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              1. 基于丁酸钠的新型HDAC4抑制剂的设计与模拟

              【中文期刊】 贾梦珠 韩迪  等 《化学研究与应用》 2023年35卷7期 1556-1564页

              【摘要】 组蛋白的乙酰化水平异常与多种癌症相关.研究表明,与组蛋白乙酰化水平调控相关的组蛋白去乙酰化酶4(Histone deacetylase 4,HDAC4)在鼻咽癌、胃癌、直肠癌等癌症患者体内的表达明显高于正常水平.本研究以对HDAC4 具有一...

              【关键词】 组蛋白去乙酰化酶4抑制剂； 基于片段的药物设计； 分子动力学模拟；

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              2. 基于计算机辅助药物设计的VEGFR2和PD-L1双靶点抑制剂的筛选

              【中文期刊】 郑伟 童荣生  等 《合成化学》 2023年31卷5期 321-328页

              【摘要】 肝细胞癌(HCC)是世界上最具侵袭性的实体恶性肿瘤之一,尽管近几十年来在肝切除术、射频消融和肝移植等方面取得了显著进展,但HCC患者的愈后仍不乐观,主要原因是HCC的高复发率和转移率以及该疾病对化疗和靶向治疗的耐受性.VEGFR2和PD-L...

              【关键词】 VEGFR2； PD-L1； 双靶点；

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              3. 采用分子模拟方法探究MIF与二芳基三唑类抑制剂的结合机理

              【中文期刊】 许磊  《江苏理工学院学报》 2023年29卷2期 93-104页

              【摘要】 采用一整套分子模拟方法,从原子水平探究了MIF与二芳基三唑类抑制剂的微观结合模式及结构决定性因素.基于能量计算和结合机理的分析发现:高活性二芳基三唑类抑制剂的设计需要与N325形成较强的氢键相互作用,与非极性氨基酸I64形成较强的疏水相互作...

              【关键词】 MIF； 二芳基三唑类抑制剂； 分子对接；

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              4. 29nt-RNA适配子与NF-κB P50复合物的分子动力学模拟

              【中文期刊】 王亚婧 李锦莲  等 《黑龙江医药科学》 2011年34卷4期 84-85页

              【摘要】 目的:研究29nt-RNA适配子与NF-κB P50作用的结构基础,为RNA适配子的结构改造提供理论指导.方法:采用分子动力学、MM-GBSA自由能计算等方法对RNA适配子与NF-κB P50复合物进行动力学模拟以及分解能计算.结果:29n...

              【关键词】 NF-κB P50； RNA； 分子动力学模拟；

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              5. 计算机辅助药物设计筛选鞘氨醇激酶1型抑制剂

              【中文期刊】 苟淳婷 冯蓉  等 《华西药学杂志》 2024年39卷6期 649-654页 ISTICPKUCSCDCA

              【摘要】 目的 寻找和发现具有新骨架的鞘氨醇激酶1型(SphK1)抑制剂,并预测其活性.方法 采用药效团模型和分子对接虚拟筛选ChemDiv数据库,得到排序靠前的化合物,并通过定量构效关系(QSAR)模型预测其活性.结果 得到6个化合物,其Fit v...

              【关键词】 鞘氨醇激酶1型； 小分子抑制剂； 计算机辅助药物设计；

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              6. 小分子核糖原合成酶激酶3β/程序性死亡配体1双靶点抑制剂的虚拟筛选

              【中文期刊】 梁琦 何俊  等 《华西药学杂志》 2023年38卷4期 359-365页 ISTICPKUCSCDCA

              【摘要】 目的 筛选核糖原合成酶激酶3β(GSK3β)/程序性死亡配体1(PD-L1)双靶点抑制剂,并预测其活性.方法 采用药效团模型和分子对接方法筛选ChemDiv数据库,得到排序靠前的化合物,并通过定量构效关系(QSAR)模型预测其活性.结果 得...

              【关键词】 程序性死亡配体1； 核糖原合成酶激酶3β； 药效团模型；

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              7. HIV-1跨膜蛋白gp41与N-取代吡咯衍生物的结合模式研究 oa

              【中文期刊】 丛肖静 谭建军  等 《生物化学与生物物理进展》 2010年37卷8期 904-915页 SCIISTICPKUCSCDCABP

              【关键词】 HIV-1融合抑制剂； 跨膜蛋白gp41； 分子对接；

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              8. Molecular mechanism of anionic stabilizer for telomere G-quadruplex

              【中文期刊】 Zhiguo Wang Jianfeng Li  等 《生物物理学报(英文)》 2022年8卷4期 225-238页

              【关键词】 Telomere G-quadruplex； Anionic stabilizer； Selective mechanism；

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              9. Bulbine frutescens phytochemicals as novel ABC-transporter inhibitor: a molecular docking and molecular dynamics simulation study

              【中文期刊】 Prem Prakash Kushwaha Santosh Kumar Maurya  等 《癌症转移与治疗（英文版）》 2021年7卷1期 20-32页

              【摘要】 Aim: The present in silico study aimed to evaluate the ATP-binding cassette (ABC) transporter inhibition potential of Bu...

              【关键词】 Cancer drug resistance； ABC-transporter； natural inhibitors；

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              10. 补体蛋白C3c与抑制剂Compstatin的结合自由能计算

              【中文期刊】 杨威 张峰  等 《大连海洋大学学报》 2013年28卷2期 154-159页

              【关键词】 分子动力学； MM-PBSA/GBSA方法； 结合自由能；

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              11. 基于虚拟筛选方法从化合物数据库中筛选SARS-COV-2的2'-O-甲基转移酶抑制剂

              【中文期刊】 储晓慧 宋昱  等 《化学研究与应用》 2022年34卷5期 1016-1024页

              【摘要】 由SARS-CoV-2病毒引起的新型冠状病毒肺炎COVID-19对世界各国的日常生活和卫生保健系统造成了前所未有的冲击,治疗该疾病的特效药仍在紧张的研制中.2'-O-甲基转移酶(nsp16)催化了SARS-COV-2的RNA"加帽"反应,是...

              【关键词】 SARS-CoV-2； 2’-O-甲基转移酶； 药效团；

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              12. 基于网络药理学与分子对接研究垂盆草治疗急性肝损伤的分子机制

              【中文期刊】 魏海云 杜星锴  等 《华西药学杂志》 2022年37卷2期 149-154页 ISTICPKUCSCDCA

              【摘要】 目的 研究垂盆草中的黄酮类与氰苷类物质治疗急性肝损伤的分子机制.方法 通过数据库筛选出药物与疾病的共同靶点,用网络药理学构建相互作用网络,通过拓扑分析筛选核心靶点,构建PPI网络,通过GO与KEGG富集分析寻找与垂盆草中的黄酮类和氰苷类物质...

              【关键词】 垂盆草； 黄酮类； 氰苷类；

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              13. 针对透明细胞肾细胞癌的靶向抑制剂设计

              【学位论文】 作者： 冯立军 导师：康从民  青岛科技大学  药学 药物化学（硕士） 2021年

              【摘要】 肾细胞癌是最常见的癌症之一，其中绝大部分都是透明细胞肾细胞癌，而且还存在向其他癌症发展的倾向。目前，针对缺氧诱导因子HIF-2α靶向治疗ccRCC是一种直接有效的方法。研究表明，HIF-2α和原癌基因c-Myc协同促进ccRCC肿瘤进展，H...

              【关键词】 肾细胞癌； 靶向抑制剂；

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              14. Nek2蛋白激酶抑制剂的理论设计和选择性机制研究

              【学位论文】 作者： 汤心怡 导师：侯廷军  浙江大学  药学 药学（硕士） 2019年

              【摘要】 Nek2(NIMA，Never-in-mitosis A-related kinase2)是一种丝/苏氨酸激酶，其在细胞周期调控中起到很关键的作用。多项研究表明，在多种癌症中存在Nek2的过度表达，且Nek2过度表达可引起染色体不稳定性、细...

              【关键词】 Nek2抑制剂； 分子对接；

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              15. 靶向抗癌药物抑制机理的计算研究与分子设计

              【学位论文】 作者： 吕敏 导师：张晓昀  兰州大学  化学 分析化学（硕士） 2015年

              【摘要】 癌症是一种DNA损伤修复反应(DDR)失能的疾病.随着人们对肿瘤中的重要细胞信号通路越来越多地了解,靶向治疗成为了目前癌症治疗的一种有效手段.使用药物作用于更多特殊、失调和突变的信号通路来抑制致癌激酶的方法是癌症治疗的一个较好的选择.因此,...

              【关键词】 抗癌药物； 分子模拟；

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              16. Allosteric sites can be identified based on the residue-residue interaction energy difference

              【会议论文】马晓旻 第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会 2014年

              【摘要】 Background: Allosteric drugs, taking an action-at-a-distance mechanism to achieve regulations on the protein functions, ...

              【关键词】 allosteric site identification； MM/GBSA； energy decomposition；

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              17. MM/PBSA和MM/GBSA对蛋白-配体自由能计算精度的评估研究

              【会议论文】侯廷军 中国化学会第28届学术年会 2012年

              【摘要】 <正>基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注,其中MM/PBSA和MM/GBSA就是其中最具代表性的方法.MM/PBSA和MM/GBSA方法基于分子力学和连续介质模型方法来计算两个分子间的结合自由能.研究首先采...

              【关键词】 MM/PBSA； MM/GBSA； 结合自由能；

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              18. Exploring structural and thermodynamic stabilities of human prion protein pathogenic mutants D202N,E211Q and Q217R

              【会议论文】 中国化学会第28届学术年会 2012年

              【摘要】 The central event in the pathogenesis of prion protein (PrP) is a profound conformational change from its α-helical (PrP...

              【关键词】 familial prion diseases； molecular dynamics simulation； prion protein (PrP)；

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              19. 糖原合成酶激酶3β结构与功能的分子模拟研究

              【学位论文】 作者： 陆绍永 导师：吴天星 蒋勇军  浙江大学  化学 化学（博士） 2012年

              【摘要】 糖原合成酶激酶(Glycogensynthesiskinanse3，GSK3)是一种多功能的丝/苏氨酸蛋白激酶，在哺乳动物体内存在两种高度同源的a和β亚型。GSK3在胰岛素、Wnt、Hedgehog、NGF、Reelin以及核因子等多种细胞...

              【关键词】 糖原合成酶激酶3β； 分子动力学模拟；

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              20. Molecular Dynamics Studies on the Enzalutamide Resistance Mechanisms Induced by Androgen Receptor Mutations

              【外文期刊】 Liu Hongli ; Wang Lingyan ; 等 《Journal of cellular biochemistry.》 2017年118卷9期 2792-2801页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 ANDROGEN RECEPTOR ANTAGONIST; ENZALUTAMIDE; DRUG RESISTANCE;

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              21. The competitive binding between inhibitors and substrates of HCV NS3/4A protease: A general mechanism of drug resistance

              【外文期刊】 Yan Guan ; Huiyong Sun ; 等 《Antiviral Research》 2014年103卷 60-70页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 HCV; Drug resistance; Molecular dynamics;

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              22. Structure-based virtual screening, ADMET profiling, and molecular dynamics simulation studies on HIV-1 protease for identification of active phytocompounds as potential anti-HIV agents

              【外文期刊】 Panda, Madhusmita ; Purohit, Priyanka ; 等 2022年48卷10/12期 1031-1049页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 HIV-1 protease; phytocompounds; Virtual screening;

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              23. Effect of Polarization of Ligand Charges and Estimation of MM/GBSA Binding Free Energies of Some Pyrazolo[3,4-d]pyrimidine Inhibitors of Mycobacterium Tuberculosis in View of Experimental Results

              【外文期刊】 Kumar Shukla, Bindesh ; Yadava, Umesh ; 《Current enzyme inhibition》 2017年13卷3期 216-225页

              【关键词】 mycobacterium tuberculosis; GAUSSIAN03; MM/GBSA;

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              24. Spike protein recognizer receptor ACE2 targeted identification of potential natural antiviral drug candidates against SARS-CoV-2

              【外文期刊】 Pokhrel, Sushil ; Bouback, Thamer A. ; 等 2021年191卷 1114-1125页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 ACE2; COVID-2019; Molecular dynamics simulation;

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              25. Discovery of potent Covid-19 main protease inhibitors using integrated drug-repurposing strategy

              【外文期刊】 Kumar, Muthu T. ; Rohini, K. ; 等 《Biotechnology and Applied Biochemistry》 2021年68卷4期 712-725页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 autoQSAR; DrugBank; glide;

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              26. Assessing the performance of MM/PBSA and MM/GBSA methods. 8. Predicting binding free energies and poses of protein-RNA complexes

              【外文期刊】 Chen, Fu ; Sun, Huiyong ; 等 《RNA》 2018年24卷9期 1183-1194页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 binding free energy; docking; MM/GBSA;

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              27. Molecular dynamics simulations study of influence of Tyr422Ala mutation on transcriptional enhancer activation domain 4 (TEAD4) and transcription co-activators complexes

              【外文期刊】 Niu, Rui-Juan ; Zheng, Qing-Chuan ; 等 《Journal of Theoretical Biology》 2019年472卷 27-35页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 MD simulation; MM/GBSA; TEAD4;

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              28. Enhanced stability of a naringenin/2,6-dimethyl β-cyclodextrin inclusion complex: Molecular dynamics and free energy calculations based on MM- and QM-PBSA/GBSA

              【外文期刊】 Waratchada Sangpheak ; Wasinee Khuntawee ; 等 《Journal of molecular graphics & modelling》 2014年50卷 10-15页

              【关键词】 Naringenin; Cyclodextrin; Inclusion complex;

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              29. Discovery of a latent calcineurin inhibitory peptide from its autoinhibitory domain by docking, dynamic simulation, and in vitro methods

              【外文期刊】 Harish, B. M. ; Saraswathi, R. ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2016年34卷5/6期 983-992页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 calcineurin; AID; docking;

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              30. Structure-based drug repurposing: Traditional and advanced AI/ML-aided methods

              【外文期刊】 Choudhury, Chinmayee ; Murugan, N. Arul ; 等 2022年27卷7期 1847-1861页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 Drug repurposing; Machine learning; Force field;

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              31. Sequence and structure insights of kazal type thrombin inhibitor protein: Studied with phylogeny, homology modeling and dynamic MM/GBSA studies

              【外文期刊】 Jadhav, Aparna ; Dash, RadhaCharan ; 等 《International Journal of Biological Macromolecules: Structure, Function and Interactions》 2018年108卷 1045-1052页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 Phylogeny; Kazal protein; Homology modeling;

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              32. A molecular dynamics investigation into the mechanisms of alectinib resistance of three ALK mutants

              【外文期刊】 He Muyang ; Li Weikang ; 等 《Journal of cellular biochemistry.》 2018年119卷7期 5332-5342页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 alectinib; ALK; drug‐resistance mutation;

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              33. In-silico screening and microsecond molecular dynamics simulations to identify single point mutations that destabilize beta-hexosaminidase A causing Tay-Sachs disease

              【外文期刊】 Almanasra, Ahmad ; Havranek, Brandon ; 等 《Proteins: Structure, Function, and Genetics》 2021年89卷11期 1587-1601页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 binding affinity; hydrogen bonding; MM;

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              34. Identification of potent inhibitors against snake venom metalloproteinase (SVMP) using molecular docking and molecular dynamics studies

              【外文期刊】 Chinnasamy, Sathishkumar ; Chinnasamy, Selvakkumar ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2015年33卷7/8期 1516-1527页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 QPLD and density functional theory; Prime/MM-GBSA; molecular dynamics simulation;

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              35. A comparative study of trypsin specificity based on QM/MM molecular dynamics simulation and QM/MM GBSA calculation

              【外文期刊】 Chen, Jianzhong ; Wang, Jinan ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2015年33卷11/12期 2606-2618页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 QM; MM molecular dynamics simulations; MM-GBSA method;

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              36. Binding mode analysis of anti-influenza drugs in H1N1 (2009) and H5N1 influenza A virus and designing of potential H1N1 inhibitors

              【外文期刊】 DepartmentofBioinformatics,AlagappaUniversity ; 《International journal of computational biology and drug design》 2015年8卷1期 1-18页

              【关键词】 H1N1; H5N1; MM/GBSA;

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              37. Design of Novel Imidazopyrazine Derivative against Breast Cancer via Targeted NPY1R Antagonist

              【外文期刊】 Vidya Niranjan ; Vibha R ; 等 《Anti-cancer agents in medicinal chemistry》 2023年23卷15期 1783-1793页 SCIEMEDLINE

              【关键词】 NPY1R; imidazopyrazine; MM-GBSA;

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              38. Imidazole and Biphenyl Derivatives as Anti-cancer Agents for Glioma Therapeutics: Computational Drug Repurposing Strategy

              【外文期刊】 Poomimaa Murali ; Ramanathan Karuppasamy ; 《Anti-cancer agents in medicinal chemistry》 2023年23卷9期 1085-1101页 SCIEMEDLINE

              【关键词】 Mutated IDH1 protein; tanimoto coefficient; glide docking;

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              39. Therapeutic potential of Chromolaena odorata phyto-constituents against human pancreatic α-amylase

              【外文期刊】 Babatomiwa,Kikiowo ; Joseph A.,Ogunleye ; 等 2022年40卷3/4期 1801-1812页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 ADME; Diabetes Mellitus; E-pharmacophore;

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              40. Molecular docking studies, in-silico ADMET screening, MM-GBSA binding free energy of some novel chalcone substituted 9-anilinoacridines as topoisomerase II inhibitors

              【外文期刊】 Rajagopal Kalirajan ; K. Iniyavan ; 等 2020年13卷4期 347-358页

              【关键词】 acridine; chalcone; docking studies;

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              41. Investigation of the N-BP Binding at FPPS by Combined Computational Approaches

              【外文期刊】 Stefanucci, Azzurra ; Marrone, Alessandro ; 等 《Medicinal chemistry》 2015年11卷5期 417-431页

              【关键词】 Bisphosphonate; docking; FPPS;

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              42. Molecular dynamics simulation and free energy calculation studies of kinase inhibitors binding to active and inactive conformations of VEGFR-2

              【外文期刊】 Wu, XiaoYun ; Wan, ShanHe ; 等 《Journal of molecular graphics & modelling》 2015年56卷 103-112页

              【关键词】 VEGFR-2; Type I inhibitors; Type II inhibitors;

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              43. Cooperative hydrogen bonds and mobility of the non-aromatic ring as selectivity determinants for human acetylcholinesterase to similar anti-Alzheimer’s galantaminics: a computational study

              【外文期刊】 Rocha ; R.E.O. ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2019年37卷7/8期 1843-1856页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 acetylcholinesterase; AchE: acetylcholinesterase; AD: Alzheimer’s disease;

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              44. Identification of potent food constituents as SARS-CoV-2 papain-like protease modulators through advanced pharmacoinformatics approaches

              【外文期刊】 Bhowmick, Shovonlal ; Saha, Achintya ; 等 2022年111卷

              【关键词】 SARS-CoV-2 PLpro; Food compounds; Virtual screening;

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              45. Exploring binding mechanisms of VEGFR2 with three drugs lenvatinib, sorafenib, and sunitinib by molecular dynamics simulation and free energy calculation

              【外文期刊】 Wang Yu ; Peng Cheng ; 等 《Chemical biology and drug design》 2019年93卷5期 934-948页

              【关键词】 hydrophobic contact scanning; MM/GBSA; molecular dynamics simulation;

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              46. Computational investigation of imidazopyridine analogs as protein kinase B (Akt1) allosteric inhibitors by using 3D-QSAR, molecular docking and molecular dynamics simulations

              【外文期刊】 Gu, Xi ; Wang, Ying ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2021年39卷1/2期 63-78页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 Akt1; 3D-QSAR; molecular docking;

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              47. Design of novel lead molecules against RhoG protein as cancer target - a computational study

              【外文期刊】 Dasari, Thirupathi ; Kondagari, Bhargavi ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2017年35卷13/14期 3119-3139页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 homology modelling; molecular dynamics; prime MM-GBSA;

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              48. Molecular basis of the recognition of FMN by a HAD phosphatase TON_0338

              【外文期刊】 Niu, Rui-Juan ; Zheng, Qing-Chuan ; 等 《Journal of molecular graphics & modelling》 2016年69卷 17-25页

              【关键词】 HAD phosphatase; TON_0338; FMN;

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              49. Druggability assessment of precursor membrane protein as a target for inhibiting the Zika virus

              【外文期刊】 Mulgaonkar N. ; Wang H. ; 等 2022年40卷7/8期 3508-3524页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 biolayer interferometry; Guillain-Barré syndrome; microcephaly;

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              50. Exploring molecular mechanism of allosteric inhibitor to relieve drug resistance of multiple mutations in HIV-1 protease by enhanced conformational sampling

              【外文期刊】 Chen, Jianzhong ; Peng, Cheng ; 等 《Proteins: Structure, Function, and Genetics》 2018年86卷12期 1294-1305页 SCISCIEMEDLINE

              【关键词】 allosteric inhibitor; HIV-1 protease; MM-GBSA;

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