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            1. Multi-omics analysis reveals the neuroprotective effect of Atractylodis Rhizoma Alba extract against Parkinson's disease in mouse

            【中文期刊】 KANG Sohi LEE Sueun  等 《中医杂志（英文版）》 2024年44卷6期 1111-1117页 SCIMEDLINECSCDCA

            【摘要】 OBJECTIVE:To assess Atractylodis Rhizoma Alba extract(ARE)neuroprotective function in 1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahyd...

            【关键词】 Parkinson disease； nerve degeneration； 1-methyl-4-phenyl-1；

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            2. Sex-specific histone modifications in mouse fetal and neonatal germ cells

            【外文期刊】 Kawabata, Yukiko ; Kamio, Asuka ; 等 《Epigenomics》 2019年11卷5期 543-561页

            【关键词】 ATAC-seq; DNA methylation; epigenetics;

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            3. Characterization and functional inferences of a genome-wide DNA methylation profile in the loin (longissimus dorsi) muscle of swine

            【外文期刊】 Kim, Woonsu ; Park, Hyesun ; 等 《Asian-Australasian Journal of Animal Sciences》 2018年31卷1期 3-12页 SCIEMEDLINE

            【关键词】 DNA Methylation; DNA Methylome; Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing (MeDIP-seq);

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            4. A Whole Methylome CpG-SNP Association Study of Psychosis in Blood and Brain Tissue

            【外文期刊】 van den Oord, Edwin J. C. G. ; Clark, Shaunna L. ; 等 《Schizophrenia bulletin》 2016年42卷4期 1018-1026页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 DNA methylation; psychosis; SNPs;

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            5. Genome-wide analysis of DNA methylation in UVB- and DMBA/TPA-induced mouse skin cancer models

            【外文期刊】 Yang, Anne Yuqing ; Lee, Jong Hun ; 等 《Life sciences》 2014年113卷1/2期 45-54页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 DNA methylation; Epigenetics; MeDIP-Seq;

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            6. Dynamic changes in histone modifications precede de novo DNA methylation in oocytes

            【外文期刊】 Stewart, Kathleen R. ; Veselovska, Lenka ; 等 《Genes and Development: a Journal Devoted to the Molecular Analysis of Gene Expression in Eukaryotes, Prokaryotes, and Viruses》 2015年29卷23期 2449-2462页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 oocytes; DNA methylation; genomic imprinting;

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            7. HEpD: A database describing epigenetic differences between Thoroughbred and Jeju horses

            【外文期刊】 Gim, Jeong-An ; Lee, Sugi ; 等 《Gene: An International Journal Focusing on Gene Cloning and Gene Structure and Function》 2015年560卷1期 83-88页

            【关键词】 Thoroughbred horse; Jeju horse; MeDIP-Seq;

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            8. DeepA-RBPBS: A hybrid convolution and recurrent neural network combined with attention mechanism for predicting RBP binding site

            【外文期刊】 Du, Zhihua ; Xiao, Xiangdong ; 等 2022年40卷9/10期 4250-4258页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 RNA-binding proteins; deep learning; attention mechanism;

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            9. Targeted bisulfite sequencing for biomarker discovery

            【外文期刊】 Morselli, Marco ; Farrell, Colin ; 等 2021年187卷 13-27页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Next-generation sequencing; Target bisulfite-seq; DNA methylation;

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            10. Clinically proven drug targets differentially expressed in the prefrontal cortex of schizophrenia patients

            【外文期刊】 Voisey, Joanne ; Mehta, Divya ; 等 《Brain, Behavior, and Immunity》 2017年61卷 259-265页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Brain; Schizophrenia; Gene expression;

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            11. Comprehensive Pan-cancer Gene Signature Assessment through the Implementation of a Cascade Machine Learning System

            【外文期刊】 Castillo-Secilla, Daniel ; Galvez, Juan Manuel ; 等 《Current Bioinformatics》 2023年18卷1期 40-54页

            【关键词】 Pan-cancer; RNA-seq; TCGA;

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            12. Investigating the Mechanism of Metabolic Resistance to Tribenuron-Methyl in Capsella bursa-pastoris (L.) Medik. by Full-Length Transcriptome Assembly Combined with RNA-Seq

            【外文期刊】 Xiaolin Zhang ; Hengzhi Wang ; 等 《Journal of Agricultural and Food Chemistry》 2021年69卷12期 3692-3701页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 abiotic stress; tribenuron-methyl; metabolic resistance;

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            13. Comparative analysis of MBD-seq and MeDIP-seq and estimation of gene expression changes in a rodent model of schizophrenia

            【外文期刊】 Neary, Jennifer L. ; Perez, Stephanie M. ; 等 《Genomics》 2017年109卷3/4期 204-213页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 DNA methylation; MBD-seq; MeDIP-seq;

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            14. Integrated Whole Transcriptome and DNA Methylation Analysis Identifies Gene Networks Specific to Late-Onset Alzheimer's Disease

            【外文期刊】 Humphries, Crystal E. ; Kohli, Martin A. ; 等 《Journal of Alzheimer's disease: JAD》 2015年44卷3期 977-987页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Alzheimer's disease; dementia with Lewy bodies; DNA methylation;

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            15. How the xerophytic moss Pogonatum inflexum tolerates desiccation

            【外文期刊】 Liu, Yue ; Zhang, Daqing ; 等 2024年43卷2期

            【关键词】 Moss; Pogonatum inflexum (Lindb.) Lac.; Desiccation;

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            16. Transcriptional alterations of genes related to fertility decline in male rats induced by chronic sleep restriction

            【外文期刊】 Chen, Wenyang ; Guo, Xingdao ; 等 《Systems biology in reproductive medicine》 2020年66卷2期 99-111页

            【关键词】 Chronic sleep restriction; male infertility; testis;

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            17. Epigenomic tumor evolution under the spotlight: the promises of single-cell approaches

            【外文期刊】 Vallot, Celine ; 2022年345卷1期 11-16页

            【关键词】 Epigenomics; DNA methylation; Historic modifications;

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            18. Interactions of gene expression, alternative splicing, and DNA methylation in determining nodule identity

            【外文期刊】 Niyikiza, Daniel ; Piya, Sarbottam ; 等 《The Plant Journal》 2020年103卷5期 1744-1766页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 alternative splicing; DNA methylation; nodulation;

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            19. Genome-wide DNA methylation and RNA expression differences correlate with invasiveness in melanoma cell lines

            【外文期刊】 Jyoti Motwani ; Euan J Rodger ; 等 《Epigenomics》 2021年13卷8期 577-598页

            【关键词】 cell invasion; DNA methylation; gene expression;

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            20. UVB drives different stages of epigenome alterations during progression of skin cancer

            【外文期刊】 Yang, Yuqing ; Wu, Renyi ; 等 《Cancer letters》 2019年449卷 20-30页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Non-melanoma skin cancer; Ultraviolet-B (UVB); Epigenetics;

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            21. Alpha-Synuclein-induced DNA Methylation and Gene Expression in Microglia

            【外文期刊】 McGregor, Brett A. ; Schommer, Jared ; 等 2021年468卷 186-198页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 alpha-synuclein; DNA methylation; epigenetics;

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            22. Statistical methods for detecting differentially methylated regions based on MethylCap-seq data

            【外文期刊】 Ayyala, Deepak N. ; Frankhouser, David E. ; 等 《Briefings in bioinformatics》 2016年17卷6期 926-937页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 differentially methylated regions; methylCap-seq; high dimensionality;

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            23. Developmental dynamics of the epigenome: A longitudinal study of three toddlers

            【外文期刊】 Naumova, Oxana Yu. ; Dozier, Mary ; 等 《Neurotoxicology and teratology》 2018年66卷 125-131页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 DNA methylation; MBD-seq; T-lymphocytes;

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            24. Alpha-Synuclein-induced DNA Methylation and Gene Expression in Microglia

            【外文期刊】 McGregor, Brett A. ; Schommer, Jared ; 等 《Neuroscience: An International Journal under the Editorial Direction of IBRO》 2021年468卷 186-198页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 alpha-synuclein; DNA methylation; epigenetics;

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            25. A survey of transcriptome complexity using full-length isoform sequencing in the tea plant Camellia sinensis

            【外文期刊】 Ma, Dongna ; Fang, Jingping ; 等 2022年297卷5期 1243-1255页

            【关键词】 Tea plant; PacBio Iso-Seq; LncRNA;

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            26. Methylomic and transcriptomic predictors of one-month exposure to cortisol in healthy individuals

            【外文期刊】 Lee, Richard S. ; Zandi, Peter P. ; 等 2021年24卷1/6期 840-848页

            【关键词】 Stress; cortisol; allostatic load;

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            27. Genome-wide DNA Methylation Analysis of Mantle Edge and Mantle Central from Pearl Oyster Pinctada fucata martensii

            【外文期刊】 《Marine biotechnology》 2020年22卷3期 380-390页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Pinctada fucata martensii; MeDIP-Seq; Mantle;

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            28. 3 (GA 3) foliar application in Nicotiana tabacum L.]]>

            【外文期刊】 Raman Manoharlal ; G. V. S. Saiprasad ; 等 《Indian Journal of Plant Physiology》 2018年23卷3期 543-556页

            【关键词】 Nicotiana tabacum; GA3; Microarray;

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            29. The shift from early to late types of ribosomes in zebrafish development involves changes at a subset of rRNA 2 '-O-Me sites

            【外文期刊】 Ramachandran, Sowmya ; Krogh, Nicolai ; 等 《RNA》 2020年26卷12期 1919-1934页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 box C/D snoRNA; zebrafish development; RiboMeth-seq;

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            30. Hydroxymethylation of protein-encoding genes in the testes involved in precocious puberty of Eriocheir sinensis

            【外文期刊】 Li, Genliang ; Qian, Hui ; 2019年683卷 18-27页

            【关键词】 Eriocheir sinensis; Precocious puberty; Testis;

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            31. scDeconv: an R package to deconvolve bulk DNA methylation data with scRNA-seq data and paired bulk RNA-DNA methylation data

            【外文期刊】 Liu, Yu ; 2022年23卷3期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 co-training; ensemble; cell-type-specific inter-group differential features;

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            32. Histone signature of metanephric mesenchyme cell lines

            【外文期刊】 McLaughlin,N. ; Yao,X. ; 等 《Epigenetics: official journal of the DNA Methylation Society》 2013年8卷9期 970-978页

            【关键词】 ChIP-Seq; Histone methylation; Histone modifications;

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            33. Distinct roles of nucleosome sliding and histone modifications in controlling the fidelity of transcription initiation

            【外文期刊】 Zhang, Huiming ; Lu, Zhaolian ; 等 《RNA biology》 2021年18卷11期 1642-1652页

            【关键词】 Transcription initiation; CAGE-Seq; MINC;

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            34. Effect of the Methylation Level on the Grape Fruit Development Process

            【外文期刊】 Jia, Haoran ; Zhang, Zibo ; 等 《Journal of Agricultural and Food Chemistry》 2020年68卷7期 2099-2115页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 grape; ripening; methylation;

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            35. Planarian flatworms as a new model system for understanding the epigenetic regulation of stem cell pluripotency and differentiation

            【外文期刊】 Dattani, Anish ; Sridhar, Divya ; 等 《Seminars in cell and developmental biology》 2019年87卷 79-94页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Neoblast; Regeneration; ChIP-seq;

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            36. Comparative methylome reveals regulatory roles of DNA methylation in melon resistance to Podosphaera xanthii

            【外文期刊】 Wang, Shuoshuo ; Yan, Weihao ; 等 《Plant Science: An International Journal of Experimental Plant Biology》 2021年309卷 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Melon; Podosphaera xanthii; DNA methylation;

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            37. Determinants of orofacial clefting II: Effects of 5-Aza-2 '-deoxycytidine on gene methylation during development of the first branchial arch

            【外文期刊】 Seelan, Ratnam S. ; Mukhopadhyay, Partha ; 等 《Reproductive toxicology》 2017年67卷 100-110页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 5-Aza-2 ' deoxycytidine; First branchial arch; Cleft palate;

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            38. The function of the m6A methyltransferase METTL3 in goat early embryo development under hypoxic and normoxic conditions

            【外文期刊】 Li, Dongxu ; Liu, Zifei ; 等 2022年177卷 140-150页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Goat; Embryo development; RNA-seq;

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            39. Transcriptome-wide N-6-methyladenosine profiling of rice callus and leaf reveals the presence of tissue-specific competitors involved in selective mRNA modification

            【外文期刊】 Li, Yuli ; Wang, Xiliang ; 等 《RNA biology》 2014年11卷9期 1180-1188页

            【关键词】 MeRIP-seq; N-6-methyladenosine; rice;

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            40. m6A mRNA methylation regulates the development of gestational diabetes mellitus in Han Chinese women

            【外文期刊】 Wang J. ; Wang K. ; 等 2021年113卷3期 1048-1056页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 BAMBI; Gestational diabetes mellitus (GDM); MeRIP-seq;

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            41. Sex differences in DNA methylation and expression in zebrafish brain: a test of an extended 'male sex drive' hypothesis

            【外文期刊】 Chatterjee, Aniruddha ; Lagisz, Malgorzata ; 等 《Gene: An International Journal Focusing on Gene Cloning and Gene Structure and Function》 2016年590卷2期 307-316页

            【关键词】 Zebrafish; Sexual dimorphism; Male sex drive;

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            42. Improving distance measures between genomic tracks with mutual proximity

            【外文期刊】 Thomas Haschka ; Jean Baptiste Morlot ; 等 2021年22卷6期 bbab266-1-bbab266-7页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 ChIP-seq; RNA-seq; DNA methylation;

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            43. In vitro toxicity of pirimiphos-methyl in Atlantic salmon hepatocytes

            【外文期刊】 Olsvik, Pal A. ; Berntssen, Marc H. G. ; 等 《Toxicology in vitro: an international journal published in association with BIBRA》 2017年39卷 1-14页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 Fish feed; Organophosphate pesticide; Pirimiphos-methyl toxicity;

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            44. Deep characterization of paired chromatin and transcriptomes in four immune cell types from multiple sclerosis patients

            【外文期刊】 Sunjay Jude Fernes ; Matilda Ericsson ; 等 2021年13卷20期 1607-1618页

            【关键词】 ATAC-Seq; DNA methylation; immune cells;

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            45. Non-referenced genome assembly from epigenomic short-read data

            【外文期刊】 Kaspi, Antony ; Ziemann, Mark ; 等 《Epigenetics: official journal of the DNA Methylation Society》 2014年9卷10期 1329-1338页

            【关键词】 ChIP-seq; DNA methylation; de novo assembly;

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            46. Effects of omics data combinations on in silico tumor-normal tissue classification

            【外文期刊】 Seok, Ho-Sik ; Seok, Seung Hwan ; 等 《Genes genomics》 2015年37卷6期 525-535页

            【关键词】 Multiomics data; Copy number variation; DNA methylation;

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            47. Metrics for evaluating differentially methylated region sets predicted from BS-seq data

            【外文期刊】 Peng, Xiaoqing ; Luo, Hongze ; 等 2022年23卷1期 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 differentially methylated regions; BS-seq; methylation difference;

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            48. Contrasting effects of acute and chronic stress on the transcriptome, epigenome, and immune response of Atlantic salmon

            【外文期刊】 Webster, Tamsyn M. Uren ; Rodriguez-Barreto, Deiene ; 等 《Epigenetics: official journal of the DNA Methylation Society》 2018年13卷12期 1191-1207页

            【关键词】 DNA methylation; RRBS; transcriptomics;

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            49. Identification of a novel differentially methylated region adjacent to ATG16L2 in lung cancer cells using methyl-CpG binding domain protein-enriched genome sequencing

            【外文期刊】 Bai, Hao ; He, Yanghua ; 等 《Genome》 2021年64卷5期 532-546页 SCISCIEMEDLINE

            【关键词】 lung cancer; cell lines; DNA methylation;

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            50. High quality methylome-wide investigations through next-generation sequencing of DNA from a single archived dry blood spot

            【外文期刊】 Aberg,K.A. ; Xie,L.Y. ; 等 《Epigenetics: official journal of the DNA Methylation Society》 2013年8卷5期 542-547页

            【关键词】 Archived blood spots; DNA extraction; MBD-seq;

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