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【中文期刊】 郭峰 王晨宇 等 《现代泌尿外科杂志》 2025年30卷3期 215-222页 ISTICCA
【摘要】 目的 采用生物信息学分析筛选与肾透明细胞癌(KIRC)发生密切相关的分子生物标志物,并验证其在临床样本中的表达水平.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取KIRCⅠ期 mRNA测序数据,用主成分分析(PCA)降维处理,筛选差异表达基因...
【中文期刊】 张舟 黄碧 等 《岭南现代临床外科》 2025年25卷1期 12-18页
【摘要】 目的 本研究旨在通过比较不完全射频消融(IRFA)处理肝细胞癌(HCC)患者与HCC的基因表达谱,识别与IRFA处理HCC相关的差异表达基因,并提供潜在治疗靶点.方法 从GEO数据库中下载GSE212604数据集,根据是否接受IRFA治疗分...
【中文期刊】 张桢淳 李永唯 等 《中国动脉硬化杂志》 2024年32卷4期 310-318页 ISTICCA
【摘要】 [目的]从空间与基因共表达网络的角度揭示跨种属的缺血性心力衰竭机制.[方法]从美国国立生物技术信息中心基因表达数据库(NCBI-GEO)中检索获得GSE210374和GSE57338高通量测序数据,利用R语言软件程序包分析筛选在心肌梗死大鼠...
【中文期刊】 修占杰 刘佳玙 等 《天津医科大学学报》 2024年30卷6期 535-542页 ISTIC
【摘要】 目的:基于强直性脊柱炎(AS)基因芯片数据,应用生物信息学分析方法识别免疫细胞亚型相关的关键基因及药物靶点预测.方法:GEO数据库下载AS基因表达数据,筛选差异表达基因(DEGs);运用R软件包进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全...
【关键词】 强直性脊柱炎； 差异表达基因； 加权基因共表达网络分析；
【中文期刊】 李威材 秦刚 等 《实用肿瘤杂志》 2024年39卷4期 344-355页 ISTICCA
【摘要】 目的 利用生物信息学方法筛选出与骨肉瘤(osteosarcoma,OS)相关的关键基因,以作为OS的潜在诊断标志物和新治疗靶点.方法 从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中检索下载 2 个符合本研究...
【中文期刊】 舒佳玉 王欢 等 《现代肿瘤医学》 2024年32卷19期 3636-3642页 ISTICCA
【摘要】 目的:筛选口腔鳞状细胞癌(OSCC)中铁死亡相关新型生物标志物,并分析免疫细胞浸润情况.方法:从GEO数据库中下载OSCC数据集.利用R软件筛选差异表达基因(DEGs)并进行功能和通路富集分析,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)探究基...
【中文期刊】 申杨 段子博 等 《天津医科大学学报》 2024年30卷5期 391-398页 ISTIC
【摘要】 目的:利用生物信息学方法筛选外阴鳞状细胞癌(VSCC)的关键基因及分析免疫浸润特征.方法:从GEO数据库中下载VSCC相关基因表达数据,应用差异表达基因(DEGs)分析和加权基因共表达网络分析筛选出共同的DEGs,对DEGs进行富集分析.采...
【关键词】 外阴鳞状细胞癌； 加权基因共表达网络分析； 差异表达基因；
【中文期刊】 杨新瑞 刘艳华 等 《包头医学院学报》 2024年40卷1期 30-35页 CA
【摘要】 目的:通过生物信息学的方法挖掘帕金森病(Parkinson's disease,PD)的关键基因,为PD提供新的诊断标志物及免疫细胞浸润特征.方法:从高通量基因表达(gene expression omnibus,GEO)数据库下载合并GS...
【中文期刊】 朱虹颖 王建波 《介入放射学杂志》 2023年32卷9期 875-880页 ISTICPKUCSCD
【摘要】 目的 从分子水平探索支架内再狭窄(ISR)的关键基因,以及ISR的发病机制.方法 通过基因表达综合(GEO)公共数据库获取GSE46560数据集,利用R语言的limma包分析获得ISR组与对照之间的差异表达基因(DEG),并对外周血的微阵列...
【中文期刊】 黄子葵 李斐 等 《中国医学科学院学报》 2023年45卷4期 597-607页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 基于系统生物信息学分析鼻咽癌样本基因芯片数据,筛选鼻咽癌的潜在预测基因,并对其进行实验验证.方法 通过基因表达综合数据库筛选鼻咽癌数据集,通过limma包进行差异分析,加权基因共表达网络包进行加权基因共表达网络分析,绘制韦恩图寻找共同...
【中文期刊】 李梁珊 赵虎 等 《检验医学》 2023年38卷9期 825-832页 ISTICCA
【摘要】 目的 采用生物信息学分析方法挖掘结直肠癌(CRC)关键基因,作为潜在的预后生物标志物.方法 从基因表达综合(GEO)数据库获取与CRC相关的GSE33113数据集.采用R软件中的limma程序包获取CRC组织与癌旁组织的差异表达基因,采用D...
【关键词】 差异表达基因； 加权基因共表达网络分析； EXO1；
【中文期刊】 孔腾 程灵婧 等 《中华疾病控制杂志》 2023年27卷10期 1193-1203页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 应用生物信息学方法分析确定原发性干燥综合征(primary Sj?gren's syndrome,pSS)患者和健康对照者的特征基因,在转录组学水平上为pSS的发病机制提供思路和理论依据.方法 从基因表达综合(gene express...
【中文期刊】 程优 刘影 等 《生物技术》 2024年34卷6期 707-714,787页 ISTICCA
【摘要】 [目的]探究艾塞那肽治疗糖尿病的机制和靶基因.[方法]下载数据集筛选差异表达基因,构建疗效相关的共表达网络筛选加权基因,选取两组数据交集基因并使用蛋白互作网络确立核心基因,使用糖尿病模型小鼠验证核心基因.[结果]共获取15个交集基因,综合G...
【中文期刊】 陈昌勤 李莉 等 《中华危重病急救医学》 2021年33卷6期 659-664页 MEDLINEISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别脓毒症发生发展过程中的关键基因。方法:从基因表达数据库（GEO）中下载基因表达数据集GSE154918，其中包含对照40例、无症状感染12例、脓毒症39例、脓毒症随访14例，共105例芯片数...
【关键词】 脓毒症； 加权基因共表达网络分析； 差异表达基因；
【中文期刊】 张泽鑫 吴汶丰 等 《中华消化杂志》 2021年41卷5期 336-343页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的:结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因，并分析差异共表达基因与预后的关系。方法:基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别...
【关键词】 结肠肿瘤； 加权基因共表达网络分析； 差异基因表达分析；
【中文期刊】 王万鹏 傅承宏 等 《中华消化杂志》 2019年39卷6期 390-396页 ISTICPKUCSCDCA
【摘要】 目的 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)对食管鳞状细胞癌(ESCC)发展相关基因进行筛选,并通过实验验证.方法 以基因芯片平台(GPL)570、GPL571、GPL96/97或GPL14613为基础,从基因表达数据库(GEO)中下载E...
【关键词】 计算生物学； 加权基因共表达网络分析； 食管鳞状细胞癌；
【中文期刊】 《中国神经再生研究（英文版）》 2019年14卷9期 1610-1616页 SCIMEDLINEISTICCSCDCABP
【摘要】 In recent years, a large number of differentially expressed genes have been identified in human umbilical cord mesenchym...
【关键词】 nerve regeneration； ischemic cerebral infarction； human umbilical cord mesenchymal stem cell treatment；
【外文期刊】 Diandian,Li ; Yi,Liu ; 等 《International journal of clinical and experimental pathology》 2020年13卷7期 1698-1706页 MEDLINEBP
【外文期刊】 Lushun,Yuan ; Guang,Zeng ; 等 《International journal of biological sciences》 2018年14卷3期 266-279页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 biomarker; clear cell renal cell carcinoma (ccRCC); differentially expressed genes (DEGs);
【外文期刊】 Fangfang,Zhu ; Jiang,Li ; 等 《BMC genomic data》 2021年22卷Suppl 1期 54页
【关键词】 Differentially co-expression analysis; Gene co-expression analysis; Gene interaction network;
【外文期刊】 Zheru,Ma ; Jing,Sun ; 等 《Frontiers in endocrinology》 2024年15卷 1341366页
【关键词】 DrugBank; bioinformatics analysis; diagnostic biomarkers;
【外文期刊】 Jin-Yu,Sun ; Yang,Hua ; 等 《BMC medical genomics》 2021年14卷1期 135页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Calcific aortic valve disease; Differentially expressed genes; Integrated bioinformatics analysis;
【外文期刊】 Dingying,Ma ; Jun,Qiao ; 等 《Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University》 2020年29卷6期 649-659页 SCIMEDLINE
【关键词】 differentially expressed genes; ischemia/reperfusion; protein–protein interaction network;
【外文期刊】 Xuefeng,Li ; Yu,Liang ; 等 《International heart journal》 2018年59卷1期 197-202页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Co-expression clustering analysis; Differentially expressed genes; Functional enrichment analysis;
【外文期刊】 Weili,Yang ; Pu,Zhao ; 等 《Journal of cellular biochemistry》 2022年123卷4期 736-745页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 alternative splicing events; co-expression network; congenital lung malformations;
【外文期刊】 Feng,Jin ; Lei,Li ; 等 《Frontiers in genetics》 2021年12卷 707713页
【关键词】 Gene Expression Omnibus; candidate blood messenger RNA biomarkers; competitive endogenous RNA microarray;
【外文期刊】 Ling'an,Yu ; Haiying,Tao ; 《Biochemical genetics》 2023年61卷1期 221-237页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Bioinformatics analysis; Diabetic nephropathy; Differentially expressed genes;
【外文期刊】 Guangsheng,Yuan ; Jiahao,Shi ; 等 《BMC genomics》 2024年25卷1期 733页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Fusarium Graminearum ; Co-expression network analysis; Defense-related phytohormones;
【外文期刊】 Zhicheng,Liao ; Pengcheng,Jia ; 等 《Frontiers in immunology》 2024年15卷 1464259页
【关键词】 Mendelian randomization analysis; co-expressed genes; differentially expressed genes;
【外文期刊】 Xiaozhun,Tang ; Xiaoliang,Huang ; 等 《Gene》 2019年704卷 142-148页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Differentially expressed genes (DEGs); Papillary thyroid carcinoma (PTC); Pathological stage;
【外文期刊】 X,Zhao ; H,Cai ; 等 《Neoplasma》 2016年63卷2期 239-45页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 differentially expressed genes; functional enrichment analysis; gastric cancer;
【外文期刊】 Nan,Zhang ; Baiyi,Bai ; 等 《BMC plant biology》 2025年25卷1期 294页 SCIMEDLINECABP
【外文期刊】 Mohita,Mahajan ; Angshuman,Sarkar ; 等 《Journal of cell communication and signaling》 2023年17卷3期 773-791页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Co-expression network; Differentially expressed gene; Gene regulatory network;
【外文期刊】 Jiangang,Cao ; Han,Ding ; 等 《Annals of translational medicine》 2021年9卷20期 1525页
【关键词】 Osteoarthritis (OA); differentially expressed genes (DEGs); gene set variation analysis (GSVA);
【外文期刊】 Ahmad,Tahmasebi ; Ali,Niazi ; 《Frontiers in plant science》 2021年12卷 668736页
【关键词】 C3 and C4 plants; differentially co-expression; drought stress;
【外文期刊】 Huan,Chen ; Xupeng,Chen ; 等 《Frontiers in genetics》 2022年13卷 939328页
【关键词】 bioinformatics; cancer-related fibroblasts; cervical cancer;
【外文期刊】 Shuai,Liu ; Zhisheng,Huang ; 等 《Journal of cellular and molecular medicine》 2021年25卷3期 1725-1738页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 differentially expressed genes; hub genes; network analysis;
【外文期刊】 Zhengfei,Ma ; Ping,Zhong ; 等 《European neurology》 2022年85卷3期 212-223页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Differentially expressed mRNAs; Differentially expressed miRNAs; Functional enrichment;
【外文期刊】 Aditi,Karmakar ; Md Maqsood,Ahamad Khan ; 等 《Frontiers in cell and developmental biology》 2022年10卷 743224页
【关键词】 DNA methylation; biomarkers; co-expression network analysis;
【外文期刊】 Hong,Yue ; B O,Yang ; 等 《Experimental and therapeutic medicine》 2016年11卷5期 1707-1715页
【关键词】 Alzheimer's disease; differentially co-expressed genes and links; empirical Bayesian;
【外文期刊】 Chunxia,Li ; Zexiang,Gao ; 等 《Frontiers in plant science》 2023年14卷 1251464页
【关键词】 anthocyanins; differentially expressed genes; mung bean;
【外文期刊】 Xize,Wu ; Changbin,Yuan ; 等 《Scientific reports》 2024年14卷1期 16364页
【关键词】 Bioinformatics; Differentially expressed genes; Immune infiltration microenvironment;
【外文期刊】 Zhongxiang,Yu ; Hanlin,Zou ; 等 《Frontiers in oncology》 2020年10卷 571524页
【关键词】 bone metastatic CRPC; differentially expressed genes; hub genes;
【外文期刊】 Bin,Zhao ; Yanqiu,You ; 等 《BMC medical genetics》 2019年20卷1期 54页 MEDLINE
【外文期刊】 Huimin,Wang ; Xiujiang,Han ; 等 《Hereditas》 2021年158卷1期 23页 SCIMEDLINEBP
【关键词】 Alzheimer's disease; Biomarker; Differentially expressed genes;
【外文期刊】 Chiyu,Liu ; Haifeng,Zhang ; 等 《Frontiers in genetics》 2020年11卷 602908页
【关键词】 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes; atherosclerosis; bioinformatics;
【外文期刊】 Xiang,Jin ; Lijun,Xu ; 等 《DNA and cell biology》 2020年39卷6期 965-974页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 differentially expressed genes; lung adenocarcinoma; meta-analysis;
【外文期刊】 Guina,Liu ; Mingqi,Tan ; 等 《Frontiers in genetics》 2024年15卷 1378340页
【关键词】 CDH18; age-related macular degeneration; differentially expressed genes;
【外文期刊】 Miao,Wang ; Xingyuan,Xiao ; 等 《Gene》 2016年592卷1期 78-85页 SCIMEDLINECABP
【关键词】 Bladder cancer; Co-expression network analysis; Differentially expression genes;
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