 542-550页
【摘要】 阿尔茨海默病(AD)与铜(Cu)、铁(Fe)代谢紊乱密切关联.该文完成了 AD病患外周血、海马区中的微阵列测序数据与人源Cu、Fe蛋白组的比较与生物信息学分析.结果显示外周血中NDUFS2基因及对应蛋白变化显著,可作AD检测靶标;海马区中8...
【中文期刊】 邱彦博 易晓华 等 《动物医学进展》 2024年45卷8期 89-93页
【摘要】 免疫球蛋白(immunoglobulins,Igs)是存在于人和动物血清、组织液及其他外分泌液中的一类具有抗体性质的球蛋白,是构成免疫防御的重要组成部分.研究普遍认为免疫球蛋白基因在物种进化中相对保守,但近几年的研究发现,Ig基因多样化的特...
【中文期刊】 邓义佳 王润东 等 《中国食品学报》 2024年24卷8期 435-447页
【摘要】 为探究枯草芽孢杆菌在盐胁迫下降解组胺的机制,以枯草芽孢杆菌JZXJ-7为试验菌株,在添加170 mmol/L和340 mmol/L NaCl的液态培养环境中培养48 h,通过测定组胺降解率和菌落生长情况,同时对降解菌株进行转录组高通量测序,...
【中文期刊】 赵一明 许海洋 《吉林大学学报（医学版）》 2023年49卷5期 1280-1289页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:采用生物信息学方法分析与多形性胶质母细胞瘤(GBM)发生发展相关的关键基因和候选通路,探讨GBM的发病机制和治疗靶点.方法:自癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达综合(GEO)数据库获得基因表达数据集TCGA-GBM及GSE76...
【中文期刊】 张佳琪 张新新 等 《西北植物学报》 2023年43卷10期 1653-1662页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 大叶杨(Populus lasiocarpa)是中国特有的杨属物种,干旱和水淹是影响大叶杨生长和分布范围的2个关键因子.AP2/ERF转录因子家族在植物响应非生物胁迫中发挥重要作用.研究采用转录组测序、生物信息学分析手段并结合分子实验验证初...
【中文期刊】 白旭 冯嘉伟 等 《环境昆虫学报》 2023年45卷4期 997-1008页 ISTICPKUCSCD
【摘要】 滞育(Diapause)是昆虫发育停滞或减缓的生理状态,家蚕Bombyx mori作为卵滞育的代表,其滞育过程已得到广泛研究,但诱导滞育发生的分子机制尚不清楚.二化性家蚕滞育性由遗传和母系在胚胎期所处的环境条件决定,25℃催青蚕卵孵化后的家...
【中文期刊】 岳小真 常娇娇 等 《水生生物学报》 2023年47卷11期 1827-1837页 ISTICPKUCSCDCABP
【摘要】 为探讨草鱼抗菌肽Hepcidin(CiHep)过表达前后草鱼肾细胞系(Ctenopharyngodon idella kidney,CIK)miRNA表达谱变化及其分子机制,将构建的重组表达质粒pmCherry-N1-Cihep转染CIK细...
【中文期刊】 毛戬 温萍萍 等 《安徽医科大学学报》 2023年58卷12期 2081-2088页 ISTICPKUCA
【摘要】 目的 探究环状RNA(circRNA)在癫痫发病中的可能作用机制.方法 利用circRNA基因芯片检测癫痫患者与健康对照者外周静脉血中circRNA表达谱筛选出差异表达的 circRNA.利用 circPrimer、circMir、Targ...
【关键词】 环状RNA_0017178； 癫痫； 差异性表达；
【中文期刊】 孙语新 龚晓娟 等 《法医学杂志》 2023年39卷5期 433-440页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 应用生物信息学方法筛选出经尸体检验确诊的婴儿猝死综合征(sudden infant death syn-drome,SIDS)和婴儿感染性猝死(infectious sudden death in infancy,ISDI)死者脑、心...
【中文期刊】 Feng Xu Yifan Wang 等 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2022年20卷3期 446-454页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 MicroRNAs(miRNAs)are important regulators in gene expression.The dysregulation of miRNA expression is widely reported in...
【关键词】 MicroRNA； Cancer； Differential expression；
【中文期刊】 Wei Ma Chun-Yan Li 等 《中国神经再生研究（英文版）》 2022年17卷6期 1299-1309页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 During acute reperfusion,the expression profiles of long noncoding RNAs in adult rats with focal cerebral ischemia under...
【关键词】 cerebral infarction； differential expression analysis； expression profiling；
【中文期刊】 Alexandra J.Lee Dallas L.Mould 等 《基因组蛋白质组与生物信息学报（英文版）》 2022年20卷5期 912-927页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Genome-wide transcriptome profiling identifies genes that are prone to differential expression(DE)across contexts,as wel...
【关键词】 Neural network； Transcriptomics； Software；
【中文期刊】 Qian-Ru He Meng Cong 等 《中国神经再生研究（英文版）》 2022年17卷8期 1833-1840页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 Peripheral nerve fibroblasts play a critical role in nerve development and regeneration. Our previous study found that p...
【关键词】 brain-derived neurotrophic factor； differential gene expression； F-actin；
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