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            1. Electrostatic balance between global repulsion and local attraction in reentrant polymerization of actin

            【外文期刊】 Ohnuki Jun ; Yodogawa Akira ; 等 《Cytoskeleton》 2017年74卷12期 504-511页

            【关键词】 Debye‐Hückel formula; G‐F transformation; generalized Born model;

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            2. Molecular dynamics simulation studies of a protein-RNA complex with a selectively modified binding interface

            【外文期刊】 Zhao Y ; Kormos BL ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2006年81卷4期 256-269页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 RNA-binding protein; U1A; RNA recognition motif;

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            3. Cooperative hydrogen bonds and mobility of the non-aromatic ring as selectivity determinants for human acetylcholinesterase to similar anti-Alzheimer’s galantaminics: a computational study

            【外文期刊】 Rocha ; R.E.O. ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2019年37卷7/8期 1843-1856页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 acetylcholinesterase; AchE: acetylcholinesterase; AD: Alzheimer’s disease;

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            4. Wnt Signaling in the Adult Hippocampal Neurogenic Niche

            【外文期刊】 Arredondo, Sebastian B. ; Valenzuela-Bezanilla, Daniela ; 等 2022年40卷7期 630-640页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Wnt; adult neurogenesis; hippocampus;

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            5. Identification of Pf Pf ENR inhibitors: A hybrid structure‐based approach in conjunction with molecular dynamics simulations

            【外文期刊】 Manhas Anu ; Patel Anjali ; 等 《Journal of cellular biochemistry.》 2018年119卷10期 8490-8500页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 HYDE assessment; molecular mechanics‐generalized born surface area (MM‐GBSA); molecular dynamics simulations;

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            6. Imperviousness as a predictor for infestation levels of container-breeding mosquitoes in a focus of dengue and Saint Louis encephalitis in Argentina

            【外文期刊】 Rubio,A. ; Cardo,M.V. ; 等 《Acta tropica: Journal of Biomedical Sciences》 2013年128卷3期 680-685页 SCISCIE

            【关键词】 Aedes aegypti; Culex pipiens; Generalized linear models;

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            7. Binding of aminoglycosidic antibiotics to the oligonucleotide A-site model and 30S ribosomal subunit: Poisson-Boltzmann model, thermal denaturation, and fluorescence studies

            【外文期刊】 Yang G ; Trylska J ; 等 《Journal of Medicinal Chemistry》 2006年49卷18期 5478-5490页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 GENERALIZED BORN MODEL; CRYSTAL-STRUCTURE; TRANSFER-RNA;

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            8. Hit Identification and Binding Mode Predictions by Rigorous Free Energy Simulations

            【外文期刊】 Michel J ; Essex JW ; 《Journal of Medicinal Chemistry》 2008年51卷21期 6654-6664页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 GENERALIZED BORN MODELS; PROTEIN-LIGAND DOCKING; HIV-1 REVERSE-TRANSCRIPTASE;

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            9. RLDOCK method for predicting RNA-small molecule binding modes

            【外文期刊】 Jiang, Yangwei ; Chen, Shi-Jie ; 《Methods: A Companion to Methods in Enzymology》 2022年197卷 97-105页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 RNA-ligand interaction; Flexible docking; Scoring function;

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            10. Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms

            【外文期刊】 Mori, Takaharu ; Miyashita, Naoyuki ; 等 《Biochimica et biophysica acta. Biomembranes》 2016年1858卷7 Pt.B期 1635-1651页 SCISCIE

            【关键词】 Generalized Born (GB) model; Generalized-ensemble algorithm; Replica-exchange molecular dynamics (REMD);

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            11. Modeling electrostatic effects in proteins

            【外文期刊】 Warshel A ; Sharma PK ; 等 《Biochimica et biophysica acta: BBA: International journal of biochemistry, biophysics and molecular biololgy. Proteins and Proteomics》 2006年1764卷11期 1647-1676页 SCISCIE

            【关键词】 electrostatic effect; enzyme catalysis; ion channel;

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            12. Cover Image, Volume 74, Issue 12

            【外文期刊】 Ohnuki Jun ; Yodogawa Akira ; 等 《Cytoskeleton》 2017年74卷12期 C1-C1页

            【关键词】 Debye‐Hückel formula; G‐F transformation; generalized Born model;

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            13. Coarse-grained lattice model simulations of sequence-structure fitness, of a ribosome-inactivating protein

            【外文期刊】 Olson MA ; Yeh IC ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2008年89卷2期 153-159页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 lattice model; multiscale modeling; protein engineering;

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            14. Computational basis of SARS-CoV 2 main protease inhibition: an insight from molecular dynamics simulation based findings

            【外文期刊】 Pramod,Avti ; Arushi,Chauhan ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2022年40卷19期 8894-8904页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Main protease (Mpro); molecular mechanics/Generalized87 Born model and solvent accessibility (MM/GBSA); molecular dynamics (MD);

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            15. Computer Simulation of the Spatial Structures of MUC1 PeptidesCapable of Inhibiting Apoptosis

            【外文期刊】 N. V. Ivanisenko ; I. N. Lavrik ; 等 《Russian Journal of Genetics: Applied Research》 2016年6卷7期 771-777页

            【关键词】 apoptosis; programmed cell death; FADD;

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            16. DNA structure: What's in charge?

            【外文期刊】 McConnell KJ. ; Beveridge DL. ; 《Journal of Molecular Biology》 2000年304卷5期 803-820页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Molecular dynamics; Dna; Ions;

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            17. Network analysis and ligand-based pharmacophore modeling for discovery of small molecule against glioblastoma multiforme

            【外文期刊】 Radhakrishnan, Vishnu Vasanthi ; Benny, Sonu ; 等 《Future medicinal chemistry》 2022年14卷16期 1203-1218页

            【关键词】 ADMET; docking; molecular mechanics with generalized Born and surface area solvation;

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            18. Linear spline multilevel models for summarising childhood growth trajectories: A guide to their application using examples from five birth cohorts

            【外文期刊】 Howe, Laura D. ; Tilling, Kate ; 等 《Statistical methods in medical research》 2016年25卷5期 1854-1874页

            【关键词】 child; growth; height;

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            19. Improving implicit solvent simulations: a Poisson-centric view

            【外文期刊】 Baker NA ; 《Current Opinion in Structural Biology》 2005年15卷2期 137-143页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; FINITE-ELEMENT SOLUTION; FREE-ENERGY CALCULATIONS;

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            20. Global optimisation by replica exchange with scaled hybrid Hamiltonians

            【外文期刊】 Xu WX ; Yang Y ; 等 《Molecular simulation》 2008年34卷6期 575-590页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 global optimisation; all-atom simulation; replica-exchange with scaled hybrid Hamiltonian;

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            21. A computational study of nucleosomal DNA flexibility

            【外文期刊】 Ruscio JZ ; Onufriev A ; 《Biophysical Journal》 2006年91卷11期 4121-4132页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 GENERALIZED BORN MODEL; MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; NUCLEIC-ACIDS;

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            22. Structural insights from an in silico molecular docking simulation of complement component 3a receptor 1 with an antagonist

            【外文期刊】 Misawa, Kensuke ; Sugai, Yoshiya ; 等 《Journal of molecular graphics & modelling》 2021年106卷

            【关键词】 Complement component 3a receptor 1; (C3aR); Homology modeling;

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            23. Acidic-basic properties of three alanine-based peptides containing acidic and 724 basic side chains: Comparison between theory and experiment

            【外文期刊】 Makowska J ; Baginska K ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2008年90卷5期 724-732页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 protonation state; potentiometric titration; pH-dependent conformation;

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            24. Dynamic behavior of the telomerase RNA hairpin structure and its relationship to dyskeratosis congenita

            【外文期刊】 Yingling YG ; Shapiro BA ; 《Journal of Molecular Biology》 2005年348卷1期 27-42页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 telomerase; RNA; molecular dynamics simulations;

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            25. A tetrazolyl-substituted subtype-selective AMPA receptor agonist

            【外文期刊】 Vogensen SB ; Frydenvang K ; 等 《Journal of Medicinal Chemistry》 2007年50卷10期 2408-2414页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 LIGAND-BINDING CORE; METHYL-D-ASPARTATE; IONOTROPIC GLUTAMATE RECEPTORS;

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            26. Virtual screening of DNA minor groove binders

            【外文期刊】 Evans DA ; Neidle S ; 《Journal of Medicinal Chemistry》 2006年49卷14期 4232-4238页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MOLECULAR-FORCE FIELD; PROTEIN-LIGAND INTERACTIONS; AUTOMATED DOCKING PROGRAMS;

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            27. Implicit solvent methods for free energy estimation

            【外文期刊】 Decherchi, Sergio ; Masetti, Matteo ; 等 《European Journal of Medicinal Chemistry: Chimie Therapeutique》 2015年91卷 27-42页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Implicit solvent models; Poisson-Boltzmann equation; Generalized Born model;

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            28. Accelerating all-atom protein folding simulations through reduced dihedral barriers

            【外文期刊】 Endres RG ; Endres RG ; 等 《Molecular simulation》 2005年31卷11期 773-777页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 protein folding; molecular dynamics; force field;

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            29. H++: a server for estimating pK(a)s and adding missing hydrogens to macromolecules

            【外文期刊】 Gordon JC ; Myers JB ; 等 《Nucleic Acids Research》 2005年33卷Suppl.7期 W368-W371页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 PROTEIN TITRATION CURVES; GENERALIZED BORN MODEL; IONIZABLE GROUPS;

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            30. Proton coupling and the multiscale kinetic mechanism of a peptide transporter

            【外文期刊】 Li, Chenghan ; Yue, Zhi ; 等 2022年121卷12期 2266-2278页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 PH MOLECULAR-DYNAMICS; GENERALIZED BORN MODEL; PARTICLE MESH EWALD;

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            31. Identification of anti-filarial leads against aspartate semialdehyde dehydrogenase of Wolbachia endosymbiont of Brugia malayi: combined molecular docking and molecular dynamics approaches

            【外文期刊】 Amala, Mathimaran ; Rajamanikandan, Sundaraj ; 等 《Journal of Biomolecular Structure and Dynamics》 2019年37卷1/2期 394-410页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 lymphatic filariasis; aspartate semialdehyde dehydrogenase; structure-based virtual screening;

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            32. NMR structure of biosynthetic engineered human insulin monomer B31(Lys)-B32(Arg) in water/acetonitrile solution. Comparison with the solution structure of native human insulin monomer

            【外文期刊】 Bocian W ; Borowicz P ; 等 《Biopolymers: Original Research on Biomolecules and Biomolecular Assemblies》 2008年89卷10期 820-830页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 modified human insulin B31Lys-B32Arg monomer; NMR structure; water-acetonitrile solvent;

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            33. Recent advances in the development and application of implicit solvent models in biomolecule simulations

            【外文期刊】 Feig M ; Brooks CL ; 《Current Opinion in Structural Biology》 2004年14卷2期 217-224页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; GENERALIZED BORN MODEL; FREE-ENERGY LANDSCAPE;

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            34. Recent advances in implicit solvent-based methods for biomolecular simulations

            【外文期刊】 Chen JH ; Brooks CL ; 等 《Current Opinion in Structural Biology》 2008年18卷2期 140-148页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; GENERALIZED BORN MODEL; CONSTANT-PH;

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            35. Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms. oa

            【外文期刊】 Takaharu,Mori ; Naoyuki,Miyashita ; 等 《Biochimica et biophysica acta》 2016年1858卷7 Pt B期 1635-51页 MEDLINE

            【关键词】 Generalized Born (GB) model; Generalized-ensemble algorithm; Replica exchange with solute tempering (REST);

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            36. Computational basis of SARS-CoV 2 main protease inhibition: an insight from molecular dynamics simulation based findings. oa

            【外文期刊】 Pramod,Avti ; Arushi,Chauhan ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 2022年40卷19期 8894-8904页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 Main protease (Mpro); dynamic cross-correlation matrix (DCCM); molecular dynamics (MD);

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            37. Advanced Sampling Methods for Multiscale Simulation of Disordered Proteins and Dynamic Interactions.

            【外文期刊】 Xiping,Gong ; Yumeng,Zhang ; 等 《Biomolecules》 2021年11卷10期

            【关键词】 Gō-model; conformational ensemble; enhanced sampling;

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            38. Effect of a buried ion pair in the hydrophobic core of a protein: An insight from constant pH molecular dynamics study.

            【外文期刊】 Arup K,Pathak ; 《Biopolymers》 2015年103卷3期 148-57页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 accelerated molecular dynamics coupled with constant pH; buried ion pair; constant pH molecular dynamics;

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            39. Electrostatic balance between global repulsion and local attraction in reentrant polymerization of actin.

            【外文期刊】 Jun,Ohnuki ; Akira,Yodogawa ; 等 《Cytoskeleton (Hoboken, N.J.)》 2017年74卷12期 504-511页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Debye-Hückel formula; G-F transformation; generalized Born model;

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            40. Identification of anti-filarial leads against aspartate semialdehyde dehydrogenase of Wolbachia endosymbiont of Brugia malayi: combined molecular docking and molecular dynamics approaches.

            【外文期刊】 Mathimaran,Amala ; Sundaraj,Rajamanikandan ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 2019年37卷2期 394-410页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 ADLA, Acute Dermato-Lymphangio-Adenitis; ADMET, Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion and Toxicity; ASDase, aspartate semialdehyde dehydrogenase;

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            41. Biofunctionalities of unprocessed and processed flours of Australian lupin cultivars: Antidiabetic and organ protective potential studies.

            【外文期刊】 Kishor,Mazumder ; Md,Rabiul Hossain ; 等 《Food research international (Ottawa, Ont.)》 2021年147卷 110536页 SCIMEDLINE

            【关键词】 Actinomycin C2; Diabetes mellitus; Functional food;

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            42. Determinants of Fertility in Bangladesh: Evidence From the 2014 Demographic and Health Survey.

            【外文期刊】 Mosammat Z,Nahar ; Mohammad S,Zahangir ; 《International quarterly of community health education》 2019年40卷1期 29-38页 MEDLINE

            【关键词】 Poisson regression analysis; fertility; generalized linear model;

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            43. FSATOOL 2.0: An integrated molecular dynamics simulation and trajectory data analysis program.

            【外文期刊】 Zirui,Shu ; Mincong,Wu ; 等 《Journal of computational chemistry》 2022年43卷3期 215-224页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 enhanced sampling; free energy calculation; generalized born model;

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            44. Proteus and the Design of Ligand Binding Sites.

            【外文期刊】 Savvas,Polydorides ; Eleni,Michael ; 等 《Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)》 2016年1414卷 77-97页

            【关键词】 Generalized Born model; Implicit solvent; Ligand design;

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            45. Comparing pairwise-additive and many-body generalized Born models for acid/base calculations and protein design.

            【外文期刊】 Francesco,Villa ; David,Mignon ; 等 《Journal of computational chemistry》 2017年38卷28期 2396-2410页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 Proteus program; generalized Born model; implicit solvent;

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            46. Ligand- and structure-based in silico studies to identify kinesin spindle protein (KSP) inhibitors as potential anticancer agents.

            【外文期刊】 Chandrasekaran,Balakumar ; Muthusamy,Ramesh ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 2018年36卷14期 3687-3704页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 3D, three-dimensional; ADP, adenosine diphosphate; AMBER, assisted model building with energy refinement;

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            47. A two-stage computational approach to predict novel ligands for a chemosensory receptor.

            【外文期刊】 Amara,Jabeen ; Ramya,Vijayram ; 等 《Current research in structural biology》 2020年2卷 213-221页

            【关键词】 APF, Atomic property field; Amber, Assisted model Building with Energy Refinement; Atomic property field;

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            48. Deciphering the crucial molecular properties of a series of Benzothiazole Hydrazone inhibitors that targets anti-apoptotic Bcl-xL protein.

            【外文期刊】 Parthiban,Marimuthu ; Pavithra K,Balasubramanian ; 等 《Journal of biomolecular structure & dynamics》 2018年36卷10期 2654-2667页 SCIMEDLINECABP

            【关键词】 3D-QSAR model; AAP: Anti-apoptotic protein; BH: Benzothiazole Hydrazone inhibitors;

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            49. Heterogeneous dielectric generalized Born model with a van der Waals term provides improved association energetics of membrane-embedded transmembrane helices. oa

            【外文期刊】 Bercem,Dutagaci ; Maryam,Sayadi ; 等 《Journal of computational chemistry》 2017年38卷16期 1308-1320页 SCIMEDLINECA

            【关键词】 generalized Born formalism; implicit membrane model; transmembrane helix dimers;

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            50. Structural and conformational analysis of SARS CoV 2 N-CTD revealing monomeric and dimeric active sites during the RNA-binding and stabilization: Insights towards potential inhibitors for N-CTD. oa

            【外文期刊】 Arushi,Chauhan ; Pramod,Avti ; 等 《Computers in biology and medicine》 2021年134卷 104495页 SCIMEDLINEBP

            【关键词】 Dynamic cross-correlation matrix (DCCM); Molecular dynamics (MD); Molecular mechanics/generalized born model and solvent accessibility (MM/GBSA);

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